蔣介石去世後，在蔣經國推動下，西子灣行館於1977年由「總統府」核定改移交高雄市政府接管，並改為蔣介石紀念館，同時全面開放西子灣風景區供民眾遊覽。
行館陳設方面，一樓餐桌、餐具仍原物呈現。二樓有主臥室、蔣介石及夫人辦公室各一間。辦公室有文房四寶、蔣介石親寫的「澄清樓」匾額，及宋美齡手繪國畫《長相左右》。走廊兩側掛了一張張蔣家生活照，還有手搖式電話、自上海運來的老式烤箱等設施；蔣介石座車停放在車庫內，雖有發動保養，但不再開出去。蔣孝勇興辟的鳥園雖尚存，但只剩幾隻老鳥。
蔣經國隨後指示在西子灣辦理「中山大學」復校，並由親信李煥於1980年出任第一屆校長，當地除海水浴場外，其餘約45公頃都被劃入「中山大學」。
為拓展校地，「中山大學」也劃走了部分的行館庭院，因此行館越縮越小，縮在校園的一角，管理權也由市政府移交給「中山大學」。1999年，「中山大學」重新整修行館，重新粉刷，把原來的木窗改為鋁門窗，隨後將侍衛室、起居室、浴室及廚房改為約270平方米空間的藝廊，其餘如大廳、臥室等則保持原狀，開放公眾參觀。