皇覺寺原來叫於皇寺，坐落在孤莊村西南角山坡上。這個寺的規模相當大，一進山門，兩邊排列著四大金剛，橫眉怒目，中間坐著大肚子彌勒佛，一臉笑容。背後韋馱菩薩拄著降魔寶杵，是個護法神。二進是大雄寶殿，坐著如來佛，兩旁是十八羅漢。三進是禪堂。左邊是伽藍殿，右邊是祖師殿。多年沒修理，佛爺菩薩寶座的油漆已經剝落了，佛像金身也蒙著一層厚厚的灰塵，殿瓦上長滿焦黃的雜草，院子裡鋪的石板已坎坷不平，顯出一副衰落樣子。一二十個和尚，平時靠常住田租米過日子，加上替本鄉死人念倒頭經，做佛事，得一點襯錢。他們一不耕地，二不做買賣，日子卻過得和地主們差不多。雖然吃不上大魚大肉，卻比當粗工，作佃戶出氣力安逸些。原來那時候出家當和尚也是一門行業，有的人很迷信，以為當了和尚真的可以成佛作祖，這類人很少；有的人做了壞事，躲進佛門修來生；有的人殺人放火，怕受官府刑法，剃了頭穿了袈裟，王法就治不到了；更多的呢，是窮苦人家養不活孩子送來的。和尚吃十方，善男信女的佈施吃不完，拿來開當鋪，放印子錢。而且，寺院裡的長老要人侍候，佛堂要經常打掃，零碎活也著實不少。多一個行童，強過雇長工，既省事，又得力，還不用付工錢。朱元璋年輕力壯，正是使氣力的時候。高彬長老和主持德祝一商量，很划得來，便收留了他。[20]
元璋從小貪玩撒野，愛出主意，支使人。又是小兒子，父母哥嫂都寵著些。兼之有點小聰明，會思考，看事情比別人准，也來得快當，打定主意要做什麼，一定要做到，也十有九次做到，夥伴們都服他，聽他調度。可是一到皇覺寺，情形便全不相同了，不說師伯師叔師父師兄有一大堆，還有師娘師弟，原來高彬長老是有家小的[21]，個個都是長輩，是主人，就數他小、賤，他得低聲下氣，成天陪笑臉侍候。就連打水煮飯的長工，也還比小行童高一頭，當他做二把手，支使著做這做那。這樣一來，元璋不單是高彬長老一家子的小廝，還帶著做全寺僧眾的雜役，根本就是長工、打雜了。事情多，閒氣也就多，日子長了，塞滿一肚子冤枉氣，時刻要發作，卻使勁按住，為的是吃飯要緊，鬧決裂了沒處去。
對活人發作不了，有氣無處出，只好對泥菩薩發作了。有一天，掃佛殿掃累了，掃到伽藍殿，已是滿肚子的氣，不留神絆著伽藍神的石座，跌了一大跤。氣憤之極，順手就用笤帚使勁打了伽藍神一頓。又一天，大殿上供的大紅蠟燭給老鼠啃壞了，長老數說了元璋一頓。元璋想伽藍神是管殿宇的，當看家菩薩的不管老鼠，卻害行童挨罵，新仇舊恨，越想越氣，向師兄討了管筆，在伽藍神背上寫「發配三千里」，罰菩薩到三千里外充軍。這兩件事都被長老看在眼裡，因為朱元璋是不拿工錢的雜役，儘管淘氣，打發走了，就缺人使喚，因此也不說話。[22]
皇覺寺是靠收租子過日子的，這一年災情太大了，收不到租米，師父師叔成天輪班到佃戶家催討，吵架，侗嚇，再不交就送到衙門坐班房，打板子，還是不中用。存的糧食眼看著吃不了多少天，嘴多耗費大，師婆出主意，先打發掛單的和尚走路，接著師伯師叔師兄們也都出門雲遊去了。朱元璋當行童才滿五十天，末了一個被打發出門。沒奈何，雖然不會唸經，不會做佛事，也只好裝著個和尚的樣子，一頂破箬帽，一個木魚，一個瓦缽，背上小包袱，拜別了師父和住持，硬著頭皮，離開了家鄉。
