印順法師
藥師琉璃光如來本願功德經講記目次
懸論
一敘緣起
二釋經題
三明翻譯
正釋
甲一緣起分
乙一敘事證信
乙二禮請起說
甲二正宗分
乙一如來開示
丙一依正行願
丁一總標依正
丁二別陳行願
戊一行願
己一總說
己二別敘
庚一生佛平等願
庚二開曉事業願
庚三無盡資生願
庚四安立大道願
庚五戒行清淨願
庚六諸根具足願
庚七身心康樂願
庚八轉女成男願
庚九回邪歸正願
庚十從縛得脫願
庚十一得妙飲食願
庚十二得妙衣具願
己三總結
戊二果德
已一說略指廣
己二以西喻東
己三以伴贊主
丁三結勸往生
丙二善巧方便
丁一聞名憶念益
戊一離惡益
己一離慳貪吝惜惡
已二離毀犯見慢惡
己三離嫉妒誹謗惡
己四離斗訟咒詛惡
戊二得善益
己一得往生淨土益
己二得上生天國益
己三得還生人間益
己四得轉生丈夫益
丁二持咒治病益
戊一由願觀苦
戊二入定說咒
戊三持咒滅苦
戊四結勸受持
丁三供養受持益
戊一供養得護持益
己一修供養行
己二得護持益
庚一曼殊護持
庚二諸天護持
戊二受持得加被益
己一受持儀軌
己二受持效益
庚一獲福益
庚二免難益
辛一百怪出現難
辛二一切怖畏難
辛三內亂外患難
辛四毀犯墮落難
辛五女人生產難
丙三德行叵思
丁一信解難得
戊一問答決定
戊二信謗德失
戊三信解希有
丁二功德無盡
乙二菩薩宏傳
丙一開示宏通
丁一救病難以延命
戊一說延壽法
己一起說
己二正明
庚一病患垂危
庚二神識受報
庚三作福續命
庚四勵力行善
己三結勸
戊二明延壽儀
己一問
己二答
丁二救國難以延命
丁三救眾難以延命
丙二問答釋疑
丙三結勸修度
乙三藥叉誓護
甲三流通分
乙一阿難問名
乙二大眾奉行
藥師琉璃光如來本願功德經講記──民國四十三年秋講於台北善導寺──懸論
一敘緣起
藥師經，民國二十三年，太虛大師在寧波阿育王寺，曾講過一次，法緣極盛，當時還記下一部很好的講記。
我們的國家，多災多難，特別是今年，大陸鬧著空前未有的大水災。我們來宏揚藥師法門，是顯得最有意義的。因為種種災難，是由眾生業力所招感，佛教本著解救眾生苦難的慈悲立場，設有消災法門，使眾生消除業障，脫離災難。本寺九月將啟建藥師法會，為上至元首下及軍民人等祈禱，大家能消災延壽，免難得福。所以在法會之前，先講本經，瞭解得其中意義，將來大家參預法會，一方面仗三寶威力加被，一方面自己依法進修，才能真正達成消災免難的目的──此是講說本經的近因緣。
虛大師講說本經時，說有三大因緣：
一、近代人類重視現生安樂。現代人類所重視的是現實的人生，要求現實生活得理想、安樂。佛法所說的樂，有三種：
1.現法樂，2.後世樂，3.究竟解脫樂。
世間眾生有種種苦痛的煎迫，所以要求出苦，傾向安樂；而一般所希求的安樂，總不外乎現生樂、後世樂、或是究竟解脫樂。這因為，眾生的根性各異，生活於不同的時空裡，其所企求的安樂境界，也就有所不同。有的眾生傾向後有樂，有的眾生要求究竟解脫樂，而現代人類，則特別重視現法樂。釋尊開創佛教，其基本精神，是導致眾生同證究竟解脫樂，所以說佛法是出世的。
然眾生的要求不同，若但說究竟解脫樂，便不能普應那樂求不同的廣大眾生，因此釋迦佛又開示東方淨土的藥師法門，與西方淨土的彌陀法門。一般以為藥師佛是延生的，阿彌陀佛是度亡的，其實這是通俗的說法。若根據佛法的正義來說，東方藥師琉璃光如來的淨土法門，是適應一類眾生希求的現生樂；西方阿彌陀佛的淨土法門，則是適應另一類眾生所希求的後世樂。但這二者，都同以此為方便，引導趣入大乘，得究竟解脫為終極。
本來，無論西方極樂世界，或是東方淨琉璃世界，我們誰也不曉得，都是釋迦牟尼佛告訴我們才知道的，所以這都是釋尊大悲救世的善巧方便。為了引導要求現法樂的眾生，即示以東方藥師的淨土法門；為了引導要求後世樂的眾生，即示以阿彌陀佛的淨土法門，兩者同為圓滿究竟法門所流出的妙用。
大師所以要特別倡導這藥師法門，因一般佛教徒多偏重於西方的念佛法門，著重於死後的往生安樂土，每引起社會人士的誤解。其實佛法是本於釋尊的解脫樂，雙開東西二淨土，同宏現生後世樂。重現生樂的法門，事實上更適應於現代人類的根性，所以大師特為倡導，以適應現代人類，發揮佛法的大用。
二、東方淨土與中國：佛說：「從此西方過十萬億佛土，有世界名曰極樂」；同時又說：從「東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名曰淨琉璃」。釋尊開示了二大法門，固然東方西方的淨土，都有著真實意義，但釋尊出生於印度，即就我們這小小的世界來看，也是異常適合，富有深長意義的。如印度以西的人，多傾向類似彌陀淨土的思想；印度以東的人，又多類似藥師淨土的精神。這是說，從印度向西去，人民的宗教思想，無論回教或基督教，總是信仰一神，死後求生於天國，重於信仰及後法樂。故佛說西方淨土，不但十萬億土外的極樂，印度以西的國家，如轉穢為淨，也是極樂淨土式的，重視後生樂。自印度向東，如中國則不然，孔子說：「未知生，焉知死」。東方的文化思想，特別著重現生樂，實與藥師佛的淨土相近。所以此經最能適應中國人心。
三、依藥師淨土創建人間淨土：我們對於藥師法門，平時祗著重消災延壽，而不知藥師如來在過去生中，曾發菩提心，發廣大願，行大悲行，而後才成就無上佛果，成就清淨光明的琉璃世界。關於這，經裡說得極其詳細，我們參加藥師法會，應該一面祈求藥師如來恩德的加被，一面依佛因地所發的大願，所行的悲行，照著去躬行實踐，以資自淨化他，完成人間淨土。民國二十二年，戴季陶院長，於寶華山啟建藥師法會，領導大眾如藥師佛那樣發十二大願。如能依此大願去實行，不但個己小小災難可以消除，就是整個國家社會甚至整個世界，也可轉為莊嚴淨土。因藥師的東方淨土，即是依其本願功德而實現的。我們若能實踐此一法門，那末，我們這個充滿無邊苦難的惡濁世界，面臨危難的中華民國，不就可轉成清淨的淨琉璃世界嗎？所以我們聽講此經，應如此理解與實行，而祈求人間淨土的建立。
二釋經題
本經的經題，據佛說有三個名稱：
1.藥師琉璃光如來本願功德；
2.十二神將饒益有情結願神咒；
3.拔除一切業障。現在流通的本經，是以第一名稱為經題。因為拔一切業障，就是藥師如來本願功德的力量；十二神將的饒益有情，也只是護持藥師如來的功德法，而令有情獲得此功德的法益。所以以本攝末，立名為藥師琉璃光如來本願功德經。
「藥師」：現代談到藥師，祗是配藥的人，而古代卻不然，藥師與醫生的含義一樣。佛法中常稱佛陀為無上醫王或大藥師，因佛能治療一切眾生的種種疾病。經裡說：人的生理上有三種病──老、病、死；心理上也有三種病──貪、瞋、癡。大覺佛陀出世救濟眾生，即是為了拔除眾生身心的種種病患，故讚歎佛為大醫王、大藥師。我們不可把含有崇高意義的藥師一名，視為普通的配藥人。
什麼是病？什麼是藥？病，即是由於不調和所起的現象，如經說：「一大不調，百一病生」。人的身體，某一部份不調和，即會有病，更會影響到全身的不調和。心的不調也是這樣，我們心理若是有點反常現象，或是有了某種煩惱，便會牽連及全部精神的不安。如此說來，世間的病患就多了，從各個眾生的身心，而擴大到家國、社會乃至整個世界，莫不病患重重。如一個家庭，若父子夫妻兄弟姊妹不調和，此一家庭就是有病；一個團體中的組織分子不調和，此一團體也即有病；再擴大言之，政治不上軌道，是國家病；人類不相調協，是世界病。有病即有苦，所以種種災難，種種苦痛，無一不是導致於衝突不和而產生的病態。在個己方面，我們平常也許會自以為沒有病，其實依佛法說：「人生無有不病時」，不過微而不覺罷了。人生從來離不了病。我們既生而為人，則必定有身有心，有五臟六腑等生理組織，而這些組織因素，時時發生矛盾，時時都在病中。不過若能使它傾向於調和，調和的成分多，身體就稱為健康。從這個意義去看，世間的一切，有痛苦，有災難，即無非是病。
眾生有病，便需治之以藥。世間的醫藥以及政治法律等，都可說是藥；但在佛法中，藥就是佛法──法藥。唯有佛法方能療治一切疾病。剛才說，病有身心、家庭、團體、國家、世界等不同病態；凡能夠減除苦痛，使苦痛變成安樂的，都是藥，因此可說世間什麼都是藥，處處都有藥，不過我們不知，若懂得了就什麼皆可治病。過去有位學醫的，將要畢業的時候，醫師為欲考驗他的學力如何，便命他上山採藥，要他見了藥都採了來。結果他去了一天，仍然空手回來。醫師問他何故空手而歸？他說滿山的樹木花草，土石沙鑠，樣樣是藥；藥太多了，叫我從何采起！這是說，世間一切都是藥，都可以治病，問題在用藥的人是否理解藥性，會不會應病與藥。佛法是不定法，眾生有種種病，佛就用種種法藥去對治，因為佛法是依眾生的病而施設的，所以說眾生有八萬四千煩惱，佛說八萬四千法門。有了什麼病，就治以什麼藥，若拘執為這是藥那不是藥，那就離佛法遠了。
關於藥與病，已如上所說，現在再談能知病源能應用藥的人──藥師。佛法說有兩種藥師：一為小藥師，一為大藥師。小藥師的醫術不太高明，藥箱裡也祗有一兩樣藥，祗能治療一兩種病；大藥師就不同，他的藥箱裡具備了種種藥，應有盡有，而且醫術高明，能深察病情，精用藥物。這喻諸佛菩薩，圓具精深的智慧，宏偉的願力，廣大的悲行，有種種法門，種種的妙藥，眾生有什麼病即能治以什麼藥，千變萬化奇形怪狀的病患，配以千差萬殊的藥方，皆能運用自如，從無差錯；決非偏執一方一法的小藥師可比。
藥師治病，有標治與本治的不同，頭痛治頭，腳患醫腳，是標治；探究病源以徹底根除病患，是本治。頂好的醫治，是一面培養元氣，一面預防足以致病的因素，也即是治於未然，這才是上等治法。在心理方面，如教以正當知見，信因果，信三寶；在生理健康方面，教以重視衛生，勤於運動，善自調攝。身心若預先調好，根本不會生病。如果不預先防備，而待病發之後才用藥治好，已是下等治法。這雖是必需的，但到底不及前者。俗語說：「刀傷藥雖好，不割更妙」。講究治本的，是培養身心的健康，使各部平衡發展，消除疾病的因素。治家病、治國病，也如此。如病發生以後才去醫治，實已遲了一著。上等藥師無不標本兼治，問題還是在病人本身，如醫生教他注重衛生，預防病素，他不聽，結果才病倒下來。
佛給眾生治病，也有治標治本二法。歸依三寶之後，能依教法而按步進修，從願行中慢慢地體驗。種種煩惱，種種苦痛，自然就會由減少而終至完全根絕，以達最高理想的實現。但普通人不能如此，不知平時進修，善的不保留，不擴充；壞的不減除，反而與日俱增。身心不知調攝，家事不善處置，國事不善治理，弄得毛病發作，痛苦無邊！佛法為救治眾生身心的種種病苦，故有消災免難的標治法門。在病人，雖不免被譏為：「平時不燒香，臨時抱佛腳」。然能猛自回頭，急求三寶加被，還不失消災得樂的時機。只怕不認病，不求醫，那才死而後已。所以，能切實依教奉行，苦難不消而自消，福慧不增而自增。欲求免難延壽消災障，大家要奉行本標兼治。
依照佛陀治病的方便，還可分為二：一正治，二奇治。正治，是一般的治療法；奇治，是特殊的治療法。毒藥是害人的，但真正的名醫，砒石也可當藥，這是特殊的奇治。但奇治不易，每會發生危險，而一般的治法則較為穩當、安全，不致引生意外。佛的治法也有正常道和特殊辦法，如佛說無我，是根本正治；但有些眾生不能瞭解，心生恐怖，或是曲解佛意，抹煞因果，向惡拒善，佛於是不得不又說有我，以正其偏弊。這類正用反用，種種慈濟眾生的方便，不勝枚舉。總之，全視眾生患何種病，即治以何種藥。正路雖遠而平坦易行，曲道雖近而崎嶇危險。這點，修學佛法的人，非首先瞭解不可。
藥師，本可為一切佛的通稱，佛都能善治眾生病的。佛體察眾生的種種病情，能施設運用種種法藥──八萬四千法門，即是八萬四千法藥。如作大類的分別：有人天法藥，小乘法藥，以及自利利他的菩薩法藥等。約此意義，一切諸佛都是無上醫王，都是大藥師。不過東方淨土的如來，特別重視消災免難，特重於治理眾生身病，所以特以藥師為名。究竟的無上的藥師，唯是佛陀，而佛弟子依佛教法修學，或自學，或講說以利化，多少學習了佛陀的法藥，多少救治眾生的病苦，也可以稱為藥師。
「琉璃光」：也是東方佛的名字。此中所說的琉璃，不是琉璃燈、琉璃瓦等琉璃，而是梵語薜琉璃的略譯，是一種寶物。顏色如萬里無雲的碧空，又如澄清深徹的海水；體質堅固，如金剛石，為極希有的珍寶。這是以琉璃寶的光輝、明淨，而比喻佛德，所以東方藥師佛，又以琉璃光為名。
琉璃寶，或釋作遠山寶。依佛教說，我們的這一世界，當中是須彌山，山的周圍有四大部洲，須彌山的四峰皆是寶類所成。南贍部洲所對的山峰，即琉璃寶[P12]積聚而成。此寶山光輝映入空際，遂呈青色，故琉璃義譯為遠山寶。現代科學家，對於天空何以會呈現青色，當然有他的解說。而佛出印度，取印度當時的見解，解說為由於琉璃寶光的反映。
佛與菩薩，皆是依德立名。但佛德崇高，沒有完美適當的，所以只能從佛（自利或利他）德的某特性，或用譬喻來勉強詮示。如須彌山王佛，是以巍峨高大的山王，比擬佛德的偉大崇高；如栴檀香佛，因佛的德香遠聞，故以栴檀香立名；又如雷音王佛，形容佛的法音遠震，如空中的雷音一樣，震撼世界。佛的名號，以德或從譬喻安立，這裡的琉璃光，也是從比類來贊佛的德性。
琉璃光的含義，現在略說兩點：
一、依眾生的心境說。本經以東方佛土為淨琉璃世界，佛名琉璃光如來；輔佛宣揚正法的，是日光遍照和月光遍照二菩薩。前面說過，琉璃寶即是遠山寶，琉璃光系由遠山寶映現於空際的光彩；而今此二菩薩，以名喻德，當然如日月行空，普照一切。眾生──人類在生死輪迴的過程中，都有一種向上向光明的趣向和要求；佛陀隨應眾生的心境，也就以明淨的青天與日月，表徵如來的德性。向上向光明的趣求，是人類普偏而本能的共同希望；佛教，固然是傾向於真理與光明，即一般的低級宗教，也同樣向上向光明的。多神教中，崇拜太陽、月亮；基督教的上帝，雖說無形無像，而見上帝的也是赫赫的光明；又如印度宗教有天的崇拜，天（梵語提婆）的意義，也就是光明。所以人類對於日月光輝或明淨空界的景仰，只是渴求光明與明淨的內心表現。人類的本性便是向光明的，不過如知識幼稚的，信（太陽月亮）神，信鬼，而不能自覺景仰光明的真實意義──歸向於佛陀，引發而實現佛性的明淨。所以藥師法門，即以青天與日月的光明，表徵佛菩薩的功德，顯示人類最高的理想界。
世間的光明，無過於日光和月光。此二種光明，同是清淨的，象徵希望與幸福的。然多少也有些不同，大致說來，日光是溫暖的，富有熱力的，一切的一切，在日光朗照下，都能明顯地發露出來。這喻如智慧的光明，能給予世間以熱力，能透過蒙昧，灼照一切，通達世出世法的真相。月光呢，它是清涼的，安寧的，幽靜的；它在黑夜中放出皎潔清輝，引導人們走上正路，避諸險難，具有大悲慈濟的意義。太陽光給人以熱力、光明、幸福和希望；月亮給人以清涼、安寧、幽靜的境界。光和熱，能夠激發我們奮發向上；而清涼與寧靜，足以陶冶我們的性靈，獲得自在與安定──這都為人生所必須的。
現實世界，人人都有傾向光明的意欲，人生要有光明的人生，社會也要有光明的社會。中國古有「光天化日」四字，形容光明的社會。現在中華民國，以青天白日滿地紅的標幟為國旗，象徵著我們的國家民族，將在青天白日之下自由平等地過著光明幸福的生活。唐朝武則天皇帝，有以佛教思想導入政治的抱負；她想使政治走上正軌，人民得以過著幸福康樂的生活，所以她特別造了「曌」字，作為自己的名號；「曌」讀為照，便是日月臨空的意思。由此可見她是怎樣地憧憬著光明幸福的遠景！然而，以上所列舉的是一般人類的光明傾向；真能引導我們達到終極目標，使我們達到究竟的光明的人生境地，唯是佛法。故唯有大家向佛法的大道上走，才能完成究竟圓滿的人生，才能使我們達於永久光明、無限光明的境界。
二、約佛陀的證境說：佛的自證境界，本是不可以心思口議，平等平等，無有差別，離一切相的。約從離無明暗翳而顯證說，稱佛的自證境界為最清淨法界，猶如淨虛空；或稱畢竟空，或稱空性，都從現證的真性說。琉璃光，即佛的自覺境界。如如智契如如理，在平等一法界中，顯發無邊光明（清淨功德），朗耀皎潔，平等無差別，不是混混沌沌黑漆一團，故喻佛的自證境為琉璃光。佛果的圓滿境界，實在不可思議，不可言說，所以經中每以菩薩的因德，表達如來的果德。如毗盧遮那佛（也是光明遍照意），以文殊、普賢二大士，表彰佛陀的大智與大行。或以四大菩薩，表彰佛的悲（觀音）、智（文殊）、行（普賢）、願（地藏）。本經以日光遍照、月光遍照二菩薩，表彰藥師佛的大智慧（日）與大慈悲（月），如日月光輝的遍照世間，普濟一切。如來所有的無量無邊功德，在這二大菩薩的德性中，充分的表現出來。
因此，藥師佛又名琉璃光，他的國土是淨琉璃世界，菩薩為日月光遍照，是具此一番深義的。東方淨琉璃世界，表佛現證的清淨法界；琉璃光，表無上菩提契證法界的德性；琉璃光（青天）是本體，日月運行於青天，放播光明，可說為從琉璃光而起的妙用。中國人一向重視太陽，對月亮卻缺乏欣賞，所以重視溫暖，熱力，光明，希望，而說「光天化日」等。然印度卻特別對月亮發生興趣，「印度」，即可解說為月亮；印度的文化思想（佛教也在內），皆特重於寧靜、清涼的特德。近年來，世界局勢越來越緊張，文化思潮愈來愈洶湧，寧靜清涼的人生性德，也就越來越沒落了。本來，動與靜；熱烈與安靜，強光與微明，溫暖與清涼，應互相協調而求平衡，這對於人性的發展，世局的安定，都是十分切需的。我們學佛，從凡夫到達聖者──佛的境界，必發揮這兩面的德性；對治人世的囂狂凌亂，應重視清涼與寧靜。藥師琉璃光如來，對此有著充分的圓滿的表現，所以，能為人世一切苦難病患的救治者。
次解「如來」：藥師琉璃光是一佛的專名，如來是諸佛的通名，凡證獲無上佛果的，皆可通稱如來。梵語怛陀阿伽陀，有三義：即如來、如解、如說。一、如來，如，是一模一樣，沒有差別的意思。菩薩到了功行圓滿，以最高的智慧，體證了究竟的真理，此真理就是如；佛是契此平等不二真如而來，故名如來。二[P17]、如解，佛有無上的智慧，對世出世間的一切法相，無不正確通達，毫無顛倒錯亂，如法的實相而解了，是名如解。三、如說，佛陀不僅是解悟正確，就是說法也如實而說。應該如何說就如何說，有如實說有，無如實說無，說得都恰到好處，故經裡稱佛為實語者，如語者，不誑語者，不異語者。如來、如解、如說，是佛陀所有的功德；譯者因不能遍譯三義，所以都譯為如來。
「本願功德」：願是願欲，本願即菩薩因地所發的弘願。修學佛法，以發願為先，可說為成佛的根本。菩薩在因地所發誓願，有通有別，如願成佛道，願度眾生；及「眾生無邊誓願度」等四弘誓願，名為通願，是每一菩薩都如此發的。如阿彌陀佛在因地中發四十八願，藥師佛因地的十二大願，便是別願。大家別誤會，以為發願多，功德就大，發願少，功德就小；要知道諸佛願力，是平等平等的。願是凡夫趨證佛果的動力，若無願，便什麼也不得成。不獨修學大乘法門，即學小乘法，無願也同樣不能成就。
所以修學菩薩，首先必須立定志願，然後從願起行，依行得證。阿彌陀佛和藥師佛在菩薩因地，發廣大願；行到目的地時，願也就圓滿成就了。本經題但出本願功德，而經裡卻說到廣大行，可見行是實踐志願的心要了。我們每天都發願，但大都發願而不能付諸實行，所以不能實現學佛──自利利人的目的。
功德，不但是在寺院裡做些佛事。功是功力，如行佈施、持戒、忍辱、禮佛、坐禪等。都要有一番功力。德即是得，修行而得成績，做一分得一分，名為功德。依本願去實踐，所成就的功德，稱為本願功德。
「經」：梵語修多羅，本義為貫串攝持的線。釋尊在世，隨機說法，現今集成為一段一章，一部部的經典，是佛滅度後，弟子們結集成的。各類的法門，有組織地貫串起來，像一朵朵的花，用線貫穿而成花鬘，便不會散失。經也這樣，佛在世時隨時隨地說法，若不加以編集，就難得保存於久遠了。佛說的法，是究竟的真理與德行，可給我們永久學習，永久依循，所以經又含有恆常法則的意義。佛說的名為經，佛弟子的述說，不名經而名論，這是表示尊重佛說。如中國古典而有價值的，如書、詩、易等，也叫做經。
以上，對經題作分別的解釋，現在把它綜合起來：經是一切佛經的總名，是能詮教法；藥師琉璃光如來本願功德，是本經的別名，是所詮表的理行果法。所詮法中，本願功德，約因地行願說；藥師琉璃光如來，約果德說。果德中，如來，是一切佛的通稱；藥師琉璃光，是本經東方佛土教主的別名。別名中，藥師喻佛的大慈悲；琉璃光顯佛的大智慧。經題有因、果，悲、智；下面經文，即對於悲智因果等，作圓滿的開示。
三明翻譯
佛法雖說在不同的區域，為不同的眾生說，但釋尊出生於印度，一切佛經都是以印度文字集錄的。以印度文編成的經典，必須譯成國文，我們始能理解。所以從事譯經工作，極為重要，過去多少大德，都獻身為譯經事業而努力。像本經的譯者玄奘三藏，在我國的翻譯史上，就有輝煌的功績。
本經傳來中國，共有五次翻譯。第一譯，為東晉帛屍梨密多羅三藏所譯，經名「佛說灌頂拔除過罪生死得度經」。唯此並無單行本，系附於佛說灌頂大神咒經中；灌頂經屬於密部的法典，有十二卷，本經為最後一卷。屍梨密多羅，此雲吉祥友；帛，是龜茲國的王家姓，所以帛屍梨密多羅三藏，大抵是龜茲國人。第二譯，是劉宋慧簡法師所譯，名為「藥師琉璃光經」，今已失傳。據古人說，此譯文義，並不十分圓滿。第三譯，為隋煬帝時達磨笈多譯，名「佛說藥師如來本願經」，經本現存。達磨笈多，此雲法藏或法護，他曾譯無著的『攝大乘論』、『金剛經論』，可說是一位唯識學者。但非他一人獨譯，還有助譯人，所以題作達磨笈多等譯。第四譯，就是現今的講本，系唐朝玄奘三藏所譯。第五譯，是唐武則天時代的義淨法師所譯，大約遲奘法師二三十年。義淨法師從廣州出發，循海路經越南、錫蘭等地，也經歷許多艱難始達印度，遍訪全印的著名學者；回國後譯出此經，名「佛說藥師琉璃光七佛如來本願功德經」，共二卷，內容較前四譯為廣。
現在所據的講本，是玄奘法師譯的。談到奘法師，可說婦孺皆知，不過一般對於奘師的傳聞，大多從西遊記中得來，離奇怪誕而不符史實。我們要知正確可靠的歷史，可讀藏經中的慈恩三藏傳。奘師河南人，出家後遍參名德，研究經論，發現中國傳譯的經典有許多出入，義理也有可疑處，使後學者無從依據。為要從印度探求圓滿的佛法，於是毅然遠遊印度，在印留學十七年，到過一百多個國家，遍學大小聖典，至唐太宗貞觀十九年，始負經歸國。當時，上自皇室，下至庶民，無不熱烈歡迎，恭敬禮拜。歸國後，即致力於譯事，譯出了大量的經典，為譯經史上寫下不可磨滅的一頁！
西遊記說，唐僧西天取經，曾歷九九八十一難，吃盡人間辛苦。事實雖不如此，但在往返的旅途中，經沙漠，越高嶺，確也吃了不少苦頭。像奘法師等古德，為什麼要受盡那許多艱辛險難，而到印度去求經？這因為，他知道佛法能夠救濟眾生，使眾生離苦得樂；因此，他不避險難，置生死於度外，由大悲心的驅使，希望成就眾生，就是犧牲了自己也無所謂。古詩云：「去者成百歸無十」，可見取經的艱難危險！所以譯出的經典，完全是古德用自己的生命換來的，我們現在能夠讀到這些聖典，應該飲水思源，感念古德的恩德。
「唐」是唐朝，國王姓李。「三藏」是經、律、論三藏，奘法師能博通三藏教典，故尊稱為三藏「法師」。此經是奉皇帝的意旨而譯出來的，所以又說「奉詔譯」。
現在要略辨五譯的同異：本經的前四譯，大致相同，祗有義淨譯稍異。前者祗說藥師淨土，義淨譯則有七佛淨土。如說：「東方去此，過四殑伽河沙佛土，有世界名曰無勝，佛號善名稱吉祥王如來。」乃至「東方去此，過九殑伽沙佛土，有世界名善住寶海，佛號法海勝慧遊戲神通如來。」這其中六段，都與前四譯不同。到了說到藥師如來的淨土，就與四譯相同。但同中又有稍異：
一、前四種譯本，在佛宣說神咒之後，祗說大眾得聞藥師佛名而獲利益，義淨譯則說聞七佛名而得益。
二、義淨譯藥叉神將聞了七佛名號發願護法，及時諸人眾起，七佛應召來會證明其事等文，為其餘譯本所無。
三、義淨譯多了七佛說咒，名定力琉璃光。
四、奘譯沒有金剛及梵釋諸天各說咒語。現存所依的玄奘譯本，其中藥師如來所說的神咒一段，也是從義譯錄出而插進去的。但帛屍梨密多羅所譯也有咒語，不過不是在當中，而是附於經末。
關於這點，太虛大師曾有論到：佛法，不獨小乘，即大乘也是因地而異，因時而異。比方佛滅度百年後，小乘蓬勃，大乘隱晦；從五百至八百年間，大乘盛行，密教還不大興盛；後來才慢慢活躍起來。這是因時而異。第一譯者帛屍梨密多羅三藏，是龜茲人；密法早就流傳在龜茲，所以他就編譯大灌頂神咒經。義淨到印度時，正是印度密典盛行的時代，故義淨三藏譯出的本典，密宗的色彩較重，奘公及達磨笈多等則較少。
這裡附帶一談淨土法門與秘密法門的關係。在過去，有些淨土行者，不滿意密教；而密教學者，也多少輕視淨土；其實淨與密，關係最為密切，其性質也最為接近。比方本經，若除卻咒語，便純粹是淨土法門；加上了咒語，便又通於密部。
