查理·包法利是個軍醫的兒子。他天資不高，但很勤勉、老實，為人懦弱無能。父親對教育不重視。他在十二歲是由母親為他爭得了上學的權利，後來當了醫生。這時他的父母又為他找了個每年有一千二百法郎收入的寡婦——杜比剋夫人做妻子，她已四十五歲了，又老又醜，“柴一樣幹，象春季發芽一樣一臉疙瘩”。但她因為有錢，並不缺少應選的夫婿。她和查理結婚後，便成了管束他的主人查理必須順從她的心思穿衣服，照她的吩咐逼迫欠款的病人；她拆閱他的信件，隔著板壁偷聽他給婦女看病。
一天，查理醫生接到一封緊急的信件，要他到拜爾斗給一個富裕農民盧歐先生治病，他的一條腿摔斷了。盧歐是個五十歲左右的矮胖子，他的太太二年前已去世了。家裡由她的獨生女愛瑪料理。這是個具有浪漫氣質的女孩子，面頰是玫瑰色*的，頭髮黑油油的，在腦後挽成一個大髻，眼睛很美麗，由於睫毛的緣故，棕顏色*彷彿是黑顏色*，她“朝你望來，毫無顧慮，有一種天真無邪膽大的神情”。她給查理留下了深刻的印象。查理給盧歐診治過後，答應他三天後再去拜訪，但到第二天他就去了。此後，他一星期去兩次。先後花了四十六天的時間，治好了盧歐的腿。
查理妻子同丈夫常上拜爾斗去。免不了要打聽病人的底細。當她知道盧歐小姐曾受過教育，懂得跳舞、地理、素描、刺繡和彈琴時，醋勁大發。她要丈夫把手放在彌撒書上，向她發誓，今後再也不去拜爾斗了。查理唯命是聽，照樣做了。但不久發生了一件意外的事，他妻子的財產保管人帶著她的現金逃跑了。查理的父母發現媳婦一年並沒有一千二百法郎的收入（她在訂婚的時候撒了謊），於是跑來和她吵鬧。她在一氣之下，吐血死了。
盧歐老爹給查理送診費來，當他知道查理的不幸後，便盡力安慰他，說自己也曾經歷過喪偶的痛苦。他邀請查理到拜爾斗去散散心。查理去了，並且愛上了愛瑪。他向盧歐老爹提親。盧歐感到查理不是理想的女婿，不過人家說他品行端正，省吃儉用，自然也不會太計較陪嫁，便答應了。開春後，查理和愛瑪按當地的風俗舉行了婚禮。
愛瑪十三歲進了修道院附設的寄宿女校唸書。她在那裡受著貴族式的教育。她愛教堂的花卉、宗教的音樂，並在浪漫主義小說的熏陶下成長。彼耶的小說《保耳與維爾吉妮》是她最喜愛的圖書之一。她夢想過小竹房子的生活，尤其是有位好心的小哥哥，情意纏綿，爬上比鐘樓還要高的大樹去摘紅果子，或者赤著腳在沙灘上跑，給你抱來一個鳥巢；她又“衷心尊敬那些出名或者不幸的婦女”，沉浸在羅漫蒂克的緬想中。一位在大革命前出身於貴族世家的老姑娘，每月到修道院做一星期女工，她向女生們講浪漫故事，而且衣袋裡總有一本傳奇小說。後來，愛瑪的母親死了，父親把她接回家去。
愛瑪結婚了，她終於得到了那種不可思議的愛情。在這以前，愛情彷彿是一隻玫瑰色*羽毛的巨鳥，可望而不可即，在詩的燦爛的天堂裡翱翔。婚後，她卻發覺查理是個平凡而又庸俗的人。他“談吐像人行道一樣平板，見解庸俗，如同來往行人一般衣著尋常，激不起情緒，也激不起笑或者夢想”。查理不會游泳、不會比劍，不會放槍。有一次愛瑪用傳奇小說中一個騎馬的術語問他，他竟瞠目不知所對。她悔恨自己為什麼要結婚！有時，她為了彌補感情上的空虛，她向查理吟誦她記得起來的情詩，一面吟，一面歎息。可是吟過之後，她發現自己如同吟唱前一樣平靜，而查理也沒有因此而感動，正如火刀敲石子，她這樣敲過之後，不見冒出一顆火星來。
不久，查理醫好了一位聲名顯赫的侯爵的口瘡。侯爵為答謝查理，他邀請查理夫婦到他的田莊渥畢薩爾去作客。查理夫婦坐著馬車去了。那是個有著意大利風格的莊園，房子很大，還有美麗的花園。愛瑪對侯爵家豪華的氣派，高雅的客人，珠光寶氣的舞會場面，一一感到入迷。一位風流瀟灑的子爵來邀她跳舞，給她留下了極深的印象。在回家的路上，她拾得了子爵的一個雪茄匣，又勾起了她對舞伴的懷念。回到家，她向女僕人發脾氣。她把雪茄匣藏起來，每當查理不在家時，她把它取出來，開了又開，看了又看，甚至還聞了襯裡的味道：一種雜有美女櫻和煙草的味道。她“希望死，又希望住到巴黎”。