說「雲遊」「遊方」是和尚們的話，也叫「化緣」。用社會上的話就是「叫化」，也就是討口，要飯，找大戶伸手要錢要米要飯吃。大戶人家多半養條惡狗看門，狗有宗狗德性，專咬衣衫破爛的窮人，你越怕它就越凶，張牙舞爪咬得更厲害。遊方僧為著不讓狗咬，離大戶家大門遠遠的便使勁敲木魚，高唱佛號。大戶的主人也和狗一樣，專打窮人的算盤，可是有這麼一點和狗有區別，那就是自己知道壞事做得太多，怕死後入地獄，上刀山，下油鍋，就得發點「善心」，修修來世，求菩薩保佑。還盼望多生兒女，多發財，生生世世享福，不只這輩子做地主，下下輩子也做地主。要得到菩薩的保佑，就得對和尚客氣一些，把從佃戶身上搾取來的血汗，豁出一星星作佈施，算是對菩薩的賄賂。這樣，他們只要聽見木魚響，就知道是作「好事」修來生的機會到了。一勺米，幾文錢，絕不吝惜。大戶對和尚一客氣，狗也落得大方了。要是大戶不出來，只要有耐性，把木魚敲得更響，佛號喊得更高聲一些，遲早會有人出來打發。
元璋雖然只住了幾十天和尚廟，卻成天聽的是這一套，見的也是這一套，不會也會了。既然非出去要飯不可，就找人商量，向哪兒走好，聽人說往南往西一帶年景比較好，反正只要討得飯吃，活得了命，不管什麼地方他都去。也沒規定的日子，愛走多久就多久，走多遠就多遠。就一徑往南，先到合肥（今安徽合肥），折向西，到固始（今河南固始），信陽（今河南信陽），又往北到汝州（今河南臨汝），陳州（今河南淮陽），東經鹿邑（今河南鹿邑），亳州（今安徽亳縣），到穎州（今安徽阜陽）。游來游去，只揀莊稼長得好有飯吃的地方走，穿城越村，對著大戶人家敲木魚。[23]軟化硬討，山棲野宿，受盡了風霜之苦，走遍了淮西一帶的名都大邑。熟識了這片地區的河流、山脈、地理，尤其是這地區的人情、物產、風俗。見了世面，擴大了眼界，懂得了學會了許多事情，豐富了社會知識，也鍛煉了堅強的體力。這時期的情況，他在後來回憶：
眾各為計，雲水飄揚。我何作為，百無所長。依親自辱，仰天茫茫。既非可倚，侶影相將，突朝煙而急進，暮投古寺以趨蹌，仰窮崖崔嵬而倚碧，聽猿啼夜月而淒涼。魂悠悠而覓父母無有，志落魄而泱佯。西風鶴唳，俄淅瀝以飛霜，身如蓬逐風而不止，心滾滾乎沸湯。[24]
身如蓬逐風，心似滾沸湯的生活，過了三年多。一直到至正八年，聽說家鄉一帶很不安靜，勾起了思鄉的念頭，依然和出來時一樣，一頂破箬帽，一個木魚，一個瓦缽，回到皇覺寺。
淮西在朱元璋遊方的幾年中，後來西系紅軍的開山祖師彭瑩玉正在這一帶潛伏活動，傳佈彌勒佛下生的教義，組織革命力量。彭瑩玉也是遊方和尚，朱元璋即使沒有見過彭和尚，也必然和彭和尚的門徒有過接觸。幾年後，這地區又成為東系紅軍的根據地了，這種子是彭和尚撒下的。朱元璋在這個地區周遊了三四年，生活在下層社會。他接受了新的宗教，新的思想，新的政治教育，加入了秘密組織。在智力和體力方面都已成熟了的行童，回到皇覺寺以後，開始交結朋友，物色有志氣有膽量、敢作敢為的好漢，還不時進濠州城裡探訪消息，同時也下決心要多認識一些字，多讀一些書，多懂一些道理，準備將來幹出一番事業來。[25]
