秦始皇的生父到底是誰？不同的人有不同的看法，這使得秦始皇的身世更加撲朔迷離。
著名的史書--《史記》和《戰國策》，都記載了秦王政當上皇帝之後，呂不韋和其親生母親趙太后私通。如果他們沒有關係的話，面對如此光明的前途，呂不韋怎麼會不珍惜，而且趙太后又怎麼會找一個「老頭子」呢？如果純粹是為了「娛樂」，那他們都有更多更好的選擇餘地，怎麼會冒著風險去私通，這又作何解釋呢？只有兩者之間有所關係並且有所依仗（包括呂不韋認為秦王政就是自己兒子），或者兩人早有私通，這才有可能冒險。
《史記》是最早記載呂不韋是秦始皇生父的，而後班固的《漢書》、東漢高誘的《呂氏春秋注》，也持相同的觀點。唐代司馬貞的《史記索隱》也做出了類似的解釋：「呂政者，始皇名政，是呂不韋幸姬有娠，獻莊襄王而生始皇，故雲呂政。」從兩漢到宋元時期，人們基本上都相信秦始皇私生子之說，沒有多少人懷疑。
在明代，湯聘尹以為，那些說秦始皇是呂不韋之子的人，是「戰國好事者為之」。清代學者梁玉繩直接說《史記》記載的只是傳聞，沒有考證。明朝的王世貞則認為是呂不韋為使自己長保富貴，從而故意編造自己是秦始皇生父的，況且當時人們對秦始皇的暴政普遍不滿，六國遺民也對其耿耿於懷，於是在極端的憤恨中散播了對秦始皇身世進行質疑的言論，說道：「秦始皇是呂不韋的私生子。秦宗室的香火到這裡就熄滅了。六國雖亡，但秦國也同樣滅亡。」
另外，還有人對《史記》中「姬自匿有身，至大期時生子政」中的「大期」解釋提出疑問。期，是一年的意思；大期，就是指的12個足月之後分娩（一說十個足月）。按照常情，女子一般在孕後一兩個月，才會發現自己有身孕。既然呂不韋在「獻其姬」之前就已經知道其懷孕了。而按照正常的十月懷胎的生育規律，趙姬何以在與子楚同床共枕10個多月後才生下嬴政呢？超期兩個月以上能生出正常孩子的概率幾乎為零，這也未免太過於異常了，確實值得懷疑。
轉眼間，2000多年過去了，秦始皇撲朔迷離的身世，加上其雄才大略，大受導演和觀眾的青睞，這才使得一部一部的電影、電視劇都披上了「戲說」的迷紗。在學術界，關於秦始皇身世的謎團，至今未有一致的看法。