支付系統是指管理支付數據，調用第三方支付平台接口，記錄支付信息（對應訂單號、支付金額等），支付對賬，提供支付服務和資金清算的系統。由於大部分電商企業沒有支付牌照，自建支付產品的可能性較小，所以此處的討論範圍僅限於接入支付服務的範疇。
支付中心會記錄下交易記錄，其與訂單記錄不同，主要包含支付信息。
主要包含的信息有交易流水號（一般由第三方平台生成）、創建時間、完成時間、關聯的訂單編號、訂單標題、支付場景、費用信息（訂單總金額、優惠金額、實際費用）、訂單描述。此外，支付信息還包含以下內容。
（1）交易渠道信息：記錄所使用的交易渠道（支付寶、微信），渠道賬戶，渠道執行支付的時間、渠道側返回的訂單號等。如果有錯誤發生，還需要記錄從渠道接收到的錯誤信息和錯誤碼。
（2）支付用戶信息：包括用戶類型、用戶賬號、渠道賬號信息。
（3）支付狀態：包括未支付、已支付、已退款、部分退款、已取消等。
如果有特殊的支付方式，如分期、貨到付款，還會更加複雜。
【對賬】
對電商系統來說，對賬就是保證每一筆交易在電商平台、支付平台都要能對上。在發現有差異的記錄之後，通過人工或者自動的方式，解決這些差異以平賬。交易中會存在支付、退款、部分退款存在，所以在對賬時需要非常仔細。
為方便快速查賬，不同渠道都支持商戶通過接口獲取商戶離線賬單下載。電商平台通過向第三方平台請求日訂單或月訂單，下載賬單與平台系統中的交易明細進行對比完成對賬。因為可能存在同一訂單2次支付成功的問題，所以需要多字段匹配，比如訂單號、時間、金額等，完全一致才認為是同一條。
異常情況主要出現在正向支付和逆向退款上。
（1）支付時會出現：電商平台顯示已支付，在支付平台未成功支付；電商平台顯示未支付，在支付平台已成功支付；電商平台與支付平台支付金額不一致。
（2）退款時會出現：電商平台顯示已退款，在支付平台未成功退款；電商平台顯示未退款成功，在支付平台已退款；電商平台與支付平台退款金額不一致。
對賬要求的是準確，難點在於對異常情況的處理。
對中小電商平台來說，支付系統用來記錄支付詳情、提供支付方式，主要與第三方渠道進行對接，很少出現聯合支付、分期付款等複雜的交易形式，總體上並不複雜。如果是跨境電商平台，就需要對接國際支付平台（如國際支付寶平台），不過由於跨境支付手續費較高，遇到純國內訂單時，仍調用國內支付渠道。