慧能有43名得法弟子，雖然比不上孔子72賢徒，但已經比釋迦牟尼16大弟子要多很多。慧能去世以後，這43人的絕大多數要各據一方住持並傳播禪宗心法，因此，慧能在臨終前作最後開示以及告訴大家禪宗之路的發展方向。
三科法門
師一日喚門人法海、志誠、法達、神會、智常、智通、志徹、志道、法珍、法如等，曰：「汝等不同餘人，吾滅度後，各為一方師。吾今教汝說法，不失本宗。先須舉三科法門，動用三十六對，出沒即離兩邊，說一切法，莫離自性。忽有人問汝法，出語盡雙，皆取對法，來去相因。究竟二法盡除，更無去處。」
一天，慧能將門人弟子一起叫來，主要有法海、志誠、法達、神會、智常、智通、志徹、志道、法珍、法如等，對他們說：「你們和其他人不同，我去世以後，你們各去一方當禪師。我現在要教你們在講說佛法時，如何不失去我的宗旨。首先必須講說三科法門，再動用三十六對概念，言論一定要離開兩個極端，解釋一切事物時不要離開自性。當有人忽然問你佛法時，你們回答要成雙成對，將正反兩個方面都要講到，前後相互關照對比，互為因果。最終是要徹底去除這成雙成對的二法，此外，再也沒有其它辦法了。」
「三科法門者，陰、界、入也。陰是五陰：色受想行識是也。入是十二入，外六塵：色聲香味觸法；內六門：眼耳鼻舌身意是也。界是十八界：六塵、六門、六識是也。自性能含萬法，名含藏識。若起思量，即是轉識。生六識，出六門，見六塵，如是一十八界，皆從自性起用。自性若邪，起十八邪；自性若正，起十八正。若惡用即眾生用，善用即佛用，用由何等，由自性。」
自性能夠產生萬法，所以又稱之為含藏識或藏識。如果人們的心裡思考問題，引起六識的轉變，這就是轉識。佛性生出六識，然後走出六門，接觸到了六塵，這些共十八界，都是自性生起的作用。如果自性受到了邪念的障礙，就會起十八種邪惡；反之，如果佛性清淨端正，就生起十八種正念，引起十八種正行。這十八界如果被惡念所用，這就是眾生之行；反之，如果被善念所用，這就是佛行。究竟是被善念所用，還是被惡念所用，這是由什麼決定呢？還是取決於自性是否被邪念覆蓋所決定。