寧遠城新任知縣蔡子西這天早晨接到報案，說是手下捕快頭目之一的丁二葵不知何故突然暴死在中。蔡知縣於是帶了仵作等一干人眾匆匆趕到死者宅第，見自己的副手孫縣丞已然提前到達，並且正在維持著秩序，免得看熱鬧的人破壞了案發現場。
蔡知縣向孫縣丞簡單問了一些情況後，立即命人著手勘查現場。仵作初步驗屍後很快稟告說，丁二葵面色發青，瞳孔放大，初步猜測為屬於中毒身亡。蔡知縣仔細環視房間裡所有東西，沒有發現任何能夠盛放毒藥的器皿，便叫來死者家屬協助官府進行檢查，期望能找到破案的蛛絲馬跡。不料死者的一個小妾抬頭間視線落到牆上懸掛的一幅畫時，突然驚叫起來：「大人，那張畫有問題，老爺……老爺也許是被畫中的毒蛇咬死了！」
蔡知縣等人聞聲定睛一看，它是一幅叫做《靈蛇祈福》的絹布畫。只見碧綠的潭水中盛開著一朵七彩蓮花，上面盤著一條渾身佈滿金色鱗片的蛇，正張大著嘴巴，令人感到毛骨悚然的是它的銳利牙齒上還殘留著斑斑血跡。看到這種恐怖的畫面，蔡知縣不由得皺了皺眉，問那個小妾到底發生了什麼事。小妾戰戰兢兢地解釋說，這張畫是丁二葵前幾天買來準備供奉蛇神用的。可她記得很清晰，當丁二葵展開並掛好該畫時，上面的蛇溫雅地閉著嘴巴，頭部高高昂起，彷彿在祈佑主人平安吉祥、福惠終生，可不知為什麼它現在竟然變成了一條嗜血的凶神！
蔡知縣聽過後倒沒有現出什麼驚異之態，可其他人卻瞪大了眼睛面面相覷。尤其是一臉不安的孫縣丞湊到蔡知縣面前提醒說：「大人有所不知，本地老百姓世世代代都信奉蛇神，每逢初一、十五都要擺供焚香，祈禳蛇神保佑全家安康。可一旦有人觸怒了蛇神，它就會顯靈發威而奪其性命。」
蔡知縣不置可否地淡淡一笑：「世間真的會有這等事？」說罷命仵作再次對丁二葵屍體進行仔細檢驗一番，看是否能找到其它幫助破案的線索。誰知仵作查看到死者腿部時，差點驚叫出聲來，居然有一對無比清晰的蛇的毒牙印！而且用銀針測過血樣後，斷定丁二葵確實死於蛇毒！
不僅眾人對此瞠目結舌，就連蔡知縣也不禁感到滿心疑惑。難道果真是畫上的蛇奪去了丁二葵性命？可丁二葵在哪方面衝撞了蛇神而遭致殘忍的懲罰呢？盡避蔡知縣作了精心地調查和瞭解，仍遲遲未能解開丁二葵身死之謎。飽讀詩文的他並不完全相信所謂的蛇神顯靈殺人之說，冥冥之中覺得案情並非如此簡單，也許有更多的蹊蹺隱藏在幕後。
蔡知縣正在苦苦思索如何能查獲殺死丁二葵的真兇之際，又一起同樣的離奇命案驟然發生。寧遠城首屈一指的富戶金虎在家中被毒蛇咬死，兇手就是掛在其臥室中的一幅《百蛇圖》，畫上的數十條蛇居然在夜間悄悄復活爬到金虎床上活活咬死了他。等家人發現這幕慘景時，金虎早已絕氣身亡，而那些嘴上沾染鮮血的毒蛇又重新回到畫面中，瞪大凶殘的綠眼睛看著死者。
蔡知縣根據仵作驗屍獲知，金虎的屍體上果然密佈著大大小小幾十對毒蛇牙印，而且喉管處也幾乎被勒斷，以至其舌頭暴吐，雙眼凸出。其情狀可謂慘不忍睹。蔡知縣盯著那幅詭異的《百蛇圖》，怎麼也想不明白，就算山野中的蛇是一種具有靈性的動物，那麼畫中的它們也會具有如此神奇的靈性嗎？
由於相繼發生兩起蛇畫奪命事件，整個寧遠城變得人心惶惶起來。人們恐懼地認為，慘遭身死的丁二葵、金虎或是沒有及時認真供奉，或是褻瀆了蛇神才遭致報復的。因此市面上的各種供拜之物竟然出現了脫銷現象，人們不吝錢財地買下這些東西，天天焚香跪奉，唯恐惹怒了蛇神而遭來血光之災。
蔡知縣知道如果不盡快澄清案情真相，就難以穩定躁動不安的民心。他於是找來孫縣丞，要求其盡快查清那些蛇畫的來源。孫縣丞領命後，很快回復說那些蛇畫是從距城二十里外的青蛇觀中購得的。
