明宮三大疑案始末：朱常洛為太子時，有人受了指使衝入東宮想殺他，這不由得讓人懷疑他在被立為太子時的艱難，兩者之間有聯繫嗎？朱常洛當上皇帝後，龍椅還未坐熱，二十九天就死了，他吃的兩顆紅丸引起了一場紛爭。朱常洛喜歡的李貴妃在其死後，想挾太子垂簾聽政，結果被趕出了乾清宮。三個與光宗相關的案件，竟是如此的複雜。
明神宗晚年，明朝國運日蹙，爭端紛擾。明神宗寵愛鄭貴妃，更是將鄭貴妃的兒子福王朱常洵(後被李自成的農民軍所殺)視若掌上明珠。因此神宗便有廢長立幼的想法。他先是違反了古制冊封鄭氏為貴妃，而沒有冊封長子的母親。不久又提出了三王並封的主意，將眾皇子都封為王以降低長子的地位，為朝臣所阻沒有成功。在朱常洛和朱常洵兩人擇一而立的問題上，因雙方爭奪激烈，拖延了十餘年，直至明萬曆二十九年(1601)，在朝臣的極力諫爭和慈聖皇太后的支持下，朱常洛才被冊立為皇太子。這一事件，史稱為「國本之爭」。國本之爭後，神宗帶著萬分的不情願與異常的憤怒立朱常洛為太子，立自己最喜歡的鄭貴妃之子朱常洵為福王，但從此以後，他以頑強的消極方式與群臣繼續作鬥爭，時間長達十餘年之久。在這十多年時間中，他起先以無可奈何的方式坐在龍椅上酣然入睡以面對喋喋不休的大臣，他既不強迫大臣們接受自己的主張，也不對臣僚的奏折表示意見，後來乾脆不視朝，開始了罕見的皇帝不理朝政的時期。從此，文武官員很少面見奏事，作為親信顧問的內閣大學士也難得受到召見。罷朝之後，對於太廟祭祀的大禮他一概不予過問，研讀經史、討論時政的經筵講席幾乎全部免除。大臣的奏疏，大多擱置不批。神宗這樣做的結果，必然是造成萬曆一朝政治的嚴重敗壞。
神宗不上朝在內宮幹什麼？有專家進行研究後發現，他在內宮做的事情無非就是放縱作樂。御史馮從吾在一份奏疏中講到神宗是每餐必飲，每飲必醉，每醉必怒。他後宮有上千淑女，神宗整日周旋其間。鄭貴妃與他恩愛如漆如膠，是感情的寄托，卻並未獨佔他的枕席。神宗共有八子十女，卻是八個女人所生。大臣們一再上疏讓他遠離酒色財氣「四病」，但他根本不當一回事。
太子朱常洛生於明萬曆十年(1582)，生母恭妃王氏原為慈聖皇太后的宮女。他的身世和父親明神宗差不多，都是父皇偶然臨幸宮女而生。不過雖然都是臨幸，明穆宗要比明神宗負責任。明神宗認為這個皇子的出生是他的一件醜事。這一觀念持續了三十九年，直到明神宗去世。因此朱常洛一生得不到父愛。
萬曆四十三年(1615)五月，以太子為目標而發生的梃擊案，讓整個朝廷都大吃一驚。梃擊案的過程相當簡單。這天，有一個不知姓名的男子手持棗木棍闖入太子所居的慈慶宮，打傷守門太監，直至殿簷下，被太監擒獲交給禁軍。次日，皇太子常洛上奏此事，神宗命刑部等官審問。巡視皇城御史劉廷元奏報，該犯名張差，似假裝癲狂，建議詳加追究。審問中，張差自己說是薊州井兒峪人，柴草被燒，憤而進京告狀，因不識路誤入慈慶宮。刑部主事王之采表示懷疑，一用刑，張差供認是被親戚帶給兩位太監，讓他到皇城中打殺太子。戶部郎中陸大受提出案件中有許多疑問，請求詳查涉案的太監，而神宗不理會陸大受的奏疏。薊州知州戚延齡奏報張差確是一個精神有問題的人，於是諸臣將張差定為「瘋癲」。刑部的官員希望重審這一案子，最後十九人合審張差，張差供出親戚姓名及太監龐保、劉成，於是疏請從鄭貴妃宮中提問龐、劉。朝中大臣一致要求重審此案，閣臣也催促神宗詳審，無奈之下，神宗諭告三法司會審。三法司會審的結果是，指使打人的是龐保和劉成，兩人還許諾只要打殺了人，他們將保張差安然無事。會審中還帶出了國戚鄭國泰，鄭國泰連忙自我辯白。給事中何士晉上奏彈劾鄭國泰倉皇自白大有疑問，要求窮究細查，把矛頭直指鄭貴妃。眼看火已燒上身，鄭貴妃在神宗面前流起了眼淚，表明自己是清白的，望著依然楚楚動人的貴妃，神宗決定再也不能讓美人傷心落淚了。
