最後一個思維的特質就是思維自主。
思維自主意味著堅持用合理的標準進行思考。這意味著自己要對事物進行思考而不是不加判斷地接受別人的觀點。思維自主的思考者在決定接受或者拒絕某觀點的時候不依賴於他人。只有證據證明他人的觀點是合理的時候，他們才會接受他人的觀點。
在形成觀點的過程中，批判性思考者不是被動地接受他人的觀點，而是自己積極主動地對環境和事件進行思考。他們拒絕不公正權威的影響，能夠認識到合理權威的貢獻。他們仔細地建立自己思維和行動的準則，而不是盲目地接受他人提供的準則。他們不局限於常規做事的方式，經常批評他人對社會習俗和現實的盲目接受。獨立思考者努力探索有深刻見解的觀點，不管這些觀點是否被社會接受。獨立的思考者不是任性的、頑固的、對他人合理的建議不負責任的，他們是自我檢視的思考者，審慎地對待自己的錯誤和思考中的問題，他們能夠自由地選擇自己認為有價值的觀點。
當然，對於思維自主的理解不能局限在其這一特質本身，我們應該將它理解為與思維其他特質互相聯繫、互相影響的一個維度。
與思維自主性相反的是思維遵從和思維依賴。思維自主是很難培養的，是因為無論是在知識領域、政治領域還是經濟領域，在很大程度上，人們總是被動地接受社會現實，自主性思考幾乎肯定不會得到社會權威認可的結論，只有簡單地遵從社會期望的思維和行為模式才能被社會接受。
因此，大多數人在思維和行為上都是因循守舊的，像鏡子一樣接受周圍人的價值和信念系統，缺少自己獨立思考的能力和動力，成為思維遵從的思考者。只要人們不加批判地接受他人的文化價值觀，只要人們沒有經過自己分析就遵從別人的信念，人們的思維就不是自由的。
即使是經過多年學習獲得了博士學位的人也可能是思維依賴的，這種依賴在學業和個人生活上都有體現。他們可能不加批判地接受學科中一些錯誤的實踐，並且以此為基礎不加批判地反駁合理的批評。不管接受了多少學校教育，他們依然可能被社會制度和規則所奴役，而又對這些社會規則帶來的痛苦和傷害一無所知。
人們不可能在思維遵從的情況下做到思考公正，因為獨立思考是多角度看待問題的前提條件。當我們思維遵從的時候，我們僅僅能在「接受」的觀點中進行思考；而要做到思考公正就是要拒絕不加判斷的接受，沒有親自對這些觀點的優缺點進行思考就不能接受這些觀點。沒有思維自主性的人在思考其他觀點時，要麼是非常容易被這些觀點動搖（因為我們沒有能夠看穿操縱與宣教），要麼會歪曲這些觀點（因為這些觀點與我們從前形成的信念系統不一致）。