由於慈湖與頭寮深具明確象徵意義，因此無論是李登輝還是執政初期的陳水扁，都不願以強硬態度對待，但最終還是免不了被捲入政治風波。
2004年後，隨著陳水扁支持度越來越低，民進黨為取得政治上的動力，無可避免地走向對「兩蔣」鞭屍、「去蔣化」的歧路。尤其2007年初，隨台灣大選逼近，當時民進黨主席游錫坤即提出取消「兩蔣陵寢」預算、撤走駐守憲兵的主張，正式展開民進黨長達一年多的「去蔣」攻勢，也讓陳水扁長期優遇蔣家的戲碼被看穿。
當時為爭取「獨派」支持，挽救個人形象因紅衫軍批判而破產的危機，陳水扁隨即聲稱，可考慮此一構想，雖因各界強烈質疑擱置下來，但陳水扁並未放棄，先是在2月28日前夕宣稱，蔣介石是「二二八」事件的真正元兇，跟著指示軍隊把各營區的「兩蔣」銅像全數拆除。
隨選舉逼近，民進黨鎖定「兩蔣陵寢」與中正紀念堂下手的攻勢愈發明顯，陳水扁並把慈湖和中正紀念堂認定為不符合民主潮流的封建產物，宣稱捍衛中正紀念堂等地形同捍衛蔣介石神格地位及黨國體制，他因而首次拋出將考慮「兩蔣陵寢」存廢問題，還說，「國軍是要顧活人，不是要顧死人」，憲兵駐守慈湖已三十幾年，因此沒有對不起「兩蔣」。
2007年12月23日，設立32年的「兩蔣陵寢」還是正式被民進黨無限期關閉、封園，儀隊、駐守憲兵一併取消，直到「交接給下一個保管單位為止」。
慈湖頭寮陵寢管理處也正式解編，回歸「國防部軍墓處」管理，同時展開清點及整理文物與不動產工作。直到馬英九高票當選，長期糾葛的移靈問題才瓦解冰消。
◆慈湖拱橋
從慈湖遊客中心旁的柏油路通道進入，白色月牙拱橋映入眼簾，橫跨河流之上，連接對岸的雕塑公園。煙雨朦朧，詩意幽幽，政治意味越來越淡化的慈湖陵寢成為遊客流連、徜徉徘徊的處所。當年蔣介石也曾在此地徘徊逡巡，思古念今，最終只得浮厝於此，作古亦未能回到故鄉。