明仁宗通過改組內閣，授予他的某些心腹顧問顯貴的品位，以著名的翰林學士和幹練的官員充實行政官署，來開始他組織新政府的工作。在他新任命的官員中，許多人在他在南京或北京攝政時已經為他效勞，有的人在他與明成祖有分歧時支持過他，為此受到了懲處。 明仁宗特別重視儒家道德和個人品德。權謹便是一例，他是一名低級官員，在洪熙元年(1425年)進入內閣完全是因為他極為孝順。同樣，明仁宗任命有才能和守紀律的人擔任地方的行政和司法職務。為了使官僚機器更有效率，明仁宗對文官科舉制度作了一些改變。他認為這個制度偏袒南方人，於是規定了份額，以保證北方人佔全部進士的40%;這個政策經稍加修改，在明、清兩朝一直貫徹執行。
而後來的明宣宗保留了原來的政府結構，讓許多傑出的官員繼續效勞。但是他在政治制度方面和行政實踐中的確作了某些變動。這在內閣作用的改變和宦官參與行使行政權方面表現得很明顯。由於明仁宗的改組，由翰林學士任職的內閣此時享有崇高的威望。自明成祖在位時起，人們所稱的內閣原來是一個諮詢機構，這時開始行使更大的行政和審議實權。三楊、金幼孜、黃淮分別在內閣中重新任職。他們不但官居一品，具有特殊的宮廷官銜，而且在外廷兼任尚書。
內閣的突出地位還因新的行政程序而得到加強：定期上朝覲見皇帝以討論較為迫切的政府事務。遵循明仁宗的先例，皇帝要他們直接向他呈遞密封的奏議以確定適當的行動。此外，皇帝採用了一種稱之為條旨或票擬的正規的辦事程序，程序規定大學士們審議官員呈遞的奏議，並提出適當答覆貼在每道草擬的詔令上以供御批。皇帝一般採納他們的建議，並將詔令分送給主管的部去貫徹;他並不再召他的顧問們進行復議，除非主要內容出現了爭議。這樣，內閣就成了皇帝和六部之間的橋樑，與以往相比，更成了決策的力量。它的領導人這時可以不與主管的部商議就提出建議，每當皇帝感到應該默認他們的決定時，這些決定就自動生效。
為了社會的穩定與經濟的發展，明仁宗和明宣宗採取了不少行之有效的措施，反貪倡廉便是極為重要的一個方面，在這一系列的措施中，對於都察院的整治，更是其中最具特色的措施之一。除與民休養生息外，對待臣下，仁宣二帝則廣開言路，善於納諫。明仁宗曾對謇義、楊士奇等臣子說：「前世人主，或自尊大，惡聞直言，臣下相與阿附，以至於敗。朕與卿等當用為戒。」明宣宗即位後則進一步繼承和發揚這一廣開言路、納諫的風尚。他對大臣說：「漢、唐諸君，文帝、太宗能納諫，文帝幾致刑措，太宗致貞觀之治，亦皆受善之效。」 明宣宗對這幾位重臣十分信任，對於他們提出的建議總是虛心接納，君臣之間的關係很是融洽 。「當是時，帝勵精圖治，(楊)士奇等同心輔佐，海內號為治平。帝乃仿古君臣豫游事， 每歲首，賜百官旬休。車駕亦時幸西苑萬歲山，諸學士皆從。賦詩賡和，從容問民間疾苦。」
輕刑措，也是仁宣之時的一個施政特點。明仁宗對刑部和都察院說：「朕於刑法，未嘗敢以喜怒增損，卿等鞫獄之際，亦當虛心聽察，量其情實，有罪不可倖免，無罪不可濫刑。」又說：「若聯一時過於疾惡，律外用籍沒及凌遲之刑考，法司再三執奏，三奏不允，至於五奏、五奏不允，同三公及大臣執奏，必允乃已，永為定制。」在他統治的短暫時間裡，還廢除了一些嚴刑酷法，如不許「於法外用鞭背等刑，以傷人命，尤不許加入宮刑，絕人嗣續」，還規定「自今惟犯謀反大逆者，依律連坐，其餘有止坐本身，毋一概處以連坐之法。」
仁宣時期改革科舉取士法，嚴格任用和考察官吏制度，嚴厲控制宦官，打擊貪官污吏，使吏治清廉。在用人制度上，也改變了前朝偏重進士，排斥吏員的現象，堅持任人唯賢、唯才是舉。同時從明仁宗始，設立巡撫制，以加強對地方官吏的督察。通過一系列打擊整肅，貪贓行賄現象逐漸減少。趙翼《廿二史劄記》稱：「故為守令者，無不潔已愛民，耳公於清議。」正是由於明仁宗，明宣宗的作風較為開明，才有了被史家讚揚的「仁宣之治」。