又如阿彌陀經，是純淨土法典；但如「拔一切業障根本得生淨土陀羅尼」，也就通於密部。這與本經相同，本經藥師所說咒，也是拔除一切業障。還有，不論淨土或秘密教，佛或本尊，其加被力最受重視。如阿彌陀佛的願力，或藥師如來的本願力，都極重要；而行者對於佛或本尊的不可思議力，更須要具足充分的信心，絕不容許有絲毫的疑念。又密部的唸咒和淨土的念佛，同是以口發音聲，作為修行的方便。密宗修觀，觀想其崇拜的對象──本尊，如大日如來、觀音、文殊等菩薩；不動、閻鬘德迦等金剛，到觀行成就，本尊現前，即可與自己晤談，開示法語。淨土法門的念佛觀修成，佛也同樣可以現前，如般舟三昧經說。這二類法門，非常相近。如現講的藥師經，教我們誦經，念佛，或持咒，可說都是屬於顯教的修行法。金剛智，不空，一行三藏等密教大師，都曾有藥師儀軌；所以本經，通於淨土及秘密法門，通於顯、密二教。
正釋
甲一緣起分
乙一敘事證信
如是我聞：一時薄伽梵游化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下。
本經全文，分三大科：即緣起、正宗、流通三分。敘述佛說此經的因緣，是緣起分。由此而引起開示全經的中心主題，為正宗分。佛說法，不但是為了當前的聽眾，且遠為未來的眾生，所以還要囑咐流通，化化不絕，是流通分。
緣起分中，又分敘事證信與禮請起說，通常稱為通序與別序。敘事證信，是敘述佛在何時何地為何等人開示此一法門，以及當時在場聽眾共有若干，以表示結集經典的人，確曾從佛聽來，不是妄自杜撰，這才能取得後人的信仰。智度論說：『說時、方、人，為令人生信故』。如現代的會議記錄，必記下時間、地點、出席人數及其議案，以示有史實可稽。佛教聖典，不像外道經書，說不出出處，而假藉以天降，或是從山洞裡得來，甚至說是由乩壇裡扶乩得來！
「如是我聞」，明所聞的法門。是說：如此之法──這部經典，是我（結集者）親自聽來的。這是佛入滅後，弟子結集經典時所按的。佛當時說法，不像現代有筆記或錄音，大家都是從佛那裡聽來的；在結集時，阿難或其他同人，不管結集到那一部經，開頭總是說『如是我聞』，用以表示從佛得來。這本是淺而易懂的，然古德每每因淺解深，所以有很多解釋。現在簡單地說：如，約義理方面說，佛所說的，是不異法，其義理絕無兩樣，所以稱如；而顯義文字，能恰當地吻合義理，故說是；文義都正確而無差錯，名為如是。聞本是耳聞，但僅依耳根，實不能成聞，必須有意識以及其他因緣同時俱起，才能發生聽聞瞭解的功用。依世俗諦說，六根六識的總和，假名為我；假我是總，根識是別。所以現在廢別立總，不說耳聞而說我聞。
或許有人發生疑問，以為佛法既說無我，此中為什麼又說我聞？世人不明佛法，發生這類的疑難，著實不少。從前有位聰明小沙彌，讀誦心經，讀到『無眼耳鼻舌身意』時，不覺懷疑起來，就到師父那裡，摸摸自己的眼睛、耳朵、鼻子，問師父是什麼？師父說：眼睛、耳朵、鼻子都不知道嗎？他說：既然我的眼睛、耳朵好端端的，為什麼經裡說無眼耳鼻舌呢？結果師父也無從回答。又古代有位德山法師，善講金剛經。他背著金剛經註疏去參訪，路旁見一老婆婆在賣點心，便歇下來，打算買些點心充飢。老婆婆問他包裡是什麼？他說是『金剛經疏』。老婆婆又問：金剛經說：『過去心不可得，現在心不可得，未來心不可得』，那你到底想點的那個心？德山無以為答，便把經疏燒掉。
佛經說無眼耳鼻舌身意，說三心不可得，而事實上，這種種（根）身心之法，卻又顯然而存在的；同樣地，佛法儘管說無我，而在世俗諦中，因緣和合的假我，卻又是不可否定的。這在一般人似乎是矛盾而不可理解。須知五蘊假合的我，與空無我性的我，其含義是迥然不同的。我們的意識中，總覺得有個我，運動於時空中，而且是常住不變、獨立而自主存在的。這樣的我，是神我，自性我，佛法否定了它，所以說無我。因為從頭至足，從物質到精神，任憑怎樣去尋求，都沒有絲毫的自性可得，故『無眼耳鼻舌身意』，『無我無眾生』。然而五蘊和合，心身所起的統一作用，卻是有的，雖有而如幻如化；這幻化不實的和合相，即假名為我。假名我，不但凡夫有，即聲聞聖者也無例外。有人問佛：阿羅漢可否說我？佛說：可以。假我雖有，但不同凡夫錯覺中的實我，和外道妄執的常我、神我。明乎此，佛法的說我與無我，說眼耳鼻舌與無眼耳鼻舌，並不矛盾，於真俗二諦，才能融通無礙。
「一時」，指說法的時間。這是從法會開始，到法會圓滿的那一個時候。所以不說某年某月某日，因為佛法要流傳到各國去，各地的時間不同，如中國夜間九時，美國便是清晨了；又如陰曆陽曆，也相差很遠，實在無法確]指，所以祗泛稱一時。
「薄伽梵」，是佛陀的尊稱，義譯為世尊，指說法主──釋迦牟尼佛。因含有吉祥、端嚴、熾盛等多義，所以多含不翻，仍保存它的原音。今就其本義，略述兩點：
一、薄伽梵是巧分別：佛能善巧分別諸法相，即對宇宙人生的真相，無不徹底通達，了了明達，雖說一切法相，而不違第一義諦，故稱為巧分別。
二、能破：眾生無始以來，受了根本無明以及種種煩惱的蒙蔽與纏縛，從來沒有獲得真正的解脫和自由；小乘聲聞，大乘菩薩，雖都在解脫道上，但尚未到達究竟目的。唯有大覺佛陀，徹底斷盡一切無明煩惱，證得一切智智，真正獲得了大自在，大解脫，所以尊稱佛為薄伽梵。
「游化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下」。這是說法的地方。佛陀，永遠是顧念著眾生的苦厄和災難，所以經常的往來恆河一帶，遊行教化，使無量無數的苦惱眾生，都能沾法雨的潤澤。不但佛陀如此，即當時的佛弟子們，也都經常到諸方去游化的。後代的出家佛子，每歡喜坐化一方，這容易發生問題。因為一地方住久了，漸漸就把寺院，產業，甚至佛教信眾，看作己有。同時，資生物件也越來越多，貪染心也便越加滋長，不知覺地陷入利慾深淵，而不能自拔。故為利濟眾生想，節制自我的私慾想，佛陀特別注重遊化諸方。
廣嚴城，是梵語毗捨離的義譯。因為土地廣，文化高，物產富，人民的生活都安樂舒適，故名廣嚴。據今學者考證，此城在恆河以北巴特那地方。廣嚴城是總名，佛住的地方，是城外郊區的樂音樹下。佛說法沒有一定的處所，有時在莊嚴寬敞的大廈，有時則在幽靜的樹林間。此地所說的樂音樹，不止一棵兩棵，應該是樂音林。因為樹多，大家坐在林下聽法。微風吹動枝葉，便作種種自然音聲，猶如奏樂，所以叫做樂音樹。
與大苾芻眾八千人俱；菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍八部，人非人等，無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
這是列舉聽法的大眾。本經為大乘教典，普為一切眾生逗機啟教，所以所列舉的，有聲聞眾、菩薩眾、人天眾等。佛為眾生開示法門，圓滿究竟而又廣大普及的。如大根器的眾生，聽了得大益；小根器的聽了得小益。所以佛法的分別大小等類，實以行者的發心和願行為主；若行願廣大悲切，處處以利濟眾生為前提，即是大乘；若行願偏狹，時時以自了生死為大事，則為小乘；如於本經，若但求免難消災，人天福報，不厭生死，而以世間欲樂為目的，便是人天乘。
釋尊宣說本經時，第一類聽眾，是「苾芻眾」，即行聲聞法、證阿羅漢果的小乘人。這應有四眾──比丘、比丘尼、沙彌、沙彌尼，或加式叉摩那為五眾，不過出家眾以比丘為主體，故特舉為聲聞乘的代表。苾芻，即比丘的異譯，其主要意義為乞士。出家比丘過的是乞士生活，無論衣、食、住等，依信徒的佈施來維持；同時又從佛乞法。這樣，一方面向施主乞食以維持色身，另方面從佛乞法以養慧命，故名比丘──乞士。
「與」會的比丘眾，有「八千人」，其實不止此數，這不過約「大」比丘說。大，不是年齡老大，而是指那能精勤修學，業已斷盡一切煩惱，證得無學阿羅漢果的聖者。眾是眾多，比丘過著團體生活，團體非一人二人，所以每稱比丘為眾──僧。現在，這許多大比丘們，「俱」集在一個地方──樂音樹下，共聽佛的說法。這並非一群烏合之眾；他們有著同一的知見，同一的戒守，同一的意志，大家一心一德，共住一處，為法修行，過著和樂清淨的僧團生活。
第二類聽眾，是「三萬六千」的「菩薩摩訶薩」；此為修學大乘法門的菩薩眾。大乘與小乘的界說，極簡單明確，如專為獨善的，自了生死的，便是小乘；若不僅獨善其身，而兼度一切眾生的，即為大乘。菩薩為梵語菩提薩埵的簡譯，此譯覺（菩提）有情（薩埵）。凡有生命活動的，有情識作用的，在生死輪迴中的，不論是天、人、鬼、畜、地獄，通是有情。菩薩有高度的智慧，是有覺悟分的有情，也即是有情中的覺悟者。又，在修學過程中，菩薩一面上求佛道，一面下化眾生。佛的大菩提，眾生──甚至小乘行者，不知希求，唯有菩薩知道希求；同時，眾生的無邊苦痛，也唯有菩薩肯發心伸垂救之手，給予援助，使眾生獲清涼法味。這是約上求與下化，智慧與慈悲，而說名菩薩。
一聽說菩薩，大家就會聯想到曼殊、普賢、觀音、地藏等大菩薩，其實菩薩是有大小和淺深的。我們如肯學菩薩上求下化的精神，我們當下就已經是菩薩了，不過是初發心菩薩。由淺至深，從小至大，如小學一年級到大學，同樣名為學生，祗是學力的差別而已。所以，如人人能上求下化，人人都發菩提心，行菩薩行，人人即是菩薩。菩薩的名稱極通泛，但此處所說的三萬六千菩薩，是指的大菩薩──摩訶薩。摩訶是大，薩即薩埵（有情），合稱大有情。經裡說，大菩薩於一切眾生中，最為上首，是人中的領導者；有高超的智慧，深切的悲心，廣大的行願，成就了無邊淨功德法，所以說是大有情。如曼殊、觀音等初地以上的菩薩，都是此中所指的大菩薩。除了三萬六千大菩薩而外，應該還有許多十信、十住、十行、十回向等位次菩薩，也在會聽法。藥師法會的大菩薩，有三萬六千，比起八千眾的大比丘，超過多多，可見學大乘法門的多於小乘。
「及國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍八部，人、非人等，無量大眾」。這是第三類的人天眾。也可以說是大乘或小乘根性的未決定者。人中，此處舉四類：
1.國王：王為自在義，於國政權衡，有著自由自主的決定作用，故名為王。這通指一國的領袖、元首、主席、總統等。
2.大臣：是國王的助手，協助國王處理國家政務，和衛國安民的要員，如現代政府中的院長、部長之類。
3.婆羅門：譯為淨行，是印度四階級之一，他們不事耕種，不做生意，也不做工，專門執行祭祀的職務。印度極重視祭祀，而祭祀也有一定祭法，必須聘請專門人材──祭師，方能如法舉行。因此，印度社會，就產生一種地位極高的宗教師階級──婆羅門階級。
4.居士：印度社會的第三階級，叫做吠捨，也就是一種自由民，其中富有的，有地位的紳士，即被稱為居士。以現代說，他們是屬於資產階級，是地主，或工商界的實業鉅子。中國每稱在家學佛的人為居士，這是不符印度居士本義的，不過現在已成了習慣，也就通行而解說為居家之士。以上的王、臣、婆羅門及居士，祗是由四姓階級中，舉出有力量有地位的人，作為人眾的代表，其他參預法會的，當然還不少。
天龍八部，屬於天眾。然而既說是天，何以又有龍等八部？因為，天有高級和低級的分別，有些鬼畜，因為福報大，得以受生天上，受天的統攝，所以也算是天眾。八部各有名稱（下文再詳），今但提出天、龍二名為代表。天，即光明之義，指空界中的神明。依佛法說，有二十八天。關於龍的傳說，印度與中國大致相同。據說，龍的形態跟蛇差不多，而魚和蝦蟆也可化為龍。這個世界的下雨、落雪、降冰雹，都與龍有關。龍等八部，都是守護佛的神將。如中國的寺院中，一進山門就有威風凜凜的四大天王，或二大金剛的神像，站崗一般的鎮守著。這是善的護法神。八部中，也有性情暴戾、善於搗亂的不良分子，那是沒有受過佛法熏陶的；受過佛法熏陶的八部，不但維護佛法，而且也樂意護衛修學佛法的善人。國王、大臣等是人，天龍八部則系非人，故經說人非人等。
釋迦佛的教化眾生，主要對象是人，如菩薩，比丘，國王，大臣等，都是出自人間或現人身的。天龍八部，祗是護法者。他們深知佛法的好處，所以發願護持佛法，凡是法會道場，以及修持佛法的行者，他們都樂於保護。所以他們雖屬非人，佛教也非常尊重他們。不過我們總得認清，佛法是以人為中心的，天龍鬼神僅處於旁聽和護法的地位，不能反賓為主，專門著重敬奉天龍鬼神，倒把人本的佛法忽視了。我們對於天龍八部，可以恭敬供養，以犒賞其熱心護法的辛勞，然而絕不能皈依祂。我們的真正皈依處，是三寶；崇高而偉大的三寶，才是我們皈依的對象。
如上所說，比丘、菩薩、國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍八部，人、非人等，這「無量」無數的法會「大眾」，雖然身份不同，階級不同，職業不同，而大家都能有秩序地「恭敬圍繞」著佛陀，如星拱月，聚精會神地安坐那裡，諦聽慈悲仁愍的佛陀「為」他們宣「說」微妙「法門」。
乙二禮請起說
爾時，曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
次說緣起分的禮請起說。「爾時」，即大眾圍繞而聽法的時候。「曼殊室利」，為文殊師利的異譯；文與曼，古音相近。曼殊室利，義譯妙（曼殊）吉祥（室利），在大乘佛教中，是以智慧為特德的菩薩，曾為諸佛之師。「法王子」，是菩薩的尊稱。法王指佛陀，佛說『我為法王，於法自在』。法王子是菩薩，如國王的太子，是候補的國王，將來要繼承王業的。曼殊室利為佛的繼承者，所以稱法王子。約這個意義，觀音、地藏等大菩薩，實也具備繼承佛陀的資格，應該也可稱為法王子的，而經中為何獨以此名尊稱文殊？
我們知道，佛果是由菩薩因行而來，菩薩因地有種種功德，而主要的是智慧；佛名覺者，也即大菩提；曼殊室利有高超的智慧，於諸菩薩中最為第一，與佛的大菩提相近，若再進一步，便是大覺的佛陀了，故經裡處處稱讚他為法王子。曼殊室利有大智慧，了解法會大眾的內心要求，更深知末法眾生對此法門的必要；由於悲愍心的驅使，覺得應由自己來啟開這一救苦法門。於是，他「承」受了「佛」的「威神」之力，加被鼓勵，便在廣大的聽眾中，「從」自己的「座」位上，從容地站立「起」來。
「偏袒一肩，右膝著地」，面對「薄伽梵（佛），曲躬合掌」。佛的威德，巍巍赫赫，不可思議，若無佛的威神慈悲加被，弟子們是不敢冒然啟問的，恐自己的智力不夠，問得不三不四；有了佛的威神力的加被，就有發問的膽量，而問題也可問得恰到好處。偏袒一肩，即露出右臂；右膝著地，即右邊的膝蓋靠著地面下跪；曲躬，就是鞠躬。這都是印度當時集會請法時，必用的一種崇重的禮節；為眾生而向佛請法的曼殊，當然也不能例外。這些既是禮節，本不必再作解說，但佛法即事表法，所以這也是富有深義的。偏袒一肩，表示荷擔佛法；右膝著地，表示下化眾生；曲躬表示內心的謙恭、至誠；合掌當胸，表向於中道。有說：十指即表示十波羅蜜，和合而歸中道。我們禮佛，應該這樣的觀想。
白言：『世尊！惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故』。
上文是曼殊從意業而現的身業的恭敬，此中請法，即表口業的清淨。曼殊是大智的代表者，然而所請的法門，卻為慈悲救濟邊事。可見慈悲須從智慧中流出，由智慧而攝導慈悲，才是佛教的真慈悲。
請法之前，曼殊先尊稱一聲「世尊」，以表示恭敬懇切。他接著說：「唯願」佛為我們「演說如是相類」的「諸佛名號」，以「及」諸佛因地的「本大」行「願」，無邊「殊勝功德」。因佛曾在彌陀經，或其他經中，說過西方或其他的淨土，是如何如何的微妙莊嚴；其土有佛，是稱什麼什麼；其佛的本願功德，又是何等的偉大；眾生聞其名稱，或稱念，或憶持，便可獲得無量功德等。因此，曼殊代表大眾，要求世尊宣示與此相類似（如是相類）的教法。
曼殊的勸請，純為大智慧的表現，大慈悲的流露，非自求個己的利樂，所以他又向佛表示：這是為「令」末世「諸」聽「聞者」，能夠因此得以「業障消除」。障是障礙，業即我們現生或過去事業所作的潛力。善業是不發生故障的；作的惡業多了，就要障我們的前途，尤其當我們要向光明的菩提道前進時，是最容易發生魔障的。
例如家庭裡，丈夫要學佛，妻子不贊成；妻子要學佛，丈夫不贊成。或因身體多病，或因事務羈纏，或因惡友包圍，以致錯失學佛的機會。或者愚癡不信佛法；或信佛法而家庭太窮，受著生活的鞭策拖累，無法抽身，於是永遠陷在苦痛中，不能自拔。要彌補這些人生缺陷，祗有修學淨土（非專指西方）法門，時常念佛，與佛接近，就會消弭業障，增長善根，漸漸遠離了逆境，惡人；得遇順利環境，善人，受善者的引導，步上正途，生活於佛法的光明中。
佛在世時，是正法時代，眾生的智慧利，業障輕，修學佛法易得受用，大多能獲得果證。但過千年，到了像法時代，佛法都走了樣，變了質，到處是一些相似的佛法；所以名像法。其時眾生的善根淺薄，智慧暗鈍，業障深[P41]重，苦難多而不易修學。所以這淨土念佛法門，佛住世時原可不一定說（初五百年正法時代，淨土念佛法門不大流行，就由於此），然「為欲利樂」那些福慧淺薄、煩惱特重的「像法轉時」的一切「諸有情」之「故」，不得不勸請佛陀，慈悲哀愍而為敷演了。
佛滅千年後，為像法時代；兩千年後，即從像法轉入末法時代，也就是我們這個時代。眾生的善根越來越淺，煩惱越來越重，修行了生死者少，而苦痛愈來愈多。佛為慈濟這些眾生，所以應曼殊的請求，開示這簡易的藥師淨土法門。
爾時，世尊贊曼殊室利童子言：『善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲，勸請我說諸佛名號，本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽，極善思惟，當為汝說』。
上由曼殊室利代表啟問諸佛名號，及本願功德，今佛允許開示。
當代眾請法的「時」候，「世尊」便「贊」歎「曼殊室利童子」說：「[P42]善哉！善哉」！即是說；好極了好極了！因為菩薩的勸請，不但適應眾生的需要，而且契合佛陀救世的悲懷，所以世尊對他頻頻稱許。
上稱曼殊菩薩為法王子，此地又稱他是童子。童子的含義，略說兩點：一、約世俗說：菩薩都是隨應眾生而現身的，沒有一定的形相；為什麼樣的眾生，就示現什麼樣的身相，一切都是為了適應眾生。不過，在諸大菩薩中，曼殊多示現童子相；如觀音菩薩，多現女人身，雖然他有三十二應。曼殊菩薩的道場，據華嚴經說，是在印度東北的清涼山，中國佛學者，一向肯定即山西五台山。從前無著文喜禪師，因仰慕曼殊菩薩，特地從老遠的南方，到北方去參拜，結果是走遍全山，都不曾遇見菩薩，內心覺得非常失望，慚恨自己的善根淺薄。後來看見一個放牛的小孩，手裡牽著一條牛，引導他去參見一位老者。禪師因遇不到曼殊菩薩，心裡總有些怏怏不樂，可是等到與他們晤談後，忽然小孩變了相，騎在一頭獅子身上，顯然就是曼殊菩薩。這一公案，見於中國的佛教傳紀。曼殊示現童子相的事跡，在中國很多。
二、約勝義說：菩薩修行，進入高階段的時候，有一位次叫童子地（即第九地）。童子有良好的德性，一切是那麼天真，純潔，那麼熱情，和樂，易於與人為友，沒有記恨心，不像世故深的成人，那麼虛偽、冷酷、無情。菩薩修到那階段，洋溢著慈悲與智慧，熱情與和樂，內心純淨，故以童子形容菩薩，表徵菩薩的純潔、天真、高尚、熱情、和樂的美德。
佛因曼殊童子問法，極為扼要，恰當，所以稱讚他，接著便說：「曼殊室利！汝以大悲」心，「勸請我」廣「說諸佛名號」，及「本願功德」；這是「為」了要救「拔」那些受「業障所纏」的「有情」，及「利益安樂像法轉時」一切「有情」之「故」。這本為曼殊菩薩請說的話，現在佛把話重提一遍，以讚美印可他所問的合理。
纏，如繩索捆縛；人有了業障，受業障的牽制，就像被繩子糾纏住一樣，不得自由。拔，即拯拔、救拔。眾生受業障的纏縛，陷入生死苦痛泥濘之中，無力自拔，今由曼殊菩薩的悲愍，請求釋尊開示諸佛聖號，及本願殊勝功德，使眾生聽聞以後，能夠依法受持，以掙脫業障的桎梏，跳出苦難的深淵。
談到業障所纏，陡然想起：前天有位居士告訴我，某公司，最近有一個人跳樓自殺，誰也找不出他自殺原因。聽說這幾天，他常覺得有兩個什麼人跟著他。近乎這類的事情，實在很多。這不一定是非人所逼，大都是自己的業障現前。由於現世惡業，或宿業所纏，才有種種災難，種種不如意的遭遇。曼殊請佛說淨土法門，就是要拔除這些業障，使人類過著自由、安樂的生活。
佛對曼殊的啟請，先讚歎他所說的合理，後即允許他說：「汝今」可以靜心「諦聽」，同時更須「極善思惟」，我「當為汝」宣「說」。
諦聽，即細心地、聚精會神地聽；極善思惟，是要善巧地思考，將已聽過的，用智慧加以抉擇、思辨、審察。我們若聽經聞法，最低限度應做到這兩點：第一、集中精神，專心一意地聽；第二、聽聞以後，好好地思考一下，才能得到更深刻的理解。儒家教人治學，也要『慎思明辨』，何況佛法？般若經曾說：有的人聽了佛法覺得無味；有的雖樂意聽法，但不留心，聽過便忘；有的人雖能記得，但不加以思惟考察。這都是我們的宿習。如我們這一生聽經不感興趣，不肯用心，聽了佛法，不肯深刻思惟，那麼我們來生還是會這樣的！所以世尊開示曼殊室利，教他諦聽，教他極善思惟。佛在宣說每一部經的開始，總反覆提到：『諦聽！諦聽！善思念之』！絮絮的叮嚀策勉，實為大悲佛陀的苦口婆心！大家應該體會這點，切實遵重，切實學習，不可因為是常談而等閒視之。
曼殊室利言：『唯然！願說，我等樂聞』。
「曼殊室利」聽了佛的叮囑教勉，即歡喜地答覆世尊：是，是！世尊的誨導，我們當然唯命是從，現在「願」您就「說」，「我等」弟子，都是好「樂」──極願意聽「聞」的！佛說，好樂聞法的程度，應如同飢餓的遇到美食，口渴的得到清涼飲料。我們沉淪於生死輪迴之中，苦痛不堪，一旦遇到佛陀說法，慈悲救濟，該是如何的欣喜呢！
甲二正宗分
乙一如來開示
丙一依正行願
丁一總標依正
佛告曼殊室利：『東方去此過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺、明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵』。
從這以下，是正宗分，今分三大科，即如來開示、菩薩宏傳、藥叉誓護。在如來開示中，先說藥師如來的依正行願。其中又分三段，先總標依正，即標明如來的正報（佛身）與依報（佛世界）。
「佛告」訴「曼殊室利」說：從我們的「此」一世界，向「東方去」，經「過」了「十殑伽沙」那麼多的「佛」國「土」，「有」一個「世界，名[P47]」叫「淨琉璃」。殑伽沙，即恆河沙的異譯。恆河，義譯天堂來，是印度有名的大河，河中的沙又細又多；佛多在恆河流域一帶說法，所以每說到極多時，總是舉恆河沙為喻。淨琉璃世界，就在我們這個世界的東邊，距離了十恆河沙等佛土之遠。那個國土的「佛」，「號」稱「琉璃光」。淨琉璃是依報世界，琉璃光是正報佛名。琉璃光一名，上文已經解釋。世界名淨琉璃，即常寂光淨土，以究竟清淨真如為體。藥師如來徹底破除無明障蔽，證得最清淨法界，所以約所證成的境地──國土說，名淨琉璃世界；而不離法界，圓具大智慧，光明遍照，能破一切愚癡暗昧，約能證智──佛說，名琉璃光。
從如來至薄伽梵等文，是佛的十大通號。這十名，全是依佛的功德而安立的。因佛的功德太大，一名不足以表詮；同時，印度的一般習慣，凡歌頌或讚美，多用十個名詞，如帝釋、大自在天，都有十號，佛法循世俗習慣，也採用十種名稱讚佛。[P48]
十名中，
1.「如來」，已如上釋。
2.「應」，即梵語阿羅訶的義譯。因佛功德最為圓滿，應受人天供養，為人天作大福田；又應已斷淨煩惱；應不再受生死。
3.「正等覺」，即梵語的三藐三菩提。覺即覺悟，能通達一切法相，遠離一切顛倒。但說正覺，可通於小乘；大乘稱正等覺，等是普遍義，即普遍的覺了一切法真性。
4.「明行圓滿」，舊譯明行足；圓滿，就是足的意思。明是智慧，行如佈施持戒等萬行；佛的福德智慧，自利利他功行，一切圓滿具足，無欠無缺，故名明行圓滿。
5.「善逝」，逝，即去的意思，也就是入涅槃。小乘聖者，丟下無邊苦惱眾生，自己一人入涅槃，是逝而不善；大覺佛陀不離生死而證菩提，不捨眾生而般涅槃，故名善逝。
6.「世間解」，解是解了：對世間事理，眾生苦本，苦因，以及滅苦的方法，離苦的究竟處，都明達、解了。
7.「無上士」，士是士夫，佛於天上人間而獨稱尊，為人天的導師，故稱無上士。
8.「調御丈夫」，調御如馬師，能把暴戾的馬，訓練成馴服的馬。佛教化眾生，無論眾生的根性如何惡劣、乖戾，如何剛強難服，也能善巧調御，使他慢慢轉向佛法，修學佛法而得成就。佛陀教化的方法不一，因人而異：有時慈顏愛語，讚歎鼓勵，如說你行佈施、持戒，功德無量，希有難得；有時則當頭棒喝，訶斥一頓，如說你業障深重，愚癡無智，再不精進修行，必墮三途惡道。這等於調馬，在軟硬兼施的訓導下，就可慢慢馴服。
9.「天人師」，佛出世間，不但教化人類，也同樣教化天人。有無量諸天參預法會聽法，故佛為天人的教師。