通過孫縣丞的詳細講述，蔡知縣曉得青蛇觀是一座廢棄的前朝道觀。據說曾有一位帶兵的將軍路過並夜宿該道觀時，不知什麼原因親手殺死了一條赤練蛇。當夜道觀便著了火，燒死了那名將軍和許多未來得及逃生的道士。從此，只剩下少許殘屋的青蛇觀便越發邪氣起來，以至於再也沒有人敢去供奉香火。但在幾年前，從外地又來了一個鬚髮皆白的老道人，居然將那些殘屋休憩後不信邪地入住其中。可能是該道人善會驅邪避災的法術，住在那裡倒也相安無事。而就在半年前，那位老道人外出化緣時領回一個叫覺慧的年輕女道人，說是其當年未出家時失蹤多年的女兒總算找到了。令人們稱奇的是覺慧有一手作畫的絕技，尤其是擅長畫蛇，其用妙筆丹青繪出來的蛇簡直栩栩如生。恰逢本地老百姓幾乎家家虔誠地信奉蛇神，因此有許多人聽到消息後絡繹不絕地前往青蛇觀購買蛇畫，包括丁二葵和金虎家的兩幅蛇畫也是出自於覺慧筆下。
蔡知縣為了搞清那些蛇畫究竟有什麼奧秘之處，就和孫縣丞一起去青蛇觀查訪。果然正如孫縣丞所說那樣，坐落於深山坳中的青蛇觀殘破不堪，被大火燒過後焦黑的斷牆至今猶存。蔡知縣等人剛剛進入院落中時，不禁大吃一驚，只見樹枝上、草叢間都爬滿了大大小小的蛇。望著陌生的來訪者，它們警覺地抬起頭吐著血紅芯子，發出的絲絲聲令人感到不寒而慄。
當聽說本地父母官來造訪，老道人笑吟吟地迎了出來，並把那些嚇人的蛇趕到大門外。雙方彼此寒暄了一陣子，蔡知縣就徑直說明來意，要見一見覺慧和她親手作的畫。老道人稍稍猶豫了片刻，實在不敢違背知縣大人的意思，於是喚來了覺慧。
蔡知縣上上下下把眼前的女道姑打量了一番，覺得對方雖然眉宇清秀，但閃爍不定的眸子裡隱隱透著一絲殺機。當著蔡知縣的面，覺慧拿來一卷空白的絹布現場作起畫來。時間不長，一幅惟妙惟肖的《飛蛇圖》就展現在眾人面前，蔡知縣和孫縣丞禁不住連聲稱道妙絕。
正在這時，一隻猴子蹦跳著來到覺慧面前，撒嬌似地在其懷裡蹭來蹭去。老道人見狀微笑說：「大人不要見怪，只因為小女為了把畫做得更好才養了一群蛇。畢竟蛇這東西犯性子時是要傷人的，故訓練了一隻對蛇極為敏感的猴子用以夜間防範它們。」老道人說到這裡對猴子喝令道：「畜生，還不向知縣、縣丞兩位大人問安。」
說來也怪，那隻猴子竟然先後給蔡知縣、孫縣丞磕了幾個頭。看著這個頗通人性的生靈，蔡知縣和孫縣丞不禁對視一笑。但是就在該猴子回到覺慧身邊時，覺慧讓它面對孫縣丞，在其頭頂上輕輕拍了三下。孫縣丞絲毫沒能注意到這個小小細節，但是蔡知縣卻不動聲色地把它牢牢記在了心裡。只不過他在心裡狐疑不已，不知道覺慧的這點小動作是無意間做出來的，還是其中隱藏著什麼不可告人的玄機？
當得知蔡知縣決意買走此畫時，道人父女表示要慷慨相贈。體恤民情的蔡知縣莞爾一笑：「如今你們正在籌集銀兩打算重建青蛇觀，本官理應全力支持，就留下紋銀五十兩算是代表心意吧。」出於盛情難卻，老道人感激地謝過後收下銀兩。但是令蔡知縣再度費解的是，當他領著手下人告辭離去時，總覺得覺慧在用一種憤怒的目光盯著孫縣丞。
不管怎麼說，蔡知縣目前沒有任何證據鎖定道人父女就是作案兇手，只能叮囑孫縣丞暗中多留心對方動靜。蔡知縣回到縣衙自己的府院書房裡，把那幅《飛蛇圖》懸掛起來進行仔細觀察。畫的最上邊自然和其它絹布畫一樣，是根連結布帛的空心竹筒，下邊就是繪在布上的精美畫面內容了。
蔡知縣為了查出覺慧筆下的畫究竟有什麼端倪，不顧潛在的危險，夜間一個人宿在書房裡。時值盛夏，天氣甚是悶熱，蔡知縣夜不能寐時就起來踱步，目光幾乎時時不離開畫中的飛蛇。就這樣一連三天過去了，這幅畫依舊還是原樣，絲毫沒有令蔡知縣窺出任何破綻。他不免感到有些洩氣，就派人去把孫縣丞找來，準備商量下一步該怎麼辦。
孫縣丞來到蔡知縣的書房裡，見蔡知縣滿臉倦色，知道他幾日來沒有好好休息，便勸慰說應保重身體，案子遲早會有水落石出那一天的。蔡知縣一臉的無奈，讓孫縣丞再好好查看這幅畫，如果確實沒什麼破案價值就把它撤掉。
