儀式完畢後，殿上傳下聖旨，兵部尚書于謙、內閣大學士王文當庭被錦衣衛逮捕。內閣大學士陳循、蕭鎡、商輅，刑部尚書俞士悅，工部尚書江淵，都督范廣，以及景帝親信宦官王誠、舒良、王勤、張永等人都相繼被逮捕下獄。特別值得一提的是，宦官興安為景帝親信，獨倖免於難。據說主要是孫太后為他講話，有功於社稷，加上興安好佛，不貪財，更是難得。
　　于謙和王文被逮捕後，關在錦衣衛鎮撫司，由新上任的錦衣衛長官門達審理。早在英宗一朝，門達便已經坐到了錦衣衛指揮同知的高位，曾扈從明英宗出征，「土木堡之變」後單騎逃回京師，被降為千戶。其人後依附石亨，在錦衣衛長官盧忠罷職後再度升任指揮同知。明英宗即位後，聽從石亨建議，罷免了明景帝親信錦衣衛指揮畢旺及朱驥，改由門達擔任錦衣衛長官。
　　門達性格機警沉鷙，名聲卻不壞。他手下有小吏名謝通，精通刑律，一直協助門達處理司事。謝通主張用法仁恕，平反了不少冤案，以致朝廷上上下下都誇獎門達能幹。正因為如此，門達特別信任謝通，對其言聽計從。
　　謝通料想于謙這次在劫難逃，明英宗一定會要他的命，但於少保不是普通人，如果死在錦衣衛鎮撫司手中，門達身為長官，勢必被天下人怨恨。於是，他出了個主意，以案情重大為名，將案子推了出去，交給三法司會審。門達雖然也想奉迎重新登位的明英宗，但仍然害怕在歷史上留下罵名，於是聽從了謝通的建議。
　　三法司會審應該由刑部主審，但刑部尚書俞士悅一向與于謙交好，且已被逮捕下獄，案子輾轉到了都察院都御史蕭維禎手中。法司給于謙、王文二人定的罪名是「意欲」迎立外藩——欲立襄王朱瞻墡長子為帝——意圖謀逆。雖無實跡，其意則有，同樣可定罪，于謙、王文因此備受酷刑。
　　于謙冷靜而從容，似乎早預料到一切。王文則不勝其憤，極力辯解道：「按照祖宗成法，迎立外藩必須有內府的金牌和符信；派遣使者，必須用兵部發的馬牌。這些事只要到內府兵部一查便可明白，豈能平白無故地誣陷？」
　　兵部主管馬牌的是車駕司主事沈敬。沈敬卻是個硬漢子，不肯作偽證，當場指出兵部從未發出馬牌。而內府所存召取襄王的金牌符信早就被孫太后拿去，一直在後宮中。大家心中有數，如果真的查驗，反而應驗了王文的話。
　　王文見佔了上風，更加據理力爭。堂上堂下吵得不可開交時，于謙卻笑道：「石亨等羅織鍛煉，辯之何益？」
　　蕭維禎看見于謙是個明白人，終於忍不住說了實話：「於公可謂明白，事出朝廷，承也是死，不承也是死。」
　　因為沒有任何證據，三法司只好加上「意欲」二字，給于謙和王文定的罪名為「意欲迎立藩王」，「坐以謀逆，處極刑」。所謂「極刑」，便是千刀萬剮之刑，按例要割三千三百五十七刀。沈敬被無辜牽扯進來，也跟著倒霉，被認為是于謙和王文的同謀，不過罪減一等，免死罪，充軍鐵嶺。
　　當案子的審理結果遞到明英宗朱祁鎮手中時，皇帝見給于謙的定刑是一個「死」字，不禁猶豫起來，遲疑著道：「于謙實有功。」
　　在朱祁鎮的心中，對于謙的恨意極重，于謙主張「社稷為重，君為輕」，對他個人造成了深深的傷害。在當俘虜的北狩期間，他甚至有必殺于謙而後快的念頭。但如今的朱祁鎮，已經不是八年前的那個年輕皇帝了。經歷了一系列的苦難後，他逐漸明白，倘若當初不是于謙堅決抵抗瓦剌並取得了一系列的勝利，非但他本人永遠回不到京師，就連大明朝廷恐怕也早是風雨飄搖。所以，這一句「于謙實有功」很好地表達了他內心深處對于謙態度的轉變。
　　徐有貞見明英宗遲疑，馬上攘臂直前，大聲道：「若不殺于謙等，奪門之變則無名，無以昭告天下。」
　　於是，明英宗下定決心，詔令將于謙和王文棄市，即公開斬首示眾。這已經是一些正直大臣極力營救的結果，其中新入閣的閣臣薛瑄更是據理力爭。按三法司的定罪，于謙應該被凌遲處死，改為棄市，已經是罪減一等。
