經過這次改革，強化了中央集權的封建國家機器，基本上實現了「法之必行」、「言之必效」，使明政府的財政收入有了顯著的增加，社會經濟有所恢復和發展，國庫積銀達六七百萬兩之多，儲備的糧食多達1300多萬石，足夠支用十年。比起嘉靖年間國庫存糧不夠一年用的情況，是一個很大的進步。使十分腐敗的明朝政治有了轉機。
但是改革不免觸動了相當數量的官僚、縉紳和既得利益者的利益，因此很自然地遭遇到了保守派的強烈對抗。再者，歷史積弊太深、太頑，已是積重難返。萬曆十年(1582年)，張居正積勞成疾，迅即病死，反對派立即群起攻訐。瘋狂地進行反攻倒算。他們攻擊張居正改革「務為煩碎」，清丈土地是「增稅害民」，實行「一條鞭法」是亂了「祖制」。他們下令撤銷了張居正死時特加的官爵和封號，進而查抄家產。
張居正的長子張敬修被逼自殺，其他家屬也慘遭迫害。張居正的改革措施，當然也遭到破壞，剛剛有一點轉機的明朝政治又走了下坡路。