神宗在慈慶宮召見百官，責備群臣因審理張差一案弄得全國議論紛紛，造成不好的影響，實際上在離間他們父子的關係，要求罪止張差、龐保、劉成三人，不要再讓事態擴大了。朝臣們不依不饒，又想繼續辯論，眼看一場君臣交鋒又起。太子一看事情不妙，而從沒有碰過他的父親這時一直握著他的手表示出父子的深厚感情，這分明已向他低下了頭，再不表態是不行了，於是他說：「我父子是何等親愛，外廷有許多非議，使爾輩為無君之臣，使我為不孝之子。龐保、劉成是張差亂誣陷的，只將張差治罪就罷了，不要株連他人。」大臣們一聽太子的話，都低頭不語了，為了太子他們不再爭辯了。神宗這時也向大臣表示自己與太子非常親密：「皇太子是國家的根本，今年已三十四歲了，我很器重他。你們疑心我有他意，這是根本不可能的。如要換太子，我早就可以做了，何必要等到今天。福王在外，沒有聖旨，他是不能回京的。」如此一表白，大臣們還有什麼好說？不久，張差處斬。據說張差臨刑前，大喊冤枉。三法司再審龐、劉二人，均拒不認罪，後二人被秘密處死於內宮。事件結束後，曾力主詳審的王之采被廢為平民。梃擊案的發生，使人多少會聯想到案件與鄭貴妃有關，或至少與擁護福王的勢力有關。一個瘋瘋癲癲的人，是絕不可能直闖皇宮，一無阻攔地盯住太子的。
萬曆四十八年(1620)七月，神宗崩。八月，太子即位，是為光宗，年號泰昌。朱常洛登極後，面臨著其父遺留下的嚴峻形勢，朝綱腐敗，經濟凋落，宮內糾紛無休無止，軍力日衰，邊疆吃緊，後金崛起，封疆殘破，大明王朝的江山搖搖欲墜。而體弱、孤僻、壓抑而又好色的朱常洛又無力挽回即將崩潰的局面。光宗在東宮長期以來無所事事，耽於淫樂，即位後更不注意身體，沒過幾天就陰虛火旺，臥病不起。經內醫崔文升用藥，病情反而加重。光宗召見群臣，輔臣方從哲推薦鴻臚寺丞李可灼有自製的紅丸仙藥。於是光宗召見李可灼，服用了他進的紅丸藥，起初病情略有好轉，光宗還直誇李可灼是個忠臣。睡了一覺，再服一粒，沒過幾個時辰光宗就死了。這時他即位僅二十九天，成了明朝歷史上在位時間最短的皇帝。這個「紅丸案」在朝廷內外引起大嘩，首輔方從哲因為推薦李可灼進獻紅丸受到抨擊，而李可灼誤進藥方可能早有預謀。給事中惠世揚上疏彈劾方從哲交通鄭貴妃、李可灼及內醫崔文升謀害光宗，希望詳加查究，而剛即位的熹宗朱由校均不予批准。
天啟初年，很多大臣的目光對著鄭貴妃。早先，她給太子進美女，害得他身體空虛，接著崔文升用藥全是她指使的，後又發生李可灼進藥，雖不能發現有什麼直接關係，但大臣們覺得鄭貴妃似有圖謀不軌傾向。大臣們紛紛要求處分方從哲，誅殺李可灼。熹宗在大臣們的壓力下終於下詔，將李可灼逮捕審訊後流放充軍，崔文升發配南京。
光宗最寵愛兩個妃子，由於都姓李，人們稱其為東李、西李。相比較，二李中光宗更喜歡西李。即位後，念及西李撫育皇長子朱由校有功，傳諭封她為皇貴妃，並欲立為皇后，因群臣反對而未果。光宗於是在乾清宮召見群臣，正式諭封李氏為皇貴妃。這時李氏召皇長子入內，不一會皇長子出來說，她要封皇后，光宗只能默然不語。
九月初一，光宗死，李氏住在乾清宮裡不肯出來。按理，老皇帝一死，老皇帝的皇后、貴妃應該搬出乾清宮讓位給新皇帝，但由於朱由校年紀很小，李氏與太監魏忠賢勾結起來欲專權，使得群臣不能見到皇太子。給事中楊漣和尚書周嘉謨覺得李氏居心不良，就帶著眾大臣直奔乾清宮要面見太子。李氏雖想阻攔皇太子不讓他出去見大臣，但邊上的太監王安看不下去了，一直催促，李氏只好將太子送出，群臣當即口呼萬歲。大臣們與王安等扶著太子往文華殿，定於初六日接位，下詔令讓李氏遷出乾清宮。至初五日，李氏仍沒有移宮的意思，楊漣上疏說：「登極已在明日，移宮之事，得之也必在今日。」太子於是下詔逮捕魏忠賢，並傳諭李氏「氣凌聖母」，挾持太子要封皇后，讓她馬上移宮。這個案件就是通常說的移宮案。
天啟中期，太監魏忠賢編《三朝會典》篡改史實，重翻三大案，王之采、楊漣等人都受到迫害，受刑慘死於獄中。天啟四年(1624)，李氏當初被勒令移宮，沒有封號，此時被封國康妃。崇禎初年，思宗朱由檢誅殺魏忠賢閹黨，毀《三朝會典》，又為三大案中受到迫害的王之采、楊漣等人平反昭雪。
圍繞著光宗的三大案，有許多環節在當時就沒有深查清楚，因此使得案件疑雲四起。三大案是當時政治鬥爭的一部分，反覆起落，隱秘眾多。因為如此，使我們可以清晰地看到明朝後期朝廷政治的腐敗和混亂，它的滅亡也就成為必然。