為防止袁世凱擅權復辟，孫中山在宣佈辭去臨時大總統時曾下了三道「緊箍咒」：一是遷都南京，二是袁世凱南京就職，三是保證遵守《臨時約法》。
1913年3月20日晚上十點左右，上海滬寧火車站內燈光黯淡，在黃興、於右任等人的陪同下，宋教仁走出站方為新當選議員們特別預備的候車室，準備登上北上的火車進京。但就在眾人走到檢票處時，斜裡突然竄出一條黑影，接著就是「砰」、「砰」幾聲槍響，走在隊伍前面的宋教仁表情痛苦，他扶著身邊的鐵柵欄，忍著痛叫道：「我中槍了！」
事發突然，眾人一片驚呼，兇手卻是身手敏捷，一轉眼便消失在濛濛夜色之中。等到大家醒悟過來時，宋教仁已經歪倒在冰冷的地面，雙手還緊緊捂著受傷的腰部，鮮血汩汩而出。很明顯，兇手的行刺對像非常明確，那就是當晚的焦點人物宋教仁。
兇手為什麼選擇這一時刻行刺？要知道，宋教仁此次北上，正有一樁極大的事情要辦——那就是進京組閣，並極有可能出任新一任內閣總理。說起這事，還要從上一年的國會選舉說起。武昌起義爆發後，在經過反覆的戰爭、談判和各種各樣的鉤心鬥角與幕後交易後，國內各方勢力最終達成協議：清帝退位，孫中山退職，袁世凱接任臨時大總統。在這近半年的風雲變幻中，清室完敗、革命黨虛勝，以袁世凱為代表的北洋系大獲全勝。
但是，袁世凱雖然獲得了最終的勝利，但「總統」的前面畢竟還有「臨時」二字。換句話說，他當時所取得的一切只是過渡性的，要成為真正意義上的大總統，或者說讓新生的民國走上正軌，還有待其他的制度建設，而其中最重要的，莫過於國會選舉。
為防止袁世凱擅權復辟，孫中山在宣佈辭去臨時大總統時曾下了三道「緊箍咒」：一是遷都南京，二是袁世凱南京就職，三是保證遵守《臨時約法》。為迫使袁世凱就範，孫中山派出蔡元培、宋教仁等人作為「迎袁專使」親赴北京，但就在專使團來到京城的次日晚上，曹錕所部北洋第三鎮突然爆發「兵變」，北京乃至北方局勢陷入「混亂」，袁世凱南下就職與遷都之事也就不了了之。
好在革命黨人還有第三道「緊箍咒」，那就是《臨時約法》。按《臨時約法》規定，正式的國會選舉應當在其施行後的10個月內舉行，也就是說，應在1913年2月之前完成。只有在正式的國會選舉完成後，才能產生真正意義上的中華民國的第一任大總統，而只有在正式大總統產生之後，新生的民國才能獲得世界各國特別是列強們的承認。對此，袁世凱是非常積極的，在1912年8月，臨時參議院即通過了《中華民國國會組織法》、《參議院議員選舉法》、《眾議院議員選舉法》三個法案，以便著手準備國會選舉。
按民國初年《臨時約法》的政治構架，國會產生後，除選舉新的大總統外，新一任內閣將由國會選舉中獲勝的政黨來組織，而內閣總理也一般由獲勝的政黨黨魁擔任。按此制度設計，大總統統領全局，但具體的行政權卻是由內閣總理掌握，大總統的命令非經內閣總理與閣員的副署不能生效。由此，國內各派政治力量都在國會選舉前鉚足了勁，力圖在即將到來的國會選舉中旗開得勝，大展宏圖。
選舉是政黨政治。民國成立後，各類政黨如雨後春筍般成立，據不完全統計，民初各類社團與政黨有數百個之多，在這些政治力量中，孫中山、黃興、宋教仁等革命黨人領導的同盟會成為民國初年勢力最大的政黨，隱然執政壇之牛耳。為與同盟會競爭，其他新生黨派掀起了大規模的並黨浪潮，如在臨時參議院改選中一時雄起的共和黨，就是由統一黨、民社、國民協進會、民國公會等幾個政團合併而成，而其目的就是要在臨時參議院及國會選舉中聯合對抗同盟會。