渥畢薩爾之行，在愛瑪的生活上，鑿了一個洞眼，如同山上那些大裂縫，一陣狂風暴雨，一夜工夫，就成了這般模樣。她無可奈何，只得想開些。不過她參加舞會的漂亮衣著、緞鞋，她都虔誠地放入五斗櫃。“她的心也像它們一樣，和財富有過接觸之後，添了一些磨蹭不掉的東西”。愛瑪辭退了女傭人，不願意在道特住下去了。她對丈夫老是看不順眼。她變得懶散，“乖戾和任性*”。
查理怕引起愛瑪生病。他們從道特搬到永鎮居住。這是個通大路的村鎮，有一個古老的教堂和一條子彈射程那樣長的街。街上有金獅客店和引人注目的郝麥先生的藥房。郝麥是個藥劑師，戴一頂金墜小絨帽，穿一雙綠皮拖鞋，他那洋洋自得的臉上有幾顆細麻子，神氣就像掛在他頭上的柳條籠裡的金翅雀那樣。他經常愛自我吹噓，標榜自己是個無神論者，他沒有醫生執照，但私自給農民看病。愛瑪到永鎮那天，由郝麥和一個在律師那裡做練習生的賴昂陪著吃晚飯。
賴昂·都普意是個有著金黃頭髮的青年，金獅飯店包飯吃的房客。愛瑪和他初次見面便很談得來。他們有相同的志趣，而且都愛好旅行和音樂。此後，他們便經常在一道談天，議論浪漫主義的小說和時行的戲劇，並且“不斷地交換書籍和歌曲”。包法利先生難得妒忌，並不引以為怪。
愛瑪生了一個女孩，起名為白爾特。交給木匠的女人餵養。賴昂有時陪她一道去看女兒。他們日益接近起來，愛瑪生日時，賴昂送了一份厚禮，愛瑪也送給他一張毯子。
時裝商人勒樂，是個狡黠的做生意的能手，虛胖的臉上不留鬍鬚，彷彿抹了一道稀薄的甘草汁；一雙賊亮的小黑眼睛，襯上白頭髮，越發顯得靈活。他逢人脅肩諂笑，腰一直哈著，姿勢又像鞠躬，又像邀請。他看出愛瑪是個愛裝飾的“風雅的婦女”，便自動上門兜攬生意，並賒賬給她，滿足她各種虛榮的愛好。
愛瑪愛上了賴昂。她為了擺脫這一心思，轉而關心家務，把小白爾特也接回家來，並按時上教堂。她瘦了，面色*蒼白，像大理石一樣冰涼。有一次，她甚至想把心中的秘密在懺悔時向教士吐露，但她看到教士布爾尼賢俗不可耐，才沒有這樣做。她由於心情煩躁，把女兒推跌了，碰破了她的臉。賴昂也陷入愛情的羅網。他為了擺脫這一苦悶，便上巴黎念完法科的課程。臨別時，他和愛瑪依依惜別。他們都感到無限的惆悵。
愛瑪因煩惱生起病來。對賴昂的回憶成了她愁悶的中心。即使旅客在俄國大草原雪地上燃起的火堆，也比不上賴昂在她回憶中那麼明亮。一次，徐赦特的地主羅道耳弗·布朗皆來找包法利醫生替其馬伕放血。這是個風月場中的老手。約莫三十四歲光景，性*情粗野，思悟明敏。他有兩處莊田，新近又買下一個莊園，每年有一萬五千法郎以上的收入。他見愛瑪生得標緻，初見面便打下勾引她的壞主意。
羅道耳弗利用在永鎮舉辦州農業展覽會的機會接近愛瑪，為她當嚮導，向她傾吐衷曲，他把自己裝扮成一個沒有朋友、沒人關心，鬱悶到極點的可憐蟲。他說只要能得到一個真心相待他的人，他將克服一切困難，去達到目的。他們一同談到內地的庸俗，生活的窒悶，理想的毀滅……
展覽會揭幕典禮開始了，州行政委員廖萬坐著四輪大馬車姍姍來遲。這是個禿額頭，厚眼皮，臉色*灰白的人。他向群眾發佈演說，對“美麗祖國的現狀”進行了一番歌功頌德。他說目前法國“處處商業繁盛，藝術發達，處處興修新的道路，集體國家添了許多新的動脈，構成新的聯繫；我們偉大的工業中心又活躍起來；宗教加強鞏固，法光普照，我們的碼頭堆滿貨物……”他的演說聲和附近放牧的牛羊咩咩的叫聲連成一片，群眾還向他吐舌頭。會後，舉行了發獎儀式。zheng府把一枚值二十五法郎的銀質獎章頒發給一個“在一家田莊服務了五十四年”的老婦。那老婦一臉皺紋，乾瘦疲憊不堪。當她領到獎章後說：“我拿這送給我們的教堂堂長，給我作彌撒。”最後，又舉行了放焰火。愛瑪和羅道耳弗都不關心展覽會一幕幕滑稽劇的進行。他們只是借此機會說話兒，談天，直到出診的查理回來為止。