彭瑩玉秘密傳佈的宗教是多元的，並且有外國來的成分。教徒主要的特徵是燒香、誦偈，奉的神是彌勒佛和明王，誦讀的主要經典有《彌勒下生經》《二宗三際經》《大小明王出世經》，等等。彭瑩玉出家於袁州（今江西宜春），布教於淮西，可以說是南派。另一個系統是北派，頭目是趙州欒城（今河北欒城）的韓家。韓家幾代以來都是白蓮教的教主，燒香結眾，很得鄉村農民的信仰，潛勢力極大，張揚開了，被地方官尋個題目，謫徙到廣平府永年縣（今河北永年）居住。到韓山童接手當教主以後，便使人到處宣揚天下要大亂了，彌勒佛降生，明王出世，組織力量，準備起義。這兩派起兵以後，因為目標相同——都反對元朝，信仰相同——都宣傳彌勒佛和明王，就混而為一了。起義的教徒都用紅巾裹頭，以區別於元朝的軍隊，當時人稱之為紅軍、紅巾或紅巾軍、香軍；奉的是彌勒佛，也叫彌勒教；宣傳明王出世，又叫作明教。[26]
明教的來源可以上溯到唐朝。原來叫摩尼教，是波斯人摩尼（公元216—277年）所創。這個教是個大雜燴，摻和了基督教、祆教、佛教而成為一個新宗教。主要的教義是二宗三際：他們認為世界上有兩種不同的力量，叫作明暗二宗，明是光明，是善，是理；暗是黑暗，是惡，是欲。這兩種力量，對立鬥爭，經過三個階段，叫初際、中際、後際。初際階段，還沒有天地，便已有了明暗，明性知慧，暗性癡愚，形成對立狀態。中際階段，暗的力量發展擴大，侵佔了、壓迫了明的力量，恣情馳逐，造成「大患」，這時明王就出世了，經過鬥爭，把黑暗趕走。後際階段，明暗二宗，各復本位，明既歸於大明，暗亦歸於積暗。初際明暗對立，是過去；中際明暗鬥爭，是現在；後際明暗復位，是未來。明教的神叫明使，也叫明尊，明王。[27]唐武後延載元年（公元694年）傳到唐朝，又傳到回鶻，回鶻政府和百姓極為尊信。[28]明教教規不設偶像，不祟拜鬼神，吃齋，禁止殺生，教徒穿白衣服，戴白帽子，天黑了才吃飯。[29]回鶻當時幫唐朝打仗有功，因此，回鶻人崇信的明教，唐朝也加意保護。[30]到9世紀中期，回鶻內亂，為唐軍所敗。武宗會昌五年（公元845年）禁止佛教，明教也被禁止了，教堂被封閉，不許傳播。[31]從此明教便成為秘密宗教，暗地裡在民間活動，吸收了佛教和道教許多東西，又滲入許多民間的原始信仰，成為雜七雜八的混合宗教了。
因為明教認為在現在階段，雖然黑暗勢力佔優勢，但是明王一定要出世，光明一定要戰勝黑暗，鼓勵革命，主張鬥爭，這種主張對於長期忍受地主階級的殘酷剝削、沒有受教育的機會、缺乏科學知識的農民來說，是極大的鼓舞和啟發，因之，明教教義深入民間，是被壓迫者、被剝削者的宗教，得到廣大農民的信仰和支持，成為組織農民起義的力量。五代時明教徒首先在陳州武裝起義，被政府軍打垮了。[32]一部分教徒逃到福建。北宋時福建南部是明教最重要的教區。明教的一部分經典，編入道教的《道藏》，安置在亳州的明道宮。[33]又從福州傳到浙江，光是溫州（今浙江永嘉縣和附近幾個縣）一地，就有明教齋堂四十多個，齋堂裡的長老叫行者，執事有侍者、聽者、姑婆、齋姊種種稱呼。[34]到南宋初年，已經發展到遍及淮南、兩浙、江東、江西一帶地方了。