共和黨成立於1912年5月，成立之時，黨內名人輩出、人才濟濟，其中理事長為副總統黎元洪，張謇、章太炎、伍廷芳、那彥圖為理事，另外選出的54名幹事不乏當時的知名人物，如熊希齡、范源濂、程德全等。因為其政治取向偏於維護統一共和、支持中央集權主義，因而頗受袁世凱的青睞。共和黨成立後，其在全國各地積極設立分部，發展黨員，據稱加盟者一度超過了十萬人。
在此形勢下，同盟會感到了莫大的壓力，宋教仁隨後提出改組同盟會，並打算像共和黨一樣將其他政治主張接近的黨派合併而入。作為革命黨人主要領袖的孫中山、黃興在辭去公職後，政治上一度消極，他們對宋教仁的主張既不反對，但也不十分熱心，由此讓宋教仁得以施展手腳，對同盟會進行了一次大規模的組織更新。
在當時的臨時參議院中，由蔡鍔、吳景濂、谷鍾秀等人組織的統一共和黨佔據了一定議席，與同盟會的立場也相對接近，由此成為同盟會的爭取對象。這時，以清末名臣岑春煊為首的國民公黨及另外兩個小黨派共和促進會和國民共進會也派出代表到京參與合併談判。不過，這幾個黨派並不希望被人認為自己是被吞併，因而主張不用同盟會原來的名號。另外，他們也不贊成同盟會過於激烈的主張，譬如民生主義中的平均地權、男女平權等。
在宋教仁的多方斡旋下，同盟會最終接受了這幾個黨派所提出的條件，同盟會、統一共和黨等五黨於1912年8月宣佈合併成立新的國民黨。合併後的國民黨，幹部隊伍空前強大，會上共選出孫中山、黃興、宋教仁等9人為理事，孫中山被推為理事長。另外，大會還選出29名參議，其中包括著名的革命黨人，如胡漢民、柏文蔚、李烈鈞、張繼、於右任、馬君武等人。會後，宋教仁不無得意地說：「自斯而後，民國政黨唯我獨大。共和黨雖橫，其能與我爭乎？」
話雖如此，梁啟超在當年10月的回歸給即將到來的國會選舉增加了不小的變數。梁啟超是戊戌變法中的大名人，又是一個大才子，在清末啟蒙運動中享有盛名，其在國內擁躉眾多。後來，一些黨派如共和建設討論會、國民協會、共和統一黨等團體即在他的策劃下合併成立民主黨，一時間形成國民黨、共和黨、民主黨三足鼎立之勢。
辛亥革命後，原革命黨領袖孫中山和黃興刻意淡出政壇，但代理黨務的宋教仁卻異常積極，他在10月中旬後離開北京南下，前往各省佈置國民黨的選舉事宜。在宋教仁的努力下，國民黨在各地的選舉動員會都開得非常成功，特別是宋教仁的演說更是極具魅力，吸引了諸多的民眾前來聽講。
事實上，前來聆聽宋教仁演說的除國民黨員、新聞記者和普通民眾外，也混雜著袁世凱派來的探子。每次宋教仁演說完畢，袁世凱總能通過各種渠道瞭解到國民黨的最新動向。有一次宋教仁在演說中稱：「我們此時雖然沒有掌握著軍權和治權，但世界上的民主國家，政治的權威是集中於國會的。所以，我們要停止一切運動，來專注於選舉運動。
我們要在國會裡，獲得半數以上的議席，進而在朝，就可以組成一黨的責任內閣;退而在野，也可以嚴密監督政府，使它有所憚而不敢妄為;應該為的，也使它有所憚而不敢不為。現在接到各地的報告，我們的選舉運動是極其順利的，袁世凱看此情形，一定忌克得很，一定要鉤心鬥角，設法來迫害我們，陷害我們。我們要警惕，但是我們也不必懼怯。他不久的將來，容或有撕毀約法、背叛民國的時候，我認為那個時候，正是他自掘墳墓、自取滅亡的時候。到了那個地步，我們再起來革命不遲。」
