攻佔兩京
赤眉軍分成兩路向西進攻長安。劉玄派兵去抵抗，接連打了幾個敗仗，急得他不知道怎麼辦才好。張卬、王匡他們就私下商議說：「赤眉說到就到，咱們設法在這兒呆下去了。不如趁早收拾些財物，回南陽去再找路子。要是南陽也守不住，咱們就到大湖裡去做大王！」他們就派人會見劉玄，向他說了這個主意。劉玄可不願意回南陽去，沒答應。張卬就想著發兵強迫劉玄離開長安。劉玄得到消息，先下手為強，發兵去打張卬。張卬和王匡只好一塊兒逃走了，南方起義軍就這麼互相火並起來。這時候，赤眉軍已經到了長安城下。
赤眉軍看著劉玄不行了，想另外立一個姓劉的人做皇帝。隊伍裡姓劉的人還真不少，一找就找出七十多個，其中有個劉盆子，據說跟皇室的血統最近。他才十五歲，是給樊崇的部下看牛的，大夥兒都管他叫牛倌兒。樊崇就決定立他為天子。大夥兒讓劉盆子換身衣服。他不依，還哭著不走。結果只好讓他披著頭髮、光著腳，破破爛爛地去見樊崇。劉盆子見了樊崇，不敢再使性，就穿上了小皇帝的衣服，戴上了小皇帝的冠冕。樊崇領著部下，共同立劉盆子為天子。文武百官向他朝見，窘得他不知道該怎麼應付。一退了朝，他趕緊換上了原來的衣服，溜到外面，要跟別的牛倌在一塊兒。大夥兒只好把他留在屋子裡，吩咐手下人別讓他隨便出去。
赤眉軍就打著漢天子劉盆子的旗號，來征伐劉玄。剛巧張卬和王匡從長安逃出來。他們投降了赤眉軍，回過頭來把赤眉軍領進了長安城。劉玄急得沒法可使，帶著妻子和宮女們從北門逃了出去。他跑到了一個驛捨裡，正想歇口氣兒，赤眉軍的使者已經來到跟前，傳著上面的命令，叫劉玄投降。使者又說，現在投降，還可以封為長沙王；過了二十天，他要投降也不允許了。劉玄只好跟著使者到長樂宮會見劉盆子和樊崇。他光著上身，向劉盆子奉上了玉璽。劉盆子當然只聽樊崇的，封他為長沙王，讓他住在長安。
漢光武這時候正在攻打洛陽。把朱鮪困在洛陽，有好幾個月了，可還是打不下來。現在聽說劉玄完了，就派人勸朱鮪投降。朱鮪這時內無糧草，外無救兵，只好帶著隊伍出來投降。漢光武讓他做了將軍， 還 封 為 侯。打下了洛陽，漢光武就把洛陽作為京都〔因為長安在西邊，洛陽在東邊，所以前漢也叫西漢，後漢也叫東漢〕。
漢光武住在洛陽很不放心。各地方自立為王，自立為帝的人還真不少，佔據一塊小地方做土皇帝的，那就更多了。可他最不放心的，還是赤眉軍這一路。赤眉軍佔領著長安，是個大威脅，就不知道鄧禹打的什麼主意，為什麼還不攻打長安吶？
鄧禹不但不攻打長安，反倒帶著軍隊越走越遠了。他對將士們說：「咱們孤軍深入，前面沒有給養，後面運糧困難。赤眉剛進長安，正在勢頭上，馬上和他們交戰，準得吃虧。可他們人多糧少，在長安呆下去，遲早是要變動的。我探聽到上郡、北地、安定三個郡有的是糧食、牲口。咱們不如先拿下這三個郡，給養就不用愁了。等到長安亂了，再打不遲。」
鄧禹帶著人馬，繞著大彎兒由東往北，轉西向南，開走了。這時候，赤眉軍在長安城裡，把糧食吃光了，再也呆不下去了。可他們還能到哪兒去吶？往北，鄧禹的軍隊扼住了北上的道兒；往東，洛陽已經成了漢光武的大本營；剩下的只有往西一條路了。樊崇帶著幾十萬大軍向西流亡，沒想到那些地方跟長安也差不了多少，糧食牲口早給鄧禹的軍隊搜刮去了。赤眉軍只好再往西走，誰知道禍不單行，碰到了暴風雪，凍死了不少人馬。樊崇萬不得已，只好折回長安。
這時候，鄧禹的兵馬已經進了長安。赤眉軍也不去攻城，就刨起漢朝歷代帝王和皇后、妃子的墳來，那裡面埋著不少金銀、珠寶、玉器什麼的。鄧禹立刻發兵去攻打，想不到打了個敗仗，連長安也丟了，慌忙退到高陵。他怕軍中糧草不夠，只好向漢光武求救。
漢光武連忙派馮異帶著一隊兵馬去代替鄧禹。他囑咐馮異說：「長安一帶老百姓已經窮到了極點，將軍這次去征伐，要是赤眉肯投降，就讓士兵都回家去種地，最要緊的是安定人心，不要隨便殺人。」馮異答應著，帶著軍隊往西去了。漢光武又給鄧禹下詔書說：「千萬別死拚。赤眉沒有糧食，一定會到東邊來的。我這兒已經準備好了，你趕快回來。」
馮異到了長安，把人馬埋伏好，就向赤眉軍下戰書。赤眉軍不知道這是詭計，一上陣就中了埋伏，拚死拚活打了一天，死傷了一大半。馮異讓一些士兵也在眉毛上塗上紅顏色，打扮成赤眉的士兵，混進赤眉的隊伍。赤眉軍正進退兩難，馮異叫將士們大叫大喊：「趕快投降！投降不殺！」那些假裝赤眉的士兵馬上響應：「咱們投降！咱們投降！」赤眉軍一下子軍心大亂，被解除了武裝。
剩下的十幾萬赤眉軍由樊崇帶著，向東開走了。馮異又火速派人報告給漢光武。漢光武連忙率領大軍佈置好埋伏，等赤眉軍一過來，就把他們團團圍住。樊崇沒法走脫，只好派人向漢光武求和。漢光武下令讓他們投降，樊崇就帶著劉盆子去見漢光武，奉上了玉璽。赤眉的將士也交出了鎧甲和兵器。漢光武吩咐趕緊做飯、做菜，讓十多萬赤眉兵吃一頓好的。接著，把樊崇他們帶到了洛陽，給他們官做。可這些人是赤眉的首領，十多萬赤眉兵還是向著他們吶。漢光武嘴上不說，心裡總覺得留著他們不妥當。沒到幾個月工夫，就拿謀反的罪名把他們殺了。
推翻新朝的綠林、赤眉這兩支最大的農民起義軍，到這時候，都給漢光武收拾了。可他還是不放心，因為各地自稱王、自稱帝的還有不少，天下正亂著吶。這裡邊勢力最大的，要數隴西的隗囂〔wěi-xiāo〕，河西的竇融，蜀地的公孫述。