講實證的學術，分科繁而派別少，尚玄思的學術則相反。國學以古書為對象，文字艱深古奧，又不免有遺漏和錯誤，後世的人無法去找古代的原作者來質疑，就只好憑自己的意思來解釋，因解釋的不同，而派別便產生了。以前說的「義理」、「考據」、「詞章」的三種學術，雖然是三個部門，但同時也是三個派別，因為學者所採取的道路不同，對於同一古書的解釋會得到相異的結果。所以曾國藩說他們「各執一途，互相詆毀」。
在考據學全盛的清代中期，所謂桐城派詞章之學也抬頭起來。桐城派文人以「載道之文」相標榜而譏誚考據學的支離破碎，無補於聖道。考據學者則譏誚桐城派文章沒有內容，根本無所謂「道」。考據學者批評義理之學的空疏，可是義理學派也譏誚他們的破碎支離。這幾派之中，考據派在學術界雖然稱霸，但清政府所獎勵的卻以義理之學為主。
義理學派即所謂宋明道學，因其解釋經書遇著難解之處，不去找許多古書參證，考查原來的意義，只是「望文生義」，照字面去講，所以人們說它空疏。其實這個學派不是完全不查考古字的意義，不是完全不注意古書的遺漏錯誤，我們一看《四書》的朱注便知。這個學派的特點，是在於借孔孟的話來宣傳自己的學說，朱熹（晦庵）的四書注，就是宣傳他的理氣二元論。陸九淵（象山）更公然說「六經皆我註腳」。的確，他們表面上是註解經書，實際上是拿經書註解自己。可是朱熹還不敢公然這樣講，他的意思只是說，按之人情物理，孔孟的這些話應當這樣解才對。朱氏是主張「格物致知」的，這就是從研究人情物理去瞭解孔孟之道。
因為這一點，使朱陸又分成兩派。朱氏的學術，淵源於程頤（伊川），所以這派叫程朱派。陸象山之學，到明代王守仁（陽明）而有澈底的發展，所以這派叫陸王派。程朱之學，講求窮理盡性，稱為理學。陸王也講理，但程朱的理有客觀性，而陸王的理是純主觀的，陸氏說「心即理」，所以人們為與程朱的理學分別起見，又叫陸王之學為「心學」。
義理之學大致和現代所謂哲學相同，所以有派別，無分科。考據之學和現代所倡社會科學相像，所以有分科，也有派別。可是因為研究的對象不是社會而是古書，所以考據之學的派別，不是從理論上分的，而是從古書的傳授系統上面分的。漢朝在秦始皇焚書坑儒以後來提倡經書的研究，許多儒生都用當時通行的隸書寫著經書進獻，據說是因為古經原本已不容易覓取，他們這些儒生都是憑著口耳相傳的方法，一代一代地傳授下來的。後來卻有人貢獻古本經書了，那些書據說是藏在什麼古建築物（如孔子故宅）的夾壁中間，或者什麼山巖裡面，被人家發現出來的。有了這一套古字的原本，於是就有一班儒生來研究它。由於這種版本和前面那種所用的文字有古今的不同，於是在研究者方面就分出今文派和古文派。
其實兩者的分別不但在文字上，就是內容也有不同的地方，特別是思想方法方面（這點後面再說）。這兩派經學家所做的事，或系考證古書的真偽，或系考證古書上的名詞器物和制度，或系探討古代文字的意義，或系探討經書的微言大義，所以一般稱為考據之學，因為考據之學創於漢朝，又稱漢學，而和漢學相對待的義理之學，因為創於宋代，就叫宋學。
在詞章之學方面，古文和駢文不但是兩個門類，同時又是兩個派別的名稱。駢文是四六對偶的文體，古文（這個古文和經學上的古文，名同而實異）是不要對仗的散文，研究駢文的就反對古文，研究古文的就反對駢文，因而形成兩大派別。清代除這兩大派對立外，古文派內部又有桐城派和陽湖派的分別。