古文學派與今文學派，從西漢末年一直延到東漢末年，二百餘年間，發生了四次大的鬥爭，表面上或者為了爭官學的地位，或者為了爭書籍的真偽。清代後半期也發生同樣的鬥爭。如果比較兩派的爭論問題，則可得以下幾個要點：
1.今文派尊孔子為受天命的素王（素王是未得其位的王），古文派尊孔子為先師；
2.今文派以孔子為托古改制，古文派以孔子是述而不作的史學家；
3.今文派以六經為孔子著作，古文派以六經為古代史料；
4.今文派以《春秋公羊傳》為主要憑藉，古文派以《周禮》為主；
5.今文派指斥古文經傳是劉歆偽造之作，古文派斥今文經傳是秦火殘缺之餘——今文經傳現存《儀禮》、《公羊》、《穀梁》（？）及《小戴禮記》（？）、《大戴禮記》（？）、《韓詩外傳》，古文今存《毛詩》、《周禮》、《左傳》；
6.今文派相信緯書，以為孔子的微言大義，間有存者，古文派則斥緯書為虛妄。
由以上幾點看來，兩派不但是所根據的經傳版本不同，而且治學態度也相反。今文派雖斥古文經為偽，而本身所根據的經也未必是真，尤其是經說完全由主觀造作，發為種種怪異的議論，傾向於迷信與獨斷。古文派態度比較客觀，注重歷史的根據，不採神秘怪異之說，故其經說比較接近孔學的真相，但未免過於信古。