中國傳承下的《滕王閣序》的各版本多是以「南昌故郡，洪都新府，星分翼軫，地接衡廬......」作為開篇，然而，在日本皇宮發現了公元707年(日本慶雲四年，即滕王閣序創作後的26年)收藏的《滕王閣序》的抄本，在該抄本中，開篇卻是「豫章故郡，洪都新府，星分翼軫，地接衡廬……」，這也就是今天我們所使用的版本，專家們給出的解釋是，「豫章故郡」是原版，而「南昌故郡」只是為了避唐代宗李豫的諱，而作此修改。
「落霞與孤鶩齊飛，秋水共長天一色」，中國現行流通版《滕王閣序》的「孤鶩」，一隻野鴨，「孤鶩」必須成群才齊飛，單獨不可能齊飛，該處一直困擾歷史學家和文化學家的文壇懸案。而在日本皇宮的抄本，卻是「落霞與孤霧齊飛，秋水共長天一色。」對於「鶩」和「霧」由於一直沒有定論，所以還是使用原本「孤鶩」。