展覽會後，愛瑪已忘不了羅道耳弗了。而羅道耳弗卻有意過了六星期才去看她。他以關心愛瑪的健康為由，把自己的馬借給她騎。他們一同到野外散心。愛瑪經不起羅道耳弗的誘惑，做了他的情婦。他們瞞著包法利醫生常在一起幽會。這時，愛瑪感情發展到狂熱的程度，她要求羅道耳弗把她帶走，和他一同出奔。她和查理的母親也吵翻了。
然而，羅道耳弗完全是個口是心非的偽君子。他抱著玩弄女性*、逢場作戲的醜惡思想，欺騙了愛瑪的感情。他答應和她一同出逃，可是出逃那天，他托人送給愛瑪一封信。信中說，逃走對他們兩人都不合適，愛瑪終有一天會後悔的。他不願成為她後悔的原因；再說人世冷酷，逃到那兒都不免受到侮辱。因此，他要和她的愛情永別了。愛瑪氣得發昏，她的心跳得像大槓子撞城門一樣。傍晚，她看到羅道耳弗坐著馬車急駛過永鎮，去盧昂找他的情婦--一個女戲子去了。愛瑪當即暈倒。此後，她生了一場大病。病好後，她想痛改前非，重新生活。可是，這時又發生了另一場事。
藥劑師郝麥邀請包法利夫婦到盧昂去看戲。在劇場裡，愛瑪遇見了過去曾為之動情的練習生賴昂。現在，他在盧昂的一家事務所實習。於是，他們埋藏在心底多年的愛情種子又萌芽了。他們未看完戲，便跑到碼頭談天。這時，賴昂已不是初出茅廬的後生，而是一個有著充分社會經驗的人了。他一見面便想佔有愛瑪，並向她訴說離別後的痛苦。當愛瑪談到自己害了一場大病，差點死掉時，賴昂裝出十分悲傷的樣子。他說，他也 “羨慕墳墓的寧靜”，時常想到死，甚至有一天，他還立了個遺囑，吩咐別人在他死後，要用愛瑪送給他的那條漂亮的毯子裹著埋他。他極力慫恿愛瑪再留一天，去看完這場戲。包法利醫生因醫療事務先趕回永鎮去了。愛瑪留下來。於是她和賴昂便一同去參觀盧昂大教堂，坐著馬車在市內兜風。這樣，愛瑪和賴昂姘搭上了。
愛瑪回到永鎮後，借口到盧昂去學鋼琴，實際上，她是去和賴昂幽會。愛瑪再一次把自己的全部熱情傾注在賴昂身上，沉溺在恣情的享樂之中。為了不花銷，她背著丈夫向商人勒樂借債。
然而，賴昂和羅道耳弗一樣欺騙了愛瑪的感情。他漸漸地對愛瑪感到厭膩了。尤其是當他收到母親的來信和都包卡吉律師的解勸時，決定和愛瑪斷絕來往。因為這種曖昧的關係，將要影響他的前程。不久，他就要升為第一練習生了。於是，他開始迴避她。
正在這時，愛瑪接到法院的一張傳票。商人勒樂要逼她還債，法院限定愛瑪在二十四小時內，把全部八千法郎的借款還清，否則以家產抵押。愛瑪無奈去向勒樂求情，要他再寬限幾天，但他翻臉不認人，不肯變通。愛瑪去向賴昂求援，賴昂騙她借不到錢，躲開了。她去向律師居由曼借錢，可是這老鬼卻乘她眉急之際想佔有她。她氣憤地走了。最後，她想到徐赦特去找羅道耳弗幫助。羅道耳弗竟公然說他沒有錢。愛瑪受盡凌辱，心情萬分沉重。當她從羅道耳弗家出來時，感到牆在搖晃，天花板往下壓她。她走進一條悠長的林蔭道上，絆在隨風散開的枯葉堆上……回到家，愛瑪吞吃了砒霜。她想這樣一來“一切欺詐，卑鄙和折磨她的無數欲|望，都和她不相干了”。包法利醫生跪在她的床邊，她把手放在他的頭髮裡面，這種甜蜜的感覺，越發使醫生感到難過。愛瑪也感到對不起自己的丈夫。她對他說：“你是好人。”最後，她看了孩子一眼，痛苦地離開了這個世界。
為了償清債務，包法利醫生把全部家產都當光賣盡了。他在翻抽屜時，發現了妻子和賴昂的來往情書以及羅道耳弗的畫像。他傷心極了，好長時間都閉門不出。一次，他在市場上遇見了羅道耳弗，但他原諒了自己的情敵，認為“錯的是命”。他在承受了種種打擊之後，也死了。愛瑪遺下的女兒寄養在姨母家裡，後來進了紗廠。
包法利醫生死後，先後有三個醫生到永鎮開業，但都經不起郝麥拚命的排擠，沒有一個站得住腳。於是這位非法開業的藥劑師大走紅運，並獲得了zheng府頒發給他的十字勳章。