10.「佛」即是覺者，能究竟覺悟生命的秘奧，和覺察世出世間的種種法相。「薄伽梵」，即世尊。
至此為止，總標了東方淨土的名稱，及佛陀的聖號。
丁二別陳行願
戊一行願
己一總說
『曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。
依正行願中，上文已總標藥師如來的國土（依報）及其名號（正報），現在要分別陳述藥師如來的行願。此科文長，又分三節，先總說。
佛呼「曼殊室利」說：「彼」東方淨琉璃世界的「世尊，藥師琉璃光如來」，他所以證得圓滿佛果，成就清淨莊嚴的世界，即因過去生中，「本行菩薩道時」，以大悲心，「發十二大願」，攝導眾生。藥師佛因地所發的大願，不同凡夫的為了滿足自我的欲求，也不像小乘的只顧自了生死，獨善其身；自是慈悲心懷的流露，為了滿足眾生的願欲。所以這裡說，藥師如來的本行大願，是為了「令諸有情」的「所」有希「求，皆」能獲「得」。如希求離生死苦，成菩提樂；或求往生淨土；或有病患而要求全愈；或因其他種種人生缺陷而要求彌補。如此各式各樣的欲求，藥師如來從他的大功德，慈悲善巧中，能隨眾生心所欲者，皆得滿足。
因地發十二大願，是願力；令一切有情所求皆得，則是成佛以後，本願功德的完滿實現。佛在因地發了大願，並非一切留到成佛以後，而是照願心去實踐，去求充實，這樣，惑業漸漸蠲除，功德一天天增長，到了成佛，才究竟圓滿。藥師佛成大菩提時，十二廣大悲願，都能一一如期實現，就因他在菩薩因地中，對自己所發的誓願，能隨分隨力，躬行實踐，一步步地做去，一點點地聚積，所以他一登大覺地，一切大願也就宣告完成了。
藥師是如此，彌陀等也莫不如此。我們依願去求，確能如願感應，這必有其感應的力量存在。偈說：『福慧資糧力，諸佛加持力，及與法界力』。願求之所以能獲成就，實有這三種力量。
1自力，即自身方面，要集有福報及智慧的資糧，特別是信願真切。如醫生給你治眼疾，要眼有復明的機能；如眼睛真的壞了，再高明的醫生，也無能為力。
2佛的加被力，佛菩薩的悲願，永遠顧念著眾生，光照著眾生，祗要眾生的希求，是合理而有可能的，便都可以交感。
3法界力，一切法的本性──法界本無差別，無限礙的平等法界中，生佛平等，凡聖一致。所以眾生有感佛可能性，諸佛菩薩有隨感而應的可能。這樣，我們若能一面依自己的福慧力，一面仗佛願力的加被，那麼，我們要求消災免難，離苦得樂，必定可以成辦。
己二別敘
庚一生佛平等願
『第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。』
此下即將十二大願，逐一分別敘說。
釋尊對曼殊菩薩說：藥師如來在因地所發的十二大願中，「第一大願」，是生佛平等願。他立「願」說：「我來世」證「得阿耨多羅三藐三菩提」的「時」候，「自身」能放射大「光明」，「熾然照耀無量無數無邊世界」。三藐三菩提，此譯正等覺。正覺通於小乘，等覺通於菩薩，故在三藐三菩提之上，又加一阿耨多羅，阿耨多羅譯為無上。無上正等覺，即佛的圓滿覺；佛的正覺，是最極遍照最極究竟的。平常說：『放下屠刀，立地成佛』，成佛好像是很容易的。其實必須福慧資糧具足，自利利他的無邊功德，都達到最高峰，最圓滿的境地，才能成正等覺。修行者，祇是或多或少，成就佛德的一部份而已。
藥師說他將來成佛時，要身放光明。光明如火焰一樣，叫熾然；從佛身而遍照一切世界，這是諸佛同具的身相。如佛像後有一光圈，即是（化身）佛陀的圓光相。毗盧遮那佛，就是光明遍照的意思；大日如來，也即以太陽的光照為喻；大乘經中，常說到佛的光明，照耀無量世界。我們雖生活在這去佛時遙的末世，未見佛陀的真身，但我們仍然沐浴於佛的慈光中，祗是不自覺罷了。如太陽雖懸空朗照，可是瞎子卻見不到。佛光也如此，無時不照，無處不照，眾生因無明煩惱的障蔽，常在光中而不見光。修學佛法的，果能精勤進修，淨除煩惱的塵垢，見佛光明，或是見佛現身，那是必然之事。
藥師如來證大菩提時，又「以三十二丈夫相」及「八十」種「隨形好，莊嚴其身」。身似琉璃光輝映徹，已顯得藥師如來的身相，是如何地明淨！[P54]再加上這三十二相、八十隨形好等，更見德相的圓滿莊嚴。三十二相是為印度公認的大人相，特別為男子的勝相。這裡不能一一說明，略舉數種來說，如佛足底的平滿相，千輻輪相，佛身的紫金色相，垂手過膝相，頂髻相等，共有三十二種之多（詳見法數）。這些相，依印度當時的相法，為最高貴最莊嚴的福德相。輪王或如來，才完滿的具足。八十種隨形好，是隨身體的某部形態，所有某種美的特徵，如佛手柔軟，毛髮光澤，面容豐滿等。釋尊當時即因德相莊嚴，每次出遊教化，還不曾說法，便有很多人要求歸依。佛法本不著相，但為了導引眾生，令眾生歡喜生信，所以藥師如來因地中，要發願具足這種福德莊嚴相。藥師佛的本願，不但希望自己身相光明，眾好具足，同時還希望，「令」所有「一切有情」，皆「如」自己一樣，平等平等，「無」有差「異」。
這可約兩方面說：
1約淨琉璃世界的生佛平等說：生於東方淨土，身相圓滿，與佛無異。但不能說一切有情，因為現實的眾生界，並不曾真的如此平等。
2約一切眾生佛性說：一切眾生性，本都是光明遍照，具三十二大丈夫相，八十隨形好的。如來藏經說：一切眾生皆有如來藏，光明顯赫；三十二相，八十隨形好，本來具足。祗因眾生為無明所覆，不曾開顯，所以隱而不現。這要到成佛，方能如實證知。故華嚴經說：『奇哉！奇哉！一切眾生皆有如來智慧德相，但因妄想執著，未能證得』。
在佛的心境，照見一切眾生，確是平等不二的。約這意義說，佛證得無上正等覺時，大地眾生無不是佛，眾生與佛平等平等。但從眾生邊看，眾生苦惱，愚癡暗昧，於一切諸法實相，從來不知不見，痛苦流轉，何能與佛平等？因此，有人說我們是凡夫，不要妄自尊大；儘管生佛平等，而我們還是眾生。
有人說：我們要深信自己是佛，如禪宗要人直下承當自心是佛；密宗要人起佛慢，說即身成佛。這些話，可說都有一分道理。我們是凡夫，所以要修行辦道；因為有成佛的可能性，所以可修行成佛。
庚二開曉事業願
『第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣[P56]大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。』
此文與第一大願的意義有關而用意不同。上願重於佛的法性身，顯示生佛平等。此願重在從法性而起應化身，開曉眾生。
藥師如來因地所發的「第二大願」，是說：「願我來世」，究竟證「得」大「菩提時」（菩提，即阿耨多羅三藐三菩提的略稱），「身」相猶「如琉璃」寶，「內外」都極「明」亮瑩「徹」，「淨」潔得沒有絲毫的「瑕」疵和垢「穢」。所有的「光明廣大」，豁破無邊黑暗；如此「功德」莊嚴身，「巍巍」不動如須彌山一樣，所以說：清淨佛「身」，「善」於「安住」。佛身的光明熾盛，光光相照，形成一種「莊嚴」的「焰網」。光明遍照，「過於日月」──日月祗是世間的光明，自然不及佛身的光明。
如來藏經，曾以九喻說明眾生的本有佛性，也有琉璃寶喻。眾生的佛性，如清淨無瑕的琉璃寶，雖藏在污染中，但它的光澤明淨，依然不損分毫。懂得此理，眾生的佛性身，也如琉璃，儘管流轉生死淤泥中，也不失其原有的光潔。藥師如來，徹底揭去無明暗影，刷除煩惱污泥，本身佛性身畢竟顯發，故說身如琉璃。
藥師如來的身光，照及「幽冥」的苦惱「眾生」，使其癡暗心眼，「悉蒙開曉」，而能「隨」著各人心「意」的「所」有「趣」求，「作諸事業」去。這段文義，約淺顯說；佛放光時，住在黑暗世界，一向不見光明、不聞佛名的眾生，受到佛的光明照了，就得著開曉，而隨自己的意趣，做他所樂意做的種種事業。這如太陽東昇，一切人都從寤而起，作工的作工，讀書的讀書，種田的種田，做生意的做生意，大家各事其所事。然約深密說：眾生無始以來，在愚昧昏迷之中，什麼都不曉得，由於佛的慈悲願力，啟發眾生的智慧，便一樣一樣都明白起來，會做起來。古代厚生利群的發明家，可說都是佛菩薩的化身；佛菩薩在無知的眾生前，每每現身開導，發明房屋、耕種、紡織、文字；種種器具，種種正當學說，使眾生知道實行。世界文[P58]化的進步，各種工巧技術，都發生於佛菩薩的慈悲與智慧之中。所以經說：若無佛菩薩出世，世間一切善法，一切資生具，就都沒有了。故佛菩薩化世，不但開導眾生以身心修養，也開導眾生以一切知識和技能。約這個意義說，我們是無時無處，不在藥師佛的智光遍照中，慈光護持中。
庚三無盡資生願
『第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。』
一個人生存在世界上，為了維持生命，必須有足夠的資生物──衣、食、住、行，乃至醫藥。這一切物質生活的受用，不僅要有，而且要多，要豐足，少了就會引生世間的諸般罪惡。譬加盜竊、劫殺、鬥爭等罪惡的滋長，多因資生物的缺乏。所以藥師如來的悲願，不但要使眾生獲得謀生的知識和作事的能力，而且要「以無量無邊」的「智慧方便」，生產多量的「受用物」資，「令」一切「有情」，凡有「所」需要的，「皆」能「得」受用「無盡」，而給大家過著富足、豐裕、安樂的生活，絕不「令眾生」，對於物質的供應上，「有所乏少」，發生你有我無的現象。
瑜伽師地論說：菩薩學法，當於五明處求。五明，除了佛法──內明，還有工巧明、醫方明、聲明、因明。修學大乘菩薩行，凡有利眾生的學問技能，都要學，智慧一天天求增長，到了成佛，一切功德妙法，始能圓滿具備，取之無竭，用之不盡。所以大乘佛法，並不反對科學物資的增產。現代世界科學昌明，有人埋怨它是罪惡的淵藪，其實病在人類不善於運用他，這才引生嚴重的弊害。人類若增進德性的修養，愛人愛群，善於控制，善於運用，那麼科學對人生，如機器發達，增加生產數字，提高貨物品質，都是有莫大利益的！所以菩薩對於此種種有助民生的學識和技巧，不獨不厭棄，而且還應該學，應該會；然後才能解除眾生從物質貧乏而來的苦痛與罪惡。藥師如來的第三大願，特別著重這方面。
庚四安立大道願
『第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。』
第二、第三大願，側重於事業與物質的受用，可說是物質文明；第四大願，即特別側重於正知正見，也可說是精神文明。
藥師如來在因地中發願說：「若」有不信善惡因果，否認三寶功德，抹煞真理，作殺盜婬妄種種罪惡，向於地獄、餓鬼、畜生道的「諸有情」，如此失去正途而誤「行邪道者」，我成佛時，「悉」皆「令」他們捨離邪道、擺脫惡趣，而永遠「安住」於「菩提道中」。菩提道即是正覺道，如知善惡、因果，知有凡聖，知三寶功德，知四諦、十二因緣，修習戒定慧，不作殺盜婬妄等罪，這是共三乘法門。使眾生脫離生死險惡的邪道，踏上三乘的坦途，是一種過程，而不是佛陀拯救眾生的究竟目標。所以藥師佛又願；「行聲聞獨覺」的小「乘」行「者」，「皆」要「以大乘」究竟法門「而安立之」。聽佛音聲的教化而修行悟道的，名為聲聞。獨覺根性，比聲聞者略高一著，他不待佛的教化，看見現象界無常變化，就會自己發心修行，開悟證果。
過去有一國王，有天到御園中遊玩，看見一棵花樹，正當鮮花怒放，清香撲鼻，真是可愛極了！可是當他往別處觀賞片刻而轉來時，祗見空枝殘葉，零亂不堪。原因是被一群宮女所攀折了。因此，他得到萬化無常的啟示；覺得人生也是如此。一個美滿的家庭，一個強盛的國家，遭遇一場災難，一場戰爭，也就落得破敗衰頹，令人不堪回想！從這些現象，覺悟了人生無常的真諦，而證得聖果，叫獨覺。聲聞與獨覺，都能出生死，從此岸而登彼岸，所以名為乘。但這都是小乘，佛陀的本懷在大乘，所以藥師如來在因地中，發願要以大乘法去轉化他們，使他們回小向大，會三歸一，而入究竟的大乘。
法華經說：『佛以一大事因緣出現於世』。這一大事因緣，即是使一切眾生，盡皆悟入佛之知見。但眾生根性千差萬殊，好樂不一，事實上不能立即教一切眾生都入佛之知見，所以釋尊一面以此最高目的為原則，一面隨機教化。見行於邪道的眾生，即教以三乘法門；見聲聞獨覺停滯在自利的化城，即教以大乘究竟法門，叫他們再向前走，直至般涅槃──寶所為止。第四大願，包括了回邪向正、回小向大。經說安立與安住？有令他永遠不退轉的意義。如凡夫確生出離心，向二乘聖道，即不再退回凡夫；大乘確發自利利他的廣大菩提心，永向佛果而不再退心為小乘或凡夫。
庚五戒行清淨願
『第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。』
前四願，依藥師如來的自證功德，利樂眾生；此下，因眾生有了缺陷，苦痛，需要援助救濟。上來是與樂，此下是拔苦。藥師如來對苦難眾生的悲濟，以及消災免難，將由這第五大願起，逐一顯示出來。
此願說：將來成佛時，假「若有無量無邊」的「有情」，「於我」藥師佛的正「法中」，「修行梵行」。梵行，
1.約一般意義說，指一切清淨行（梵是清淨的意思）；
2.約特殊意義說，專指出家的不婬戒；
3.約中義說，凡佛所制的戒行名為梵行。在藥師佛土的淨法中修行、受戒：不問所受的是比丘戒，或是沙彌戒，或五戒，或菩薩戒，凡參加過藥師法會，聽聞藥師聖典，稱念藥師名號的眾生，「一切皆令」獲「得」圓滿的「不缺戒」。缺就是犯戒或僅持一分；不缺即能圓滿受持。比方受五戒，全部都持守得嚴格、清淨，便是不缺；若祗能持得三四戒，或部份犯輕垢罪，即是缺戒。仗藥師慈光威德的加被，受戒，或受戒而有所缺犯的，都能得圓滿受持。而且，都能「具」足大乘菩薩的「三聚戒」。
三聚戒：
1.攝律儀戒，即五戒、十戒、二百五十戒等。
2.攝善法戒，如修佈施、持戒等六度四攝。
3.饒益有情戒，大乘菩薩一切要以利益眾生為前提，若但為自利而不利他，即是犯戒。能依藥師的淨土法門去修，即能得到三聚戒的圓滿不缺。佛法中受戒，先是未受令受，已受的令守。受了戒以後，不一定能清淨嚴持，這是多數人難免的現象，即在佛陀時代，有的聖者也還有不能圓滿受持的，何況一般煩惱深重的凡]夫？因此，佛法中有懺悔法門。如祗知受戒而不持，或有所犯而不知懺悔，即難得清淨。所以藥師如來本願，更進一步地說：「設有」眾生「毀犯」了禁戒，但由聽「聞」了「我」佛的「名」字，「還」可「得」到「清淨」。清淨就是罪障消除；罪業消除，自然就「不墮惡趣」了。
惡趣，即地獄、餓鬼、畜生的三惡道。眾生因聞佛的聖號，而如法懺悔，便得免墮三途，這是藥師如來的慈悲與方便，也是為了懺悔業障。稱佛名號，戒行能重獲清淨，是方等大乘的懺悔法。然並非一聽佛號就等於懺悔，必須一心一意的持佛聖號，對過往錯失，至誠發露懺悔，禮拜，供養，時時攝心於佛號佛德上。久而久之，罪業自然消除，內心感受佛的光明，恢復了本來的德行清淨。
庚六諸根具足願
『第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、喑、啞、攣、躄、背僂、白癩、癲狂、種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。 』
藥師如來的第六大願說：將來成大菩提時，「若」有「諸有情」，因罪業所感，致使報「身下劣」，眼「等諸根不具」足。下劣即身體矮小或衰弱，或身份不稱，頭大身小，身長足短，以及種種畸形。諸根不具，有外表的，如眼耳損壞，或手足殘缺，或缺唇爛鼻等等；有內在的，從外表看來，身體各部完全無缺，可是事實上，耳鼻等失其功用，已屬殘廢。還有，「醜陋」是根身的相貌不端嚴。「頑愚」是意根的不懂事理。眼不見物的瞎子叫「盲」；耳根失靈，聽不到聲音，叫「聾」。「喑」是喉音嘶沙，語音不亮。「啞」是不會說話的啞巴。「攣」是瘸手。「躄」是跛子。「背僂」即駝背。「白癩」是大痲瘋。「癲狂」即神經反常。這「種種病苦」，是世間最難醫治的殘疾，但聽了藥師如來的「名」號，或一心稱念，或禮拜供養，蒙藥師如來功德威力的加被，「一切皆得」到救治。令身相醜陋的轉為「端正」；頑愚癡暗的也轉為「黠慧」。「諸根」損缺的，也都「完具」起來。總之，攣躄等一切的疾病，受藥師如來威德力的加被，也得徹底治療，再也「無諸疾苦」。我們稱佛為大藥師大醫王，也就是這個意思。
眾生如有善根，有因緣，能依藥師法門的開導去實行，確能消除一切病患；不但藥師如來是如此，即釋尊在世時，得到救治的病苦眾生，也不知有多少呢！據佛經所載，捨衛城有一婦人，由於她的丈夫，在田作時被牛抵死；兩個小孩，又在渡河時失去；房屋又因鄰家失火而燒光了，她怎受得起這個打擊！結果她發瘋了，連衣服也不穿，赤裸著身體，到處亂跑。一天，不知怎的竟跑到祇洹精舍，她望見佛相莊嚴，光明顯赫，心裡忽然清醒過來。看看自己一絲不掛，自覺難以為情，便蹲在地下。佛命阿難，拿件衣服給她披上。然後為她說法，開示人世無常的真理。瘋婦聽了佛的開示，不但瘋病得以解除，而且證了聖果。
一般人祗見生理上的疾患，而不知心理的病態。有些人雖長有眼睛和耳朵，但不能分辨善惡是非，不愛聽正法善語，這與瞎子聾子有何差別？或雖手足具全，而懶惰不務正業，不做好事，不走正路，這與攣躄又有甚不同？或沒有氣節，不顧正義，一味卑躬下賤，不肯挺起脊樑做一堂堂正正的人，這豈不等於駝子？白癩是容易傳染的痼疾，這如某些危害人類的不良思想，一經蔓延開去，置無數人於無可救藥的苦境。像現世共黨的唯物思想，到處傳染毒素。他們又都瘋狂似的，似虎似狼，不認父母妻兒，到處殘酷虐殺。
從前，南印度有一位法師，在講經席上，為大眾開示飲酒得癲狂報。當時國王也在座，就起來問難說：飲酒的人佔多數，何以患癲狂病的卻寥寥無幾？法師並不回答什麼，祗用手向聽眾指了幾下。在座聽法的外道們，以為法師無言可答，大家讚歎國王的智慧。但國王卻領悟了，認為法師答得最妙。法師所指的，就是正在得意的外道。他們有的長年裸體；有的不吃飯，而吃野草樹葉；有的不睡覺；有的冬入寒冰，而夏天在太陽中暴曬。這種思想的邪僻，行為的怪誕，實都是心理變態的癲狂病者！
藥師如來發此大願，不獨願身體有疾病、有殘缺的眾生，可因聞名號而得到徹底救治；即心理不健全的各種病患，也可因佛而好轉過來，以獲致身心端嚴的理想人生。
庚七身心康樂願
『第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。』
此願眾生都得到健康、快樂，雖仍是基於救拔眾生的病苦，不過與前稍有不同；前願特別重在身體上的各種惡疾，而這是通泛的一般病苦，而且重視貧病。
藥師如來因地中說：將來我成佛的時候，「若諸有情」受了「眾病」的煎「逼」，苦「切」，同時又「無」人「救」治，「無」所「歸」托。或「無」力延「醫」，「無」錢買「藥」；或「無親」戚朋友，「無」父母兄弟，夫妻兒女等「家」屬，可以服侍照應。如此「貧窮」如洗，而又孤獨伶仃，病纏「多苦」，人生世間，真沒有比這更不幸了！可是「我」藥師如來的[P69]「名號，一經」那苦難眾生的「耳」鼓，即得「眾病悉除，身心安樂」；而且「家」庭親「屬」，「資」生之「具」，也就能「悉皆」具備「豐足」起來了。不僅如此，以聞的善根因緣，能進修福德智慧，一直到「證得無上菩提」。
稱念藥師如來的名號，一切病苦便可消除，這確是常事。念佛，或念觀世音菩薩的聖號，獲得佛菩薩的加被，因而病患得以消除，恢復健康，在我們佛教徒中，得到真實經驗的，著實不少。至於沒有家屬，一聞佛名便可具足，這似乎不可能。須知這不是說父母死了，念佛又會復活起來；或本無家屬，一聞佛名便都有了。這是說：過去由於因緣不足，福德薄劣，所以貧窮孤苦。此後，以善根福德增長，身心恢復健康，由於從事事業的努力，便能把家庭建立起來；親屬朋友，也因人緣的轉好而逐漸增多。佛陀的慈悲雖極普遍，但對於孤苦貧病的眾生，特別關懷，特別護念和救濟。所以釋尊在世時，特別倡導施醫施藥，救濟孤獨。凡身為佛子，修學佛法，須體念釋迦的精神，傚法藥師的本願，隨分隨力去做！
庚八轉女成男願
『第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。』
藥師如來的第八大願，是說：「若有女人」，「為女」身「百惡所逼惱」，而「極」其苦痛，「生厭離」心，「願」意能夠「捨」棄「女身」。女人的苦事多，所以說有百惡；這可分生理與心理二方面說。
1生理上的苦患，如女孩一到成年，就有月經；又如生育小孩，也是女人最感痛苦的事。
2心理上的病患，如嫉妒心、虛榮心，一般都比男子為重。
3在社會所受的歧視：女人在社會的處境，無論是家庭或社團，從過去到現在，仍未完全取得與男人同等地位；一般對於女人的輕視，還是或多或少的存在。
因此，就生心厭惡，希望捨離女子的身形。藥師如來為滿足眾生的要求，特發此大願：若有願捨女身的，「聞我」藥師如來的「名」號，一心稱念，禮敬供養，「一切皆得轉女成男」，「具」足大「丈夫相」。由此修行，「證得無上菩提」。女人的希求男身，古來社會是極普遍的，可是現代的女性，對於自己，不但不生厭離心，似乎還特別滿意，喜歡修飾，處處表現出自己是女人，要男人注意她；這是愛好女身的表現。
據報載，美國有個百萬富翁，也要動手術希望一過女人生活呢！這雖因社會的逐步接近男女平等的理想，而科學發達，醫藥昌明，女人特有的痛苦，如分娩等，也減輕而逐漸消除；然現代女性的地位，還是不平正的，從迷醉於物慾而來的自己愛好，其實是忘記自己了。
在大乘佛法中，男女本來是平等的。不過女人的性格，確乎要心胸狹窄，嫉妒心重些，特別講究修飾。希望在座的女同道們！要盡可能糾正自己，學作大丈夫。經說：學大乘法，修菩薩行，要有大丈夫的精神才得。關於轉女成男，據經裡說有兩類：一、善根極深，厭離心切，加以精進修行，現生便可轉女成男。二、依大乘法門的開導，如法修行，或稱念聖號，或禮拜供[P72]養，來生定可得轉。
庚九回邪歸正願
『第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。』
眾生不知佛法，淪墮於邪道之中，只要聽到藥師如來的聖號，便可脫離邪道，走上正途。沒有佛法的地方，受邪道的熏染特別深。惟願藥師如來的聖號，遍化全世界，使墮於邪道的棄邪向正。
藥師如來因地發願；來世證得大菩提時，要「令」一切「有情」，都能「出」離惡「魔」的「罥網」，和「解脫一切外道」的「纏縛」，網與罥，樣子差不多；捕魚的叫網，捉獸的叫罥。迷信魔外邪說，像魚獸被罥網羅住了一樣，不易解脫出來。魔和外道的不同是：佛法以外的宗教，名外道。魔的意義是殺者，不一定是宗教，如一種主義，一種學說，可使人不信因果法則，抹煞道德價值，或是否定真理。或是使人棄高尚而向凡庸，棄身心修養而求物慾滿足，害人害世的，都是魔。如有眾生落在魔的罥網中，藥師如來方便，使他脫出魔掌，投入佛法的懷抱；如有眾生受了外道邪見的纏縛，藥師佛也使他得以解脫，歸向正法。不論邪魔的，外道的，通稱為「種種惡見稠林」。邪惡見，如同稠密的森林，誤入其中，觸處荊榛葛籐，不易覓路出來。現在藥師本願，要用種種善巧方便，導「引攝」受，使出離魔外的邪見，而安「置」於佛法「正見」之中。「漸令修習」四攝六度等「諸菩薩行」，而「速」能「證」得「無上正等菩提」。
此願是佛令眾生，從魔及外道的黑暗中，奔向光明的正法。魔外的惡見力量極大，如不曾在佛法中得到不退轉，都有受魔外所轉的可能。從前有一比丘，看見裸體的外道，便譏笑他。佛提醒他說：不要笑他，你說不定也還要做外道呢！我們修學佛法，如未得正確而深刻的信解，得不退轉，現生不落魔外，來生，也可能墮入邪網呢！必須如大乘發菩提心，小乘發出離心，得不退轉，才出魔外的稠林，才可真正的歡喜！在這邪說猖狂的末世，我們要時時提高警覺，始能免於魔外的迷濛。
庚十從縛得脫願
『第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，繩縛鞭撻，系閉牢獄，或當刑戮，及余無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。』
第十大願，是藥師如來在因地中，發大悲願，濟拔犯法受禁的眾生。願說：「若諸有情」，因犯罪或受枉而為「王法所錄」。國家法律，過去稱為王法；錄，是受國家法律的制裁或審判。經過法律裁判，或用「繩」索捆「縛」，加以「鞭撻」；或受徒刑，「系」禁於「牢獄」中；罪更重大的，「或當」受剜手足耳目等「刑」，或遭「戮」殺──死刑。「及」其「余」種種的「無量災難」，受欺「凌」、侮「辱」，而致「悲」傷憂「愁」，交「煎逼」迫，「身心」感「受」無邊的「苦」楚！這些苦難，在這個時代，更加普遍。
悲心深切的藥師如來，愍念到眾生的苦痛，所以說：受這些刑罰災難的有情，「若」聽到「我」藥師如來的「名」號，由於「我」的圓滿「福德」力，與廣大「威神力」加被他們的緣「故」，便能「悉得解脫一切」災難，而免受「憂」愁「苦」惱！
