日月潭與涵碧樓的風光，前後延續數十年，南投縣政府還在日月潭成立了「南投縣風景區管理所」。但隨著蔣介石去世，以及美軍度假、日本人旅遊潮一退，台灣人民去外地旅遊限制也漸放鬆，日月潭觀光自20世紀80年代初慢慢難以為繼。尤其地方急功近利，投入大筆經費，卻只能建設出品位不佳、老態龍鍾的觀光景點，文化表演日趨商業化、庸俗化，更使遊客大為掃興。
例如台灣少數民族文化原本是當地重要的觀光資產，地方政府卻在拉魯島上興建仿中國西湖風味的「月下老人亭」供遊客膜拜祈願，自然大不搭配。德化社也遭市地重劃成為棋盤式街道，不但擠進大批漢人，邵族原有農莊建築幾乎被全部拆除，成了雜亂無章的店舖，攤販擾人，鏢客橫行。1990年8月25日晚間，日月潭還發生遊艇翻船事件，共57人罹難，僅25人獲救，震驚各界，日月潭觀光幾乎一蹶不振。
至於耶穌堂在蔣介石去世後，過去為他祝禱的牧師及傳道、信徒仍利用耶穌堂的空間集會，不對一般民眾開放，連帶引發不少爭議。直到日月潭風景區管理處成立，宣佈擁有耶穌堂產權，才慢慢說服牧師夫人，開放運用耶穌堂空間，供遊客做禮拜。
涵碧樓命運同樣多舛，隨著省觀光事業委員會與「勵志社」在20世紀70年代初遭裁撤，為加強維護，台灣省政府交通處名下成立了涵碧樓暨慈思塔管理委員會，作為官方管理機構，同時交由以「勵志社」為班底的涵碧樓招待所經營使用。蔣介石去世後，行館內仍保留原風貌，行館旁涵碧樓大飯店則於1985年重新整修後，完全對外開放營業。
只是隨著台灣逐漸開放，涵碧樓半官半民的組織成為外界質疑焦點，因此引發產權所有人南投縣政府與飯店經營者之間纏訟。當時經行政區域重劃，涵碧樓主建築產權已登錄為南投縣政府所有，以一年租金60萬元租給涵碧樓，且20年租約即將到期。雖然縣政府提高租金，租約也改為兩年一簽，但在議會要求下，與涵碧樓對簿公堂，宣稱要拆屋還地。
通過訴訟手段，南投縣政府收回涵碧樓產權，並封樓整修，因此行館與涵碧樓間原有通路遭封閉，所幸行館正門向潭面未受影響，才不致無法出入。至於涵碧樓經營單位也不是省油的燈，先是改組為私人出資的涵碧樓大飯店股份有限公司，趁著興訟期間，另闢蹊徑，在原址右側新建一座大樓，並在潭邊蓋了批別墅式獨棟旅館，繼續營業。
當時因各方爭議，慈恩塔不但產權起紛爭，管理維護費用也求助無門，因此長期欠缺維護，沒有政府單位願意接手。至於兩艘為蔣介石而設計的鐵殼船也因年久失修，廢棄在潭邊無人聞問，顯得相當淒涼。
1998年，鄉林集團宣佈併購舊涵碧樓大飯店，取得飯店擴建的旅館、餐廳大樓等地上物產權，準備大展身手。但沒想到突如其來的「九二一」大地震，震垮了涵碧樓大飯店、蔣介石行館與蔣經國行館，日月潭滿目瘡痍，碼頭全毀、玄奘寺靈骨奉安塔遭完全震倒，慈恩塔上的頂珠也被震掉，唯獨耶穌堂絲毫無損，完好如初。
◆涵碧樓入口處
如今的涵碧樓已非昔日之建築，已由私人出資改組為豪華的五星級酒店涵碧樓大飯店，其高昂的消費並非普通平民能夠輕鬆承受。令如今的涵碧樓頗為自豪的是其「極簡」「禪風」的設計理念，由木頭、石頭、玻璃和鐵四大建材構成，低調中隱含著奢華。（上圖）
由於災情慘重，縣政府放棄修復可能，因此拆除蔣介石行館，只保留原有車庫，鄉林集團則再斥資18億元，打出宋美齡名言「我將再起」的口號，在涵碧樓飯店原址上新建以大量緬甸柚木做建材的七樓層現代化旅館，委由澳大利亞希爾建築師規劃並與阿瑪集團合作，只是仍沿用涵碧樓招牌。經營者同時盡可能使用遺跡堪用屋瓦、樑柱等建材，在飯店右側重建自1920年就屹立在此的涵碧樓招待所，作為展覽廳捨。
◆涵碧樓展示廳
涵碧樓展示廳的規模並不大，但其中展出的照片與文案頗具歷史研究價值。引起兩岸學術界高度關注的便是《風雲聚會涵碧樓：兩岸關係濫觴地》。展示中明確指陳蔣氏父子於1965 年在涵碧樓會見曹聚仁，對晤談內容也有具體描述，但毛澤東與蔣介石通過曹聚仁的三次晤談並未經得官方證實。（下圖）
在陳水扁主持開幕下，終於讓涵碧樓重見天日。2002年間，還打著「兩岸和解」招牌的陳水扁，甚至一度安排長期遊走兩岸三地的新加坡前總理李光耀到涵碧樓一敘，研商有否可能透民間渠道促成三通開放事宜，不過消息曝光後因故取消。此時，通過民進黨推動正名運動，陳水扁也將光華島重新回復舊稱為「拉魯島」，「德化社」改稱為「卜吉社」，同時在拉魯島上種植兩棵邵族神樹笳苳樹，作為去除「大中國主義」象徵。
數十年過去了，從涵碧樓外望，湖光山色視野延伸依舊，只是涵碧樓的外觀內裝已不復往日。歷史的波濤能夠記住的也許只有蔣宋漂在湖面的槳聲。