日月潭波光瀲灩，蒼林翠綠，吸引民間團體大興土木，尤其20世紀50年代中期，包括北邊山腰處文武廟與臨時安置玄奘靈骨的玄光寺等潭畔各類觀光設施均開始興建。[抗戰期間，日本軍官高森隆介在南京挖出一隻石匣，上刻「玄奘大師靈骨」，內儲有五銖錢數枚，及大如拇指、小如豌豆的珠粒一批，經鑒定為玄奘骨珠，日本人隨後掠走靈骨，供奉在崎玉縣慈恩寺。直到1955年，國民黨政府經佛教界交涉，將日本竊據的玄奘靈骨迎接來台，並決定從台北善導寺移到日月潭畔玄光寺安置，遊客到玄光寺求籤也成一大盛事。]特別是在蔣介石協助下，台灣佛教界更在涵碧樓對岸臨湖處，蓋起一棟佔地三公頃、仿唐式建築的玄奘寺，作為玄奘靈骨的永久保存場所，蔣介石除了親題「國之瑰寶」匾額，還特地要求將原定印度式建築改為中國古代宮殿式，以增景仰[玄奘寺前臨拉魯島，後依青龍山，地處日潭與月潭的陸地交界，海拔900多米，據說為「青龍戲珠」寶地，正殿分兩層，分別供奉玄奘舍利子與釋迦牟尼佛金身。由於工程耗大，約1964年才正式落成。]。
又如涵碧樓旁的學校遷校後，台灣省教育廳於1961年將當地改建為教師會館，作為教師研習與度假園區。其他設施如台灣山地文化中心、「救國團」日月潭活動中心、孔雀園以及文武廟，也大都是在這個時期開始動工啟用。
1962年，涵碧樓改由省觀光事業委員會承租，再交由「勵志社」經營管理。1965年，「勵志社」再度出面，向林務局承租涵碧樓行館附近潭邊「國有」林地，並向台灣銀行貸款，斥資1000萬元擴建成四層樓、合乎國際標準的宮殿式建築，取名為「涵碧樓旅館」，並對外營業。這份租約承租使用期限為20年，且期滿後涵碧樓也有優先承租權。
為配合改建，蔣介石行館也同步更新為地勢最高、景觀最佳的三層樓洋房。行館內依舊是格局簡單，陳設樸實。據說格局完全仿照士林官邸。其餘行館下方五棟二層樓日式木造房舍則遭拆除，改為水泥樓房，仍用以招待外賓與特殊賓客。
據說行館改建時，蔣介石原本覺得頗為浪費而反對，但為顧及新館與行館外觀協調才勉強答應。之後，他一年到此停留近三四個月，甚至1966年還光臨5次，為歷年之最。
經常隨侍蔣介石身旁的蔣經國，則在湖濱有座磚造二層樓中式別墅，供他靜養時使用，朱紅大門，風格古樸，較涵碧樓更貼近湖面，且盡觀日、月兩湖風光。別墅一樓中央是客廳，擺有淺綠色沙發，右側是起居室，左邊是餐廳，後側是盥洗室，樓上有書房、起居室各一間。[蔣經國行館雖是蔣介石指示為蔣經國治癒失眠等宿疾而建，但在蔣介石去世後，蔣經國即指示改為「總統行館」，同時提供貴賓招待所功能。蔣經國去世後，李登輝在20世紀90年代中期，再度指示將相關建築轉贈「救國團」，供青年假期旅遊之用，並開放一般人住宿。]與行館連棟興建的涵碧館新館，則成為當時潭畔設備最新穎的旅館，逐漸對外開放，但門禁依舊森嚴，來訪政要也常在此舉行較正式會晤。新館大堂一樓右邊是中式餐廳，供應明湖佳餚曲腰魚，對面客廳懸掛蔣介石與宋美齡遊湖黑白照，落地窗外遍植玫瑰，環境清幽。
1971年1月，為信奉基督教的宋美齡在日月潭休憩時能維持做禮拜，蔣介石興建了一棟具有一巴洛克風格的專屬教堂，有四層樓高，黃色牆面對比藍天，希臘石柱、檜木大門、木紋斜板屋頂、英式古燈，由大陸工程董事長殷之浩帶隊興建，號稱可抵禦105榴彈炮攻擊。
耶穌堂啟用後，由基督教婦女祈禱會牧師何憶東執掌，沒有其他教友，平日大門深鎖，也成為日月潭僅有的教堂。蔣介石晚年來日月潭必至耶穌堂做禮拜，還曾帶領蔣經國、蔣孝文、蔣孝武、蔣孝勇等人禱告。雖然晚年身體不佳，出入都需攙扶，但蔣介石唯獨步上耶穌堂台階，堅持要靠自己雙腿步行。
至於文武廟也在20世紀70年代初重建，蔣介石改推「文化復興運動」與發揚儒家精神，特別重視主祀關帝、岳飛、至聖先師孔子的文武廟重建工作，先後7次巡視，並指示廟宇以「北朝式」形式興建，裝點得金碧輝煌，在蔣介石要求下，文武廟在1971年竣工。
此外，蔣介石為感念母親王太夫人恩德，紀念溪口慈庵而建的慈恩塔，也於1971年完工，位於潭畔海拔954米沙巴蘭山上，塔高46米，塔頂正好為海拔1000米，共分9層，從塔頂瞭望，拉魯島、玄奘寺與慈恩塔約在同一條中軸線上，地形宛若龍頭伸入潭中取水，成為日月潭地標，也說是日月潭龍脈之地。
慈恩塔系由省交通處、公路局等單位自涵碧樓經營所得中勻支經費設計監造，不過用地屬於寺廟區。由於建料運送不易，因此過程相當辛苦，蔣介石多次前來探勘，匾額也為蔣介石親題，塔內有一口巨大的鎮塔銅鐘，王太夫人靈位則奉於塔前宮殿式建築。