陳水扁當選後，初期主打中間路線，慈湖、頭寮保存如故。
不過2004年1月27日，蔣經國遺孀蔣方良與蔣緯國遺孀蔣丘如雪共同具名蓋章，寫信給「國防部長」湯曜明，希望讓「兩蔣」安厝至汐止五指山「國軍公墓」，為「兩蔣」移靈或奉安問題提出新說法。
當時正值2004年台灣大選前夕，「連宋配」一路看好，宋美齡則是在美國亡故，因此蔣家以不願續耗台灣財力、物力並履行「兩蔣」勤儉作風為由，提出讓「兩蔣」入土為安的構想，也是考量到國民黨即將重新執政的大環境等因素，也凸顯「兩蔣」畢生以部屬、軍中同袍為重的精神。當時蔣方良還指定蔣緯國之子蔣孝剛為家屬聯繫窗口，與「國防部」配合。
不過「三一九」的兩顆子彈改變了整個局勢，蔣家自然也把遷葬的念頭冷了下來。反倒是陳水扁興致勃勃地指示軍方依家屬意願妥善辦理，並於2005年4月完成移靈安葬大典。因此台灣「國防部」迅速編列新台幣2700萬元預算打造了五指山墓園「兩蔣」墓區，號稱「蔣陵」。
蔣陵為面積約825平方米的扇形墓園，匾額由秦孝儀手書。
「內政部」也編列新台幣1200萬元準備為移靈籌備工作招標，好讓「兩蔣」入土為安。陳水扁還在2005年7月1日，特派李元簇等21人為移靈奉安籌備委員，準備大張旗鼓地把「兩蔣」安葬之事搞定。
整個墓園工程在台灣當局的催促下，只剩功勳石材刻字尚未完成，其餘大致就備。2005年7月間，台灣官方已打算展開移靈作業，沒想到一場大雨讓通往「陵寢」的唯一道路發生50年來罕見的泥石流，花了10天才把道路打通，但提案移靈的徐乃錦又突然重病住院，4個月後離開人世。之後更因蔣家內部意見不一，蔣孝嚴甚至要求「兩蔣」移靈不要在民進黨執政時代舉辦，導致已完工的蔣陵持續延宕、閒置。