明洪武三十一年(1398)朱元璋逝去，因太子朱標早死，以皇太孫朱允汶繼帝位，是為惠帝，年號建文。建文帝繼位後，對朱元璋採取的極端皇權專制進行了一些改革，交大臣以實權，他本人亦虛心納諫，使朝政出現了一些民主氣氛。
朱元璋按封建禮法傳統，立朱允炆為皇太孫，朱元璋死時，他已21歲了。繼位後改「洪武」為「建文」，史稱「建文帝」。一個「洪武」，一個「建文」，可見建文帝的改革主要是去掉朱元璋的苛政，建立文官政權，推行寬鬆和諧的政策。當時，朝廷一片清明。這和朱元璋的初衷確實有差距。
洪武二十五年皇太子朱標病逝，朱元璋不得不重新考慮皇位的繼承問題，在此期間，他曾想到了皇四子朱棣，因為他看出朱棣有許多地方都與自己非常相似，但向群臣咨詢的時候，大臣劉三吾提出，如立皇四子，那麼將皇二、三子立於何地？特別還有的大臣引經據典說，當年劉邦認為戚夫人所生的如意「類我」，準備廢掉惠帝，結果導致如意被殺身亡。朱元璋也考慮，已經分封了諸王，而且皇二、三、四子分別被封為了秦、晉、燕王，三人的封地都是邊境重鎮，而且手握重兵，一但由於爭儲而出現內訌，後果將非常嚴重。因此朱元璋只得將朱標的次子朱允炆立為皇太孫(朱標長子早逝)。洪武三十一年朱元璋病逝，朱允炆正式即位，改明年為建文元年。從年號上不難看出，一個建文，一個洪武，二位皇帝的性格截然不同，而且朱元璋不願立皇太孫的一個重要原因就是朱允炆像他的父親一樣，過於柔弱，過於仁慈，受儒家思想的影響太嚴重，恐怕日後會吃大虧。
建文帝即位之後，一改洪武時期的緊張氣氛，他重用黃子澄、齊泰、方孝儒等文人，對先朝的政治實行改革，為無論是百姓，還是官吏都創造了一個寬鬆的環境。改革取得表面的成功，但是，任何一個帝王都要作的一件事「削藩」。當時的藩王多是朱允炆的叔叔，而且手中都有兵權，他們在自己的藩地為非作歹，有的甚至摩拳擦掌準備造反。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，當時朱元璋的前三個兒子都已經亡故，朱棣成為了皇子中的最長者，而且隨著朱棣在對蒙古作戰的過程中不斷壯大，他已經成為了皇權最大的威脅。
某種意義上說建文帝的削藩就是針對燕王一人的。但建文帝的軟弱害了他，在重大問題的決策上，這是他的第一個錯誤。他並沒有先削燕王，而是從其他親王下手，這樣即引起了親王們的岌岌自危，還打草驚蛇，使得燕王加緊做出準備。在建文帝決定對朱棣下手的時候，為時以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖難的大旗。
在最初的戰鬥中朝廷的兵力佔絕對優勢，但由於李景隆的指揮不當，明軍屢遭敗績。但由於兵力所限，燕軍佔領的城市都是很快的放棄，因此雙方展開了拉鋸戰。在此期間明軍中湧現出了一批比較優秀的將領，他們的頑強抵抗給朱棣造成了極大的威脅。但是朱允炆的軟弱再一次顯示出來，他的一道聖旨，「我要活的叔父」使得朱棣逃過了多次劫難，建文帝的婦人之仁最終將朝廷推向了深淵。
經過四年的拉鋸戰之後，燕王正確分析了形勢，只要建文帝在一天，地方軍對就會抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻佔了南京，趕走了建文帝，那麼自己就可以成為一國之君，相信也沒有多少人反對，因為大家都是觀望的態度。朱允汶對朝政放手，注意傾聽大臣們的意見，放手讓他們管理。但是，他對內廷宦官管理的非常嚴密，甚至苛刻，所以，有的宦官不斷給朱棣通風報信出主意，說朝廷大軍都在北方打仗，現在南京空虛，如果趁此時提兵南下，他們聯合擁護朱棣的王公大臣作為內應，一舉奪取南京，天下局勢可定。
於是，朱棣指揮燕軍繞過大城市、一路南下，當時的建文朝廷已經亂作了一團，很多地方將領按兵不動，很快燕軍就攻到了南京城下，城內的親王與某些將領又擅自開門投降，南京終於被佔領，建文帝不知所終，而且正如朱棣所料，地方上幾乎沒有人反對。朱棣的靖難之役宣告成功，自己也登上了皇位，年號永樂。而在朝廷內卻是另一藩情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑，或自殺卻有千人。永樂朝廷幾乎無人可用，可見建文帝在文人心目中的地位是相當高的。
建文帝的帝王寶座，只坐了四年即告結束，作為皇帝他太過仁慈，有時甚至優柔寡斷，如果讓他作臣子，相信他可以愛民如子，兩袖清風，但做皇帝不一樣，皇帝注定與鮮血分不開，他要排除異己;他要樹立皇威，如果不能做到這些，皇帝也終將被歷史淘汰，建文帝就是這樣一個悲劇人物。