1975年夏天，當蓋茨來到阿爾伯克基時，他和艾倫還在根據與埃德·羅伯茨達成的口頭協議為Altair供應BASIC軟件。而蓋茨堅持簽署一份正式協議。在經過一番討價還價之後，他同意將該軟件授權給MITS使用10年，與每台Altair電腦捆綁銷售，每份軟件收取30美元的使用費。蓋茨在談判中爭取到了兩項具有重大歷史意義的協議條款。他堅持讓自己和艾倫保留軟件的所有權；MITS只擁有獲得該軟件使用許可的權利。他還要求MITS「盡最大努力」再許可其他計算機生產商使用軟件，並與蓋茨和艾倫分成。這為蓋茨6年後與IBM達成的協議樹立了先例。他說：「我們能夠確保我們的軟件在許多種計算機上運行，這樣一來，定義市場的就是我們，而不是硬件生產商。」66
現在他們要為自己的公司取一個名字。他們設想了幾種方案，其中包括「艾倫&蓋茨」，但他們覺得這名字聽起來太像律師事務所。最終，他們選擇了一個不算特別精彩或鼓舞人心，但足以傳達他們在為微型計算機寫軟件這層意思的名稱。在與MITS簽署的最終協議中，他們自稱為「保羅·艾倫和比爾·蓋茨，以『微–軟』為名稱經營」。他們當時唯一的產品的源代碼中有一行署名：「微–軟BASIC：非運行時部分由保羅·艾倫編寫。運行時部分由比爾·蓋茨編寫。數學包由蒙特·達維多夫編寫。」在幾年之後，公司名稱又簡化為「微軟」。
蓋茨和艾倫在一家名叫「日暮小酌」的汽車旅館住了一段時間（這家旅館位於66號公路邊一片因紅燈區而不是程序員出名的地方），隨後他們搬進一套便宜的帶裝修公寓。因編寫浮點運算程序而出名的蒙特·達維多夫和湖濱高中一個名叫克裡斯·拉森的學弟也搬了進來，他們把這個公寓變成了兄弟會宿舍，成為經營公司的極客據點。艾倫晚上會把Stratocaster電吉他的聲音開大，和著空中鐵匠樂隊（Aerosmith）或吉米·亨德裡克斯（Jimi Hendrix）的歌聲彈奏，而蓋茨則會大聲唱弗蘭克·西納特拉（Frank Sinatra）的《走我的路》（My Way ）以示回敬。67
在所有人當中，蓋茨身上的創新者個性最為鮮明。他說：「創新者可能是個狂熱分子，他熱愛自己所做的事情，會沒日沒夜地工作，也許還會在一定程度上忽略正常的東西，因此會給人感覺有點失衡。我十幾歲和二十多歲時的生活狀態顯然符合這種模式。」68 他會像在哈佛時一樣，一口氣工作36個小時，然後蜷縮在辦公室的地板上睡覺。艾倫說：「他生活在二元狀態中：要麼靠一天十幾瓶可樂玩命工作，要麼就呼呼大睡。」
蓋茨還是個漠視權威的叛逆者，這是創新者的另一大特徵。在曾為空軍軍官，家裡5個兒子都對他服服帖帖的羅伯茨眼中，蓋茨就是個沒規矩的小搗蛋。羅伯茨後來說：「他就是一個被寵壞了的孩子，這是問題所在。」不過實際情況要比這複雜。蓋茨當時努力地工作，依靠還很微薄的收入過著節儉的生活，但他根本不認同要順從權威這一套。艾倫記得，精瘦的蓋茨會和肌肉發達、身高6.4英尺的羅伯茨對著幹，他們有時候會吵得不可開交，「整個工廠都能聽到他們的吼聲，簡直是一幅奇觀」。
艾倫原以為他們的公司他和蓋茨會各佔50%的份額，畢竟他倆一直都在並肩合作，似乎沒必要爭誰的功勞大。但自兩人高中時為工資程序項目發生口角之後，蓋茨就堅持自己說了算了。他對艾倫說：「你佔一半是不合理的，你在MITS已經有薪水了，而我在波士頓什麼後盾也沒有，卻承擔了幾乎所有的BASIC編程工作。我認為我倆應該六四開。」且不論蓋茨是對是錯，對這種問題堅持己見是他的天性，而艾倫的天性則是不去堅持。艾倫聽後驚呆了，不過他還是同意了。但更糟糕的是，兩年後，蓋茨又堅持對份額進行調整。他在和艾倫散步時說：「BASIC的大部分工作是我做的，我從哈佛退學也做了很大犧牲，所以我應該占公司60%以上的份額。」他的新要求是按64對36的比例劃分。艾倫氣壞了。他說：「這暴露出圖書館館員的兒子和律師兒子的差別。我從小受到的教育是，協議就是協議，說話要算數。但比爾則比較靈活。」不過，這次艾倫還是讓步了。69
不過公平地說，當時實際經營這家初創公司的人是蓋茨。他不僅要寫大多數代碼，而且要負責銷售，大多數電話也是他親自打的。蓋茨會就產品策略問題與艾倫討論好幾個小時，然後拍板決定開發哪種版本的Fortran、BASIC或COBOL語言。他要負責與硬件生產商談生意，在與這些人談判時，他的態度比對艾倫還要強硬。此外，蓋茨還負責公司的人事，也就是說，他要管招聘、解聘，還要在手下人把工作搞砸時直截了當地提出批評，而艾倫則從來不會這樣做。蓋茨確實也有這樣做的底氣，當他們在辦公室裡比賽，看誰能用行數最少的代碼寫出程序時，蓋茨通常都會贏。
艾倫有時候會晚來一點，甚至認為到點就放下工作吃飯也未嘗不可。但蓋茨和他身邊的核心小圈子可不是這樣的。他回憶說：「我們是中堅力量，我和一小群同事會工作到深夜。有時候我會熬通宵，然後在辦公室裡睡覺，如果要開會，我秘書會來把我叫醒。」70
骨子裡帶有冒險基因的蓋茨有時會在深夜放縱一下，以驚人的速度沿著山路開車，一直開到一家廢棄的水泥廠。艾倫說：「有時我會想比爾為什麼要開那麼快，我認為這是他發洩的方式。他工作太緊張了，需要有一種暫時拋開公司業務和代碼的放鬆方式。他玩命地飆車其實和玩撲克賭錢或挑戰極限滑水並沒有太大區別。」他們賺到一些錢之後，蓋茨買下了一輛綠色的保時捷911，午夜過後他會在高速公路上飆車。他曾向當地的經銷商抱怨說，這輛車最高時速應該能達到126英里，但他最多只能開到121英里。有一天夜裡，蓋茨因超速被抓，當警察問他為什麼沒帶駕照時，他和警察吵了起來，結果被關進了拘留所。當艾倫接他電話的時候，他說：「我被拘留了。」關了幾個小時之後，蓋茨被釋放了，但他那晚的案底照片成為極客歷史上的著名標誌。71
蓋茨的專注獲得了回報。它使微軟能夠在看似瘋狂的軟件開發期限內完成任務，讓微軟的每件新產品都能打敗市場上其他競爭對手，價格也能低到讓計算機生產商很少考慮自行編寫或擁有自己的軟件。