國家創製法律，原是為了制裁惡人，而保障善良人民的權益，維持社會的治安。社會相當複雜，人與人相處，難免發生糾紛；彼此互相猜忌，互相爭執，互相欺詐，互相凌辱，一切殺盜婬妄種種罪惡，莫不於此層出無窮。所以，為社會的秩序著想，為人民的安寧著想，就非正之以法律，范之以規矩不可了。但因冤枉而受法律誤害的，當然也在所不免。故上說的種種罪犯，從縛得脫，可約兩方面說：
一、冤枉的：過去宿業現前，受人誣告，以致被系，遭種種刑罰。像這類苦難眾生，若能稱念藥師如來聖號，定可業障消除，得免於難。
二、確是違犯國法，如匪盜的殺人掠物，擾亂國家治安；或操縱金融，破壞國家經濟；邪婬，或侵佔等。像這種罪犯，稱念藥師名號，是否也能夠免難得脫？如稱名而能得脫，那等於獎勵犯罪了。不久以前，總統就職時，有人建議大赦；消息一出，牢裡的犯人反而多起來。因為有人懷著赦免的希望，不惜為非犯罪。這樣的罪人，當然是不能解脫的。不過，如罪有應得，而能於佛生淨信心，慚愧心，至誠懇切的懺悔，確認錯誤，立願痛改前非，這樣的禮念藥師如來聖號，也有得脫可能。
須知國家對人民而治以法律，並非惡意，而是要人民向上；即使不得已而刑殺，也是殺一警百。所以犯罪而能真切的悔悟，約個人說，原可以不必懲處。如現在我國，訂有『自首改過』的寬大法律。像這樣犯罪而能虔誠懺悔，稱念藥師如來名號的，感應道交，也可解脫一切苦難。
庚十一得妙飲食願
『第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，飢渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂而建立之。』
「第十一大願」說：將來我成佛時，「若諸有情」生活困難，而受「飢渴所」逼「惱」，「為」了維持生存，不擇手段去追「求」飲「食」，「造」下了重大的「諸惡業」。世間飲食，不是現成而一求便到的。有知識有才能的，可用智力體力去換取，但無技能，又無資本，那從何而來此資生物呢？為了生活，不是暗偷，便是明劫，或者欺詐，或者恐嚇，但這會造成社會的動亂不安，決非善事。由此，可知作惡也有兩類：一是由於內心的煩惱深重；另一是環境所迫，出於不得已。如由於煩惱所驅使而造罪惡，即應從思想等去解決；若由於貧窮實在沒得吃，沒得穿，就得從經濟方面去解決。藥師如來因地發此大願，即從解決後者著手。所以說：一切饑寒無衣無食的眾生，若「得聞我名」字，依照佛的開示，「專」心憶「念」，信「受」奉「持」，那麼「我當先以上妙」的「飲食，飽足其身」，然「後」進一步，「以」無上的佛「法味」，使他們「建立」於佛的正法中，得「畢竟安樂」──究竟解脫樂。
飲食祗能作暫時的救濟，不是解決問題的根本辦法。如人的思想不正，行為放蕩，不守信用，不務正業，弄到經濟拮据，生活困苦，這決非救濟所能解決的。如先以飲食飽其口腹，進而教以人生正行，知識技能，使生活改善，從事職業，就相對的解決了。再進行一步，令其修學佛法，在佛法豐富的寶藏中，得世間希有的無上法樂，那才是究竟的救濟。古語說：『衣食足，而後知禮義』。藥師如來，針對這一現實，故發此願，先以食味，再以法味。有人說，佛法是出世的，不問人生現事，實在錯誤！佛法的重視現實人生樂，我們讀了藥師佛的本願，便可知道。中國佛教的衰微，似乎是忽略了藥師法門的救濟，而專重於後世與出世佛教的宏傳。所以今後的佛弟子，應多多發揚藥師精神，多從事救濟運動。藥師如來在因地中，發了這一大願，對於我們確為最有意義的啟示。
庚十二得妙衣具願
『第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足。』
藥師如來的第十二大願，希望他將來成佛時，使一切貧苦有情，都能得種種美妙的衣服、裝飾品，及娛樂用具。
「若諸有情」，因為「貧」窮困難，「無衣服」穿，也沒有被褥帳子，為「蚊虻」所苦；冷天無衣御「寒」，「熱」天無衣遮體。這樣的「晝夜逼惱」，不勝其苦。藥師如來悲愍眾生，願使這一切苦惱有情，得到安樂，所以說：「若聞我」藥師如來的「名」號，「專」心稱「念」，如法「受持」，那末承藥師本願功德與威神力，即能「如其」內心「所好」，高興得什麼，「即得」什麼──長的、短的、厚的、薄的，「種種」高貴的「上妙衣服」。同時，「亦」能「得一切寶莊嚴具」，如首飾、寶石、古董、花瓶等類；還有「花鬘、塗香」，這都是屬於嚴飾身體的東西。此外，還有「鼓樂」──音樂，「眾伎」──娛樂所用各樣器具。總之，「隨」貧苦眾生的「心」意所愛好「玩」賞的，藥師如來「皆」能「令」他得到「滿足」。
己三總結
『曼殊室利！是為彼世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺，行菩薩道時，所發十二微妙上願。』
以上分別說明十二大願，現在總結。
釋尊說完了藥師如來的十二大願，又呼「曼殊室利」說：這「是」「彼」東方淨土的「世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺」，在因地「行菩薩道時，所發」的「十二微妙上願」。如來、應、正等覺，如上已說，都是佛的通號。經裡對於佛號，有時具用十號，有時略稱三名，有時單說一名；這裡用不廣不略的三個通號。此十二願，非一般的誓願可比，純由大悲心所流露的利他大願，所以稱為微妙上願。
從十二大願的內容看，第一大願為生佛平等願；此後，便是思想的正確，行為的合理，生活的豐富；缺陷的加以彌補，病患的予以救治，苦痛的予[P81]以安樂。不但著重衣食等物質生活，又注意到教育，健康，正常的娛樂，達到人類的和樂生存。學佛，決非死後才有好處。藥師如來的十二大願，啟示得最為明白。所以佛法的流行世間確能領受實惠，確能適應現實人生的。
太虛大師倡導人生佛教，即側重生活的改善、解決。這並非說專重吃飯穿衣的事，而是提示我們，要在現實人生樂的基礎上，發大乘心。菩薩的精神便是為眾生服務。修學佛法的，能依菩薩的精神去躬行實踐，即是菩薩。大家想想，果然都遵照藥師如來十二大願的開導，和大師人生佛教的提示去做，這世界不就是淨土，不就是康樂的國家，理想的社會了嗎？國父倡說民生主義，說明衣食住行的重要；總統又作育樂兩篇的補述。育即教育方面；樂是健康娛樂方面。藥師法門，除了重視生活上的衣食住行，以及健康、衛生、娛樂而外，還特別重視思想的正確。所以藥師法門的重心，在乎十二大願，與民生主義的精神，非常吻合。我們如能以此而淨我身心，建我國家；擴而大之，澄清人類的思想，糾正人類的行為，發展人間的產業等，世界和[P82]平的實現，也就有希望了。所以民國二十二年，戴院長在寶華山啟建藥師法會，即仰承藥師如來的精神，領導大眾發十二大願。這完全是實踐藥師的精神，配合民生政治的要求，承藥師如來的願力，希望藥師淨土實現於人間。我們要依如來本願去實行，才是真能修學藥師淨土法門的人。
戊二果德
己一說略指廣
『復次，曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，行菩薩道時所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫，若一劫餘，說不能盡。』
如來在因地所修的廣大行願，已逐一說明；現在再顯示證大菩提時所成就的果德。
現在要另說一論題，所以佛說，「復次」。釋尊告訴曼殊室利：「彼」東方淨土的「世尊，藥師琉璃光如來」，在因地修「行菩薩道」的「時」候，「所發」的廣「大」悲「願」，「及」成佛時，「彼佛」所有國「土」的殊勝「功德」，清淨「莊嚴」，「我」（釋尊自稱）就是在「一劫」，或「一劫餘」的時間，也「說不能盡」。劫梵語劫波，義譯為時分；有小劫、中劫、大劫。依佛法說，世界最初成立，人壽八萬四千歲，百年減一歲，慢慢減到人壽十歲時，又百年增一歲，一直增到八萬四千歲；這樣的一減一增，名叫小劫；二十個小劫，為一中劫；八十個小劫為一大劫。菩薩的行願無量無邊，佛陀的果德，也是極廣極多，這那裡說得完。所以釋尊所說藥師如來的本願功德，果地莊嚴，都只是略說一滴而已。說來雖簡略，而實是說一劫或一劫多的時間，也是說不盡的。
己二以西喻東
『然彼佛土，一向清淨，無有女人，亦無惡趣，及苦音聲。琉璃為地，金繩界道，城、闕、宮、閣、軒、窗、羅網，皆七寶成。亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別。』
釋尊在宣說藥師法門之前，已先說阿彌陀經，開顯了西方極樂世界的淨土法門；故本經關於藥師的清淨國土，不再加以詳述，而以極樂世界為例。因為佛佛道同，佛與佛的淨土，也是沒有什麼兩樣的。今說明東方淨土的莊嚴，從二方面說，一是有情正報；二是世界依報。藥師如來的淨琉璃世界，自成就以來，「一向」都是「清淨」的。我們的世界或起初清淨，後變污穢；或最初穢染，後轉清淨，而東方淨土則始終一如。到底怎樣的清淨呢？第一、「無有女人」，女人如前文所說，身有百惡。同時，有了男女即有夫婦，於是產生種種的不清淨。東方藥師淨土，沒有女人，一切都是大丈夫；換句話說，沒有男女相，一律平等平等，無有男女差別。第二、「無惡趣」，一切惡趣都是罪業所感，而往生淨土的眾生，都已消除業障，善根具足。
如彌陀經所說：『彼佛國土，無三惡道』；『其佛國土，尚無惡道之名，何況有實』？因無惡趣，所以第三、無有「苦」痛的「音聲」。以下敘述淨土的依報：藥師如來的國土，「地」面是由天然的「琉璃」寶所成的，通明透亮；用「金繩」分「界」為「道」。「城」即城牆，「闕」即城樓，「宮」是宮殿，「閣」為小樓，「軒」是屋上的飛簷；以及「窗」戶、「羅網，皆」是「七寶」──金、銀、琉璃、玻璃、硨磲、赤珠、瑪瑙所「成」就的。一切「功德莊嚴」，與「西方極樂世界」毫無二致。如要知詳細情況，可讀大本阿彌陀經。
己三以伴贊主
『於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量無數菩薩眾之上首，次補佛處，悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏。』
東方淨土，不但有藥師如來，還有無量無邊的菩薩輔助教化。如國家----有了最高的元首外，還有輔弼治理國家的文武百官。東方淨土也是如此，還「有二菩薩摩訶薩」，為其宣化的得力助手：「一名日光遍照」菩薩，「二名月光遍照」菩薩，「是彼」國土「無量無數菩薩眾」中的「上首」。上首，即領導者。用譬喻說，在明淨虛空中，日、月光明，為無量無邊的星光的上首。二大菩薩是藥師如來的繼承者，是「次」後「補」登「佛處」的。娑婆世界的補處，為彌勒佛；西方淨土的補佛處者，為觀音、勢至；淨琉璃世界，則為日光、月光二大菩薩。二菩薩的功德智慧最大，「悉能」受「持彼世尊藥師琉璃光如來」的「正法寶藏」，如王太子能推行父王的政治，才能繼承王業。補處菩薩是佛陀正法的繼承者，當然能受持佛的正法寶藏。正法的法，即常遍的實相。此法不邪名為正；也可名妙法，即是不粗淺而微妙的；約離卻二邊，也可名為中法。藏是庫藏，一切錢財珍寶，不用時可以放進去，要時就拿出來名為藏。一切清淨微妙的功德法財，也都從此正法而流出；一切無邊功德法門，也都含藏於此，所以正法名為寶藏。對此正法寶藏，二大菩薩是能受持而不失，宏通而無盡的。
丁三結勸往生
『是故曼殊室利！諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界』。
上來說明了因地行願，依正果德。即知東方淨土是如此的莊嚴，「是故曼殊室利」！凡是對藥師法門「有信心」的「善男子、善女人等，應當」立定志「願」，求「生彼」藥師「佛」的淨琉璃「世界」。不但資生物是無限的豐富，大眾是非常的和樂，而且能受佛的教化開導。依後文說：凡能生東方淨土的，即得不退菩提。這樣的法門，在十方淨土中，也是難得希有的，應當發願往生才是。
丙二善巧方便
丁一聞名憶念益
戊一離惡益
己一離慳吝貪惜惡
爾時，世尊復告曼殊室利童子言：『曼殊室利！有諸眾生，不識善惡，惟懷貪吝，不知佈施及施果報，愚癡無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護；見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜。復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使、及來乞者？彼諸有情，從此命終，生餓鬼界，或旁生趣。』
如來開示中，依正行願已講完；現說藥師佛的善巧方便。藥師如來，依過去因中的本願力，及現證佛果的無邊功德，救度一切苦難眾生。度生主要是慈悲，而慈悲是內在的，須有高度的善巧方便，才能表現出來。救濟眾生的利益，可分三類：即聞名憶念益，持咒治病益，供養受持益。聞名利益中，又有離惡與得善二類；離惡也有四種，先明第一離慳吝貪惜惡。
這是另一大段，故開頭又說「爾時」，即世尊開示藥師佛國如何莊嚴，勸勉大家往生彼土之時。釋迦「世尊」又「告」訴「曼殊室利童子」：「有諸眾生，不」能辨「識善惡，惟」是一味「懷」著慳「貪」鄙「吝」心。這不識善惡，不是白癡；世間盡有聰明人，滿腹經綸，才智橫溢，然而好事不做，反而盡力作惡。這裡所指，就是那些否認善惡因果，抹煞道德價值的人。
因不識善惡因果，所以也就「不知佈施」的意義，「及」布「施」的「果報」。有些人，可以一下賭輸幾千元，但遇到慈善公益的事情，連少數都捨不得捐助。有些人，可以為男女朋友無謂的吃喝玩，花上幾千幾萬，而不能佈施一碗飯給求乞的窮人。這些人雖不是慳吝，而不知人與人間，是禍福相關的，有互助救難的必要，應該從佈施中，增長自己的功德，求得自己更富裕的果報。財物原是佈施功德所得的。如一粒谷子，播作種子，將有更多谷子的收穫。
可是有些人，不識善惡因果，認為佈施是最不上算的事。這些人，不識因果善惡，是「愚癡無智」；於三寶功德，也「闕於信根」。由於不識因果，不信三寶，所以對一般貧病，及三寶功德，都不肯佈施。他們一天到晚，一味的貪吝，辛苦地為財物而「勤加守護」，捨不得佈施。若「見」有貧窮的向他「乞」求衣食，或是慈善機構向他勸捐「來」了，「心」裡便討厭而「不」歡「喜」。但有時，因人事關係，面子關係，「不」得「已而行施時」，就「如割」了他的「身肉」一般，「深生痛惜」。
像這種人，為自己還捨得花錢，雖然花得並不正當。還「有無量」數的「慳貪有情」，但知把「資」產「財」物「積集」起來，對「於」「自身尚」且捨「不」得「受用，何況能」孝養「父母」，贍養「妻子」？對家裡的「奴婢、作使（傭人）」，不用說是刻薄了；以「及來」向他乞求的「乞者」，更不會施予分文了。在這種人的心目中，祗有錢好，而且越多越好；至於要錢何用，他是從來不曾想到的。「彼諸有情」，如此的慳吝不捨，等到「從此」世界「命終」之後，必定要「生餓鬼界，或」者是墮落「旁生趣」，這裡文略，應還有地獄。餓鬼，顧名思義，它永遠在求食，而永遠食不飽；渴得連水都求不到一滴，長期生活在餓渴的逼惱中。這是貪無厭足，有錢財不肯佈施的應得後果。旁生即是畜生，有些也是貪吝而墮落的；畜生也時常找不到食，如虎狼雖猛，有時也不免挨餓。貪吝不厭的人，永不滿足，即得永不滿的惡報。
『由昔人間，曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時，從彼處沒，還生人中。得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂，好行惠施，讚歎施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭目手足血肉身分，施來求者，況余財物！
上文所述，因貪吝而墮入惡趣的眾生，「由」於往「昔」在「人間」的時候，「曾暫」時聽「聞」到「藥師琉璃光如來」的「名」號，有意無意中稱念過，在心中留下種子，所以當他墮「在惡趣」，受眾苦煎迫，無處可避時，忽然便能「暫得憶念彼如來名」，生恭敬心，至誠懇到而皈向如來。憑此暫時憶念如來聖號的功德，「即於」這一「念時，從彼」三惡道「處沒」──結束了苦難生命，「還」得受「生人中」。由此可見藥師如來的慈悲方便！偶而聽聞過他的名號，就有這麼大的功德，真是佛德難量！眾生聽聞佛號，內心就留下影子，佛法叫做『聞熏習』。一旦遇到苦難，就能記起，且以此而離苦。有些人平時不一定相信，遇難時，才記起來觀音菩薩等聖號，而虔心稱念，於是得免於難；這是常有的事。還生人間以後，「得」到對於「宿命」──宿生經歷的憶「念」，記起前生曾墮苦趣，由於慳貪吝惜，不肯施捨。於是此生能「畏惡趣苦」，徹底改變已往錯失，「不」再但為自己，好「樂」五「欲」之「樂」，而能利益他人，「好行惠施」──或佈施乞者，或供養三寶，或熱心社會的慈善公益。不獨自己好行惠施，並且隨喜「讚歎」別人的布「施」。這樣，自己「一切所有」的財物，「悉無貪惜」而能佈施；「漸次」進修，從外財到內財施，「尚能以」自己的「頭。目、手、足、血、肉、身份」，布「施來求」乞的，何「況」其「余」身外的「財物」？這是由於聽聞藥師如來名號，而能脫離慳貪吝惜的惡行與惡果。
己二離毀犯見慢惡
『復次，曼殊室利！若諸有情，雖於如來受諸學處，而破屍羅；有雖不破屍羅，而破軌則；有於屍羅、軌則，雖得不壞，然毀正見；有雖不毀正見，而棄多聞，於佛所說契經深義不能解了；有雖多聞而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨，如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情，墮大險坑。此諸有情，應於地獄、旁生、鬼趣，流轉無窮。若得聞此藥師琉璃光如來名號，便捨惡行，修諸善法，不墮惡趣。』
釋尊又告訴「曼殊室利」說：「若諸有情」，「雖於如來」正法中，「受諸學處，而」卻「破」壞了「屍羅」。學處，即戒律，為佛弟子所應當修學的處所。佛法有種種學處，如在家眾受五戒，比丘眾受比丘戒，菩薩眾受菩薩戒，其學處各各不同，所以說諸學處。受了學處，就得守持不犯。但眾生煩惱重，或環境惡，往往因放逸而毀犯了。梵語屍羅，是清淨的意思，義譯為戒。持戒能滅除一切煩惱業障，得到清涼自在，所以名為屍羅。破屍羅，即破犯殺盜婬妄等性戒。有的人，「雖不破屍羅」──性戒，「而破」了「軌則」。佛弟子受戒，還兼受有關於僧團生活的軌則，或處群入眾的軌則。破屍羅罪重，但是損壞私德；如破了軌則，更是違犯團體的公共規律。事關公共，罪過實也不小。這即是私德好而公德不好。
「有」的人，對「於屍羅、軌則」，都能受持遵守，「不」曾毀犯破「壞」，「然」而「毀」壞了「正見」。這即是說，行為雖不壞，但思想錯誤，不正確。知有善惡、因果，有生死、解脫，有聖賢、凡夫，這是世間正見；解苦、空、無常、無我、涅槃寂靜、法性如如，是為出世正見。佛住世時，有一比丘，以為涅槃是什麼都沒有，這是破壞正見的邪見。戒德、規律，雖守好，可是破了正見，罪惡更大！因為破了正見，會影響別人，如對佛法的見解不正，傳播邪謬的教法，受害的人就多了。「有」的人，「雖」能「不毀正見」，「而」捨「棄多聞」。這類眾生，知見雖然正確，可是忽略了法門無量誓願學的精神，而以一部經、一句佛為滿足，甚至把其他無邊經論視為多餘的。這樣，對「於佛所說契經」的甚「深義」理，當然「不能解了」，每每誤以不了義為了義。假使學佛的都如此，豐富的三藏寶典，那便祗有置之高閣。斷人慧命，滅人眼目，罪過該是如何重大呢！「有」的「雖」不棄「多聞」，對佛法很有體會，造詣極高，可是起「增上慢」──依增上法而起慢，即未證謂證，未得謂得。
世間學者，學識高人一等，每起驕慢；學佛的也這樣，廣學多聞，或於止觀小有修驗，不覺就起了增上慢。這種人，「由」於「增上慢」的「覆蔽心」志，狂慢得不可一世，「自是」──自己對，而「非他」──說別人不對。結果，他是誹「謗」了「正法」，自認為如來嫡子，獨得正法，而不知實已成為「魔」的「伴黨」了！「如是愚人」，不但「自」己「行」於「邪見」，同時「復令無量俱胝（億）有情」，也「墮」落邪見的「大險坑」！
「此諸有情」，學佛法而入歧途，罪大惡極，合「應」墮「於地獄、旁生、鬼趣，流轉」生死「無」有「窮」盡，一直受諸苦惱。但藥師佛的慈悲威力，是不可思議的。所以在他破屍羅，到起增上慢的一生中，「若得聞此藥師琉璃光如來」的「名號」，「便」能懸崖勒馬，痛改前非，「捨」棄一切「惡行」。破屍羅的能轉持淨戒，犯軌則的能遵守，乃至不棄多聞，不起增上慢；反而勇猛精進，「修」習種種「善法」──持戒、正見、多聞、離增上慢，就此能「不」再「墮惡趣」。這如從層樓墮地，而從半途中把他救濟過來。
『設有不能捨諸惡行，修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能捨家趣於非家，如來法中，受持學處，無有毀犯；正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行，速得圓滿。』
業障輕而善根深的，稱念藥師如來的聖號，可以因慈悲願力的加被，而改惡向善，不致墮落惡趣。但如「有」罪業太重，善根微劣，一時在思想上、行為上轉不過來，「不能捨諸惡行，修行善法」的，當然不免要「墮」落「惡趣」。但「以彼」藥師「如來」的「本願威力」，「令」此罪惡眾生，「現前暫」得聽「聞」藥師「名號」。以此功德，即能「從彼」惡趣「命終，還生人趣」。這回受了教訓，吃了大苦，痛定思痛，深覺從前毀戒破見的不是，而得住於「正見」的基礎。繼而「精進」修行，「善」能「調」伏內心的「意樂」，使它合理。因為切實體驗到三惡道的可怕，深感佛德的崇高，及其慈悲救濟的恩德，所以不再戀著世間，「便能捨」離「家」庭，「趣」向「於非（出）家」，在「如來」的正「法中，受持」種種「學處（戒）」，恐懼戒慎，「無有毀犯」。而且起「正見」，求「多聞」，「解」了契經的「甚深義」理，遠「離增上慢，不」再毀「謗正法，不」致墮魔坑而「為魔伴」黨。這樣的「漸次」升進，「修行諸菩薩」的六度萬「行」，功德便可迅「速」地「得」到「圓滿」。
這段文，對修學佛法的，尤其是末法的現在，顯得更為重要。若犯了以上的種種過失，將墮落而無以自拔，那便應就此現生，勤加修習藥師法門，稱念藥師名號，祈求藥師如來慈悲願力的加被，使我們消除業障，改惡向善。莫待墮入三途受苦，回頭再來修行。
己三離嫉妒誹謗惡
『復次，曼殊室利！若諸有情，慳貪嫉妒，自讚毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦；受劇苦已，從彼命終，來生人間，作牛、馬、駝、驢，恆被鞭撻，飢渴逼惱；又常負重，隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。』
「嫉妒」，即是不耐他榮，從「慳貪」煩惱而引生；由於嫉妒心，必然會「自讚毀他」。如見人有錢、有勢，或有聲望、有地位、有學問、有能力、有道德，一切比自己強，便不能忍受而起嫉妒障礙，自讚毀他；不譭謗別人，便顯不出自己的好處。然而須知自讚毀他，罪惡極重，將來「當墮三惡趣中」，經過「無量千歲，受」盡「諸」般慘痛「劇苦」。不但地獄、餓鬼中多苦，就是「受」完了「劇苦」果報，「從彼」惡趣「命終」，又「來生人間」。或「作牛、馬」、駱「駝」、「驢」子等畜類，「恆」常「被」人「鞭撻」，忍受「飢渴」等「逼惱」；「又常」為人背「負重」擔，「隨路而行」。即使「或得為人」，也還是「生居下賤」，愚笨無能，一輩子「作人奴婢，受他驅役」支配，自己做不得主，得「不」到自由「自在」。自讚毀他，祗是想高高在上，果報反而是生居下賤，被人奴使。
『若昔人中，曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依。以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔罥，破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生、老、病、死，憂、悲、苦惱。』
然而這些眾生，「若」往「昔」生在「人中」的時候，「曾」經聽「聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號，由此」宿習的「善因」，現「今」又「復憶念」起如來，生愧慚心，「至心歸依」藥師如來，懇求救濟。那時，「佛」便「以」大威「神力」，慈愍護念，無論牛馬畜生，或是奴婢驅役，無邊痛「苦」，完全得到「解脫」。而且，轉而成為「諸根聰利，智慧多聞」，知道「恆求」上「勝」的佛「法」；常「常遇」到「善友」，遠離惡知識；「永」遠「斷」除「魔」外的邪見「罥」網，突「破無明罥」。殼，就是卵。如雞在未孵出時，閉在蛋殼內，是黑暗而不自由的；眾生在無明煩惱的蒙蔽中，愚癡暗昧，不得解脫自在，也如雞在殼內。所以破除無明，稱為破無明殼。險惡洶湧的「煩惱河」，為眾生沉溺處，也因佛力的加持，進修而使之枯「竭」。無明與煩惱，是滋潤生死的源泉，既破無明殼，竭煩惱河，「一切生、老、病、死，憂，悲、苦惱」，當然也就完全「解脫」了！
