順治十年（1653年），為了牽制作為三藩之首的吳三桂，順治帝將妹妹建寧公主許配給了平西王吳三桂的兒子吳應熊，然而事實卻並非順治帝想的那樣簡單，吳三桂的氣焰不降反漲。
康熙十二年春，康熙皇帝作出撤藩的決定。吳三桂首先於這年十一月殺雲南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，提出「興明討虜」，將矛頭指向了朝廷。吳三桂軍以很快的速度佔據湖南，進而進犯四川，四川官員紛紛投降。福建、廣東、廣西、陝西、湖北、河南等地都有藩王或將領響應。
為了打擊吳三貴的氣焰，康熙在十三年四月十三日下令處死吳應熊及其子吳世霖。吳三桂在起兵反叛前，曾派人秘密到京城接吳世熊和吳世霖去昆明。雖然不能勸說自己的父親放棄反叛的念頭，但吳應熊也不會為了性命而犯下叛逆之罪。按照大清的律例謀反是要株連親屬的，作為吳三桂的兒子將被處以極刑，這一點吳應熊心知肚明。即便是這樣，他也寧願留在京城接受處罰，至死也要做大清的子民。也因此，吳應熊和其子吳世霖為「三藩叛亂」付出了生命的代價。
這也致使建寧公主失去了丈夫和兒子，失去了家庭。這一年她才三十三歲，其悲傷和心碎之痛可想而知。在之後的三十年中，雖然康熙多次下詔安慰在「三藩叛亂」中受到傷害的姑母，然而，這又怎能治癒建寧公主的創傷呢？