「二號項目」的閉關室在杭州黃龍時代廣場B座支付寶辦公樓14層的春秋書院，來自支付寶、天弘基金和金證股份（天弘基金軟件服務商）的項目開發人員，聚集在這個能容納40人左右的會議室，閉關持續了三個月左右。在此期間，各方協調配合得很順暢。作為項目的負責人，祖國明盡心盡力，但凡需要公司哪個部門的資源支持，他都會直接提出來，以便項目有條不紊地進行下去。
支付寶有這樣一個傳統，即凡是公司的重要項目，其他部門都會全力配合支持。「二號項目」涉及不同技術層面的開發工作，有的開發人員做底層，有的做頁面，有的做前端。為了加快進度，上海、成都等地的技術人員也相繼被調到杭州參與開發，除了技術部門以外，「二號項目」也涉及公司內部的合規、法務、運營團隊，這些外圍支持團隊從一開始就參與進來，他們早期的介入給項目組帶來了各方意見。因此，祖國明等人在做前期規劃和方案設置時就能有的放矢，中途重新改動的概率就小了很多。
但在項目開發的過程中，互聯網公司和傳統基金公司的思維還存在差異。
貨幣基金的實時消費支付是雙方碰撞最多的問題。支付寶方面希望基金能夠做到實時消費支付，但是對於天弘基金而言，這是從來沒有碰到過的新問題。在傳統基金公司看來，一個用戶今天買了基金的份額，今天還要消費，這是無法想像的事情。這在很大程度上突破了傳統基金的申購贖回規則，但不管怎樣，雙方都想把這個項目做成功。在這個大目標下，支付寶和天弘基金在細節方面沒有什麼糾結之處。為此，項目團隊不斷地討論修改方案，大家一個接一個地討論，優中選優。
另外，購買基金的最低門檻也是雙方爭論的要點。原來，投資者購買基金至少要100元甚至1000元，雖然團隊也覺得門檻該降一降，但是在降多少上雙方存在分歧。天弘基金希望降到10元，這樣在計算和顯示收益時更加方便、直觀。而支付寶則希望直接降到1元，這樣既體現了金融的普惠性，提升了用戶體驗，也更加有利於傳播。對基金公司來說，這又是一次從未遇到過的挑戰，中間的激烈碰撞也比較多，好在雙方都本著將事情做成的目標，又一次化解了類似的問題。
在技術和產品方案落地後，項目組發現還面臨另外一個大問題，即支付渠道的「瓶頸」問題。
雖然支付寶已經獲得了基金第三方支付牌照，但是按照原有的基金支付管理辦法，支付寶已有的渠道是不能用於基金支付的，因為基金支付要有符合要求的專用渠道，這就意味著支付寶無法使用已連接的一百五十多家銀行的渠道。監管機構的意思是，這個渠道只能做電商消費和其他支付業務，無法做基金支付。如果另起爐灶去對接，渠道接入成本將會非常高。所以，怎樣說服監管機構允許支付寶利用已有的渠道做支付，也是一個重大的業務創新。
證監會考慮最多的是安全，監管機構不希望因為支付的問題給投資人帶來風險，支付寶需要證明公司現有的快捷支付和餘額支付的安全性。在之後的幾個月中，公司的風控、安全等部門不斷地和監管部門溝通，反覆講支付寶的安全體系、快捷支付的安全體系，以及風險管控等問題，最後終於得到了監管部門的首肯。
2013年4月，在技術、產品和監管方面的問題都基本解決之後，到了給這款產品取名字的時候，有的人提議叫「賺錢寶」，有的人提議叫「盈利寶」，但討論了半天之後，大家感覺「盈利」、「賺錢」的名字和「貨幣基金+實時消費」的模式定位並不相符，支付寶希望這款貨幣基金產品能成為用戶管理虛擬賬戶的工具，而不是單純靠它來賺錢，況且貨幣市場基金也賺不了多少錢。一番討論後，「餘額」這兩個字逐步獲得了多數人的認同。大家認為，既然是餘額帶來的收益，乾脆簡單明瞭叫「餘額寶」得了。
在上線前的十幾天，彭蕾專門聽取了項目組的匯報，雖然她覺得「餘額寶」這個名字有點土，但是非常認同這款產品給用戶帶來的價值。
2013年6月13日，餘額寶正式上線發佈，支付寶和天弘基金首先聯合舉行了發佈會。那時樊治銘已經隱約感到了這款產品可能帶來的巨大變化。他從阿波羅登月時美國宇航員阿姆斯特朗的講話中得到了靈感，在發佈會上，他說餘額寶是「金融行業的一小步，互聯網行業的一大步」。
便捷的使用體驗讓餘額寶上線首日用戶就有幾十萬之多，過了幾天，用戶就突破百萬，媒體的關注度越來越高。
在上線後的第四天，6月17日，天弘基金在北京大望路的JW萬豪酒店舉辦了「餘額寶」上線的新聞發佈會。發佈會結束後，天弘基金的公關經理告訴祖國明，當晚央視的新聞聯播會播出「餘額寶」上線的新聞，辛苦了好幾個月的祖國明和周曉明都很興奮，因為一個金融產品能上新聞聯播的概率實在是太小了。
發佈會後，兩人趕緊在大望路附近找了一家有電視的小飯館，祖國明特意讓老闆把頻道換到中央一台，二人一邊喝酒吃菜，一邊看電視。
在當天新聞聯播第19分30秒，餘額寶的新聞在「聯播快訊」欄目播出，這條短訊只有短短二十多秒：「國內首支互聯網基金今天正式推出，消費者在支付寶裡的餘額將可以購買或者贖回貨幣基金，這種電商與基金業合作的全新模式，一方面可以實現網絡支付平台中閒散資金的增值，另一方面可能引發銀行業活期資金存款的分流。」
「好！」
祖、週二人不約而同地鼓起掌來，旁坐食客的目光一下子都轉到了祖國明這一桌。
「我們是支付寶和天弘基金的，剛才播的那個項目就是我們做的。」祖國明笑著解釋說，一股自豪感油然而生，幾個月的辛勞在那一刻終於得到了徹底的釋放。
也許正是團隊的努力感動了上天，餘額寶推出之際的2013年6月下旬，中國貨幣市場經歷了一場前所未有的「錢荒」，銀行間同業拆借市場的利率急劇飆升，而作為貨幣市場基金的餘額寶，通過大量投資於協議存款的方式，年化收益率一度達到了6%以上。高收益率如「火上澆油」般將普通用戶對餘額寶的熱情點燃，隨之而來的是媒體連篇累牘的報道。在投資者熱切的關注下，餘額寶的基金規模和用戶數量都出現了快速增長。
正在此時，出現了前面提到的「備案門」危機。