建文帝的下落
一種說法認為建文帝是自焚而死的。
據永樂年間修撰的《明太祖實錄》中記載，燕王朱棣發動“靖難之役”，經過四年的征戰，燕王獲得全勝，建文四年（1402年）6月13日，燕王統領大軍開進南京金川門。當燕王軍隊進入皇宮時，宮中已是一片火海，建文帝也沒了蹤影。
與此同時，建文帝所使用的寶璽也毫無蹤影。正史記載建文帝死於宮中的大火中。《太宗實錄》卷九記載：“上（即明成祖朱棣）望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及。中使出其屍於火中，還白上，上哭曰：'果然，若是癡耶！吾來為扶翼不為善，不意不諒而遽至此乎！’……壬申，備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日。”
仁宗朱高熾御制長陵後碑也說，建文帝歿後，成祖備以天子禮儀殮葬。成祖後來在給朝鮮國王的詔書中說：沒想到建文帝在奸臣的威逼下縱火自殺。但是，太監在火後餘燼中多次查找，只找到馬皇后與太子朱文奎的遺骸，建文帝是活是亡無從得知。
建文帝是活是亡無從得知
燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墳墓在什麼地方，無人可知。明末崇禎帝就曾說過：想給建文帝上墳，卻不知在何處。
建文帝在其親信說服下 削髮為僧
另一種說法是在南京攻破之時，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削髮為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明成祖死後，他又回到京城，死後葬於京郊西山。朱棣登位後，感到生死未卜的建文帝對他有一種無形的壓力，因此多次派心腹大臣到處訪問。
永樂年間鄭和下西洋的陪同官員中，有不少錦衣衛士，這顯然就是用於暗中察訪建文帝的。
明成祖曾向天下寺院頒布《僧道度牒疏》，將所有僧人名冊重新整理，對僧人進行了一次全方位的調查。從永樂五年（1407年）起，還派人以尋訪仙人張邋遢為名到處查找，涉及大江南北，前後共20餘年。