「餘額寶」的誕生掀起了一股互聯網金融的旋風，它在喚醒老百姓的理財意識的同時，也讓金融機構感受到了潛在的威脅。
2014年2月21日，新聞評論員鈕文新在博客中呼籲取締餘額寶。他認為，餘額寶不僅會衝擊銀行，還會提高全社會的融資成本，威脅國家經濟安全。他甚至還用了「餘額寶是趴在銀行身上的『吸血鬼』」這樣聳人聽聞的說法。
鈕文新的評論雖然極端，但也代表了部分人對餘額寶的觀感。當時，中國商業銀行傳統的贏利模式是靠存貸息差。2014年，中國經濟增速開始下滑，銀行資產端的收益不斷下降，但是與此同時，剛性兌付、「錢荒」等所導致的負債端支出居高不下。此時，餘額寶通過投資協議存款的方式，「聚沙成塔」地將儲戶零散的活期存款變成了貨幣市場基金對於銀行的協議存款，在長期存貸利差保護之下的銀行對此豈能沒有意見。
傳統銀行界人士質疑，餘額寶等通過團購協議存款的方式，將儲戶的錢集中起來在銀行體系轉了一圈後，反過來再向銀行要更高的價格。他們的質疑主要集中在以下幾點：第一，是不是「寶寶們」推高了資金市場的價格？第二，餘額寶有這麼多用戶，如果遇到集中贖回，會不會有流動性風險？第三，餘額寶是否向消費者充分進行了風險提示？
公平地說，餘額寶推高資金市場價格的看法並不成立，更多的時候，它只是資金市場價格的跟隨者。在餘額寶2013年6月中旬誕生前，貨幣市場已經出現了資金緊張的情況。用全國人大財經委副主任委員吳曉靈當時的話說，解決問題的辦法，不是抑制「寶寶們」，而是要解決銀行同業市場所存在的制度性問題。
在鈕文新博客發表五天後的2月26日，中國銀行業協會在一份新聞吹風稿中指出，在協會的一次內部討論中，有專家建議應將餘額寶這類網銷貨幣市場基金按照一般性存款管理，繳納存款準備金。雖然銀行業協會並非監管部門，但仍引起了不小的震動。
當時，在銀行業流傳著這樣一句話：「銀行做寶寶類產品是找死，不做寶寶類產品是等死。」足見銀行當時的兩難境地。其實，在餘額寶推出之前，銀行並不是沒有想過做類似餘額寶這樣的網銷貨幣市場基金，一家國有銀行的創新部門還曾專門提過類似建議，但是這個建議遭到了該行其他部門的反對，因為在爭奪存款要擠破頭的當時，誰也不想為客戶的利益主動提升自己的成本。這不禁讓人想起了經典的柯達膠卷的例子：最早發明數字照相技術的柯達公司，由於自身在傳統膠卷產業的既得利益，不願意做顛覆自己的創新，後來只能在競爭中落後。
在中國這個長期實施金融管制的社會中，利率和匯率都不能自由定價，甚至直到今天，金融市場的價格也要受到嚴格的調控。而老百姓也習慣了理財產品的匱乏和極低的收益率，習慣到甚至感覺不到這種現象的存在。餘額寶的橫空出世，像一條魚一樣攪動了沉寂多年的水面，打開了潘多拉的魔盒，喚起了人們對理財的認知。
由餘額寶帶來的衝擊是全方位的，它讓銀行再一次審視自己和第三方支付的關係：原本看不上眼、干髒活累活的「小兄弟」正在快速成長，並有可能在零售銀行業務方面和自己形成正面競爭關係。
在中國經濟靠出口和投資拉動的高歌猛進時代，銀行靠存貸利差就可以順利地進展，支付業務只是一個邊緣性的業務。然而，隨著以支付寶為代表的第三方支付機構的崛起，銀行開始意識到，支付服務雖然看似不賺錢，但可以沉澱用戶的數據，而有了數據就有了基於其上的金融服務。
在這種情況下，支付寶和銀行間的氣氛有些劍拔弩張了，銀行方面開始呼籲加強對餘額寶的監管。
面對輿論的壓力，2014年3月4日，時任支付寶公關總監陳亮在微博上寫道：「餘額寶從誕生第一天就得到了監管部門的大力指導和有效監管，從誕生至今的264天裡，共計得到各種監管43次，平均每六天一次。怎麼監管？包含文件備案匯報、現場調研、現場檢查等多種形式。從2014年1月至今，央行、證監會、國家審計署等累計來監管了19次。」
但事態並沒有就此平息，更猛烈的暴風雨才剛開始。