見孫縣丞對著該畫也是冥思苦猜，蔡知縣為了不打擾他，獨自出去忙於其它事務了。而就在片刻功夫，有人聽見書房裡傳出一聲慘叫。等蔡知縣聞訊趕到時，見到孫縣丞嘴唇青紫，滿眼透著驚恐地指著牆上的畫：「蛇，蛇，我被畫中的蛇咬了一口……」未等他的話說完，渾身一陣抽搐後閉上了眼睛。
蔡知縣目睹此情此景，斷定問題就出在蛇畫上。命人摘下《飛蛇圖》平鋪到桌子上，一點一點地再次認真查看。與此同時，他竟然聞到了從畫中散發出一股腥臊的氣味，而且像極了蛇身上應有的味道。循著氣味，蔡知縣把目光赫然落到了畫上方的那根空心竹筒上，居然發現一端的蓋子被啟開了，氣味就是從竹筒裡發出來的。他把整張畫立起來用力一磕，從竹筒裡倒出一些動物糞便，找來行家一辨認，竟然是蛇糞。
蔡知縣看到這裡，眼睛裡雖然放出興奮的光，但卻懊悔得用力連連捶打桌子：「真正的兇手總算露出了馬腳，可我在此之前怎麼就沒料到道人父女能有這一手啊，看來他們很可能搶在了官府的前面！」
蔡知縣帶著捕快趕到青蛇觀時，果然見到那裡空空如也。道人父女早已不知去向，留給蔡知縣的只有一封陳述所謂蛇畫殺人始末緣由的書信。
原來，在很多年前，寧遠城裡住著一戶姓宋的財主，別看宋員外家資巨富，卻有著一顆慈善之心。一年冬天，他在路上救下一個餓昏的小乞丐，見其孤苦可憐，便帶回家中收養。那名小乞丐自稱叫金虎，因父母雙亡生活無著落才出來乞討，為感激宋員外大恩大德，遂拜他為義父。誰知狼子野心的金虎長大後，覬覦起宋家資產，企圖以宋員外沒有子嗣而乘機繼承。不料宋員外偏偏老年得了一對龍鳳雙胞胎，金虎的滿心期望為之落空，於是便勾結起因敲詐宋員外而蹲過大牢的無業遊民丁二葵。兩人感覺形單勢孤，很難鬥過根基深厚的宋員外，又極力拉攏官府中的孫縣丞。孫縣丞為巴結上司以求陞官曾向宋員外借一大筆錢，遭到婉言拒絕後而懷恨在心，於是與金虎、丁二葵串通一氣，想方設法陷害宋員外，誣告其勾結綠林匪盜反叛朝廷，最終使宋員外有口難辨落得個抄家滅門慘禍。
就在官府公差查抄宋家時，有一個家人抱著那對龍鳳胎中的女嬰藏匿起來，因而僥倖躲過了災難。後來，那個家人帶著女嬰逃到遙遠的外地一座道觀，以父女的名義隱姓埋名過著清苦生活。女嬰長大後，學得了一手馴蛇與畫蛇絕藝，為報深仇大恨，與入道出家的義父悄悄回到寧遠城外的青蛇觀。以出賣蛇畫募款重修道觀為名等待仇人上鉤。果然通過孫縣丞關係升為捕快頭子的丁二葵與發了財的金虎先後到青蛇觀購買了蛇畫。
利用夜幕掩護，覺慧帶著訓練好的猴子、毒蛇與另一幅絹布畫悄悄來到丁二葵家宅院外。毒蛇尋找間隙爬入屋內咬死了丁二葵，猴子則將牆上的蛇畫換成了另一幅。至於殺死金虎，覺慧也是故伎重演，不過這次為了配合好《百蛇圖》顯靈發威，她把馴養的幾十條蛇全都用上，才造成金虎死相極慘的情形。
等到蔡知縣與孫縣丞來青蛇觀求畫時，聰明的覺慧已猜出來者不善，為了藉機除掉最後一個仇人孫縣丞。覺慧事先在絹布畫空心竹筒裡藏下一條劇毒的小蛇，為了保證其呼吸生存，竹筒上留有不被人注意的微小縫隙，兩端則用扣子蓋緊。為了不傷及無辜的蔡知縣，覺慧有意在猴子腦袋上連拍三下，目的是讓它記住仇人孫縣丞模樣。那只聰明的猴子其實早就跟蹤並藏匿於蔡知縣書房內，等到觀畫的主人換了孫縣丞時，猴子趁其不備擰開畫上方竹筒蓋子放出毒蛇，將孫縣丞咬死後雙雙逃之夭夭，追趕放棄青蛇觀已經上路的主人去了。
至此，一系列轟動寧遠城的蛇畫殺人案真相終於昭告於天下。人們在感到無比驚悚的同時，也發出了深深感慨：看來人切不可為了貪慾而生邪念，凡是作惡的人即使靠僥倖逞強一時，終歸也逃不脫應有的報應！