己四離斗訟咒詛惡
『復次，曼殊室利！若諸有情，好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他，以身語意，造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹塚等神；殺諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉羅剎婆等；書怨人名，作其形像，以惡咒術而咒詛之；厭魅蠱道，咒起屍鬼，令斷彼命，及壞其身。
這是離斗訟咒詛惡。眾生的鬥爭、諍訟、咒詛、謀害等種種不道德的行為，都是導源於瞋恨心。這也可以因念藥師如來的聖號而得解除。
藥師佛的本願，又說：「若諸有情」，因瞋恨心重，彼此相處，不能謀求和合諒解，而卻「好」生是非，歡「喜」互相「乖」角「離」間，以致「更（互）相鬥」爭，互相諍「訟」。鬥，即毆鬥；訟，即諍辯，或作文字上的攻訐，或訴諸法律。結果，兩敗俱傷，「惱亂自」己，又惱亂「他」人，彼此都痛苦不堪。人與人間不能和睦相處，造成家庭的糾紛，社會的擾亂；國家與國家間不能和諧相處，引生國際間的戰亂。總之，人類不能和平，不能互助，皆由瞋恨煩惱的作祟。好喜乖離，自他惱亂的眾生，「以身語意」三業，「造作增長種種惡業」。你害我，我也害你，「展轉」報復，「常」時在, 做「不饒益」眾生的惡「事」；或公開，或暗裡，在「互相謀害」。
有力有勢的，可以直接謀害對方；而無能力的，即另想秘密的邪惡辦法。如禱「告」「山林樹」木，以及「塚」墓間的鬼「神」，請它們代替報復。或「殺」牛羊雞等「諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉」與「羅剎婆等」。藥叉，義譯輕捷，行動極為迅速，有大勇力。羅剎婆，義譯暴惡。這二者，是惡鬼中力量很大的，所以祭祀他，請他傷害敵方。或「書」寫「怨」仇「人」的「名」字，中國又加上怨仇的生辰八字，用草木「作其形像，以惡」毒的「咒術而咒詛」他。或以「厭魅蠱道」相害：厭，如泥木匠，嫌主人待遇不好，就在屋樑或牆壁間，暗藏些刀箭假人之類的東西，使主人居住不安；魅，近於中國所說的妖精；蠱道，是集毒蟲在一起，讓它們自相殘殺，到最後剩下一隻，把它弄死，磨成粉末，然後偷放入仇人的食物或衣服中，使他受毒致斃。還有「咒起屍鬼」的，是對死屍唸咒，使屍首活動起來，給他刀槍，要他去「斷」仇人的生「命」，以「及」損「壞其身」體。這些都從瞋恨心出發，害人不到而想出的邪術惡法，都是不道德的。現在時代進步了，少有用這些邪術害人，但人與人的仇恨，仍然非常之深，而相害的手段，更為毒辣、殘酷。
『是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事，悉不能害。一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意及嫌恨心；各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵凌，互為饒益。』
像這類受人毒害的「有情，若得」聽「聞此藥師琉璃光如來名號」，便可承其慈悲威力，使以上的種種「惡事」，失去效力，「不能」再為危「害」，這就是所謂邪不勝正。邪神惡鬼，不管有多大的力量，也不及佛的慈悲願力。如有人遭受誣害，被下級政府機構拘禁，只要最高當局一道釋放令，誰能不服從？所以稱念藥師如來聖號的功德，力量最大！據佛法說，要想危害別人，能否得手，當然是一個問題；若對方果真受害，那他自身也一定有問題的。如佛那樣，身心沒有一絲一毫的污染，淨潔無瑕，任憑再陰再強暴的魔力，也不能損動佛的一毛！猶如我們身上皮膚有傷，一粘著毒藥，便會中毒；若皮膚完整堅實，就不受影響。釋尊在世時，多少外道要陷害他，如用毒藥、惡咒、狂象、大石等，可是全都沒有效用。所以要不受危害，要減輕對方的毒焰，更要增強自己的力量。如遇種種逼惱謀害，應切實受持藥師法門，依藥師如來的加被力，增強自己內在的力量，以消解抗拒外來的魔力。
如得藥師如來的威力加持，不但一切惡事不能侵害，而且「一切」瞋害惱人的毒意，也都消解了，而彼此間能「展轉」的和樂相處，「皆起慈心」；而能相互增進種種「利益」，大家得到「安樂」。彼此間不再存有「損惱意及嫌恨心」；大家都慈顏相向，愛語相勉，「各各歡悅」。對「於自」己「所受」的果報，即使困難艱苦，也能安貧樂道，「生」「喜足」心，「不」再互「相侵」害，互相欺「凌」，而「互」助合作，「為饒益」事。
上面所離的四種惡：一、是出發於貪心，而慳吝鄙惜，不行佈施；二、從慢心出發，譭謗三寶；三、從嫉妒心出發，自讚毀他；四、從瞋恨心出發，斗訟咒詛。這在大乘中，罪惡極大，比之犯殺盜等根本大戒，並無差別。無論勝鬘夫人經、梵網經、菩薩瓔珞經、瑜伽菩薩戒經，都特別提出：若犯了這四種惡，即是菩薩波羅夷罪，違犯大乘戒律。這四種罪惡，個人如不能消除，不能行菩薩道；人類如不能減輕此種罪惡，世界的和平，永久是沒有希望的！所以我們要行菩薩道，消我們的宿業，遏止瘋狂的鬥爭，建設和平大同的理想世界，實有修持藥師淨土，發揚藥師法門的需要！
戊二得善益
己一得往生淨土益
『復次，曼殊室利！告有四眾：苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及余淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所，聽聞正法，而未定者。』
上明離（四種）惡益；此下明得善益，也有四種，先說得生淨土益。
釋尊復對曼殊室利說：「若有四眾」佛弟子──「苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦」。苾芻（比丘），苾芻尼（比丘尼），為出家的男女二眾；鄔波索迦（優婆塞），鄔婆斯迦（優婆夷），是在家的男女二眾。在家二眾的名稱，義譯為近事男、近事女，因他（她）們都已信奉三寶，親近佛法。四眾弟子而外，其他信佛法而未受三皈五戒的，為「淨信善男子、善女人」。這些佛弟子，「有能受持八分齋戒」的。八分齋戒，或名八關齋戒：一不殺生，二不偷盜，三不行婬，四不妄語，五不飲酒，六不著花鬘不香塗身，七不歌舞唱伎及過往觀聽，八不臥高廣大床。此八是戒，還有一種不非時食，名為齋，合為八分齋戒。
受持八分齋戒的時間，「或經一年」之久，「或」祗於一、五、九「三」個「月」內，「受持」此「學處。以此」受戒「善根」，回向「願生西方極樂世界無量壽佛」的淨土，「聽聞」彌陀如來及諸大菩薩的開示「正法」。可是這僅系願望，事實上能否往生，還「未」能決「定」。
眾生因娑婆世界的環境太複雜，障礙太多，不易修學正法，所以要發願往生西方淨土；得一個比較理想、比較合宜修學佛法的安身處。如這樣發願，而對於往生還沒有把握，這就得修持藥師法門，以作補救辦法。往生淨土，除一心稱念佛號以外，還應修學其他功德，積集善根，並非祗須稱念阿彌陀佛名號。如此處所說，受持八分齋戒；又如阿彌陀經說；『不可以少善根福德因緣，得生彼國」，所以修行往生淨土，於信願外，還得兼行佈施持戒等功行。
『若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩、觀世音菩薩、得大勢菩薩、無盡意菩薩、寶檀華菩薩、藥王菩薩、藥上菩薩、彌勒菩薩。是八大菩薩乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中，自然化生。』
願生西方而沒有把握的眾生，「若」能得「聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號」，至心持念；依此稱念功德，及如來的本願力，便可獲得助力。所以當「臨命終時」，即「有八大菩薩」──文殊（曼殊）師利、觀世音、得大勢（大勢至）、無盡意、寶檀華、藥王、藥上、彌勒──「乘空而來」，指「示其」往生淨土的「道路」；一刻間，「即於彼界」的「種種雜色眾寶華中，自然化生」。
極樂國土的寶華，如阿彌陀經說：『大如車輪，青色青光，黃色黃光，赤色赤光，白色白光，微妙香潔』。往生西方的眾生，就在各種不同顏色相雜的寶華中，不須父母因緣，就能自然化生。念阿彌陀佛，臨命終時，有觀音、勢至二大菩薩來接引；若念藥師如來，則有八大菩薩來迎。這裡有個問題：經中『即於彼界』的彼字，究竟是指東方琉璃世界？抑是指西方極樂世界？可作兩種說法：
1.受八大菩薩的引導，往生西方淨土，這是很通情順理的。
2.初發願往生西方淨土，因沒有把握，後又得聞藥師如來名號，始有八大菩薩的接引，是往生東方淨土的。這二種說法都可通，因為佛佛平等，淨土當然也是一樣。我們生到那一淨土，依憑我們過去的願力，功德力。如對阿彌陀佛的信心強，現在稱念藥師如來，藥師如來即能以慈悲願力，助我們往生西方阿彌陀佛的國土。
阿彌陀佛力，伸手拉我們，而藥師佛力，又在後面推一下，生西方淨土就容易了。若對藥師如來的信念深，過去念阿彌陀佛，現在阿彌陀佛，也可助我們往生藥師淨土。淨土的意義是一樣的，喜歡西方即往生西方，樂意東方便往生東方；佛佛道同，淨土與淨土也是平等無二的。
己二得上生天國益
『或有因此生於天上，雖生天上，而本善根亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。』
藥師法門的利濟有情，非常廣大普及。「或有」眾生，「因」為得聞藥師如來名號，以「此」功德而「生於天上」。不生淨土而生天國，並非藥師如來不加被，而是眾生的信心、願力、資糧，不夠作為往生淨土的條件，祗可以感得生天之樂。不過這也與一般生天不同；一般天福享盡便要墮落，可是這類眾生，由於過去生中，曾聞藥師名號的關係，「雖生天上」受天福；等到天壽終了，「而本」有的生天「善根」，「亦未」能「窮盡」。所以絕對可以保證，「不復更生」地獄、餓鬼、畜生等「諸餘惡趣」，不會像一般天人的可能墮落。
己三得還生人間益
『天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道；或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端嚴，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛，如大力士。』
生天是有盡的，但又不會墮落三惡道，所以到了「天上壽盡」，自然「還生人間」。平常都說人間太苦，其實人間是個好地方；釋尊不出天上而生人間。我們可以領會到，人間對於菩提道，是如何富有價值了！人間的環境，不太苦也不太樂，既沒有天國欲樂的迷惑，也沒有三途劇苦的逼惱，實是最適修行辦道的理想場所。我們若能切實利用它，精進修習福慧資糧，那麼佛果是離我們並不太遠的。
從天上還生人間的有情，因過去曾聞藥師佛聖號，成就不深厚的善根，[P110]故他們大多是些有力的領導者。「或為」轉「輪」聖「王，統攝四」大部「洲」。依佛教說，此世界當中有一須彌山，東南西北為四大部洲，每洲多有小王統治。但金輪王統四大洲，銀輪王統三洲，銅輪王統二洲，鐵輪王統一洲。今為金輪王，統攝四大部洲，也即是統一天下。其「威德」極大，權力無比，一切都能如意「自在」。輪王的治理天下，是為了使人類都生活得理想，也即是用良好政治，使人類都過著一種向上的、有意義的生活，故說：「安立無量百千有情於十善道」。頂好的政治，即是推行十善的政治。十善是：身不殺生、不偷盜、不邪婬；口不妄語、不兩舌、不惡口、不綺語；意不貪、不瞋、不邪見。經裡說輪王的治權到達一個地方，小國王便以金銀財寶獻給他，他不要，祗是諄諄勸導小王，多以十善治世。輪王的理想天下，是十善普及的天下，政治是一種道德的政治，引導人民步上美滿、安樂、向上的人生境地。所以經中每說轉輪聖王，多系菩薩的化身。孔子所說『導之以德，齊之以禮』的政治，與輪王的德政相近。這重於道德的激發，思想的淨化，從精神文明的基礎上，建立高尚的道德生活，融道德與政治而為一。
福德較大的眾生，還生人間作輪王；差一點的，則「或生剎帝利」──武士貴族階級；或生宗教階級的「婆羅門」族；或生於「居士大家」──自由民中的實業家。轉生以上的三大族，第一是產業豐富，「多饒財寶，倉庫盈溢」；第二是身「形相」貌，生得極其「端」正莊「嚴」；第二是父母、兄弟、夫婦、兒女等「眷屬」，都「具足」無缺；第四是生得很「聰明」，有「智慧」，廣聞博知；第五是「勇」敢、「健」強、「威猛」無比，「如大力士」那樣，可以摧伏一切，而不為他所屈。生於人間而具備了這一切優越條件，才算是美滿幸福的人生。
己四得轉生丈夫益
『若是女人，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。』
「若」本來「是女人」，對於女身生厭棄心，因「得聞世尊藥師琉璃光如來名號」，而「至心」領「受」奉「持」，便能永遠「不復更受女身」，以大丈夫身，精進修行，向於佛果。
以上的離四種惡，得四種樂，均為聽聞藥師如來聖號，進而至心稱念，如法修持，而獲得的效果；我們若想離惡得樂，就得依此教法信受奉行！
丁二持咒治病益
戊一由願觀苦
『復次，曼殊室利！彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦，瘦攣、干消、黃熱等病；或被厭魅、蠱毒所中；或復短命；或時橫死；欲令是等病苦消除，所求願滿』。
如來開示的善巧方便中，現講第二持咒治病益。聞名利益內容廣，可以離種種罪惡，獲種種善樂；持咒利益較狹，祗能治病。眾生如有病苦，虔誠持念藥師咒，便可病根拔除，恢復健康。
釋尊說了聞名利益，又呼喚「曼殊室利」說：「彼」東方「藥師琉璃光如來」，當他證「得」大「菩提時」，「由」於菩薩因地所發的「本願力」──欲慈濟一切眾生的苦難，尤其是病苦，所以便以慧眼「觀」察「諸有情」的病況。眾生所「遇」種種的「病苦」，今祗略舉數種：
1「瘦攣（羸）」，即肺病等，古代叫勞傷病。
2「干消」，我國醫書中叫消渴症，口渴、肚餓，吃得多，屙得多，一天天消瘦。
3「黃熱」，即黃疸，身上溫度高，面色眼睛全都發黃。這三種病，在當時為極流行的重病，故釋尊舉為例證。這均屬生理上的病患。
其次，「或被厭魅」所擾，即被人暗中捉弄，使其神識顛倒，危害健康；或被「蠱毒所中」，而喪身失命。眾生遭受這些病患與毒害，「或」即「短命」──年輕便夭亡，未盡天年；「或時橫死」，如為刀槍所傷，為水所溺，乃至火燒致死等。人的福報盡，壽命未盡，是短命；福報、壽命都未盡，而偶然死於非命，名為橫死。
藥師如來發大慈悲，「欲令」眾生一切「病」痛「苦」難，皆得「消除」，使其「所求」的消災延壽的「願」欲，能夠得到「滿」足。
有人說念佛好，有人說唸咒好。若依本經看起來，念藥師佛功德要大得多，什麼惡業都能消除，什麼願望都能感應實現；持咒功德雖妙，但祗局於治病。所以我們要求消災免難，平時的行持，最好還是多多稱念藥師如來的聖號；若為治病，即可多持藥師神咒。
戊二入定說咒
時彼世尊，入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱；既入定已，於肉髻中出大光明，光中演說大陀羅尼曰：
上面說藥師如來由大悲願力，觀察眾生的病苦；既然深知眾生病情，為滿足眾生的願求，特為施設方便，入定宣說神咒。
那「時」候，「彼」藥師「世尊入三摩地」──定。三摩地，此譯等持，即平等持心，不惛沉，不掉舉，令心保持平衡、安靜，而專注於一境。在經中，佛將說法、說咒，或現神通時，每每先入定。佛原無時不在定境中，無論穿衣、吃飯、說法度生，佛的心境都常安住定中。不過為與眾生作示範，適應眾生的心情，故每欲說法（咒）現通的時候，即首先入定。佛法雖不特別重視定，但一切功德智慧，確都由定中流出。定的種類很多，根據其不同作用，而安立種種名稱；現在藥師如來所入的三摩地，叫做「除滅一切眾生苦惱」定。
藥師如來「入定」後，即「於肉髻中出大光明」。頭頂上的肉髻，為佛的三十二相之一，名無見頂相。頭部為全身最高最貴的所在，今從佛的無見頂上放大光明，這即表示從最高定發究竟慧；身光先發，心光也就隨應而來。慧發於定，而說法說咒，則又是從智慧流出的善巧方便，故從無見頂上放大光明。大乘經所說咒語，每有從佛的無見頂放光說出，如楞嚴咒，即是佛頂放光化佛而宣說出來的。頂髻在佛的最高處，我們所不能見，表示此咒從佛最高的智慧中流出，深妙不可思議。
「光中演說大陀羅尼」：陀羅尼，譯為總持，其中含二義：一持，二遮；能攝持一切功德，遮障一切罪惡；也即是總一切法，持無量義。在佛經中，有文字陀羅尼、語言陀羅尼等多種，此處是咒陀羅尼，因其功用大，故名大陀羅尼。
南謨薄伽伐帝，鞞殺社窶嚕，薜琉璃，缽喇婆，喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿囉喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝，娑訶！
向來以為咒是秘密藏，持念就好，不可求解；其實咒語大部份都可以解釋，祗有極少幾句在可解與不可解之間。「南謨」，即皈依、皈命的意思。「薄伽伐帝」，為薄伽梵的異譯，也即是世尊。「鞞殺社窶嚕」，是藥師。「薜琉璃」，即是琉璃。「缽喇婆」，是光。「喝囉闍也」，是王。「怛陀揭多耶」；是如來。「阿囉喝帝」，是應（供）。「三藐三勃陀耶」，是等正覺。這幾句綜合起來，即是：『皈命世尊藥師琉璃光王如來、應、等正覺』。以下才是真正咒心：「怛侄他」，就是『即說咒曰』的意思。「唵」，應讀作嗡音，意義很多。1.皈依義，即是集中身心而向於三寶；2.警覺義，[P117]提起注意，也就是把精神集中起來，注意一個地方。「鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社」，即是說：藥！藥！藥！「三沒揭帝」，即是普度，普遍救度一切眾生之義。「娑訶」，也作『娑婆訶』，意思是速得成就，等於中國古代文書中的『急急如律令』。
此咒上半是皈依藥師如來，祈求加被；下半是說用藥治療一切眾生病苦，希望立即痊癒。
佛教中的咒語，形式大多如此，一開頭就是歸依什麼佛或什麼菩薩，如大悲咒的「南無喝囉怛那哆囉夜耶』等，即是歸依三寶，歸依聖觀音菩薩的意思，往生咒的『南無阿彌多婆夜』，即是歸依阿彌陀佛；還有善天女咒，以及其他許多咒語，也都以歸依為開始。持咒到底是否靈驗？這當然有其潛在難思的作用，不過也有條件。在特殊情況下，危急臨頭，專誠懇切，念起來就每有效用。或者是經很長的時間，每日精勤持念，才能發生神效。
有人持大悲咒，十年或廿年，得到神驗，可以為人治病，一念就發生作用，這是恆久受持的關係。有的人臨時念幾遍，心不專切；或斷斷續續受持，沒有恆心，所以不會靈驗。如打太極拳，時間短暫，不曾多練習，對身體毫無用處；若時間長久，而能無間練習，自然可以出功夫。持咒與念佛，都要持久，要一心專念。
不過唸經念佛與唸咒，多少有些不同。唸經要瞭解經義，念佛也要明瞭佛的名號及其本願功德；唸咒則不然，咒的含義非常多，不必瞭解，行者祗須集中精神持念就行。雖然不能瞭解其中意義，但有一潛在的力量。這種力量，隱而不顯，看不見，想不透，而作用卻非常大。我們持念藥師咒，依此咒的力量，就可與藥師如來的願力相交感，而得消除病患。這如世間人，有時用說話，或用通訊，可以詳盡地表白意見，使對方明瞭；可是有時，彼此預先有了密約，或祗用一句話，或符號，或密碼，外人雖然不懂，但他們兩者間，卻能藉此互達情意。藥師咒，就是我們眾生有病痛時，向藥師如來懇求救濟的一種密碼；我們不一定瞭解其中意義，祗須至心持念，自然就會與藥師如來的慈悲願力發生交感作用，使我們達到消除病苦的目的。其他咒語，凡有不可解的地方，我們都應作這樣的理解。
爾時，光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
當「時」，藥師如來在「光中說」了「此咒」之後，因受佛光的威力所動，「大地」都「震動」起來，而且普遍的「放大光明」，照「一切眾生」，使一切眾生頓除宿業，所有「病苦」，盡「皆」消「除，受安隱樂」，不會再受病苦的纏綿侵擾，而永遠過著安靜康寧的生活。藥師如來在東方淨土宣說此咒，可令彼土一切眾生身心健康，無病自在，得安隱快樂。地動放光除病等，即表示此咒的功力，是何等偉大！釋尊本著悲愍心懷，特別將他介紹給這個充滿無邊病苦的娑婆世界，希望我們能夠依教奉行，也得藥師如來的護念，根絕一切病患，像東方淨土的眾生一樣，過著安寧康樂的生活。
戊三持咒滅苦
『曼殊室利！若見男子、女人，有病苦者，應當一心為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水，咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，至心念誦，皆得如是無病延年；命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。』
唸咒除病，最好是病者自己念；若病勢沉重，自己不能持念，那末別人可代為持念。
釋尊又告訴曼殊菩薩：假「若」看「見」有「男子」或是「女人」，染患到種種「病苦」，就「應當一心為彼病人」，虔持藥師如來神咒，使他脫離病痛。在平時如肯下工夫勤念多念，念得一心不亂，到了應用的時候，必然有靈驗的。
替病人持念此咒時，必須洗「澡、漱」口，「常」保持身口的「清淨」。然後用病人吃的「食」物，如水果、稀飯之類；「或」用病人所服的「藥」湯藥丸；「或」用「無蟲」的清淨「水」也可以；用這些東西，持「咒一百」零「八遍」，然後給「與」病人「服食」。這樣，病人「所有」的一切「病苦」，便可「悉皆消滅」。
「若有」其他的要「求」，如恢復健康以後，要求免於短命，或免於橫死、餓死等等，能「至心念誦」藥師神咒，也同樣可以蒙佛加被，得以「無病延年」。而且，「命終之後」，憑此咒力也能展轉引發功德，往「生」東方淨琉璃「世界」。只要往生東方淨土，決定「得不退轉，乃至」究竟證得大「菩提」果，如西方極樂淨土一樣。
戊四結勸受持
『是故曼殊室利！若有男子、女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘。』
持咒利益，到這裡作一結論，釋尊鄭重勸導大眾恭敬受持，所以呼曼殊室利說：以「是」之「故」，「若有男子」或「女人」，對「於彼藥師琉璃光如來」，能「至心殷」勤、尊「重、恭敬、供養」，那末對於「此」藥師「咒」，應當「常」時受「持」念誦，自利利他，切「勿令」它「廢忘」！[P122]
丁三供養受持益
戊一供養得護持益
己一修供養行
『復次，曼殊室利！若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來應正等覺所有名號，聞已誦持；晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香華、燒香、塗香、作眾伎樂，供養形像。』
在供養受持益中，先明供養得護持益。對於藥師如來，不但要稱名，持咒，同時還要施設種種供養。先說供養藥師佛。
釋迦世尊又說：「復次，曼殊室利」！「若」對佛法「有」清「淨信」心的「男子」和「女人」，「得聞藥師琉璃光如來、應、正等覺所有」的「名號」，及其悲切的行願，和消災免難的慈恩，聽「聞」以後，應恭敬「誦持」──這包括禮拜供養。如普賢的十大行願，即有『稱讚如來』與『廣修供養』等願。然而，供養藥師佛，應該如何呢？這裡說：早「晨」起來，首先就得「漱」口洗「澡」。印度古代，一般習慣於清「晨」起身，就「嚼」一種「齒木」，木中有苦汁，可除口臭；用這種木枝漱刷、等於現代牙刷牙膏的合用。漱口沐浴之後，身心都已「清淨」，然後敬獻各種芳「香」的妙「華」；及「燒」燃用的名「香」；「塗」身的「香」末，香膏；以及「作眾伎樂」，歌頌讚歎。藥師如來在東方世界，此間眾生不能面申供養，所以這香華供具，祇能「供養」他的「形像」──金塑、木雕、銅鑄、紙繪等像。有人問：佛不在這個世界，我們供養他，是不是能有利益？這可說一譬喻：如總統住在台北，而台灣各處，以及僑胞都為總統祝壽，當然總統是受到大眾的慶祝，不能說毫無意義。我們供養佛陀，佛陀當然受到我們的供養；而且由於我們的敬虔心，清淨心，當然能成功德利益。