2014年3月14日上午，一份《關於暫停支付寶公司線下條碼（二維碼）支付等業務意見的函》迅速傳播開來。其中有兩條核心內容：一是暫停二維碼支付業務；二是暫停虛擬信用卡。時任中央銀行支付結算司副司長的周金黃在接受新華社記者採訪時，確認中央銀行發出過這則通知。
暫停的通知令支付寶和財付通措手不及，而與二者合作的中信銀行的股價也經歷了大幅波動。而央行暫時叫停兩項業務，只是監管趨緊的冰山一角。
3月14日晚間，《支付機構網絡支付業務管理辦法（徵求意見稿）》突然曝光，這個規範是在支付清算協會的一次內部研討會上討論的工作底稿，無疑再次觸動了市場脆弱的神經，其中最令支付機構不堪的一條規定是：支付公司個人支付賬戶轉賬單筆不超過1000元，年累計不能超過1萬元；個人單筆消費不得超過5000元，月累計不能超過1萬元。這種限額體現了監管機構的監管指向，即希望將第三方支付公司的業務限制在小額支付領域內。
一時間，輿論嘩然。
在經濟結構轉型、三期疊加[7]的情況下，決策高層寄希望於中國經濟能走上創新驅動型的軌道，國務院也在不斷強調「簡政放權」，這時央行出於安全和審慎的考慮的行政行為，就被扣上了「阻礙創新」的帽子，監管機構瞬間背負了很大的壓力。
五天之後的3月19日，當時主管支付結算業務的央行副行長劉士余在總行會議室裡舉行的小範圍媒體交流會上表示，暫停二維碼業務主要是從支付安全的角度考慮，而暫停虛擬信用卡主要是因為其違反了「三親見」[8]原則。
劉士余在溝通會上說，《支付機構網絡支付業務管理辦法》還需要討論、修改和完善，短時間內不會發佈實施[9]。至於1000元的單筆轉賬金額，他解釋稱，這是由2013年支付公司單筆平均500元的支付金額得出，未來有可能修改或取消。
事實上，沒有絕對的安全，也沒有絕對的風險，天平的傾斜度其實取決於各自的立場，事態的發展不可避免地夾雜著金融業背後的利益博弈。二維碼的發展可能顛覆線下收單的既有格局，而虛擬信用卡則會衝擊現有商業銀行的信用卡業務。
面對衝擊，四大行抱團自救，它們相繼調低支付寶快捷支付的單筆限額和日累計限額。在移動支付時代，用戶通常使用快捷支付來進行消費和轉賬，對快捷支付的額度進行限制，在某種程度上如同掐住了第三方支付的咽喉。
馬雲終於坐不住了。
3月23日，馬雲公開發文質疑：「不知道誰給銀行權利，可以傷害儲戶支配自己資金的權利，更不知道誰來監管四大『國手』聯合封殺的合法性。有國際友人說，『舉世未聞，匪夷所思』。」
3月24日，工商銀行結算與現金管理部處長王鋐就限額問題高調對外公開回應稱，據銀監會《關於加強電子銀行信息管理工作的通知》（銀監發〔2011〕86號，以下簡稱86號文）規定，對於由第三方機構完成安全認證的電子資金轉移與支付業務，應至少在首筆業務前由賬戶所在銀行通過物理網點、電子渠道或其他有效方式直接驗證客戶身份，並與客戶約定雙方相關權利與義務。長達三年，快捷支付一直處於「違法」狀態，銀行為此承擔了法律風險。
3月25日，支付寶對上述說法予以反擊，稱驗證方式與上述86號文裡要求的「其他有效方式直接驗證客戶身份」沒有衝突，同時表示，在快捷支付發展的初期，支付寶與銀行的合作其實非常愉快。言外之意是，快捷支付的所謂「違法」只是一種說辭。
直來直去地表達是馬雲的個性，但他忽略了在金融這個高度監管的專業領域，參與者主要是國有機構，「玩法」與互聯網圈迥然不同，因此這種高調直接的表態不合時宜。而與此同時，支付寶也在和銀行尋求一種妥協。在雙方劍拔弩張之時，馬雲逐一私下拜會了幾大行的董事長，著力修復支付寶和這些銀行之間的關係。
平心而論，支付寶能夠在短時間內於線上支付領域異軍突起，既有淘寶場景的關係，也借助了中國既有的金融體系。沒有金融電子化的發展和支付清算體系的完善，支付寶無法「連接」各家銀行。這就如同電商在中國的迅速發展離不開政府在公路、橋樑、高鐵、航空等基礎設施的投資，將自己擺在金融機構的對立面對自己並沒有益處。
就目前來看，正是由於受2014年初的那場風波的「洗禮」，支付寶和阿里巴巴才更加成熟地走進了金融領域。