明憲宗朱見深身邊的萬貴妃，是歷史上有名的「奸妃」。她相貌平凡，體格壯碩，比朱見深大十多歲，卻獲得了朱見深的專寵，在後宮中飛揚跋扈，禍亂宮闈。不僅如此，在後世史家的記載中，萬貴妃還有一件更大的罪行：大肆戕害「龍種」，差點令朱見深絕嗣。她自己難以生育，也不讓別的妃子生育，常常用藥使別的妃子流產。
她的魔爪同樣伸到了明孝宗朱祐樘的生母紀氏的頭上，在得知紀氏懷孕後，她就派人去暗害紀氏和朱祐樘。幸好，宮女及太監們良知未泯，否認紀氏懷孕一事，並守住了朱祐樘還活著的秘密，他們守口如瓶，甚至連憲宗皇帝本人都不知道他還有這麼一個兒子。在以宦官張敏為代表的太監宮女們的保護下，明孝宗得以順利成長，最終躲過一劫。後來，張敏在為朱見深梳頭時透露了此事，朱祐樘隨即被立為太子，而張敏卻因此得罪了萬貴妃，不得不自殺身亡。但事實的真相果真如此嗎？明憲宗真的不知道這個兒子的存在嗎？其實稍加思考就能察覺，僅憑一群太監宮女和一個廢後，竟能在宮中藏住一個大活人長達數年之久，這事實在太匪夷所思，因此，明朝人對這件事也有不同的看法。
尹文和在《直瑣綴錄》中寫道：紀後懷孕之後，明憲宗把她安置在安樂堂，秘密派人照顧她和孩子(「紀後有娠，上令托病處安樂堂，既誕皇子，密令內侍謹護。」)。
也就是說，明憲宗朱見深打一開始就知道紀氏懷孕產子一事，只是不願傷了萬貴妃的心，才謊稱她已流產，並親自授意太監們好好照顧紀氏和朱祐樘。整件事都在朱見深的掌控之下，直到時機成熟，他才將朱祐樘立為太子，昭告天下。既然萬貴妃從頭到尾都被蒙在鼓裡，她又怎麼可能再去謀害朱祐樘呢？
《萬曆野獲編》的作者沈德符也覺得有關記載頗多自相矛盾之處，「十無一實者，最可笑也」，他同樣認為憲宗朱見深是知道真相的，只是「慮傷萬妃之心」，才對此事秘而不宣。因此萬貴妃並未謀害過朱祐樘，唯有真相大白後涉嫌毒害紀氏一事，還算比較有可能。但對於此事朱祐樘即位後並沒有繼續追查下去，那麼，真相也就不得而知了。
就連在孝宗朱祐樘身世公佈一事中起過關鍵作用的太監張敏，事實上他的結局也並非《明史》所說的被逼自殺。《玉堂叢語》中提到，張敏曾經在路上遇到懷恩，被懷恩痛罵了一頓，歸家後便「憤恨而死」。
按照這種說法，張敏是因為與另一位太監懷恩的矛盾而死，而非死於萬貴妃之手。張敏是金門人，據《金門縣志》記載，張敏向來很受憲宗皇帝信任，「成化二十一年，敏疾，帝遣太醫診視。訃聞，震悼。」可見朱見深自從張敏得病後就一直在關心他的病情。且張敏的病革是一個逐漸的過程，根本不像是自殺暴死的樣子。最重要的是，他死在成化二十一年，而非如《明史》所言，死在成化十一年。
無論以上哪一種說法成立，張敏之死都與萬貴妃毫無關係，這也側面證明《明史》的記載並不靠譜。更有趣的是，《明史》的記載本身也存在兩個重大的漏洞。首先，當萬貴妃指示張敏去毒殺朱祐樘時，張敏大驚失色的說：「皇上還沒有孩子，怎麼能殺害這個嬰兒」，於是沒有下手。但事實上此時應當是成化六年，朱見深的次子朱祐極還未夭折，張敏怎麼可能說出「上未有子」這種話來？這是個很明顯的問題。第二個漏洞，出在「孝宗皇帝吃了萬貴妃下的藥，因此生來頭上就缺少一塊頭髮」(「孝宗之生，頂寸許無發，或曰藥所中也」)這個說法裡。因為按照《明史》自己的說法，萬貴妃雖然多次派人向朱祐樘下毒，但那些宮女太監都沒有從命，反而竭力保護朱祐樘，那麼，朱祐樘又怎麼會服下萬貴妃下的毒藥呢？
這樣邏輯上破綻百出的故事，卻被堂而皇之的載入正史，不能不說是一種對萬貴妃莫大的偏見使然。萬貴妃雖然有諸多錯處，幹了不少壞事，卻也並非十惡不赦之徒。只是由於傳統史觀對妃嬪的種種偏見，才令萬貴妃的形象變得越來越邪惡，不應該把一切罪責都推諉給她，直到如今，潑在她頭上的污水，也該稍稍退散了吧。