　　正月二十二日，于謙、王文同日被殺。臨刑前，于謙口占《辭世詩》[15]云：村莊居士老多磨，成就人間好事多。
　　天順已頒新日月，人臣應謝舊山河。
　　心同呂望扶周室，功邁張良散楚歌。
　　顧我今朝歸去也，白雲堆裡笑呵呵。
　　詩中無一冤字，只歷數一生行狀，曠達瀟灑，笑對生死禍福，表達了以江山社稷為重的磊落胸懷，令人深為震撼。
　　此時的于謙，豪情與悲涼在心中反覆交織迴盪。自明景帝私心日益顯露以來，他便感覺一隻無形卻密不透風的大網纏繞住了他，且愈匝愈緊。人們讚許他扭轉了大明的命運，他卻連自己的命運都操縱不了。
　　他又想起早已死去數年的前御史鍾同來。他這幾年的人生，有許多蒼白無力之處，沒能拯救許多他在意的人。而死去的人一直在他意識深處糾纏著他，他想要逃避，卻始終避不開。他早已萌生退意，想要擺脫世俗雜務，辭官歸返故鄉，隱居於江南的青山綠水中。然到了他的地位，又怎能輕易摒棄一切，一走了之？
　　當日他到錦衣衛大獄與逆賊首領郭信會面。郭信稱他功勞太大，功高震主，將來必會被皇帝所殺。他問郭信為什麼要說這些廢話。郭信道：「這可不是廢話。於公你是大明棟樑，全靠你支撐大局。我雖大事不成，卻也要設法剪除大明羽翼，令它氣數早盡。我請見於公，只是為了害你，別無其他。」
　　他很是不解，問道：「你刑具纏身，動一下都難，要如何害我？」
　　郭信笑道：「用皇帝的疑心害你。疑心是把刀子，也能殺人。」又進一步解釋道：「因為我是逆賊，圖謀改朝篡位。於公獨自來見我，卻不能將我一番話傳出去。日後皇帝詢問於公，你只能不答。但我既指名見於公，怎麼會什麼話都不說呢？如此，皇帝必然猜疑你。疑心這東西，一旦發芽出來，便會一直滋生下去。」
　　當時他以為郭信只是無稽之談。明景帝倒是真問了郭信說了什麼，他當然不能如實上奏，只好回答說對方什麼都沒說。後來人們紛傳明景帝不讓他帶職入閣為大學士，已有猜忌他之心，他也未放在心上。但當他聽說英宗皇帝復辟後，景帝第一句話竟是「莫非是于謙不成」，陡然又想到郭信當年在牢房中的那番話來。原來在皇帝心目中，疑忌已如此之深，竟將他當作了郭信一類的逆賊。他忠君愛國，殫精竭慮，僅此一句「莫非是于謙不成」，便成為他人生中最大的打擊。
　　正鬱鬱滿懷時，忽聽到一聲炮響，有人高叫道：「時辰到！」
　　于謙自知大限已到，遂慨然赴死，正色就刑，時年六十歲。
　　人們看不到英雄心底深處的悲愴與糾結，只看到他走向刑場的鎮定。當他矗立的身影倒下時，大地深沉，陰霾翳天，京郊婦孺，無不灑泣。
　　岳飛的罪名是「莫須有」，被人稱為三字獄。而于謙的罪名是「意欲」，時人稱為二字獄。千古英雄共一心，卻有著相同的悲劇命運。
　　自土木堡之變後，于謙獨力支持危局，名滿天下，成為全國所敬仰的民族英雄，朝野上下都享有極高的聲譽，所以聽聞他被殺的消息後，「行路嗟歎，天下冤之」。都人見者聞者，老幼無不垂淚。有舉家號哭者，有合門私祭者，有暗地披麻戴孝者。邊關軍士聞之，莫不涕泣。
　　大宦官曹吉祥麾下有一指揮朵耳，一向很感激于謙。土木堡之變以後，北京軍民對於城內的少數蒙古人很不放心，有人主張全部殺掉，有人主張收監，以防止他們作亂，與瓦剌軍裡應外合。于謙卻力排眾議，不同意這麼做，還下令道：北京城裡的蒙古人只要安分守己，一律保護；願意從軍立功的，與漢人同樣受獎；敢於通敵內應的，殺無赦。北京城內的蒙古人都很感激于謙的深明大義。朵耳聽說于謙被殺後，提著酒漿紙錢到刑場慟哭祭奠。曹吉祥得知後大怒，命人鞭打朵耳，以儆傚尤。然而到了第二天，朵耳照舊前去哭祭。
　　有個姓裴的太監為于謙的莫名被殺而憤憤不平，秘密將于謙的孫子於廣救出，拋棄到手的榮華富貴，只帶著於廣，逃往河南，隱居起來。