[35]教徒嚴格執行在密日（日曜日）吃齋，神的畫像是摩尼和夷數（耶穌），這兩個神都是高鼻子，窪眼睛，黃頭髮，鄉下人看了很稀奇，以為是魔鬼。以此，這教在教外人說起來是「吃菜事魔」，吃菜指的是吃齋，事魔指的是拜魔神，又叫作魔教。明教為了深入農村，廣泛吸引農民參加，提倡素食，薄葬，節省消費，同教的人互相幫助，大家湊錢來幫助新參加的和窮苦的教友。每逢初一、十五，出四十九文銅錢，給教頭燒香，錢匯齊後交給教主作教裡的經費。一家有事，同教的人有錢出錢，有力出力，萬一有人被捉去坐牢，也是大伙出錢幫著打官司。[36]做到了有組織，團結、互助和合作，又有一定的經費。貧苦的農民向來只有被官府、地主剝削、壓迫，虐待、奴役的分兒，如今有了這麼些和自己一樣的人，穿一樣的衣服，說一樣的話，誠心誠意來幫助自己，而且團結組織起來了，日後還大有好處，又怎麼會不參加？貧苦農民入教的愈來愈多，明教的教區也跟著擴大，明教的力量也就日漸強大起來了。暴動、武裝起義，各種反抗地主和官府的行動，就愈來愈多了。從北宋末年起，睦州（今浙江建德和附近幾個縣）、台州（今浙江臨海和附近幾個縣），衢州（今浙江衢縣和附近幾個縣），東陽（今浙江東陽），信州（今江西上饒和附近幾個縣），涇縣（今安徽涇縣）等地，都曾發生過明教徒的武裝革命鬥爭。[37]
但是，也正因為明教徒主張最後目標是明暗各復本位，互不侵擾，黑暗的力量在經過鬥爭後依然存在，對農民的剝削、壓迫、奴役的制度也依然存在，在領導思想上不但是折中的、妥協的、半途而廢的，而且，流血犧牲的結果，依然是地主對農民的統治，依然是階級對階級的壓迫，因之也就不能把革命進行到底，取得徹底的完全的勝利。歷史上所有這一類型的起義，都以失敗而告終。
明教又和民間流行的彌勒教、白蓮教兩種宗教混合。彌勒教和白蓮教都出於佛教的淨土宗，一個叫彌勒淨土，一個叫彌陀淨土。彌勒佛是佛教裡的著名人物。據佛教傳說，彌勒過去為王，對百姓慈育，是一個好國王。釋迦牟尼佛在世時，彌勒侍旁聽法，是個好學生。釋迦牟尼佛滅度（死）後五十六億七千萬歲，彌勒下降人世而成佛。[38]佛教諸經典都承認彌勒是遙遠世代後繼承釋迦的佛。並且說釋迦滅度後，世界變壞了，種種壞事，全都出現，不但氣候壞，莊稼收成壞，連人心也壞了，人們的生活苦到不能再苦。幸得釋迦牟尼佛在滅度前留下了話，再過若干年，彌勒佛就出世了，這個佛一出世，世界立刻變了樣子，土地又寬大，又乾淨，刺人的荊棘不見了，青青的山，綠油油的水，滿地鋪著金沙，到處是清汪汪的水池，碧森森的樹林，美麗的花朵，芬芳的香草，還有各種無名的寶貝。人心也變好了，搶著做好事，好事做多了，壽命也長了，太太平平過日子。人口一天天加多，城市越來越富庶了。種的稻、麥，下一次種子就有七次的收成，用不著拔草翻土，自會成熟。[39]自從出現這個美麗的神話故事以後，成千萬的農民都在期望這一天的到來，幾十年，幾百年過去了，依然在等待，在期望。一聽見什麼地方有彌勒佛出世的話，就搶著去參加起義。從隋、唐一直到宋、元，七八百年來，歷史上寫滿了彌勒教徒起義的記錄。關於彌勒佛若幹部經典的翻譯，早在兩晉時代已經開始，到南北朝時已發生很大影響。