由於官邸本身就是園藝所，向來培育名花異蘭，不時可見來自國外的特殊品種。尤其宋美齡生辰農曆二月十二日剛好是百花節，所以她特別愛花，不但房內每天要有一盆花，官邸有專人換花，每年宋美齡生日與10月31日蔣介石陽曆生日，官邸還會舉辦春秋兩季花展，大部分以蘭花為主題，秋季則以菊花為主題。
官邸第一屆花展約在1950年開始舉辦，由於當時蘭花相當罕見，加上官邸屬於禁區，因此人潮絡繹不絕。但民眾仍僅能進入園藝區遊玩；正房依舊警衛森嚴，不僅無法靠近，連相機鏡頭都不得朝向正房。
原先官邸正房前並無內花園，大部分是果樹和雜木叢，偏偏艾森豪威爾到訪後，與蔣宋一同步行回官邸正房，曾向蔣介石談及白宮花園美景，讓蔣介石旁邊人士相當尷尬，才在艾森豪威爾離去後，將正房前整修為目前的中西庭園，由中、日技師共同設計，以噴水池為中心，花壇、樹籬、園路呈幾何形對稱，為當時台灣少有的示範性西式庭園。至於官邸中式庭園則於1966年為慶祝蔣介石80歲壽誕而建。庭園內有假山、泉石、曲池、拱橋及貫穿全區的彎曲小徑。
由於宋美齡偏好玫瑰，官邸也開闢玫瑰園，搜集各國名種，專人植栽，宋美齡常在此招待好友。園中自有品種約七八種，宋美齡最喜歡「黑玫瑰」；蔣介石喜愛的梅花栽植於玫瑰花圃每畦兩端，象徵夫妻相伴。據說宋美齡甚為在意官邸玫瑰，連侍衛偷摘了一朵都被發現而處分。由於細心照料，直至今日，官邸玫瑰園已達共70多畦，共有各品種2100多株，梅樹樹齡超過50年的，有100餘株，成了台灣年輕人拍攝婚紗的最好去處。
官邸培育的菊花，直徑均超過二三十厘米，俗稱「壽菊」，是從日據時代就已栽培的特殊品種，采無性繁殖，須依生長條件，由小盆栽，逐漸換到大盆，以一株有三朵為標準，且要雕成三角形。當時包括「總統府」本身苗圃、銘傳商專、振興醫院及大同公司等十個公家單位、學校或私人財團均加入培育行列，每年參展時並由官邸負責評比。