『於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義。
一方面供養藥師如來的形像，一方面對「於此」藥師琉璃光如來本願功德「經」，也要供養受持。或「自」己「書」寫，或「教」別「人書」寫；現在工業發達，有了印刷，不一定是抄寫，出錢印經也一樣。此外，還要對此經義「一心受持，聽聞其義」。受持，包括從聞起思，從思而修的一切行。這不要以為是學教，這是真正的受持於法，供養於法。
『於彼法師應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少；如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提』。
供養藥師佛，供養藥師法門，更應供養弘揚藥師法門的法師。所以說：對「於」宏揚此法門的「法師」，也「應」當廣「修供養」。古德說：『人能宏道，非道宏人』。佛法所以能久傳，能發揚光大；使正法住世，慧命延續，完全是法師的功績。對某種經典或某一法門，有法師倡導宣揚，人們才知道它的殊勝功德，種種好處，因而才有人發心書寫經典，有人雕塑佛像，有人受持讀誦，禮拜供養，乃至依法奉行。所以有了法師，佛法僧三寶也就俱全了。因此，對宏揚藥師法門的法師，應起恭敬心，供養心。凡是生活上需要的「一切所有資身之具」，如穿的，吃的，用的，「悉皆施與，勿令」資生「乏少」，而障礙自修或宏通。供養法師，應作報恩想，利益眾生想。若能「如是」供養三寶，不但藥師如來歡喜護念，即十方「諸佛」也歡喜「[P125]護念」，使其「所求」之「願」，皆得圓「滿」實現，「乃至」悟證「菩提」。
己二得護持益
庚一曼殊護持
爾時，曼殊室利童子白佛言：『世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。
如來說到，於藥師法門凡能受持、供養的眾生，藥師如來及與諸佛，都會加被護持；曼殊室利菩薩，即隨順佛旨，而說自己與諸天護持。先是曼殊菩薩發願護持。
當釋尊開示供養利益「時」，「曼殊室利童子」稟「白佛」說：「世尊」！受持供養有這麼大的功德，為了利樂有情，「我當」發大「誓」願，要「於像法轉時，以種種」善巧「方便」，「令」一切有清「淨信」心的「善男子、善女人等」，大家都能「得聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號」，甚「至」在惛沉的「睡」夢「中」，也「以」藥師「佛」的「名」號，給他們聽到而有所「覺悟」。這是曼殊菩薩在佛前所發的悲願。現今大家能夠聽到藥師如來的聖號，和親聞藥師如來本願功德經，可說皆因曼殊菩薩的悲願力的加被。夢裡見佛或聞佛名號，也是常有的事。半年前，有位居士告訴我：台中有一位太太，原是天主教徒。一天夜裡，在夢中見一塊不像是樹幹又不像石頭的東西，上面刻著『大悲心陀羅尼』六個大字。她為此請教很多人，個個都說不懂；後來遇到一個佛教徒，才告訴她，佛教確有這麼一部叫『大悲心陀羅尼』的經典。她於是改信佛教，並且發心印行那一部經。這有兩方面的因緣：一是自己善根已經達到成熟階段，二是菩薩的大悲願力，使眾生在夢中不知不覺間發現到。當前法會大眾，不要以為自己沒有善根，夢裡不曾見有菩薩指點；我們在清醒時，能夠聽聞或持念藥師聖號，及能聞此藥師法門，比之夢中的見佛聞法，善根要深厚得多呢！
庚二諸天護持
『若於此經受持讀誦，或復為他演說開示；若自書，若教人書；恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養；以五色彩，作囊盛之；掃灑淨處，敷設高座，而用安處。爾時，四大天王與其眷屬，及余無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。
諸天護持，與曼殊護持稍有不同：曼殊是以各種方便，令人得聞藥師聖號；諸天則是護持修學藥師法門的人。
曼殊又說：「若」有人對「於此」藥師琉璃光如來本願功德「經」，能自己「受持」──領受經義，持念不忘；閱「讀」、背「誦」，「或」者「為他」人「演說」，如實「開示」；或「自」己「書」寫此經，或勸「教」他「人書」寫。這都是修學藥師法門應修的法行。不管讀誦也好，講說、書寫也好，對於法寶總要生「恭敬」心，「尊重」心，如開經偈說：『無上甚深微妙法，百千萬劫難遭遇』。對於經典，要「以種種華香、塗香、末香、燒香、華鬘、瓔路、幡蓋、伎樂，而為供養」。瓔珞，即用線貫串起來的各色珠寶。幡是扁形的長幡；蓋是圓頂的涼傘，可遮太陽。伎樂，如琵琶、簫、笛、琴等樂音，及歌唱的佛贊等。修持藥師法門，須從內心生起虔誠的崇敬，又要以香花寶蓋等供養。同時，還要「以五色彩」緞，「作」成經「囊」，「盛」置藥師經，然後將「處」所「掃灑」清「淨」，「敷設高座」，「用」作供壇，「安」放經典。
學佛者，常有用金或刺血寫經，而作虔誠的供養。供養經典，使人生尊敬心，難得想，從此聽聞、讀誦、受持經義，進而依解起行。一般寺院，把藏經請去，置之高閣，供養得好好，而卻不進而讀誦受持，不知發掘其中法味，以長養自己的慧命，因之減少了供養法寶的意義與無上價值！佛法以信心為本，為了易於領受經裡的教誡，大乘經典都特別重視隆重的供養。所以藥師法會，依照儀軌規定，壇的當中，應該供奉藥師經。
在莊嚴清淨的法壇中，大眾（個人也如此）若能如法供養修持，那「時四大天王與其眷屬，及」其他「無量百千天眾，皆詣其所」，而作「供養，守護」修行者。諸天的降臨，一是尊重法寶；一是見法壇佈置如法，行者心誠，一意奉持，故特來隨喜──聽聞、禮拜等；三是特來護持道場，以免惡鬼神的擾亂。四大天王，向為佛教有名的護法，故大寺院的山門，總供奉四大天王的形像。真正修學佛法的人，用不著請，諸天自己會來。如法壇佈置不如法，不清淨，修學的人無誠心，無恭敬心，那無論怎樣請他，也是不會來的。經中說：若能至誠一心修持，不但四大天王，即帝釋梵天等都會來護持。經說：『減少阿修羅，增益諸天眾』。眾生肯發心修學佛法，即是向善向光明，即使不得解脫，也可生天，所以修學佛法的人多，天眾也就跟著增加；而阿修羅（天的搗亂者）自會減少。因此，諸天見人修學佛法，便生隨喜心，誓願護持。諸天蒞臨時，人雖見不到，但有特殊現象，可為證明：一、異香滿室。二、所供鮮花，雖隔天而不萎謝，鮮艷如初從樹上摘下一樣。三、大眾同見光明──非個人的幻覺。天人下降護法的現象很多，這不繁述。總之，參預藥師法會，如能真實如法修持，確有這些感應的。
談到護法，最好是不請自來，受道行的感召而來，其動機真誠而純正，才能貫徹始終一意護法；否則請求而來，自己身心不純淨，有時不僅不護法，還要引起麻煩，天神護法如此，宰官護法何嘗不如此？若能道場清淨，生活嚴謹，精進道業，弘揚佛法得人的信敬，自會來護法，這是從自力中引生他力。不然的話，請求護法，有時會增多困難的。
『世尊！若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處無復橫死；亦復不為諸惡鬼神，奪其精氣；設已奪者！還得如故，身心安樂』。
曼殊菩薩又接著說：「世尊！若」是「此」藥師「經寶流行」的地方，「有」人「能」夠恭敬「受持」。一方面，「以彼世尊藥師琉璃光如來」的「本願功德」力；一方面「及」聽「聞」藥師如來「名號」，而憶念受持力，承此功德善根，「當知是處無復橫死」──即在那藥師經流通的區域內，不會有非分而死的；同時也不會「為諸惡鬼神奪其精氣」。有些人平時精神煥發，色力充足，陡然間一天天頹萎下來，色力減退，精神由不振而顛倒錯亂，這即遭邪神惡鬼奪了精氣的病相。若依藥師法門修持，便不致遭此厄難；「設」使「已」經被「奪」，也會慢慢「還」復健康，「如」同正常時候一樣，「身心安樂」。俗語說：「邪不勝正」，如我們修學佛法，心地光明，思想行為都純潔嚴正，那麼一切邪惡鬼神，不獨不敢來奪精氣，就連和我們接近也不敢的。我們修學佛法，要懂得此理，切勿起不純正的思想，與不合法的行為，以免自尋苦惱。
戊二受持得加被益
己一受持儀軌
佛告曼殊室利：『如是！如是！如汝所說。曼殊室利！若有淨信善男子善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之；散種種華，燒種種香，以種種幢幡莊嚴其處；七日七夜，受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣，應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情，起利益安樂，慈、悲、喜、捨，平等之心，鼓樂歌贊，右繞佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。』
此下，說明受持而得藥師加被的利益。應怎樣受持，才能合法而得感應？所以對修持藥師法門的儀軌，先加以說明。
釋迦「佛」認為曼殊所說的不錯，所以印可他說：是這樣！是這樣！正「如汝所說」的。接著就告訴曼殊說：「若有淨信善男子」及「善女人等，欲」想「供養彼世尊藥師琉璃光如來」，「應」該首「先」「造」作藥師「佛」的「形像」，然後「敷」設「清淨」的高「座」，「而安處」佛像。上韭已說過，佛像的體質有木刻的、金塑的、銅鑄的、紙繪的，各式各樣不同。依本經說，藥師壇內須供七尊佛像──均為藥師佛像。在所供佛像前，應該「散種種華」。散花，原是印度的敬禮；當釋尊游化說法時，聽眾每來散花。還要「燒種種香」──如末香、檀香、沉香等類。並「以種種幢幡莊嚴其處」。
這些，是關於壇場的佈置事宜；至於行者的修持方面，則應該：「七日七夜，受八分齋戒」──這約未受戒或僅受五戒的在家信眾說。「食清淨食」：如受八關齋戒的，吃晚飯即是不清淨；或吃蒜蔥等葷物，都屬不清淨食。對於身體，也要時常「澡浴香潔」，隨時更換「清淨」的「衣」服。還有更要緊的，參加藥師法會，內心必須清淨，不「生」一點「垢」穢染「濁」的「心」念，也不發「怒」或存有「害」人的不良心理。因為佛法最重慈悲，特別是藥師法門，它底基本精神，就是慈濟眾生，利樂眾生；若起怒害心，則與藥師法門不相應。所以我們不但對於父母師長、兄弟妻子，不生怒害心，「於一切有情」，也應盡量生「起利益」和「安樂」，皆待以「慈、悲、喜、捨，平等之心」。慈是與樂，悲即拔苦；一方多予人快樂，一方減除人的苦痛，名為慈悲。喜是無嫉妒心，見人離苦得樂，生歡喜心。捨即平等心，不分冤親愛惡，一律平等看待。這四種心，名為四無量心；此心非常廣大，因在一切眾生邊起，而眾生無量，此心也就無量，故名四無量心。身心都已修治清淨，而後來修持。
一、「鼓樂歌贊」；
二、「右繞佛像」。鼓樂如擊犍槌；歌贊如唱念藥師贊偈等。右繞佛像，是表示敬佛。中國以左為大，印度以右為大，故繞佛皆從右而左。
三、「應念彼」藥師「如來」的「本願功德」。念佛，不光是口頭稱念佛名，還要由內心憶念佛的功德；尤其是藥師如來，更要多多憶念其因地十二大願，消災免難的慈濟精神，及與依報正報的無盡功德，如此才能與佛的心願相應。
四、「讀誦此」藥師「經」，要深深地「思惟」，以求理解得「其」中奧「義」，依解起行，行解相應。五、為人「演說開示」。這是釋尊開示啟建藥師法會所應具備的條件。我們參預法會共修，或為個人專修，都應切實遵照釋尊指導的軌則去行，然後才可獲得所希求的成果。
己二受持效益
庚一獲福益
『隨所樂求，一切皆遂：求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女。』
依如來的善巧方便，施設修學藥師法門的方軌，必能獲得效益。效益中又分二，先是獲福益。
由於奉行藥師法門，能夠得到「長壽」、「富饒」、「官位」、「男女」等四種福報，可見藥師法門對現生樂的重視。現生樂的要求，是人類普遍而本能的要求。在這人世間，能獲致綿長的壽命，富裕的經濟，崇高的政治權位，滿堂的兒女，幾乎被看為人生幸福的極點，誰不希求？一般人從生到死，忙碌一輩子，無非為了滿足這些慾望；然而人生是缺陷的，任憑怎樣努力趣求，也難以完滿實現。祗有依藥師法門去行持，仗藥師如來大悲願力的加被，始能「隨所樂求，一切皆遂」。
我覺得，修持樂師法門而滿足這些願望，倒還容易，唯得到之後，將如何運用這人生的幸福，卻值得考慮。例如利用長壽，多做饒益眾生、建功立德的事業。利用富裕的經濟能力，給孤濟貧，廣作文化慈善公益。利用官位[P136]權力，作革新社會，改善民生，利益社會人群；或能更進一步，利用政治力量，護持三寶，發揚佛教精神，以促進政治的健全。若有了兒女，能施以良好的教育，為社會國家造就健全的公民，和有用的人材；從自己說，培植出養老送終的孝子，將來始可老而有賴。這樣的人生，不獨美滿幸福，而且才過得有意義，才切合藥師如來加被的原意。否則，壽命雖長，而所作所為，全是危害國家社會的壞事，倒是早些夭亡還乾淨些！若有了錢，而不做慈善公益，或自己胡亂揮霍，或專留給下代子孫作業造罪，還不如困窮而能安貧樂道的好。求得官位，而倚仗權勢，欺凌弱小，壓迫善良；或貪污舞弊，弄到身敗名裂，這又何苦來？又如生得兒女滿堂，而儘是不肖之徒，既不孝敬父母，又不奉公守法，終日遊蕩，不務正業，結果耗盡財產，為非作歹，擾害人群；多生兒女而增添苦痛麻煩，試問有何好處？所以我們修學佛法的，對這四項，應當願求圓滿，但必須多加考慮，才不致弄成因福得禍。從這些地方，即可知道：現生樂雖好，但不徹底；要善能運用，運用得恰當，引入[P137]出世大乘，才能得到真實受用。
前面說，藥師如來發十二大願，對於為飢渴逼惱的眾生，先以上妙飲食飽足其身，然後以無上法味，令其畢竟安樂，由淺而深。這四事，也可作深一層解釋。如長壽，世間的長壽，即使活到一百二百歲，也不過是『石火光中寄此生』；祗極短暫的一閃，便歸幻滅。若由如實智慧，證得法身慧命，盡未來際，不生不滅，那才真正得無量壽哩！論富饒，法華經說，佛為大富長者；菩薩有無量的本願功德，佛果有無邊的法財，受用不盡；藥師淨土是琉璃寶所成，阿彌陀佛的極樂世界，也都以金銀七寶等物為嚴飾，這是何等的富有？官位，佛於一切法得大自在，為三千大千世界的法王，其崇高地位，超過一切有權力者。再說男女，佛法每以善心誠實為男子，柔和忍辱為女人。所以我們修學佛法，對此四事應該有深一層看法，要以證得法身慧命，具備功德法財，登法王位，以及有誠實和忍辱的德性為願望，這才是藥師法門的最高境界。[P138]
庚二免難益
辛一百怪出現難
『若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處，百怪出現；此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。』
下為免難益，第一是離百怪出現難。
釋尊說：「若復有人」，睡覺的時候，「忽得惡夢」，看「見種種惡相」現前；「或」有不祥的「怪鳥」，如貓頭鷹、烏鴉之類，突然飛「來」聚「集」家中；「或於住處，百怪出現」，如房屋巨響，器皿自破，或夜出怪聲，種種希奇的現象，從未曾有過，而驟然發生，這都是個人或家庭不祥的預兆。
此類異乎尋常的現象，使人引生不幸的預感，而且每有應驗。近見報紙登載：有個外國人，養了一條狗，一天忽然跳出屋外，大聲狂吠起來，主人跑出一看，整個屋子跟著坍下。據科學家研究，人們將發生不幸的事情，畜類可能有一種第六感官，可以預感得到。我們若遇到這類怪現象，
第一、不要慌，一慌就不易應付。如正人君子，心地坦然，或是有道德有修持的人，索性就不要睬他。我國有句俗語：『見怪不怪，其怪自敗』。
第二、若德行有虧，則虔誠稱念藥師如來聖號，祈求佛力加被，一切怪事自可消滅。所以這裡說，遇怪現象擾亂的「人」，「若」依上面所指示的，備辦各種美「妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來」，那麼所有「惡夢惡相」等「諸不吉祥」的現象，就會「皆悉隱沒，不能」成「為」我們的禍「患」。
辛二一切怖畏難
『或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、師子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖；若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫。』
在各種恐怖的災難中，此處列舉出來的，「有水」災，大水成災，可淹死園田的農作物，沖毀房舍，漂沒生命，如大陸空前未有的大水災，不知多少災民，等待救濟。「火」災，大火成災也可怕，有時一燒就是百千棟的房[P140]屋，人命財產的損失，極為慘重。「刀」災，即戰亂時期的一切災難。「毒」是遭毒藥所害。「懸險」，即走上絕崖峭壁，及危橋險坑，容易失足墮落。「惡象」，像有暴戾的，見人就要蹈死。另外還有惡「師」、猛「虎」、凶「狼」、犬「熊」、和「羆」──即人熊等，都是獸類中最兇猛的一群。「毒蛇、惡蠍、蜈蚣」，是毒蟲，若被咬到，不是中毒致命，便是發腫發痛。「蚰蜒」，俗稱蓑衣蟲，與蜈蚣同類，毒液滲入皮膚，立即起泡，發痛發癢。「蚊、虻」，如前已說到。眾生「若能至心憶念彼佛」──藥師如來，及「恭敬供養」，便能承此殊勝功德，對以上「一切怖畏」災難，「皆得解脫」。
我們之所以會遭遇猛獸毒蟲的啖害，一是由於自己宿業的招感；二是現前心意太毒。我們稱念藥師聖號，一面消除業障，一面培植慈悲心，減除毒害心，如此便可消災免難。有的人說：虎狼是人類的禍害，應該把它撲滅。其實毒蛇猛獸並不一定要傷人，而是人心太毒太壞了，總是存心要傷害它，為了自衛，它當然也會傷害你。有人問馴獸師：何以整天跟老虎獅子一塊玩而不被傷？他說：簡單得很，祗要取得它們的信心，讓它們確知你實無心害它，而且對它有利，它也就不會咬噬你，並且和你成為好朋友，任憑撫摩玩弄，毫不介意。可見老虎、獅子也有友好的感情。克實說來，虎狼猛獸是怕人的，憑他們的本能與經驗，見了人就以為要傷害它，所以迎頭抵抗。蜈蚣也是如此，有時爬在我們的身上，不摸它沒有事，摸它就被咬一口，因為它要自衛，故起而反抗。我們學了佛，宿業一天天消損，慈悲心一天天增長，一切惡獸毒蟲的傷害，自會漸漸減少。古語說：「至德之世」這是真理，並非笑話。佛教有的祖師住在山中，無人照應，就養兩隻老虎作伴，在他慈悲心懷的撫慰之下，一切馴服聽話。明乎此理，欲求消災免難，就得至心稱念藥師如來的名號，以消除宿業，滋長悲心；將內心的瞋毒，洗刷得乾乾淨淨，然後災難始得免除，否則，可別以為藥師如來不感應呢！
辛三內亂外患難
『若他國侵擾。盜賊反亂；憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫。』
國家的災難，不出二種：
一、為「他國侵擾」──外患；
二、為「盜賊反亂」──內亂。
如過去有黃巢、李闖、張獻忠等流寇的作亂，現今有共產黨的叛亂。國家戰亂，弄得國破家亡，妻離子散，民眾到處逃難，不能安居樂業，真是痛苦極了！這是關於內亂方面的。外患如日本過去的侵略我國，在八年的長期抗戰中，人力物力不知損失多少，挨盡戰爭的苦痛。總之，不管內亂也好，外患也好，我們不幸遭逢這種國難民禍，若能「憶念、恭敬」、禮拜、供養「彼」藥師「如來」，這些內亂外患的災害，「亦皆」能夠獲得「解脫」。
因為一個國家受到內外禍患，其主要因素即是本身不健全，所謂木腐而後蟲生，如內部健全，無隙可乘，外人不敢侵犯，內亂更不會發動。我們稱念藥師如來名號，依藥師如來的本願去實行，這些災難根本不會發生；若萬一已經發生，仍須稱念藥師聖號，修持藥師法門，祈求如來本願功德的加被，同時消除大眾的業障。國難是大家共業的所感，非個人或少數人的事，所以要大家至心一意，共修藥師法門；大家一致稱念佛號，恭敬禮拜，發願懺悔，這樣才能滅除國難──從重而輕，由輕化無。
元朝兵力最強，曾派兵東征日本，日本因國小兵弱，無力抵抗，非常著急，後來發動啟建護國消災法會，由全國民眾集中力量，一致祈禱佛力加被，結果元兵兩次進犯，兵船都被狂風吹覆，而日本的國難也得以倖免。可是後來，日本反轉來侵略我國，終至釀成第二次世界大戰，美國也參加攻擊日本，情勢危急。日本也曾修息災法，結果，原子彈仍然落在日本。所以，佛力的感應，應為系受人侵略，如侵略他人，那是罪有應得，除非確實認錯，痛切懺悔，一切都沒有用。
辛四毀犯墮落難
『復次，曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事余天，唯當一心歸佛、法、僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻尼五百戒，於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者[P144]，必定不受三惡趣生。』
毀犯屍羅，墮三惡趣，也是一大厄難。所以釋尊呼曼殊室利說：「若有淨信善男子、善女人等」，從皈依三寶時起，「乃至盡形」壽──到死為止，「不事」奉或信仰其「余」的「天」魔外道，「唯當一心」一意「歸」依「佛、法、僧」三寶。修學佛法的第一課，即是皈依三寶，皈依了三寶，就不許更皈依邪惡鬼神，及其他各種宗教，因為信仰是專一的。所以說要盡形壽的皈依，信心才有著實的歸宿。否則見這也皈依，見那也皈依，信心泛亂而分散，等於沒有信仰。真正皈依三寶，必須記著！如有人說什麼三教同源，五教同源，即是外道邪說，切不可信！或有人說：信了佛不能連財神爺都不要。須知佛法是豐富的寶藏，求財求壽求男女，佛教中樣樣現成，都能滿足眾生的心願；何必供養非佛教的財神？信佛而不皈依魔外，為皈依三寶最根本的原則。
有清淨信心的佛弟子，首先歸依三寶，其次便要「受持禁戒」。戒為佛法的根本，沒有這一根本，一切微妙善法，便無從出生。所以佛弟子必要受戒。受過了戒，佛弟子的資格才算具足。有人因恐受戒而不能持守，毀犯了罪過更重，其實如殺盜婬妄等性戒，就是不受戒，犯了也同樣有罪過。戒有「五戒、十戒、菩薩四百戒、苾芻二百五十戒、苾芻五百戒」。五戒為在家近事弟子所受持的；十戒為出家沙彌、沙彌尼戒。如約十善說，即通於在家出家。菩薩四百戒，有譯為一百四戒，瑜伽菩薩戒經說有四重四十三輕，依梵網經，則為十重四十八輕。比丘尼總數五百戒，實際上僅有三百多戒。在以上「所受」的各種禁戒「中」，無論是優婆戒，沙彌戒，乃至菩薩戒，「或有毀犯」了的，當然會「怖」畏「墮」落「惡趣」。
犯戒眾生，「若能專」心稱「念彼」藥師「佛」的「名號」，以及「恭敬供養」藥師如來，那末依此善根功德，犯戒罪垢就可消除，「必定不受三惡趣生」。犯戒眾生，果真有怖畏心，慚愧心，能夠痛切悔悟，發露懺悔，以慈濟眾生為本懷的大覺世尊，自然可以悲愍攝受，威力加被，給予自新的機會。釋尊住世時，有比丘比丘尼犯了根本大戒，也允許他們作與學沙彌，可免於墮落惡趣；不過現生不能解脫生死吧了。
辛五女人生產難
『或有女人，臨當產時，受於極苦；若能至心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身份具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其精氣』。
「或有女人」懷胎期滿，「臨當」生「產」的「時」候，受到「極」大的「苦」痛。女人生小孩，原為生理上的自然現象，猶如『瓜熟蒂落』，應該沒有什麼苦痛才是。每見窮人家的婦女，每於分娩的前夕，還在田里工作；覺得快要臨盆了，才回家休息，生了兩三天便又工作去了，好像什麼沒有似地。雖然產時，總有些陣痛，但不一定太苦。生產之所以太苦，主因大概有兩種：
一、懷孕期間，不知調養，或飲食起居不節，或多瞋多婬。
二、或有一般婦女，平時嬌生慣養，微微有點感覺，就身心躁動，日夜不安，等到]真要生產，精疲力竭，反而不易產下。除此之外，確係前生業障所感的產難，是很少有的。大部分的苦痛，可說都是自找的。現代醫藥發達，醫術高明，在醫院中生產，苦痛更少了。如確係難產受劇苦時，「能」夠「至心稱名、禮讚恭敬供養彼」藥師「如來」，一切產難的「苦」痛，盡「皆」可以消「除」。
