中國的電子支付市場發端於2000年前後。那時一些商業銀行開始搞互聯網支付，央行等監管機構也開始準備單獨規範這一領域，然而在那時，線上電子支付業務量還比較少。當時，市場上最大的支付公司是1999年成立的上海環訊支付，而脫胎於淘寶的支付寶也是在2004年誕生的。
對於新興的在線支付領域，央行一開始考慮用電子支付指引的方式來規範。比如，銀行電子支付主要是基於網絡銀行，商業模式相對清晰，所以央行在2005年就發出了《電子支付指引（第一號）》，原本計劃分別針對支付公司和其他主體接著發出第二號和第三號等，但是由於這些新興的公司商業模式還不確定，監管機構還需要進行一段時期的政策觀察。
到了2010年，支付公司的商業模式逐漸清晰，形成虛擬支付賬戶、銀行卡快捷和網關三種主要模式，國務院高層也覺得規範時機成熟，於是有了《非金融機構支付服務管理辦法》（〔2010〕2號令，以下簡稱2號令），這給了支付公司一個法律認可的名分。在2號令的第九條中，有一款針對外商投資支付機構的規定：「外商投資支付機構的業務範圍、境外出資人的資格條件和出資比例等，由中國人民銀行另行規定，報國務院批准。」
這項規定成為馬雲和阿里巴巴管理層眼中「支付寶私有化」最重要的原因。2004年12月，馬雲將支付寶單獨成立公司。2009年6月以前，支付寶中國網絡技術有限公司，也就是牌照申請公司，由阿里巴巴集團旗下的Alipay E-commerce公司完全控制，後者是外資公司。
2009年4月，央行要求從事支付清算業務的非金融機構，須在2009年7月31日之前按要求進行登記。儘管央行表示，登記的結果僅作為制定有關政策的參考依據，但用時任支付寶CFO井賢棟的話說，當時支付寶認為，如果是外資公司，就可能會遇到申請牌照的麻煩，於是在2009年6月做了第一次股權轉讓，將支付寶70%的股份轉至馬雲和謝世煌全資擁有的浙江阿里巴巴電子商務有限公司，同時將支付寶的註冊資金增加至5億元。2009年7月，支付寶做了相關的備案登記。
在第一次支付寶的股權轉讓後不久的2009年7月24日，阿里巴巴董事會紀要明確授權管理層通過進行股權結構調整來合法獲取支付牌照，但這個授權是以協議控制為前提的，即股權調整後成立的支付寶內資公司只是用來持牌，而支付寶的所有收益和財產權利將通過協議控制轉移至阿里巴巴集團，換言之，阿里巴巴集團可以合併支付寶的報表。
第一次轉讓之後，在2010年6月出台2號令以後，馬雲和管理層在當年8月把剩下30%的股份轉讓給內資持牌企業，使其變成了100%的內資。總之，支付寶的兩次股權轉讓，一次發生在2009年6月1日，另一次發生在2010年8月6日，兩次轉讓的總價約為3.3億元。至此，馬雲將支付寶從阿里巴巴集團中剝離出來，轉移成純內資公司，由自己和謝世煌分別持股80%和20%。
如果支付寶股權變更只是停留在這個階段，即將股權轉讓給內資持牌公司，再由阿里巴巴集團通過VIE（可變利益實體）結構對其進行協議控制，雅虎和軟銀作為大股東也是樂意看到的，因為這也是在前述董事會授權中的意思表示。
「VIE結構」也稱為「協議控制」，是指境外上市實體與境內運營實體相分離，境外上市實體通過協議的方式控制境內運營實體，使該運營實體成為上市實體的可變利益實體。這種安排可以通過控制協議將境內運營實體的利益轉移至境外上市實體，使境外上市實體的股東（即境外投資人）實際享有境內運營實體經營所產生的利益。「協議控制」模式由新浪網在納斯達克上市時所創造，後被普遍運用於互聯網、出版等「外資禁入」行業的企業境外紅籌上市。
雅虎和軟銀本想通過協議來延續其對支付寶的控制，但是在2011年第一季度，馬雲和阿里巴巴管理層在完成了股權轉讓之後，單方面終止了協議控制，正是這一舉動把為獲得牌照而做的「假離婚」變成了法律意義上的「真離婚」。
井賢棟在記者會上解釋稱，促成阿里巴巴管理層結束協議控制的觸發點是在2011年第一季度，支付寶收到了央行發來的函件，央行要求支付寶對整個協議控制做一個說明，阿里巴巴管理層認為這是「千鈞一髮」的時刻，就在這時終止了協議控制。
而正是這個決定掀起了軒然大波。
事後，馬雲在發佈會上稱：「假如支付寶沒拿到第一批牌照，結果會怎麼樣？支付寶就是一家非法經營公司。那六億用戶該怎麼辦？淘寶80%以上的交易是支付寶交易，是靠支付寶支撐的，中國還有幾十萬個小網站靠支付寶支撐。假如沒有拿到牌照，支付寶將變成一家非法經營機構，後果也將不堪設想。」
而用彭蕾的話說：「這個事情我們不能有任何僥倖心理，我們今天必須用200%的努力去確保一個100%正確的結果。」
但另外一個常常被阿里巴巴股東提起的事實是，其他與支付寶有類似VIE協議控制的支付公司，也都順利拿到了央行的支付牌照。而這正是軟銀總裁孫正義所不理解的：「為什麼其他公司都可以，唯獨支付寶不行？」