宋教仁的這段話深刻揭示了民主政治中關於立法權至上、權力制衡的真諦。他試圖領導國民黨奪取國會選舉勝利並組織完全政黨內閣的想法，也可以稱得上是教科書式的經典範例。據說，袁世凱在聽到這段話後很不高興，他對身邊幕僚憤憤然地說：「噫！宋教仁還想組建政黨內閣嗎？何相逼如此之甚也！」
袁世凱是北洋系的開山鼻祖，北洋軍即由其一手打造，但在慈禧太后死後，新上台的攝政王載灃將他一腳踢回老家養病，如果不是武昌起義的話，他極可能終老林下，毫無作為。但在辛亥之變中，袁世凱藉機東山再起，將清廷與革命黨玩弄於股掌之間，並最終攫取了革命成果，當上了中華民國臨時大總統。
但是，袁世凱雖然是新派人物，底子卻是舊官僚，對於革命黨人在《臨時約法》中所主張的內閣制，他是既不理解，也不贊同。據說，袁世凱曾不只一次地對身邊人說：「總統、總理、總長，三個都是『總』，可到底誰說了算？」對於民初政治體制中的三權分立、權力制衡，袁世凱更是感到極不適應。他向手下一位要員曾「精闢」地大發牢騷：「民主就是無主，共和就是不和！」
儘管有種種不滿，但由於民國剛剛建立，袁世凱也不敢公然推翻《臨時約法》，另搞一套，因此國內的政治仍舊按革命黨人所設計的路徑在往前推進，袁世凱也需要通過選舉來證明自己的合法性。在各方努力下，民國初年的選舉活動開始如火如荼的在全國各地逐漸開展了起來。
1911年年底，宋教仁回到桃源老家為母親祝壽。由於選舉日趨白熱化，宋教仁顧不上與家人共度春節而於1913年2月1日離開家鄉來到武漢，以指導國民黨在各省的選舉工作。在宋教仁的主持和積極奔走下，國民黨在第一屆國會選舉中取得重大勝利。
當年3月，選舉結果揭曉：眾議院議員596人中，國民黨當選269人;參議院議員274人中，國民黨當選123席。換句話說，在參、眾兩院870個議席中，國民黨佔據392席，約占45%的比例。雖然沒有獲得超過半數的絕對優勢，但他們所佔的議席數已遠遠超過了其他政黨，即使共和黨、統一黨和民主黨三黨聯合，也不足以相抗衡，就連被袁世凱與立憲派寄予厚望的梁啟超，其領導的民主黨在這次國會選舉中所得不過24席，儼然淪為了小黨派。１
國會選舉的勝利令國民黨全黨上下一片歡騰，也令宋教仁十分的激動。在他看來，勝利的曙光已在眼前，組閣的夢想即將實現，他將登上歷史的大舞台，從在野的黨魁進而在朝掌握權柄，與袁世凱展開憲政軌道上的較量。但是，他無論如何都沒有想到，一個可怕的陰謀已經張開，巨大的危險正向他慢慢逼近。
再回到「宋案」現場。宋教仁中槍後，身體歪倒在旁邊的鐵椅之上，左手還緊緊地捂著受傷的腰部，等到黃興、於右任等人趕到時，宋教仁已經痛得站不起身，而兇手卻早已消失得無影無蹤。察看了宋教仁的傷勢後，黃興等人一邊組織人員報警追兇，一邊派人就近尋找車輛。所幸的是，車站外停車場上就有一輛汽車，於右任等人慌忙將宋教仁扶上汽車，並令司機以最快的速度送往臨近的滬寧鐵路醫院。
等到醫院後，宋教仁早已是奄奄一息。經醫生檢查，子彈是從背後擊入並斜穿到腰部，腎臟、大腸均被擊中，由於傷勢嚴重，院方認為必須開刀才有希望獲救。為爭取時間，宋教仁於凌晨零時30分送入手術室開刀，一番努力後，醫生用鉗子從小腹處取出子彈，但令眾人意想不到的是——子彈上竟然有毒！