漢代董仲舒提出「罷黜百家，獨尊儒述」，開中國2000餘年的儒學正統之先聲。隨著以孔子為代表的儒家學說的社會地位上升，琴學得正統地位，一方面使得先秦各種活躍的琴學思想逐漸凝固為儒學教條，另一方面，也使兩漢時期古琴藝術在理論的總結方面，取得了較大的成就。比如東漢琴家桓譚所著《新論》中《琴道篇》，蔡邕所著《琴操》等。
東漢琴家桓譚（約前33~39），曾為掌樂大夫，十分喜愛創作新聲。桓譚的琴學思想主要見於其所著《新論》29篇。《新論》的主要內容，是針對當時流行的讖緯神學的虛偽實質，進行有力的駁訴。其中《琴道》篇則重於琴學理論的論述，內容包括琴論、琴史和琴曲解說等幾個方面，此篇並未寫完，由東漢的班固續成。
總體來說，《新論·琴道》中所體現的琴學思想，主要反映了儒家的音樂正統觀。有些學者認為，桓譚在《琴道》中所論述的儒家音樂觀，與他喜愛新聲的音樂實踐不相符合。比如關於禮樂關係，《琴道》記載有「琴之言禁也，君子守以自禁也。……八音廣博，琴德最優，古者聖賢玩琴以養心」。說明音樂的使用要合於禮。關於音樂和自然的關係，《琴道》記載：「昔神農繼宓羲而王天下，上觀法於天，下取法於地，近取諸身，遠取諸物，於是始削桐為琴，繩絲為弦，以通神明之德，合天地之和焉。」說明古琴的產生取之天地，和自然有著緊密的聯繫，把古琴形制附會於自然天象，視其為傚法天地而作；所述完全為獨尊天下的儒家之腐論。而與桓譚喜愛創作新聲琴學實踐相脫節，反應了當時知識分子人格分離的社會現實。
《琴道》在琴史方面，介紹了師曠和雍門周等琴人。其琴曲部分介紹了7首作品，分別是《堯暢》、《舜操》、《禹操》、《文王操》、《微子操》、《箕子操》、和《伯夷操》，每首作品不僅介紹了主題思想，還指出了它們的音樂特點。不難看出，無論在琴史或琴曲方面，同樣反映了一種十分濃重的儒家音樂觀。這與他駁訴讖緯神學的虛偽實質的進步行為，也形成了鮮明的反差。桓譚《琴道》中的理論，常為後世儒家所應用。
漢代的琴論繼承發展了《左傳》中樂論的觀點，提高了古琴的八音中的地位。明確說明音樂的使用要合於禮，強調作為文人修身養心的琴樂，其目的就在於端正人心，禁止「淫邪」等不合禮的觀念和行為。漢代琴論中的禮樂思想影響了以後的兩千餘年。音樂和政治的關係，是漢代琴論突出強調的問題之一，在這一時期的文獻有不少記載。《史記》、《新論》、《淮南子》有大量篇幅加以論述，說明音樂對治國的重要性。蔡邕《琴操》也持相同觀點：「琴長三尺六寸六分。像三百六十日也。廣六寸，像六合也……上圓下方，法天地也。」這些琴論反映了作者追求天人合一的思想。《淮南子·泰族訓》所載「神農之處作琴也，以歸神杜淫，反其天心」；蔡邕《琴操·序首》記載「昔伏羲氏作琴，所以御邪僻，防心淫，以修身理性，反其天真也」。兩段琴論中提到的「反其天心」、「反其天真」，借用道家的觀點闡明音樂要返璞歸真、回歸自然本性的觀點。這在當時獨尊儒術的環境下，與「琴者，禁也」的主流言論相比，對古琴音樂的發展有著積極的意義。
魏晉時期，古琴得到了魏晉名士們的青睞。從「建安七子」到「竹林七賢」，再到兩晉的大批名士，或琴書自娛，或琴酒消愁，以琴交友蔚然成風。琴在名士們的生活中佔有十分重要地位，影響和體現著他們的精神世界，成為「魏晉風度」、「名士風流」的象徵。魏晉六朝時古琴的定型期，也是歷史上古琴藝術的興盛時期。魏晉名士對古琴藝術的推崇，則是古琴發展的重要推動力。
漢代的士人，多為官為宦或出入豪門大姓;大都是忱於享樂，樂於享用他們心目中卑下的樂人演奏的「鄭衛之音」的。在風花雪月聲色犬馬酬酢之後，心靈又往往有矛盾空虛之感;惟有寄托於琴，撫弦操縵。琴音本身的清靜特性，確實使人心淨神清;在悠悠琴音的滌蕩中，能重塑其傲岸浩然的儒士之慨。這就是「琴者禁也，所以禁止淫邪，正人心也」、「御邪僻，防心淫」等論點提出的真正社會背景。以下兩則史實，就是這種風氣的很好說明：
離事篇》
「善鼓琴……性嗜倡樂。」《後漢書桓譚列傳》
東漢通儒馬融，也是既善鼓琴，也好俗樂，並作《長笛賦》。
「常坐高堂，施絳紗帳，前授生徒，後列女樂。」《後漢書馬融列傳》
在這樣的社會背景下，漢代的琴就從單純「歌南風」的樂器，變為「御邪僻，防心淫」、「修身理性」之器。琴也跟著從一件普通樂器，超出世俗，甚至超過曾肩負過周代禮樂重任的「金石之樂」的鍾與磬，而躍為「八音之首」。琴的地位更被提升成四時五行、天地六合、尊卑位分的象徵，從而成為「琴道」。從此，古琴成了士人的專用樂器;並造就形成了人類文化史上極其罕見的樂種：連綿延續二千多年，充滿了文化人智慧的 「文人音樂」--古琴音樂。