　　北京城內還出現了懷念于謙的童謠：「京都老米貴，那裡得飯廣；鷺鷥水上走，何處覓魚嗛。」「飯廣」即指與于謙一同遇害的副總兵范廣，是于謙愛將。「魚嗛」則是指于謙。就連孫太后聽說于謙被殺後，也嗟悼累日，「英宗亦悔之」。
　　于謙遇害，家屬亦受到牽連：長子於冕充軍山西龍門；於冕妻張氏發配山海關；義子於康、女婿朱驥發配遼東。所幸由於某些大臣力救，兒媳蒯玉珠及女兒於璚英沒有按慣例配入軍中為奴，否則所受凌辱難以想像。
　　當錦衣衛來抄家時，在于謙家中沒有發現任何值錢的東西。只有正屋一間，大門緊閉，上面一把大鎖牢牢鎖著。錦衣衛大喜過望，急忙撞門進去。裡面裝的都是皇帝御賜物件，蟒袍、劍器、聖旨等，一件一件地擺著，並沒有金錢寶物之類。見此情形，就連負責查抄的官吏也涕然淚下。
　　事情還不止於此，錦衣衛千戶白琦上書請公告于謙之罪，「榜謙罪，鏤板示天下」，「一時希旨取寵者，率以謙為口實」。倒是早先因賭博將朱家家產敗光的朱驥舅舅杜平挺身而出，怒罵朝廷薄情寡義，殺害社稷功臣，還要令其身敗名裂。明英宗心中多少有愧疚之意，下詔令勿要再論及于謙一案，這才阻止了這股虛浮的戾氣。
　　在于謙一案中，錦衣衛千戶白琦是關鍵證人，且在其後還有處處針對于謙、朱驥之舉。他是帶引朱驥入行的師傅，朱驥一直對他極為尊重，卻想不到他在關鍵時刻從背後捅了人一刀，朱驥難免心中大惑不解。
　　這一日，朱驥將要被遞解出京，遠赴遼東戍邊。出錦衣衛大獄時，正好遇到白琦，忍不住停下來，多問了一句：「我一直尊白大叔為師傅，為什麼你要這麼做？」
　　白琦道：「你想知道嗎？」朱驥道：「如果是不相干的人，如何栽贓誣陷，倒也無所謂了。可白大叔你……」露出極為失望的神情來。
　　白琦揮手命校尉退開，上前一步，壓低聲音道：「實話告訴你，我倒也不是想討好皇帝，可我殺了人，你是最有可能揭開真相的人，只有除掉你，我才能永保無事。」
　　朱驥大為驚訝，問道：「你殺了人？」微一凝思，便回味過來：「啊，是獄卒韓函和仵作伍漢。」
　　白琦道：「不錯，是我殺了韓函。那日本是你在官署當值，偏偏你因私事外出，將鑰匙和令牌交給了我。又偏偏那身份特殊的老僧楊行祥在這期間死去。獄卒韓函將實情告訴了我，他私放外人入獄，自是死罪，我作為當值官員，也要受到牽連。」
　　於是，白琦讓韓函收買仵作伍漢，令他以自殺上報。事後，韓函因為太過害怕，再找白琦商議。白琦煩不勝煩，為絕後患，遂將對方誘出城外殺死，掩埋了屍體。
　　事情本就此了結，然後來風波再起，朱驥又被迫重新調查楊行祥一案。他在錦衣衛官署打聽韓函住址時，正好被白琦聽到。白氏立即起了警惕之心，料想朱驥對楊行祥案起了疑心，大概要重新調查，於是立即趕去仵作伍漢家中，將其殺死滅口。
　　之前仵作伍漢被買通以自殺上報，只有韓函出面，伍漢不知白琦也牽涉了進來。而一旦朱驥瞭解到楊行祥不是上吊自殺、而是他殺，仍能輾轉查到白琦身上，所以伍漢也必須死。
　　不想伍漢沒有立時斃命，想留下線索，試圖寫下白琦的名字，可惜只寫了兩筆便斷了氣。後來楊塤到場，留意到地上的筆劃，認為是個「朱」字，因此而疑心是英宗皇帝要殺楊行祥，卻絕未想到是個「白」字。
　　再後來郭信案發，朱驥一度以為是郭信殺了韓函、伍漢二人，卻被郭氏當面否認，韓、伍之死由此成為無頭懸案，想不到竟在今日由白琦親口應承。
　　白琦又道：「塞外苦寒，寒風似刀。你這一去，怕是再也沒命回來，所以我告訴你實話，讓你死也死得安心。」
　　朱驥明白了究竟，心中有一股說不出的苦澀滋味，嘴唇動了兩下，還待再說幾句告別之語，白琦卻揮手命校尉將他押走。他手足戴了重銬，無力反抗，被押送人員推著走了幾步。勉力回過頭來時，昔日諄諄教誨的師傅變得完全陌生起來，只看到了一張獰笑著的陰冷的臉。
　　翰林學士丘濬冒著巨大風險，趕來為朱驥、於康送別。又慨歎世事變幻無常，作《梁父吟》道：浩歌梁父吟，視古猶視今。