所謂“九族”，一般指的是“父族四、母族三、妻族二”。其中“父族四”指：父母、兄弟、姊妹、兒子;出嫁的姑母及其兒子;出嫁的姐妹及外甥;出嫁的女兒及外孫。“母族三”指：外祖父一家;外祖母的娘家;姨母及其兒子。“妻族二”指：岳父的一家;岳母的娘家。“株連九族”，已經是相當恐怖了，然而，方孝孺卻遭到了歷史上絕無僅有的“十族”之誅。即在宗親九族之外加上門生故舊，牽連者不計其數！方孝孺到底犯了什麼罪，竟至於要遭此“十族”之誅呢？
朱棣佔領南京後，方孝孺果然不肯歸附。因姚廣孝事先囑托過，朱棣沒有殺他，而是將他投入獄中。其實，朱棣也有意借用方孝孺的威望來收攬人心，所以燕軍攻破南京後，朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降，希望由他撰寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。朱棣又派孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸說，反被孝孺痛斥一頓。最後朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝而入，悲慟而極，哭聲響徹大殿。朱棣親自從御榻上走下來勸他說：“方先生不必自苦，我不過是想傚法周公輔佐成王罷了。”這裡說的“成王”，指的是建文帝。
“那麼成王呢？”方孝孺問。“他自己自焚而死了。”“何不立成王之子？”“國賴長君。”朱棣有些窘了。方孝孺反駁道：“何不立成王之弟？”駁得朱棣啞口無言，只好說：“這是我的家事。”接著，他叫左右拿筆墨來，堅決地說：“詔告天下，非先生來寫不可！”孝孺接過筆，寫上“燕賊篡位”幾個字後，隨即擲筆於地，且哭且罵：“死就死！詔書絕不能寫。”朱棣勃然變色，提出警告：“你難道不怕滅九族？”“滅十族又如何？”“好！”朱棣惡狠狠地說，“我就滅你的十族。”於是，朱棣一面命人繼續將方孝孺關押獄中，一面搜捕其親戚家屬等人，以及他的學生，算作十族，押解至京。
在當年的六月二十五日，也就是朱棣登上皇帝寶座的第八天，就在南京的聚寶門，當著方孝孺的面，朱棣將“十族”一個一個地殺戮。每殺一個追問一聲方孝孺，是否回心轉意。當方孝孺看到他的弟弟方孝友受自己的牽連，就要被砍頭時，深感痛心，淚流滿面。誅方孝孺十族，死者達八百七十三人，行刑七日方止。臨到最後殺方孝孺時，方孝孺謾罵不止。朱棣先是命人將方孝孺的嘴割裂至兩耳，並割下舌頭，隨後處以凌遲之刑。死前，年僅四十六歲的方孝孺器宇軒昂，作《絕命詞》一首。
天降亂離兮孰知其由？
奸臣得計兮謀國用猶;
忠臣發憤兮血淚交流！
以此殉君兮抑又何求？
嗚呼哀哉兮庶不我尤！