『藥師經』所提示的藥師法門，其修行的原理在那裡呢？先要以現行的、現在的意識作為生起次第。換句話說，拿現在的名辭來說，要從自己的心理建設開始，先擴充自己的心量、願力，學習 藥師佛初發心的大願，以捨己為人為目的。先由心的轉變，然後是身的轉變。
普通顯教都曉得點燈，『藥師經』上所講的燈，以及造藥師經上所講的十二神旛。我們現在所流行的顯教，廟子上作消災延壽的法會，燃燈四十九盞，掛的旛雖然沒有十二個，也有三、四、或五、六個，掛的不同而已，都想以表面的燈與旛，來求得消災和延壽。有時有效果，這個效果是因為人的誠心，誠能感天，是第六意識的現行所造成堅強、堅固的意念所做到的。這個堅固的意念，不外乎是定的關係，一念至誠就是定，就是佛所說的『制心一處，無事不辦』。
真正要修到不死之法，要曉得燃燈與十二神旛的涵義。所謂橪燈，必須要在自己定慧的境界上，發起身心內在的自性光明，這個自性光明不是像禪宗或其他的宗派所講的理上的自性光明，而是密宗的生起次第著相的光明，也是自心內在由定所引發的光明，等於楞嚴經上所說的：『脫粘內縛，伏歸元真，發本明耀』，就是定力到某一種程度，六根六塵的關係解脫了，自己制心一處，在內部，這個內部不分身體的內或身體的外，就是那個寧靜的內部，由自性的功能所發起的神光。那麼，在西藏的密法，把這一類的神光，用中文翻譯有兩個名辭，一個名辭叫它是拙火，一個名辭叫它是靈能或靈力。
所謂拙火，是形容的觀念，就是說人體 的生命上有一種功能，它永遠不發生作用，等於一個笨人，他永遠是笨的。到什麼時候發生作用呢？當我們把六根六塵，後天的妄念，乃至心理上後天的情緒，一切解脫平穩的時候，生命的這種基本功能就會發起作用，這個時候它並不笨。顯教的經典，從東漢以後，一直到唐宋元明清的翻譯，就叫作三昧真火。
這個東西在楞嚴經的道理怎麼說呢？楞嚴經第三卷開始以後，講物理世界的『性火真空，性空真火，清淨本然，周遍法界，隨眾生心應所知量。......起遍世間，寧有方所。』它在宇宙的生命與我們人體 的生命中間，無所在，但是也無所不在，要真正得定到一個相當的境界，嚴格地說，要到三禪定才會真正發起這個拙火光明。
那麼，發起以後有兩種修法，一種就是發起定，定在拙火光明境上，進入四禪的境界，最後自己到壽命的盡頭，業報到最後結束時，以自己定慧的功力，不需要借助外來的、人世間的火力，而把自己煉化。這種情形的修法，在經典上記載，過去在印度，乃至於佛教傳入中國，東漢到唐宋這個階段，還有很多修行人可以做到。元朝以後，明朝、清朝一直到現在，很少見了，並不是因為時代的不同，而是因時代愈向後走，一般人發心修持的功力，同修持理論上的見解不徹底。拿唯識來講，這是『證成』的道理不知道、不清楚，統統在『觀待』道理，在思想理論上轉，把佛學佛法真正的修法，都變成空談了。
所以，這必須要證成道理完全修通、搞通了，修持就完全對了。
這是講藥師佛所講的『燈』，它真正的涵義，是燃起這個父母所生的肉身，內在生命的光輝，那麼它自然可以消災延壽，拿中國的道理來說，自然可以長生不死。