《清史稿.后妃傳》記載順治帝有4後、14妃，共18人。順治帝先後冊立或追封四位皇后：第一位是廢皇后，蒙古科爾沁部博爾濟吉特氏，是他母親的侄女。順治八年(1651年)八月冊立為皇后。二人性格不合，時常發生口角。一天，順治帝讓大學士馮銓查閱並奏報前朝廢皇后的歷史故事，馮銓等問廢後的理由，順治帝大怒道：「皇后無能，所以當廢！」後禮部尚書胡世安等18人分別具疏力爭。順治帝把這件事下發諸王大臣會議。會議結論是：皇后仍然居中宮。順治帝堅持己見，奏報皇太后，並得到懿准，廢掉皇后，降為靜妃。
第二位是孝惠章皇后，蒙古科爾沁部博爾濟吉特氏，順治十一年(1654年)五月，年14歲，聘為妃。六月，冊為皇后。她不久又受到順治帝的責斥。這位皇后能委屈圓通，又有太后呵護，才未被廢掉，至康熙五十六年(1717年)死，享年77歲。
第三位是孝康章皇后(追封)，姓佟佳氏，都統佟圖賴之女，是康熙皇帝的生母。順治十一年(1654年)生玄燁，年14歲。康熙二年(1663年)病死，年24歲，時康熙10歲。
第四位是孝獻章皇后(追封)，董鄂氏。順治帝對董鄂妃一見鍾情，至死不渝。這位董鄂妃的身世，也是清宮一樁疑案。她的身世有三說：有人說董鄂妃就是江南名妓董小宛;也有人說，她曾經是福臨同父異母弟博穆博果爾的福晉;《清史稿.后妃傳》則說她姓棟鄂氏。
根據湯若望的回憶錄和陳垣先生考證，她似乎就是福臨奪其十一弟襄親王博穆博果爾之愛。董鄂氏聰敏俊麗，善解人意，而博得順治帝的寵愛。但被博穆博果爾發覺，董鄂氏遭到夫君的嚴斥。董鄂氏找順治帝哭訴。順治帝聞知後，狠狠地打了博穆博果爾一個耳光。於是，博穆博果爾於順治十三年(1656年)七月初三日，或是憂憤致死，或是自殺而死。順治帝在其27日服滿後，乾脆將董鄂氏娶進承乾宮。
順治十四年十月初七日，董鄂氏生下一位皇子。但小皇子出生3個月便夭折。這件事對董鄂妃打擊實在太大了。她最大的期望就是生一位皇子，將來母以子貴，作為晚年依靠。沒想到兒子還沒有來得及起名字就死了。順治帝追封這位早夭的兒子為和碩榮親王，並在薊州黃花山下修建「榮親王園寢」。墓碑刻：「和碩榮親王，朕第一子也。」本來是皇四子，卻被稱為第一子，說明他在順治帝心目中的重要地位。
幾乎就在同時，順治帝在太監的精心安排下，同憨璞性聰和尚見面。憨璞性聰是第一位被順治帝召見的著名和尚。憨璞性聰，福建延平人，18歲為僧。順治十三年(1656年)五月住京城南海會寺。十四年(1657年)初，順治帝駕幸南海子，途經海會寺，召見憨璞性聰，兩人相談甚歡。十月初四日，又召憨璞性聰進入大內，後在西苑(今中南海)萬善殿與憨璞性聰對話。順治帝問：「從古治天下，皆以祖祖相傳，日對萬機，不得閒暇，如今好學佛法，從誰而學？」憨璞性聰答：「皇上即是金輪王轉世，夙植大善根、大智慧，天然種性，故信佛法，不化而自善，不學而自明，所以天下至尊也！」憨璞性聰的巧言阿諛，讓順治帝覺得很歡心。憨璞性聰是一位政治和尚。因為他會逢迎皇上，所以受到順治帝寵信，多次被召到宮裡，向皇帝講授佛法，被賜以「明覺禪師」封號。
憨璞性聰還推薦了南方的三位高僧———玉林、木陳、溪森，他們對順治帝影響至深。這些和尚宣揚的佛法理念，在一定程度上緩解了順治帝治國的壓力，而真正讓他下決心放棄萬乘之尊皈依佛門的，還是董鄂妃的死。董鄂妃之死，對其打擊是致命的。順治十七年(1660年)八月十九日，22歲的董鄂妃因承受不住失去幼子之痛，在承乾宮病死。順治帝悲不欲生，「尋死覓活，不顧一切，人們不得不晝夜看守著他，使他不得自殺」。順治帝輟朝五日，追諡董鄂妃為端敬皇后;在景山建水陸道場，大辦喪事;將宮中太監與宮女30人賜死，讓他們在陰間侍候端敬皇后董鄂氏;命全國服喪，官員一月，百姓三日。溪森和尚在景山壽椿殿主持董鄂後火化儀式，順治帝為董鄂氏收取靈骨(骨灰)。
順治帝失去董鄂妃後，萬念俱灰，決心遁入空門。從該年九月到十月兩個月中，順治帝曾先後訪問溪森的館舍38次，相訪論禪，徹夜交談，最後命溪森為他剃度。溪森起初勸阻，順治帝不聽，最後只好幫順治帝剃光了頭髮。皇太后著急了，火速叫人把溪森的師傅玉林召回京城。玉林到北京後大怒，下令叫徒弟們架起柴堆，要燒死溪森。順治帝無奈，只好答應蓄髮，溪森才得免一死。後來溪森臨終時作偈語說：「大清國裡度天子，金鑾殿上說禪道！」就是說他同順治帝的特殊關係。