在東原以後的那些正統派漢學家，根本不講義理之學。道鹹以後，曾滌生（國藩）頗有不滿意漢學而推崇宋學的意思，但他對於理學並沒有什麼貢獻。晚清今文學派盛行，宋學更沒有人注意。所以在清代，宋明理學始終沒有重整旗鼓。
就今文學派所談的問題看，多半是關於政治方面的，和理學家所談的性理天道，頗不一致，但譚嗣同《仁學》一書，談到了宇宙本體，確是理學家的問題。嗣同的思想，力求衝破名教的網羅，頗有浪漫空想的色彩，他把科學知識和儒、釋、道三家學說混合在一起，而建立一天人合一的「仁」的本體，和陸王派理學思想相彷彿。但他的思想在客觀上是唯物的。
完全有現代科學知識及對於西洋哲學做過有系統的研究，而又繼承宋學傳統，加以新發展的，要算最近發表《新理學》的馮友蘭氏。馮氏之《新理學》是繼承著程朱的傳統而加以相當修正的。他的宇宙觀仍是理氣二元論的，理是形式而氣是質料。理屬於真際，屬於邏輯的即形而上的世界，是超時空的；氣屬於實際，即形而下的世界，是在時空的。但在時空的實際的事物，又不只是氣，而必須是由氣依照理以形成的。他的「理」世界是不變的，而時時變化的實際世界，卻要按照那「理」來變化，不過又不曾完全實現了那「理」。他的「理」是多樣的，每一事物有其所以然之理。他的「理」是包含矛盾的，如他說事物依照理而有各類之性，有各個體之性，但個體之性與類之性可以有衝突。他修正了朱子「物物有一太極」之說，認為「太極」是一切理之總和，一物只能有一極（極是標準或極限的意思）。因而朱子「心具眾理」說，也給修正了，他以為理是客觀的範疇，一心不可能具眾理。
他的理學，不談各種具體的理（各種事物之理，只能由各部門的科學去研究），而專談抽像的理，所以不至於有因窮竹子的理而生病的結果。他對於「兩儀」、「四象」給了新的解釋，對於歷史、革命、道德等，都給時勢的要素以重視。他也和程明道、譚嗣同一樣，認為聖人的境界是與萬物為一體（即「仁」），聖人是以「宇宙底心」為心，也可說是「為天地立心」，換句話說，就是「無私」、「無我」，純粹客觀主義，自然主義。