舉例說，那時候的風氣，和尚們化募了錢財，在山巖上挖洞雕刻佛像，一個山有好多洞，一個洞有好多大石佛，往往要費時幾年以至幾百年才能刻成。刻的佛像最多的就是彌勒佛和阿彌陀佛。經典的傳播，佛像的禮拜，傳說的鼓動，無數次彌勒佛降生的號召，使得這一神秘而又親切的名字為樸素的農民所熟悉、信任，成為組織、發動反抗當時統治階級的力量。信仰彌勒佛的人也穿白衣服，戴白帽子，也燒香。[40]也相信世界上有明和暗，好和壞兩種力量，大體上和後起的明教類似，結果這兩個教也就混合在一起了。
白蓮社供養的是阿彌陀佛，勸人念佛修行，多做好事，死後便可以到西方淨土白蓮池上，過快活日子。這個團體創始於5世紀初年，到12世紀前期，又加進了天台宗的格言，忌蔥乳，不殺，不飲酒，衍變成白蓮教。因為儀式和戒條都和明教彌勒教相近，到14世紀前期這三個秘密宗教就自然而然混合為一了。[41]
明教和彌勒教都不滿現狀，都主張改變現狀，都相信不久以後會有而且必然有更好或最好的世界出現。這幻想世界的出現有一個顯明的標識，就是「明王」或「彌勒佛」出世。這樣，明王或彌勒佛出世就成為煽動農民參加武裝革命最通俗、最簡明的號召了。這一號召有力地吸引了陷於貧困絕境的樸素、善良的農民，他們用竹竿、鋤頭武裝自己，進行英勇的不屈不撓的反抗暴力壓迫的正義鬥爭。雖然每一次的起義都被具有完善組織和強大威力的政府軍隊所鎮壓，他們失敗了，但是，農民是永遠不會屈服的，跌倒了，揩乾淨血跡，再爬起來，再反抗，永遠反抗下去，「野火燒不盡，春風吹又生」。只要封建壓迫存在一天，農民的各種形式的，特別是以武裝的革命反對武裝的反革命的鬥爭，便永不中止。在廣大被壓迫、被奴役農民的思想深處，儘管不懂得階級壓迫的道理，卻都痛恨地主、官僚的無情剝削、虐待，都憧憬著美麗而又富饒的遠景，相信總有一天會翻身，「明王」「彌勒」會出世！
遠在朱元璋出生前三年，元泰定二年（公元1325年）六月，息州人趙丑廝、郭菩薩就宣傳彌勒佛要來治理天下了。[42]十二年後，陳州人棒胡（閏兒）又宣稱彌勒佛已經降生了，燒香會齊教友，在汝寧府、信陽州武裝起義，打下歸德府、鹿邑，燒了陳州（陳州正是四百多年前明教徒起義的根據地）。[43]這年，朱元璋已經十歲了。第二年，元順帝至元四年戊寅（公元1338年）彌勒教徒周子旺在袁州起義。周子旺是袁州慈化寺和尚彭瑩玉[44]（又叫彭翼，敵人叫他妖彭）的徒弟，他們勸人念彌勒佛號，每晚點著火炬，燒香禮拜，口宣佛偈，信從的極多。教徒約定寅年寅月寅日寅時起兵，參加的人背上都寫一佛字，以為有佛爺保佑，刀兵都不能傷了。年月日時都湊齊了，周子旺自稱周王，改了年號，率領五千人起事。這一支沒有經過訓練的農民軍，剛一動手，就被地方軍隊殘酷地鎮壓了，周子旺被殺。彭瑩玉經常用礦泉水替附近農民治病，袁州老百姓當他是活神仙，爭著蔭蔽他。官府搜緝得緊，家鄉待不下去了，他只好逃亡到淮西。淮西地區老百姓早知道彭祖師的名聲，也搶著掩護他，便索性在淮西住下，秘密傳教，組織更大力量，準備再干。
朱元璋這幾年內所到的地方，息州、陳州、信陽和淮西流域，前三個是彌勒教徒起義失敗的場所，淮西流域則是彭瑩玉秘密傳教的地區。[45]