關於難產的問題，印光大師文鈔曾討論到：生產的苦痛，可能是未到時間就急於要生，用力過度所致。故一般均教產婦靜躺休憩，不要著急，待時間一到，如順水推舟，自然不苦。若對佛教有信仰的，則勸其誠心稱念藥師聖號，觀想佛的相好莊嚴，微妙功德，各種苦難便可冰消。有的人說：產房污穢，不可念佛。其實這完全錯誤，佛菩薩是大慈大悲的，若見眾生苦難，不管處於最污穢的環境裡，也會蒞臨救濟。如慈母看見愛子誤墜毛廁，絕不會厭惡他的齷齪，而袖手旁觀，不予援救的。佛菩薩視一切眾生如愛子，儘管在生產時，皆應誠心念佛聖號，佛一樣可以俯垂加護，令其離苦得樂。不獨產婦可以脫離苦難，即她「所生」的「子」女，也因母親念佛禮佛的功德，而「身份」──手足五官等「具足」，「形」貌「色」相「端正」，凡看「見」的都生「歡喜」心。加之天性敏「利」，善「根」深厚，「聰」穎「明」慧，從小至大，「安隱」無事，「少病」少惱，「無有非人」來「奪其精氣」，容易撫育成人。
佛教的業感說，除自己造業自己受報（感果）而外，還有一種頗強的展轉增上力，也即是說，別人的業力，也可以影響，引發自己的果報。故本經特別強調，父母平時或臨產時，稱念恭敬供養藥師如來，生的小孩也會因之相貌端正，智慧利根。依因果律說，自己的因感自己的果，那是必然的法則，無可異議；即父母的善惡業因，也可影響兒女的禍福。人與人之間，有著密切的依存關係，因此，一切禍福利害，也就不無相關。甲的行為，在某種情形之下，可以把乙的思想性情完全改變。母親對於嬰兒，影響力尤其重大。懷了孕的母親，如果能歸依三寶，受了佛法的熏陶，性情善良，溫柔，嫻靜，少生煩惱，且多作功德，小孩便可五官端正，聰慧無病，這叫做胎教。如母親常起煩惱，性情暴躁，殘酷，或多貪慾，小孩大半是性情暴惡，或多病，愚癡。小孩出生之後，如父母信奉三寶，常行佈施，愛物護生，小孩的心地純白，摹仿性強，易於受熏，如此累年積月跟在一起，目染耳濡，將來自然也能善良和愛。當母親的，誰都歡喜生好孩子，這必須以身作則，從自己向善做起。
有些年輕夫婦，感情融洽，經濟環境都很好，心地也很正直，家庭非常和睦，生的小孩子也就很聰明可愛。有些夫婦，因為家庭環境不好，感情破裂，時常吵鬧發脾氣，結果生了孩子也染有惡習。這即所謂展轉增上力──他力。在座諸位，為了家庭幸福，為了兒女健康聰明，大家應該至誠懇到，信奉三寶，多修福德。
丙三德行叵思
丁一信解難得
戊一問答決定
爾時，世尊告阿難言：『如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了，汝為信否』？
第三明德行叵思；佛的功德，願行，不可思議，非我們眾生所能理解得到，想像得到。此中分二，今是第一信解難得。因佛的功德願行不可思議，所以就難信難解；眾生於此難能信解中，而能生信起解，實在難得。這又分三，先問答決定。
也許有人發生疑問：何以上文的當機者為曼殊，而現在卻告訴阿難？要知道，曼殊是智慧第一的大菩薩，憑他智慧，對佛的功德妙行，沒有什麼不可信解的，所以將此問題轉問阿難。阿難，義譯慶喜，為釋尊在家的堂弟，非常聰明，聽什麼就記得什麼，博聞強記，為佛出家弟子中『多聞第一』。他前後跟隨釋尊二十年，佛所說法，都能記憶不忘，是結集經典的重要人物。現在，釋迦「世尊告」訴「阿難」說：像「我稱」贊宣「揚彼世尊藥師琉[P151]璃光如來所有」的「功德」，這「是」十方「諸佛」最奧妙，極「甚深」的「行處」，在一般眾生是最「難可解了」的，「汝」阿難聽了可相「信」嗎？甚深行處，為佛的境界，即佛的智慧慈悲所行的境界。佛的智慧方便，及其慈悲濟世的妙用，極廣極深，一般凡夫的心境，確實無法生信。因此，釋尊特別提出，假藉與阿難的問答而普示大眾。
佛法有大小乘，一切經典不完全一致，各有他的中心論題。對於一切大乘經，大體可以分為三大類：一、是重於境相的分析，二、是著重行門的敘說，三、是注重果德的顯示。
側重境相的，如說明世界的情況，六道的輪迴，以及眾生的色身、心識等，總之是說明宇宙人生的各種現象，有科學、哲學的意味，最現實，所以易於信仰和理解。著重修行的，如說明佈施、持戒、忍辱、精進、智慧等等，這是陳述發菩提心，修菩薩行的一切，比較難解，特別是關於修定，發慧，體證畢竟空性。真如不二，實相無相，這些勝義行，更不易解；不過與果德比較起來，還可推論而知。闡述果德的，如法華經、華嚴經、彌陀經、藥師經，這類經典，所說的都是佛果位的圓滿功德、神通、智慧、利生濟世等事。彌陀經說：『此難信之法』，法華經也說：『其智慧門，難解難入』，華嚴經也以佛果為本而說明一切。
這與我們凡夫的心境差得太遠，故難於信解。本經說藥師如來的本願功德及其廣大行果，也是不易理解不易確信的。所以教化眾生，給他講唯識，給他分析自然現象與心理活動，倒還容易接受；進而論到菩薩行門，觀照緣起性空，不生不滅真性，還不難信解；如說到佛果的境界，那就太高深，太難解難信了！佛法的境行果，是有其一貫性的；從境相的分析，到行門的陳敘，到果德的闡發；約眾生說，也即是由可思議到不可思議，由易信解到難信解。
阿難白言：『大德世尊！我於如來所說契經，不生疑惑；所以者何？一切如來身語意業，無不清淨。世尊！此日月輪，可令墮落；妙高山王，可使傾動，諸佛所言，無有異也。』
這是阿難回答的話。他說：「大德世尊！我」對「於如來所說」的「契經」（上契諸法真理，下契眾生之機），深深信受，絕「不生」起任何「疑惑」。大德，梵語婆檀陀，是對佛的一種尊稱，也可譯為尊者，含有極其尊重的敬意；現今多濫用，一般在家人也稱為大德了。阿難是一位聲聞行者，對釋尊所說的諸佛甚深行處，何以能夠深信不疑？
據阿難自己向佛的表白，即因為：「一切如來身語意業，無不清淨」。如來的動身發語，以及起心動念，一切三業妙用，無非是清淨法界的等流，無非是智慧慈悲的表現。二十年來，阿難形影不離的跟著佛，親自目睹耳聞，當然最為瞭解；所以佛陀，在他是唯一可信的。既相信佛，而此經出自佛口，自然也就可以深信不疑了。所以阿難並非真能信解諸佛甚深行處，而是信任釋尊的聖格，絕不會說假話。因此，所說最深難解的如來果德，他能信受不疑。人類的信仰，原有二種：
1用自己的智力，從究理而起的信仰。
2由於信任別人的啟示，間接引生自己的信仰，這如有人從遠方來，講述那邊的情形如何如何，雖是極難令人置信的事情，但由於說者一向誠實可靠，也可使大家相信不疑。
阿難從信佛而深信藥師如來的本願功德──諸佛甚深行處，也是這個道理。從前有一外道，不信釋尊已證大菩提，特地暗派他的兒子，跟隨佛，視察佛的各種生活動態，經過了三個月，看不出佛的一點毛病；這才棄邪向正，歸依佛陀。佛的威儀嚴肅，衣服整齊，內外一致；佛說法也用不著思考，說出自然契機契理，恰到好處；佛對世出世法，不用推求，自然現前明瞭。佛的三業如此清淨如法，還有什麼可疑？阿難跟佛最久，而且最接近佛，在日常生活中，佛的穿衣吃飯，行住坐臥，待人接物，乃至說法度生，每一樣的動作，阿難都瞭解最為親切，所以阿難對發揚藥師如來果德的本經，徹底相信。
他接著說：縱使天空的「日月輪，可」以「令」它「墮落」下來；地上的「妙高山（須彌山）王，可」以「使」它「傾動」，而「諸佛所」說的話，絕對真實不虛，「無有」變「異」的！這即是表示，縱許日月輪有掉下來的一天，須彌山有傾動的一天，而阿難對佛說的可信性，卻始終不會稍有動搖。
戊二信謗德失
『世尊！有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：雲何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？由此不信，返生誹謗；彼於長夜，失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮』。佛告阿難：『是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。』
眾生對此難可解了的諸佛甚深行處，若相信不疑有何功德，若誹謗不信有何過失。先由阿難陳述不信的過失。
阿難說：「世尊！有諸眾生」，因為「信根（堅固的信心，如樹之生根）不具」足，「聞說諸佛甚深行處」，便「作」這樣「思惟」：憑什麼理由，「但念藥師琉璃光如來一佛」的「名號」，就能夠「獲」得那麼多的微妙「功德」，和殊「勝」的「利」益？「由此」疑惑「不信」，繼而「返生」種種「誹謗」。因這是諸佛共同的甚深境界，智慧較深的，還可從推理中求得信解，若智力薄劣的，對於佛法沒有深固信心的，當然難於信受了。不信而反加誹謗佛法，罪過很大，所以說：「彼於」漫長的生死「長夜」中，得不到佛光的照耀，一切福德智慧無由滋長，「失」去了極「大利樂」！永遠「墮」落三「惡趣」中，沉沒苦海深淵，「流轉無窮」，求出無期。般若經贊毀品說：一切功德讚歎經典為大；一切罪過以譭謗經典為重。
接著，由佛讚歎信受的功德。佛「告」訴「阿難」說：「是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號」，而起淨信，「至心受持」憶念，恭敬供養，「不生」絲毫「疑惑」；如果這樣而還會「墮」於「惡趣」，決定「無有是處」！因為聞說藥師如來的名號，能夠信受憶持，至心稱念，便可蒙佛慈悲願力的加被，得以往生淨土，或受生天上人間了，那有墮於惡趣之理？這是決無可能的。
戊三信解希有
『阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解；汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解；唯除一生所繫菩薩。阿難！人身難得；於三寶中，信敬尊重，亦難可得；聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。』
既說明了信謗的德失，再歸結到，對藥師法門能生淨信，能如實理解，為最極難得，最極希有。所以釋尊又告訴阿難說：這以上所說藥師如來的無邊功德，「是諸佛甚深」悲智「所行」的境界，一般眾生「難可信解」，而「汝」阿難現「今」卻「能」信「受」，「當知」這不是你自己的智慧力所能辦的，而完全「是如來威力」的加被。
因為，這不但一般愚癡暗昧的凡夫難於信解，即解脫生死，證得小乘極果的「一切聲聞」和「獨覺」，以「及未登」初「地」之前──十信、十住、十行、十回向的「諸菩薩等」，也都同樣「不能如實信解」。登地菩薩，對於佛法才算已經登堂入室，分證得如來的法身，也才能部分如實信解諸佛的甚深行處。如實信解，是真實的、親切的確信，和徹底的、明瞭的體解。
如一瓶醋，祗聽別人說是酸的，雖然可信，但不夠確切實在，必須親自嘗了一口，然後才確實知道它是酸的。我們平常的信，祗是一種仰信；相信佛、菩薩、祖師等，均屬仰信，即由尊敬仰慕而起信。對於佛果的功德，凡夫固然不能如實信解。就連二乘聖者，地前菩薩，也都未能如實信解，「唯除一生所繫菩薩」──即下一生就成佛的補處菩薩，才能如實信解。阿難的信，與我們的信，同屬於仰信；真正的如實信，那就要親自體證，所以極其不易。
釋尊以如實信解不易，又作層層深入的說明：在生死輪迴中，「人身」是非常「難得」的；得了人身，能「於三寶中」，起「信敬尊重，亦難可得」。如今世界上二十多億的人群中，信敬三寶的能有幾人？這雖然是難中之難，但還不及聽聞藥師如來而如實信解的難得，所以說：「聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是」！
這有三層：第一人身難得，第二信敬三寶更難得，第三聞藥師名號更極難得；由前面的兩難得，顯示最後的難得。釋尊為什麼要這樣說呢？須知對佛的果德，難信能信，難解能解，才顯出信解者所獲的功德是如何之大！
丁二功德無盡
『阿難！彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行；無量善巧方便；無量廣大願；我若一劫，若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願，善巧方便，無有盡也』！
佛的德行難思，信解固然難得，功德無盡，也難以盡說。因為佛有無窮無盡的功德，故難以信解；由於難信難解，顯得佛功德的無窮無盡。
佛對「阿難」說：「彼藥師琉璃光如來」，為什麼有那樣大的功德，令眾生聞其名號，一切災難悉皆消除，一切願求都能滿願？因為，在過去菩薩因地中，修「無量」的「菩薩行」，發「無量」的「廣大願」，所以成佛以後，即有「無量善巧方便」，慈濟一切有情，令其離苦得樂。不但佛果的善巧方便，無量無邊難以說盡，即菩薩因中的廣大行願，也難說盡，所以釋尊說：「我若」以「一劫」或「一劫餘」的時間，「而」來「廣說」藥師如來的無量行願，和善巧方便，也還是說不完。因為「劫」的時間雖長，而到底是有「盡」的；「彼」藥師「佛」的廣大「行願」，及其「善巧方便」，卻是「無有」窮「盡」的，怎麼說也說不完。這是顯示藥師如來因行與果德的[P160]廣大無盡。
乙二菩薩宏傳
丙一開示宏通
丁一救病難以延命
戊一說延壽法
己一起說
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌而白佛言：
如來開示後，必有稱機的大菩薩發願繼佛宏揚，這等於老師提示根本道理，由學生去發揚光大。今此菩薩宏傳，特重於消災延壽。也分三科，第一開示宏通；先是救病難以延壽。
當釋迦如來開示結束「時」，在法會的聽「眾中，有一」位「菩薩摩訶薩，名」叫「救脫」。此大菩薩，顧名思義，即救拔眾生脫離苦難，是依德立名。因藥師世尊的精神重此，所以代佛宏揚消災延壽一門，由這位救脫菩薩來負擔。救脫菩薩「即從」自己的「座」位站「起」來，依著請法的禮儀，「偏袒一肩，右膝著地」，恭敬地「曲躬合掌，而」向「佛」稟「白」他的意思。
己二正明
庚一病患垂危
『大德世尊！像法轉時，有諸眾生，為種種患之所困厄，長病羸瘦，不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前；父母、親屬、朋友、知識，啼泣圍繞。
救脫菩薩說：「大德世尊」！到佛滅千年後，「像法轉時，有諸眾生」善根微薄，業障深重，「為種種」病「患之所困厄」。一病就是幾月，或「長病」幾年，「羸瘦」如柴，「不能飲食」。越病越重，「喉」嚨口「唇」，由於熱度高，均得「乾燥」焦破，不能說話。眼「見」東西南北「諸方」黑「暗」來侵襲。
依佛法說，一個人病得口唇乾裂，鼻子翹起，眼色無神，種種「死相現前」的時候，若見四方的黑暗瀰漫，即是下墮惡趣的現象。到了這臨死的片刻，自己病苦難堪，而「父母」以及兄弟、妻兒等「親屬」，及「朋友、知識」──師長或知心友好，見其病勢沉重，醫藥無救，將與死神見面，不免有死別的苦切，所以「圍繞」著病人，「啼」哭啜「泣」，這給病人更添無限的苦痛。
人都是要死的，死時多少有一些苦痛。可是最苦痛的，是上有父母，無人奉養，下有兒女，無人撫育，或年輕的恩愛夫婦，難離難捨，或財富多而放不下，這才是臨終時的最大苦痛。
庚二神識受報
『然彼自身，臥在本處，見琰魔使，引其神識，至於琰魔法王之前；然諸有情，有俱生神，隨其所作，若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時，彼王推問其人，計算所作，隨其罪福而處斷之。』
神識受報，依佛法的究竟義說，是很深奧的；今救脫菩薩，為了適應末世鈍根眾生，故用一般的通俗說法。他說；病人當在垂危之際，雖然「自身」還是「臥在本處」的病榻上，但卻看「見琰魔」王的「使」者來拘引他。
琰魔，中國俗稱為閻羅王，義譯為平等王或雙王。據說，有兄妹二人死後受生地獄，分掌統治罪人的職權，故稱雙王；因對罪犯的判罰公平，鐵面無私，不!4樂人情，所以又名平等王。
王的使者，或如我們人間衙門裡的差役，或是生得古怪兇惡，他把病人的「神識」拘「引」到「琰魔法王」的跟「前」，聽候審判。在佛教裡，被稱為法王的有三：一是推行十善，以正法治世的轉輪法王；二為鐵面無私，治理地獄罪犯的琰魔法王；三即於一切法得大自在的無上法王──佛。三者雖同稱為法王，而意義很有差別。
這裡所說見琰魔使者等等，是在病重悶絕，或昏迷狀態之下，過去所作的業相現前。便在自己的心識上，幻現一種果報影像，並非真的死去，也不是真被琰魔使者拘入地獄。因為依佛法真義說，人如真的死了，是不能復生的。很多關於游地府見閻王的民間故事，在眾生當時的心境，確有這種經歷，但絕不是真已死亡墮入地獄，而祗是業相的顯現於心識而已。唯識學說眾[P164]生有八識，這神識即系第六意識，非是第八阿賴耶識。我們見人悶絕或昏迷過去，似乎已經死亡，其實還有第八識在執持。第八識若一旦脫離軀體，生命便告結束，絕不可能復活。所以此處說神識受報的情景，純屬意識的活動作用。
琰魔王的裁判罪人，或輕或重，完全是以罪人自己的『俱生神』所呈報為根據。我們每個「有情」，從生下來就有一個「俱生神」，形影不離地跟蹤著，「隨」我們「所作」的事情，「若罪若福」，或善或惡，「皆」一點不漏地完全「書」寫下來，比我們自己記的還要清楚。待我們命終之後，便原原本本「盡持授與琰魔法王」。那「時」，琰魔王就依著記事簿冊，審「問」那被拘去的「人」，並且「計算」他平生「所作」的事，看到底善多惡多，然後「隨其罪福」的輕重，「而處斷」他該受何報。這與我國民間傳說的閻羅王故事一樣。
像以上的這種境界，在沉重的病患者中，有經驗的很多，而且甦醒之後，能夠記得清清楚楚。不過若依佛法的真義說，這是將死而業相現前。一生作善作惡，此時皆一一清楚地浮現於自己的心前，一幕一幕過去，如在夢中所見一切境界，像真的一樣。如年輕時不孝父母，後來時常抱疚於心，於是夜裡就作夢，好像真的因此而受到懲罰。平時的所作所為，到了將死的前夕，業相即從神識顯現出來，也是如此。
此中所說的俱生神，也即是眾生的第八識；所謂記錄善惡罪福，便是八識的熏習作用。一切種子，不管善的惡的，或是無記性的，都熏習在八識田中。有時自己都記憶不起，而它卻受熏而並不失去。一舉一動，做善做惡，都留下一個不可磨滅的印象，在自己的八識庫藏中；沒有化為現行前，永遠保存在那裡，到將要死亡的時候，就會完全顯現出來。特別是作惡的，如宰羊殺豬為業，臨死時，所見的都是豬羊向他討命索債；好殺青蛙的，見到滿地儘是青蛙，向他叫囂吵鬧。所以本經所講見琰魔王使者等等，祗是業相在心識中顯現，並非真情實景。若果真造了惡業，死後當然要墮落惡趣，受種種苦逼的。假使一落琰魔死王手中，是再也不能復活。
庚三作福續命
『時彼病人親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神幡，或有是處，彼識得還。』
病情進入死相現前的階段，是難有生還的希望了。然而大悲慈濟的藥師如來，設有一消災延壽的法門，若能依教奉行，或有復起的可能。此一方便，據救脫菩薩的指示是這樣：
一、「彼病人」的父母「親屬、知識」朋友等，要專誠懇至，「為」他「歸依世尊藥師琉璃光如來」；
二、「請諸」高「僧」大德，一遍又一遍地「轉讀此」藥師如來本願功德「經」；
三、「然七層」長明「燈」，每層七盞，共四十九盞，以象徵生命光輝的延續；
四、「懸」掛「五」種彩「色」的長「幡」，幡上寫著藥師琉璃光如來的名號，叫「續命神幡」，意思即延續病者的壽命。
若能這樣代為皈依藥師如來，禮請高僧讀誦藥師經，以及然燈、懸幡供養如來，那末「或」者「有」此可能，使「彼」病人神「識得」到「還」復甦醒過來，生命得以延長。不過，這是病人壽命還沒有盡，或具有善根，再加以代為皈依、念佛、誦經，作了許多功德，則可因此回復生機。如壽命已盡，此生業報力盡，到了必死的時候，那是無法挽救的。故說或有是處，即或者有此可能，而不說決定。
庚四勵力行善
『如在夢中，明瞭自見；或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報。由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。』
如此死相現前生命垂危的病人，若因受藥師如來慈悲願力的加被，而得以扭轉危機，恢復健康，那末他此後的一生，必定能夠棄罪惡，而進趣於善行。這因他在沉病中，被琰魔使者拘引到地獄裡，親見各種殘毒可怕的刑具，犯人受罪的淒厲慘痛的景象，以及琰魔王推問審判他的情形，都曾令他毛骨悚然！他在經歷這些境界的時候，「如在」睡「夢」之「中」，一切「明[P168]」明「了」了地親「自見」到。這樣的情形，「或經」過「七日，或二十一日，或三十五日，或」長到「四十九日」。在這期間，因其親屬能依照前面列舉的各種續命辦法去做，所以他的神「識」就得「還」蘇回來。那「時」，他恰「如從」大「夢」中「覺」醒一般，病中所夢所見的各種淒慘苦況，歷歷分明，「皆」能一一記「憶」著，並且確切了「知善」業與「不善業，所」應感「得」的「果報」，和生死輪迴的因果情況。「由」於親「自」身歷其境，確實「證見」到「業」感「果報」的緣「故」；所以自今而後，不但平時不做越軌的非法行動，「乃至」遇到「命難」──如有人威脅他的生命，逼他作惡，也寧可犧牲生命，「不」願「造作」任何罪「惡」「業」。因為他知道：死，不過一期生命的結束，還可得到未來的善報；如作了惡業，必定要墮落惡趣，受無量苦。
己三結勸
『是故淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養』。
這是結勸，即總結上述延命的方便法門，而勸大眾努力修持。救脫菩薩說：以「是」之「故」，凡對藥師如來有「淨信」的「善男子、善女人等，皆應」依教「受持」，稱念「藥師琉璃光如來」的「名號」。或遇病苦纏綿，死相現前，或者無此不幸遭遇，都應「隨」分隨「力」，盡自己「所能」做的，用種種香、花、燈、幡等物，「恭敬供養」藥師如來。
戊二明延壽儀
己一問
爾時，阿難問救脫菩薩曰：『善男子！應雲何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命幡燈，復雲何造』？
救脫菩薩在佛前開示大眾，欲救病難以延命的，應該恭敬供養藥師如來，和然燈、懸幡等等，但仍嫌簡略，故今由阿難啟問具體辦法，對此方便作一番詳說。救脫菩薩雖於佛前為大眾說，而其真正的稱機者，實為像法轉時[P170]的眾生；阿難體會得這點，也為彼時眾生著想，因而起問。
救脫菩薩結勸大眾的「時」侯，「阿難」便問他說：「善男子」！有病難的眾生，「應」該怎樣「恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來」？同時，「續命幡」和長明「燈」，又該如「何」制「造」？阿難所提出的問題，僅此兩點。
己二答
救脫菩薩言：『大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜，受持八分齋戒，應以飲食及余資具，隨力所辦，供養苾芻僧；晝夜六時，禮拜供養彼世尊藥師琉璃光如來；讀誦此經四十九遍；然四十九燈；造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕；造五色彩幡，長四十九[打-丁+桀]手；應放雜類眾生至四十九；可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。』
救脫菩薩答覆阿難，先尊稱一聲「大德」。阿難稱救脫菩薩為善男子，救脫菩薩卻尊稱阿難為大德；因救脫雖是菩薩，但現在家相；阿難雖屬小乘行者，而現出家相，為尊重出家比丘，故稱大德。救脫菩薩說：「若有病人，欲」想「脫」離「病苦」，親屬朋友，或諸相識，應「噹」代「為其人，七日七夜，受持八分齋戒」。同時，「應以」種種清淨「飲食，及」其「余」各樣「資」生用「具」，「隨力」量「所辦」得到的，多少不拘，隨分「供養苾芻（比丘）僧」。又於「晝夜六時（印度古時，日夜各分初中後三時）」中，虔誠「禮拜」，恭敬「供養彼世尊藥師琉璃光如來」。此外，還要專心「讀誦此」藥師「經四十九遍」。這是答雲何恭敬供養藥師如來的問題。
下再說明幡和燈的造法，及如何然燈供養。「然」七七「四十九」盞「燈」；「造」藥師「如來形像七軀」；在「一一」聖「像前，各」各供「置七」盞「燈；一一燈」的體「量，大如車輪」。輪有大小，所以可隨力而辦。燈要有人常時照應，從第一天「乃至四十九日」（極多四十九日，如早些日病好了，一七、二七便可停止），務使「光明不絕」。因為燈的光明，是[延續生命的象徵。制「造五色」的「彩幡，長」約「四十九[打-丁+桀]手」，印度多以[打-丁+桀]手量物；伸長手指，從大指端到中指端，叫一[打-丁+桀]手。現在成人的一[打-丁+桀]手，約六七寸。四十九桀手，有三四丈長。此外，還要放生，「放雜類」的「眾生至四十九」數，如放鳥雀、魚蝦、爬蟲之類。放生，即是解脫其他生物的壽命之災，使他得以延長，由此可得消災延壽的功德。佛教提倡不殺生、放生，處處表現這一慈善行為。如能依照以上各種辦法去做，病人便「可」以「得」到「度過危厄」的災「難」，不致於死，而能恢復健康，無病延年。眾生的病，有時實系邪神惡鬼的作祟，攪得病者不死不活，苦痛欲絕！如依法修持藥師法門，過去罪障得以消減，功德善根不斷增長，蒙受藥師如來威力的加被，也就「不」再「為諸橫惡鬼所」執「持」，而能恢復健康了。
