在軍事上，眼見解放軍軍力日增，原子彈研發已上軌道，且逐漸佔有空中優勢，蔣介石在提防之餘，除了也想建立核武力，還打算在慈湖一帶構建完整的戰時防禦指揮系統，以備不時之需。
迄今仍未開放、佔地約20多公頃的後慈湖，由於離公路較遠，然而景致更為優美、寧靜，未受人為破壞，保存有完整林相與植物生態。後慈湖呈現「月牙形」，日間尖山蒼峰倒映水中，相得益彰，相當受蔣介石欣賞，尤其從慈湖走向後慈湖的山間小徑，環境清幽，還有路堤相通，行車10餘分鐘可達，堤邊栽種龍相、垂柳等，氣象萬千。
再加上隱蔽性高、管制嚴密，後慈湖周邊迅速被導向濃厚的軍事機密用途，在慈湖行館落成後，立即被軍方徵收，長期被列為管制區。從慈湖行館蔣介石寢室後門，還可沿小路直通位於後慈湖、由舊煤礦坑道改建而成的戰時指揮所。
當時蔣介石主要是考量萬一解放軍發動全面攻擊，對台進行大規模空降或空炸，就可立刻進駐地下化、堡壘化的後慈湖指揮所。是以後慈湖指揮所，據說光是鐵門就厚達30厘米，前後3扇，分別能達到防爆與防核生化攻擊效果。
坑道15度到17．5度的斜度，也設計得很適合侍衛背著蔣介石迅速撤入。
如遇戰事，「五院」院長和幕僚同時則會到周邊6個支坑所設的定點辦公室、幕僚廳捨，進行戰備指揮。但這個戰時指揮所設置40多年來從來沒有使用過，反倒使荒蕪的設施蒙上一層神秘色彩。
至於後慈湖邊的碼頭，平時只要蔣宋想要泛舟，就會有一艘木舟、一艘小艇在那裡備用。據說這個碼頭也有撤離逃生功能，傳聞可從此處搭乘快艇通到石門水庫碼頭，由於水庫大壩上方設有簡易停機坪，快艇一到水庫上方，直升機就能馬上起飛。
台灣軍方跟著也在慈湖南側興建一棟白色木造西式平房式行館，以及五棟高級幕僚戰時辦公用的小洋房。後慈湖行館雖是以鋼筋水泥打造，不過四周湖光山色形成了保護色，相當隱蔽，除站崗憲兵，即使路經此地也難發覺。蔣介石也常在湖邊散心，或到湖畔行館小坐。
不過後慈湖行館建築風格與慈湖行館四合院構造迥然不同，屬於西式建築，面積300多平方米，一樓是客廳、餐廳，二樓是生活區，也有客房，行館周邊也修築了一些依舊時礦坑坑道修築的密道及避難設施。新館前方也設置了軍事用途的簡單房舍。