晁蓋之死，成了整部《水滸》，最大的一樁懸案。至今，眾說紛紜，莫衷一是。金聖歎對晁蓋之死滿腹懷疑。他認為晁蓋死得不明不白。金聖歎說，「通篇皆用深文曲筆，以深明宋江之弒晁蓋」，他主要是「觀其書法，推其情狀」，來推論宋江弒晁蓋，他從十個方面進行了邏輯推理：「通篇皆用深文曲筆，以深明宋江之弒晁蓋。如風吹旗折，吳用獨諫，一也;戴宗私探，匿其回報，二也;五將死救，余各自顧，三也;主軍星殞，眾人不還，四也;守定啼哭，不商療治，五也;晁蓋遺誓，先云「莫怪」，六也;驟攝大位，布令詳明，七也;拘牽喪制，不即報仇，八也;大怨未修，逢憎閒話，九也;置死天王，急生麒麟，十也。 」。
儘管金聖歎言之鑿鑿地提出了這十處疑點，但細想一下，其實都不是足以釘死宋江的鐵證，說白了，這不過是金聖歎的主觀推論罷了。所以，懷疑到最後，連金聖歎自己都底氣不足地說「不能知其事之如何」、「非謂史文恭之箭，乃真出於宋江之手」、「晁蓋雖未死於史文恭之箭，而已死於廳上廳下眾人之心非一日也」。
現在的讀者，也基本傾向於是宋江主使人殺了晁蓋。因為除了金聖歎那十處疑點，其實我們還可以找出很多可疑之處，比如曾頭市和史文恭後來見幹不過梁山，居然提出議和。假如史文恭真射殺了晁蓋，那他和與梁山就是血海深仇，豈敢妄想議和之事？而宋江後來出兵攻打曾頭市，竟然不是因為要和晁蓋報仇，而僅僅是因為曾頭市搶去了馬匹。是不是宋江潛意識也認為晁蓋的死和曾頭市沒有關係呢？既然懷疑是宋江主使手下心腹殺了晁蓋，那麼，這個心腹幫兇會是誰呢？有四人嫌疑最大。
第一個便是小李廣華榮。小說裡有個情節是花榮剛上梁山時，因見晁蓋對自己的射術提出質疑，他當即表演了一次射雁頭，這是否暗示後來射死晁蓋的便是華榮。世人都知道，花榮是宋江的死忠粉絲，心腹中的心腹，如果宋江要殺晁蓋，找華榮最順理成章，更何況，論射術，華榮梁山無人能出其右。所以，歷來華榮的嫌疑最大。
第二個是穆弘。跟隨晁蓋打曾頭市的有20個梁山頭領。客觀上說，這20人都有作案時間。所以，只能用排除法排除，排除來排除去，就排除到了穆弘這裡。穆弘是宋江的忠實擁躉，武藝不高，功勞不大，但後來梁山排座次他卻排名很靠前，因此就有人懷疑是宋江指使他做的，宋江私下安排戴宗等人打探戰場情況，並密謀安排人找機會趁戰場上混亂時殺掉晁蓋，當晁蓋執意冒險時機會來了，穆弘拿毒箭趁黑夜帶一隊親信裝扮成小兵混入同謀(可能是燕順)的隊伍，故意掉隊後跟在大隊的後面，等晁蓋中伏回頭後突然衝出來把他射死，晁蓋中箭後燕順和呼延灼衝前殺退伏兵但沒有救起晁蓋，很有同謀的嫌疑，實際是接應掩護穆弘。
第三個是石秀。之所以會懷疑到石秀的頭上，是因為石秀剛來投奔梁山的時候，他差點被晁蓋殺掉。以石秀捉姦殺裴如海，慫恿楊雄殺潘巧雲等事例可知此人心胸狹窄。因此，以石秀的心胸，他對晁蓋勢必耿耿於懷，懷恨在心，且他又是一個有能力的狠角色，甚至不用宋江出聲都就有可能做出這樣的事來。
第四個嫌疑人是林沖。很奇怪，居然會懷疑到林沖的頭上。林沖當時手刃王倫之後，不是心甘情願地把梁山之位讓給了晁蓋嗎？他應該是晁蓋堅定的支持者才對呀。其實不然。林沖當初把梁山之位讓給晁蓋，完全是出於無奈，怕自己一人之力難以和晁蓋七人相抗衡。所以，才讓出老大之位的。宋江上梁山之後，林沖受宋江招安思想的灌輸，覺得跟宋江走招安路線，才是比較好的歸屬。這也比較符合他一貫的思想境界。所以，高俅被捉上山，林沖除了怒目而視，別無表示。林沖想招安的心思昭然若揭。所以林沖作案的動機就有了。再說，林沖最有殺晁蓋的便利。從晁蓋被箭射傷到保護著晁蓋回營，再到回營後拔箭頭、敷藥、照料等，林沖都全程參與。後更可疑的是，受傷的時候，沒有人說晁蓋中了毒箭，等到回營調治的時候，卻發現晁蓋中了毒箭，怪也不怪。因此，極有可能是回寨後清點人員的這一段時間，林沖經過仔細考慮，突發狠心決定藥死晁蓋。由於毒箭是很少人有的，如果箭上沒有名字，那梁山就一定要根據這支毒箭去調查曾頭市中誰使用毒箭，查明兇手，那就出問題了。所以林沖在戰場上撿一支對方的箭，叫個心腹先去刻上名字和塗點毒藥，再將毒藥混入金創藥中，趁撥箭後大家只顧看晁蓋時給箭來了個調包，再給晁蓋用了有毒的藥。這樣，就沒人能懷疑到林沖頭上。當然，所不同的是，林沖可能並非宋江的指使，而很大程度是自己要這麼幹的。
以上四人，殺死晁蓋的嫌疑最大。但不管是花榮、林沖、石秀、穆弘，都只是嫌疑而已，並不能坐實。由於施耐庵沒有在書裡給我們提供更多的線索或暗示，所以，連晁蓋是不是就是被宋江暗殺的，其實我們也並無絕對的把握，更不要說這四個嫌疑極大的幫兇。