丁二救國難以延命
『復次，阿難！若剎帝利灌頂王等，災難起時，所謂人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情起慈悲心，赦諸系閉；依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根，及彼如來本願力故，令其國界即得安穩：風雨順時，谷稼成熟；一切有情無病歡樂；於其國中，無有暴惡藥叉等神惱有情者；一切惡相，皆悉隱沒；而剎帝利灌頂王等，壽命色力，無病自在皆得增益』。
國以民立，民依國存。國家是人民的保障，人民是國家的血輪；沒有人民即沒有國家，沒有國家，也沒有人民。所以，我們欲得康樂延命，必為國家祈求消災免難。國家平寧，無災無難，我們大家才能安居樂業，生命財產才能獲得合理的保障，而過著幸福太平的生活。不然，國家多災多難，不但生活動盪不安，即生命的安全，也隨時受著很大的威脅。古語說：『寧作太平犬，不作亂世人』，可見亂世人是多麼痛苦？民國以來，從抗日，及現在共黨的叛亂，國家損失了多少財物，犧牲了多少生命，億萬人民盡生活在水深火熱的苦難中！由此，我們要求個人的幸福，或家庭的安全，就應為國家祈求平安，減除災難。
在現代，人類思想進步，知道國家是全體人民的，可是古時，都把國家視為帝王所有，國家的災難，即是帝王的災難。佛法隨應當時民情，所以這裡先從帝王說起。救脫菩薩再次對阿難說：「若剎帝利（王族或武士階級）」，和「灌頂王等」，遇有「災難」生「起」的「時」候。印度習俗，太子將要登王位時，即舉行一種隆重的灌頂禮，取東南西北四大海水盛於瓶中，澆灌在太子頭頂，近乎現代的加冕禮，故名灌頂王。國王有些什麼災難？
「所謂」：
1.「人」民群「眾」的「疾」病瘟「疫難」。從前歐洲羅馬帝國非常強盛，後因人民普遍感受一種惡性瘧疾，不久就衰落下來，所以疾病瘟疫，對於國家也是嚴重的災難。
2.受了其「他」不講道義，不守國際公約，野蠻強暴的鄰「國侵」略和「逼」害而引起的災「難」。
3.在「自」己國「界」之內，發生土匪流寇的「叛逆難」，如中國從前的黃巢、李闖，以及現在的中共。
4.「星宿變怪難」；天上的星宿，本來出落都有一定的度數，若起了特殊變化，也很可能預兆著國家的災難來臨。
5.「日月薄蝕難」：依現代知識說，這祗是一種自然現象；但古代印度和中國，均視為人類災難的預兆。據實說來，天文現象的變化，與人生確有很密切的關係，因它的變化，可能有風災、水災、旱災等。近代科學家研究，太陽有一黑圈，如果膨大起來，人心即會不安，可能引起嚴重的戰爭。總之天文的變化，會影響人心，增加人與人之間的磨擦。
6.「非時風雨難」：即不應當吹風下雨的時候，而吹風下雨，以致釀成不可收拾的災害。
7.「過時不雨難」：即應當下雨的季節而不下雨，處處鬧水荒，農作物通通被旱死。這些災難，範圍小還不要緊，若到處普遍如此，國家就危險了！
一個國家民族，若不幸遭逢上述各種災難的擾害，應該怎麼辦呢？救脫菩薩開導說：身為「彼」國元首的「剎帝利灌頂王」，及輔理國務的王族權貴「等」，在那個「時」候，「應」該對「於一切有情（人民），起」大「慈悲心」。
因為國家的災難，是人民的共業所感，與人心有關；天的降災，也即因人與人之間的不調和，缺乏同情心。所以先由國家首領，生慈悲心，「赦免」牢獄裡所有被「系」縛囚「閉」的犯人。或好人被冤枉的，或肯自新悔過，或被囚多年，或刑期已滿，盡皆釋放，畀予自由，讓他們得與父母兄弟，妻子兒女團圓過活，重新做人。
如此國家刑法減輕，而代以道德政治，領導民心向於慈善，使人人深具同情心，彼此容忍，和諧相處，於是和氣可以致祥。這是從人事求改善的一方面。另方面，須「依前」面救脫菩薩「所說」的種種「供養之法」，至心恭敬，「供養彼世尊藥師琉璃光如來」。那麼，「由此」兩方面的功德「善根，及彼」藥師「如來本願力」的加被，便可「令其國界」，所有災難「即得」解除，人民「安隱」自在。應吹風即吹風，應下雨即下雨，「風雨順時」，稻「谷」農「稼」物，都能「成熟」豐足。「一切有情（人民）」，身體健康「無病」，人人生活得十分「歡」喜快「樂」。同時，在那個「國」界內，也絕沒「有暴惡」的「藥叉等神」，作怪「惱」害「有情」，縱有也是衛護人民的善神，而且「一切」不吉祥的「惡相」──災難的預兆，也「皆悉隱沒」不現。
此時人民所過的，是一種安寧康樂，豐裕富足的生活。「而剎帝利灌頂王等」，也因人民安定，國家昇平，無所憂患操心，因此「壽命」增加，「色力」充沛，身心「無病」，「自在」快樂，全國上下「皆得增益」。
丁三救眾難以延命
『阿難！若帝后、妃主、儲君、王子、大臣、輔相、中官、綵女、百官、黎庶，為病所苦，及余厄難；亦應造立五色神幡，燃燈續明，放諸生命，散雜色華，燒眾名香，病得除愈，眾難解脫』。
這是除了國王以外，而說后妃王子、文武百官，以及一切庶民，也可依藥師法門修持，以求除病延命。
救脫菩薩又呼「阿難」說：全國性的災難和消除災難的辦法，都已說過了，現再略談關於帝后及臣民的消災延命。「帝后」，即國王的大夫人，古代為多妻制，帝王除皇后以外，還有其他妻妾，都名為「妃主」。「儲君」，即候補王位的太子。「王子」，也是國王的兒子，是太子的兄弟輩。「大臣」，如中國古代三公之類，為國家重臣。「輔相」，是輔助大臣處理國事的大官，如現今部長次長之類。「中官」即太監，管理王宮的事務。「婇女」，是王宮中照應帝王和后妃的女子。「百官」，即全國所有其他管理庶政的官員。「黎庶」，即老百姓。上自后妃，下至一切民眾，若「為」各種「病」苦所纏，「及」遭其「余」的水、火、風、戰亂等「厄難」所困，「亦應」遵照前面指出的方法，制「造」懸「立五色神幡」，「燃」七七四十九盞「燈」，供藥師如來像前，使其延「續」長「明」，勿令息滅；此外還要「放諸生命」──如鳥雀、魚蝦、牛羊等類──及「散」各種「雜色」鮮「華」；「燒」燃各種「名香」（照上面的指示，應該還有稱名、誦經、禮拜等）。藉此供養藥師如來的殊勝功德，一切「病」苦便得「除愈」，所有「眾難」，完全「解脫」。
這以上，雖分災難為三大類──病難、國難、眾難，而救難的方法都一樣；這是救脫菩薩特地為末世眾生開示的方便。
丙二問答釋疑
爾時，阿難問救脫菩薩言：『善男子！雲何已盡之命而可增益』？救脫菩薩言：『大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命幡燈，修諸福德；以修福故，盡其壽命，不經苦患』。
菩薩宏傳中，現為第二問答釋疑。阿難聽了救脫菩薩的開示，對於消災延壽的法門，心裡發生懷疑，所以在此特別提出請問，以求釋除疑惑。
依上面的開示，眾生凡有病患或遭其他厄難，無論如何險惡，甚至已經死相現前，祗要按照藥師法門去履行，都可仗佛願力加被，獲得免難延命。然而依佛法說，人的生存或死亡，系決定於其自身的因果業報；因果，是必然而不變的法則，應死即死，如瓜熟蒂落，誰也更移不了，何能消災而不死？「阿難」對此疑惑不解，故「問救脫菩薩」說：「善男子」！眾生「已」經終「盡」的壽「命」，「何」得還「可增益」延續？「救脫菩薩」答道：「大德！汝豈不」曾聽「聞如來說」過「有九」種「橫死」嗎？佛在經中曾說眾生有九橫死。
這裡所謂消災續命，便是對那不該死而慘遭橫死的人說的。如人壽該活一百歲，但由於種種惡劣因緣的牽制，祗活了二三十歲就死了，這即是不該死而死的。以「是」之「故」，特「勸」導眾生制「造續命幡」，和燃「燈」供養三寶，「修諸福德」資糧；「以修福」德的緣「故」，便可「盡其」應得的「壽命」，平安穩健地活下去，直至真正壽終，絕「不」再「經」任何不幸的「苦患」。
阿難問言：『九橫雲何』？救脫菩薩言：『若諸有情，得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫，授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔、外道、妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福佑，欲冀延年，終不能得；愚癡迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄，無有出期──是名初橫。
「阿難」又「問」：「九」種「橫」死是什麼樣的？「救脫菩薩」說：「若諸有情」，因四大不調，「得」了毛「病」。起初病「雖輕」微，「然」而沒有「醫」生診治，不服湯「藥」，以「及」沒有「看」護「病」患的人，這樣慢慢拖延，病患一天沉重一天，終於不治身死。「設復遇」到「醫」生，但系庸醫，醫術不高明，亂開藥方，「授以」不合病症的湯「藥」；「實」在「不應」該「死」的，「而」卻被誤害致遭「橫死」。
另外「又」有一種人，捨三寶正法不信，而「信世間」一般思想不正、自害害人的「邪魔、外道、妖孽」巫「師」，聽受他們謠言惑眾，「妄說禍福」。如假藉神鬼附體，胡說什麼窺得天意，某地方某日某時將降天禍，或說某人某日某時將有大禍臨頭，可能要喪身失命。這麼被他一嚇，「便生恐動」，極度慌張，把握不住自己，日夜忐忑不安。「心」思「不」能「自正」，於是想出許多蠢笨辦法，如看相算命，抽籤「卜」卦，「問覓禍」根，聽憑邪師指示，宰「殺」豬羊等「種種眾生」，作法祭祀，稟「奏神明」，求其「呼」遣鬼神「魍魎」幫忙，「請乞」消災納「福」，保「佑」平安，以「冀」長命「延年」。
可是，「終」於「不能得」到效果。因為心思不正，「愚癡」無智，顛倒「迷惑」，輕「信邪」魔外道，起「倒」亂「見」，殺生作孽，罪惡累重，結果「遂令橫死」，而且死後還得「入於地獄」，受無量苦，「無有出期」。這就「名」為「初橫」。
『二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽婬嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所啖。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等之所中害。九者、飢渴所困，不得飲食而便橫死。是為如來略說橫死，有此九種。其餘復有無量諸橫，難可具說。
救脫菩薩對於九橫死的解說，初橫講得較為詳盡，後面八橫，都極其簡略。
第「二」橫死，即因做了危害國家人民的事情，觸犯了國法，罪至死刑；或確無罪過，而受冤枉，「橫為王法」（國法）「所誅戮」。
第「三」，歡喜「畋獵」鳥獸，賭博等「嬉戲，耽」於「婬欲，嗜酒」如命，這大多是[些哥兒少爺，或無賴流氓，有閒不務正業，終日遊蕩，「放逸無度」，於是「橫為非人奪其精氣」。因行為放蕩不羈，狂嫖爛賭，或逢酒必醉。如此精力一天天消耗減損，加以心緒邪亂，邪神惡鬼恰可乘虛而入，奪其精氣而置之死地。
第「四」，「橫為火焚」，如喪身失火場所，或遇世亂，死於炮火之下。
第「五」，「橫為水溺」，如慘逢水災，被洪水沖沒，或平時掉河而死，或乘船遇難溺斃海洋。
第「六」，「橫為」毒蛇、瘋犬、獅子、虎狼「種種惡獸所啖」食。
第「七」，因不小心，「橫墮」於「山」坑險谷，懸「崖」斷壁，而死於非命。
第「八」，「橫為毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等之所中」傷、毒「害」而死。
第「九」，或因沒有能力謀生，或遇大荒年，為「飢渴所困，不得飲食，而便橫死」。
這一切都是未盡天年，而突遇意外喪命的；雖然死的方式各有不同，但總而言之，都是不應該死，死得不尋常的，因此叫做橫死。
這便「是」「如來略說」的「九種」「橫死」；「其餘」尚「有無量」[P184]無數的「諸」種「橫」死，此處「難」以一一「具說」。
救脫菩薩所開導的延命方便，即是專為拯救這些將遭橫死的眾生，因其壽命未盡，若能如所指示各項辦法去修持，依藥師如來慈悲願力的加被，是可以挽救的，但如年老壽盡，則死數已定，佛菩薩也難能為力。
丙三結勸修度
『復次，阿難？彼琰魔王主領世間名籍之記，若諸有情，不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒，琰魔法王，隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情，燃燈造幡，放生修福，令度苦厄，不遭眾難』。
救脫菩薩代佛宏傳的消災延壽法門，主題到此已經說完，現作總結，勸告大眾修持，以期度脫苦厄。
救脫菩薩又說：「阿難！彼琰魔王主領世間名籍之記」。上說琰魔王是地獄主，這裡又說他是主領世間的名籍，似乎有些出入。琰魔王實祗是主管世間的罪惡眾生，作善的，往生淨土或生天國，根本不經地獄，他實管不到。名籍之記，以現代話說，即登記眾生犯過的名籍簿。「若諸有情」，作種種重罪，如「不孝」，即對於父母不予奉養，或隨便辱罵毆打。父母──特別是母親，更是恩重如山，十月懷胎，三年乳哺，移干就濕，咽苦吐甘，經過千辛萬苦，才漸撫育成人，不知報恩，反而做出不孝行為，真是罪不可逭！
「五逆」：1.弒父，2.弒母──這比不孝父母，罪更嚴重。3.弒阿羅漢，即殺害出世聖者。4.出佛身血，如佛在世時，提婆達多推石害佛，令佛足傷破出血。5.破和合僧，即挑撥和合僧團，使原來和樂清淨的大眾，發生磨擦，隔膜，彼此煩惱，不能安心辦道。一切罪惡，以此五逆為最重。還有「破辱三寶」的，對佛法僧或加侮辱，或廣為宣傳譭謗，或破壞寺院佛像，焚燒經書等。「壞君臣法」，君主為國家元首，即是代表國家，故對君應盡忠，若不忠而倒戈叛亂，即名壞君臣法。「毀於性戒」，殺盜婬妄為性戒，受戒或不受戒，犯了皆有罪過。「琰魔法王」依據名籍簿的記錄，「隨」眾生犯「罪」的「輕重」，按法「考」問審訊，「而」加以應得的處「罰」。如犯以上所舉出五逆不孝等罪的，即墮地獄。最後救脫菩薩提示道：「是故我今」力「勸」一切「諸有情」，依照上面開示的方法，一面散花、燒香、「燃燈、造幡」，恭敬供養如來，以及「放生修福」；一面精進稱念藥師如來，誦藥師經，發露懺悔。仗此功德福力，當可「令」其「度」脫一切「苦厄」，而得消災延壽，「不」復「遭」受「眾難」的困惱。
乙三藥叉誓護
爾時，眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：宮毗羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞倪羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毗羯羅大將。此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉以為眷屬，同時舉聲白佛言：『世尊！我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂。隨於何等村城，國邑，空閒林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難；諸有願求，悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結』。
當救脫菩薩詳盡闡述了消災延壽的藥師法門之後，就有很多深受感動的藥叉大將及其眷屬，同時發願護持此法。藥叉，有的譯為夜叉，系鬼趣所攝，力量極其強大，印度民間對它的信仰，至為普遍而深固。藥叉多住在天上，或深山窮谷，偏僻海島，或游離虛空，行跡不定。我國道士，煉丹修道而得飛昇，情形與它有些類似。藥叉的性情不一，有的窮凶極惡，有的善良和順；如護持佛法的，即是溫純而善良的藥叉。在佛教的護法神中，它佔有很重要的位置。像四大天王中，手執寶劍的那位毗沙門天王，便是藥叉群裡的首領。藥叉的性別也有男女，中國人以為母藥叉醜陋而兇惡，故每以母夜叉形容潑辣的女人，其實男性藥叉才真醜惡難看，女藥叉則多半生得如花似玉，天女一般的美麗。現今所說，即是指對於佛教有信心，熱忱護法的善良夜叉。
救脫菩薩的開示告結束「時」，在大「眾中，有十二」個「藥叉大將，俱」參預藥師法「會」，靜「坐」諦聽如來說法。在毗沙門天王統攝下的藥叉，部屬很多，而這十二位為領導者，故名大將。現依其名次，略為解釋：
1「宮毗羅大將」，義譯為蛟龍，頂有金龍相。它住在王捨城的一個山上，與佛教有密切關係，可說是最有功績的一位護法藥叉。佛在世時，它以赤誠心，處處護法。有一天，釋尊從靈鷲山麓經過，提婆達多暗中由山頂推下一塊大石頭，想擊害釋尊，為宮毗羅所見，連忙用金剛杵迎擊，巨石便即粉碎，僅一小塊落在佛趾上，微微破皮出血。由此一例，可見它對佛法的忠誠！
2「伐折羅大將」（金剛），
3「迷企羅大將」（金帶），
4「安底羅大將」（破空山），
5「頞倪羅大將」（沉香），
6「珊底羅大將」（螺發），
7「因達羅大將」（主），
8「波夷羅大將」（鯨），
9「摩虎羅大將（蟒蛇），
10「真達羅大將」（一角），
11「招杜羅大將」（嚴熾），
12「毗羯羅大將」（工藝善巧）。
「此十二」位「藥叉大將，一一」各統攝「有七千藥叉」「為眷屬」，他們都來參加法會。據藥師儀軌說：一年十二月，每天十二時辰，由每一藥叉大將輪值守護。然另有更深的意義，即藥師如來成就了十二大願，因有十二藥叉大將，每一藥叉為每一大願的象徵；也可以說，十二藥叉即等於藥師如來的化身，以現藥叉身而推行佛法。佛現佛相，是解脫相；現菩薩相，是慈悲相；現金剛、藥叉相，表示威嚴勇猛，能降服一般剛強難調的眾生，及能摧毀一切邪魔外道。所以金剛、藥叉的形像，總是豎眉怒目，顯出兇猛可怕的樣子。
十二藥叉大將各領七千眷屬，「同時舉聲」向佛宣誓說：「世尊！我」們「今」天能夠「蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來」的「名號」，便「不」再感「有惡趣」的恐「怖」了。聞佛名號，一面是宿植善根，一面要承佛威力加被，否則是聽不到的。
藥師如來有無量功德，無邊行願，祗要一聞其名號，即可罪障冰除，福慧增長，所以藥叉們聞了藥師聖號，便沒有再生惡趣的恐怖了。藥叉屬鬼趣所攝，儘管福報大，力量強，但到底離不了惡趣（鬼為三途之一），仍然要感受惡趣的苦痛；今聞佛聖號，不但身心安寧不復恐怖，且得於佛前發願護持佛法，培植善根，來生解脫惡趣。像在黑暗中摸索而恐懼的孩子，祗要聽到母親的音聲，一切恐懼心理便可解除，而能勇往直前，奔向光明的坦途。藥叉聽到藥師如來的聖號，蒙受佛力加被，佛光惠照，頓息惡趣的恐怖，此恩德是多麼深厚呢！
藥叉神將為了表示報答佛恩，故稟告佛說：「我等相率，皆同一」條「心」，自今而後，「至盡形」壽而死，「歸」依「佛法僧三寶」，並且發「誓」，要「荷負一切有情，為作」種種「義利」，令其脫離苦厄，「饒益安樂」。受了佛的慈濟，知道佛法的好處，而發心歸依三寶，利濟有情，這原是應該的。可是我們人類，有的比藥叉還不如，聽聞如來的勝法，得到佛法的好處，而卻不能發菩提心，利樂眾生，甚至皈依三寶，也不能切實辦到；人而不如鬼趣的藥叉，說來是夠慚愧的！
藥叉發心護持佛法，利益眾生，並不是在佛前說說而已，而且在行動上要有所表現，所以說：「隨於何等村」莊、「城」市、「國」都、縣「邑」，甚至「空閒」的樹「林中」，「若有流布此」藥師「經，或復受持藥師琉璃光如來名號」，或設種種供具，「恭敬供養」藥師如來，「我等」藥叉大將，及所有「眷屬」，一定經常「衛護是人」，「使」他們「解脫一切苦難」，而「諸有」情的「願求，悉令滿足」。如「有疾」病「厄」難而「求度脫」的，「亦應」一心「讀誦此經」；同時，要「以五色縷，結我」們十二藥叉大將的「名字」，等到病苦災難解除，「得如願已，然後解」開縷「結」。這是祈求消除病難的一種特殊方法。
關於打結，向來有兩種說法：一說用五色絲線織成十二個藥叉大將的名字；一說稱念一位藥叉大將的名字，就用五色絲線打一個結，如次念十二名字，打十二個結。兩者比較起來，後說簡便而近情。這打結辦法，可說是一種互通信息的工具。在沒有文字之前，古人都用打結記明事物；發生一件事情，打一個結，看結就曉得什麼一回事。藥叉沿用此法，教眾生遇災難時，念它名字打一個結，他就知道前來護持。又如現代遇急難時，打一通電報或寫一封快信給朋友，他便會趕來援救。所以念一大將名字打一個結，即是請其護持的表示。待病患痊癒，厄難息除，然後將結解開。
爾時，世尊贊諸藥叉大將言：『善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情』。
釋迦「世尊」以藥叉們能夠如此發心護法，利濟有情，極為難得，故稱讚它們說：好極了！好極了！「藥叉大將」！「汝等」能知「念報世尊藥師琉璃光如來」的慈濟「恩德」，確實「常應如是利益安樂一切有情」！佛弟子中有兩類人：一是報佛恩的，一是欠佛債的。佛的教誨，原是一面修行了生死以自利，一面濟度眾生以利他，但有一分學者，卻祗顧到自了生死的一邊，而不管眾生的苦難，這叫不知報佛恩的負欠佛債者。另有一分弟子，能暢達如來本懷，不但要求自了生死，而且處處以救度眾生為前提，切實表現自未得度先度人的精神，這即知報佛恩。我們學佛，應該學報佛恩，切勿作一欠佛債者！
甲三流通分
乙一阿難問名
爾時，阿難白佛言：『世尊！當何名此法門？我等雲何奉持』？佛告阿難：『此法門名說藥師琉璃光如來本願功德；亦名說十二神將饒益有情結願神咒；亦名拔除一切業障；應如是持』。
正宗分已講完，現說流通分。即為了使此正法，透過悠久的時間，廣大的空間，永久而普遍，流化不絕。先是阿難問名，即請示經題。題能攝義，有了經題，才能把一部經的要義統攝起來；令人一望經題，便可瞭解其中要義。又題為全經要領，有經題，才易於記憶受持。
當釋尊稱讚藥叉大將的護法勝舉之「時」，阿難即向佛請示道：「世尊」！應「噹」以「何名」稱，稱上來所說的「此」一「法門」？「我等」弟子及末法眾生，應當「雲何奉持」？於是，「佛告」訴「阿難：此法門」有三個名稱：
1.「名說藥師琉璃光如來本願功德」，即此經通用的題名。
2.「亦名說十二神將饒益有情結願神咒」，即藥叉誓護一節；因其靈感神速，故名神咒。
3.「亦名拔除一切業障」，眾生的種種災難，即過去與現在生中業障所感，現受持此藥師法門，便可拔除一切業障，而得消災免難，植福延壽，故得此名。
「應如是持」，即是說：牢記此三個經題，依其意義的提示，去恭敬受持。
乙二大眾奉行
時薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩；及大聲聞；國王、大臣、婆羅門、居士，天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽，人、非人等，一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
這是大眾奉行，佛說完每部經，都有此一段。
當「時，薄伽梵（世尊）說」完此經，在座的「諸菩薩摩訶薩，及大聲聞眾」，還有「國王、大臣、婆羅門、居士」等人眾，和「天、龍、藥叉、[P195]健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽」等非人眾。天、龍、藥叉三名，上已解說過。健達縛，即干闥婆，是一位天樂神，諸天有了盛會，均由祂奏樂，可說是天國的音樂家。阿素洛，即阿修羅（解釋見上文）。揭路荼，即迦樓羅，系一大鳥，因其翅膀金色，也名金翅鳥。此鳥身體極為龐大，中國莊子說有大鳥，能高飛九萬里，似乎即指此鳥。緊捺洛，即緊那羅，它也善歌能舞，唯頭生一角，究竟是神是人，令人莫辨，故名為疑神。莫呼洛伽，即摩!7畝羅伽，是大蟒蛇。如此「人（國王大臣等）、非人（天龍八部）等，一切」在會「大眾，聞佛所說」的微妙法門，個個「皆大歡喜，信受奉行」。
一切佛法，不是聽過或知道就算了事，必須以信心去接受，去領略。佛說：『若有信心得歡喜』，有清淨信心，才能深切地理解佛法，知道佛法的廣大利益，而把自己的身心，陶融於無邊法喜之中！像上面藥師法會的聽眾，無論是聲聞眾、菩薩眾，或是人天眾，都充滿了法喜。這因為，他們都具有純正而堅強的絕對信心；以此信心領受高度的法樂，然後才能切實依教奉行。我們修學佛法，應該如此，對於自身才有真實受用；對於佛法，也才能永久流傳下去，不斷饒益眾生。
現在，這藥師經講完了，希望大家也生清淨心，歡喜心，依著經中的指示，信受奉行！才不辜負藥師如來的大悲願，和我們幸聞佛法的此生！