李承乾的圖謀敗露，皇太子的地位不保，這一點毫無疑問，問題是挑選什麼人來取代他，讓唐太宗很費思量。
唐太宗一度傾向於魏王李泰，朝廷中岑文本、劉洎也公開提出這個建議。唐太宗還把這種想法當面告訴了李泰。第二天，唐太宗對大臣們談起這件事，說：「昨天，李泰撲進我的懷裡，對我說：『今天是我的重生之日，從現在開始，我才真正稱得上陛下的兒子。我只有一個兒子，將來我死的時候，要把他殺了，然後把皇位傳給弟弟晉王。』父子天性，李泰能對我說出這種話，實在讓我憐愛。」
褚遂良不以為然，說：「陛下的看法不對。魏王的想法不成立，陛下百年之後傳位給魏王，將來魏王再殺死自己的愛子，然後把皇位傳給自己的弟弟，天下怎麼可能有這種事？當初陛下立承乾為皇太子，卻在承乾與魏王李泰之間猶移不定，嫡庶不分，魏王享受的一些待遇甚至超過了皇太子，造成的混亂一直沿續到現在。如果陛下一定要立李泰，請先妥善安置好晉王，才能保全他們。」
唐太宗聽了褚遂良的一番話，立刻涕泗橫流，哭著說了三個字：「我不能。」
選擇李泰的另一個障礙是長孫無忌，在兩個親外甥當中，長孫無忌傾向於晉王李治，唐太宗無法逾越他這個障礙。但李治有一個非常明顯的弱點，就是性格過於柔弱。唐太宗曾經對長孫無忌說：「你勸我立李治，李治仁懦，讓我為國家社稷擔憂，怎麼辦？」
李泰知道舅舅長孫無忌不站在自己的一邊，乾脆自己出面，直接去找五弟李治，希望把他拉到自己的陣營中，他對李治說：「你和漢王好，不怕將來受連累嗎？」
李泰的話裡隱含著一種威脅，李治是一個膽小的人，因此整天憂心忡忡。唐太宗詢問緣由，李治把哥哥李泰的話告訴了他。唐太宗因此明白，四兒子李泰也是一個冷酷之人，一旦他得到至尊的地位，只怕沒有李治的活路。
據說此前在太原發現了一塊奇石，石頭上面自然形成了三個字「治萬吉」。唐太宗把這看成是一份圖讖，轉而又想立李治，猶豫不定。
選擇繼承人是一個重大的問題。唐太宗考慮最多的，是哪一個選項對他的家族造成的傷害最小，而不是哪個選項對管理國家更有利，哪個兒子更適合皇帝這個位置，表現出李世民自私的一面。
有一天唐太宗在兩儀殿與群臣議事，結束之後他單獨把長孫無忌、房喬和李勣幾個重臣留下來，商量皇太子的事。唐太宗傷心地說：「我有三個兒子，一個弟弟。究竟選擇哪一個做皇太子，還不能確定，我的心中沒有依靠啊。」
說罷，唐太宗一頭撲到榻上，拔出腰間的佩刀，對準自己就要刺下去。眾人嚇得魂飛天外，一齊跑上去抱住唐太宗，用力把佩刀從他手中奪下來，遞給一旁的晉王李治。然後大家問唐太宗為什麼要做這種嚇死人的傻事？不就是要立皇太子嗎？他想立哪一個？
唐太宗心目中其實早有了合適的人選，說：「我想立晉王。」
皇帝的話，不可違逆，況且又是在這種情形之下，所以長孫無忌第一個表態：「尊旨。誰有異議，斬！」
長孫無忌是皇后的哥哥，是幾位嫡皇子的舅舅，他一開口，沒有人再敢說一個「不」字，況且這個選擇本身也沒有大毛病。唐太宗等的就是長孫無忌的這句話，立刻轉頭對晉王李治說：「你舅舅答應立你為皇太子，還不快謝謝他！」
晉王趕快拜謝長孫無忌。唐太宗還有幾分顧慮，問大家：「你們的想法與我一樣，可是天下的臣民會怎麼樣看待此事？」
幾個人一齊說：「晉王仁義孝順，天下久已聞名，不會有異議。如果我們欺騙皇上，百死不辭。」
唐太宗在幾位重臣面前流露悲傷，又拿刀自向，感覺有一點表演的成份，目的是逼他們順從自己的意志，其中最主要的是長孫無忌。唐太宗面臨重大決策的時候，常常表現出性格中猶豫、遲疑的一面。好在他的身邊集合了一群精英之材，總能幫助他做出相對正確的選擇，這一次也不例外。
到此，唐太宗終於下定決心，立晉王李治為皇太子，李承乾謀反的案件也可以結案了。四月，皇太子李承乾被廢為庶人，發往黔州安置。漢王李元昌被賜死，兵部尚書侯君集、駙馬都尉杜荷等人被處死。
侯君集到底是一條漢子，臨刑之前對監刑的官員說：「我稀里糊塗，淪落到如此地步。其實我怎麼會造反呢？當年我也做過將軍，為國立過大功，請求皇上給我留一個兒子，讓我長享祭祀。」
唐太宗聽說之後，留下侯君集的妻子和一個兒子，流放到嶺南，其餘的家人處死，家財抄沒入官。
廢掉李承乾的第二天，晉王李治被立為皇太子，長孫無忌為太子太師、同中書門下三品。李承乾身邊的許多官吏都受到處罰，於志寧卻是例外，唐太宗不但沒有懲罰他，又讓他到李治身邊，依然擔任太子左庶子。
那以後，唐太宗對皇太子李治不太滿意，又想改立李恪。李恪在兄弟當中排行第三，被封為吳王，兼任安州都督，唐太宗的二兒子李寬死得很早，李恪的地位就比較特殊。李承乾被廢掉，這種特殊性更加明顯。
李恪的生母是楊妃，是隋煬帝的女兒，給李世民生下李恪和李愔兩個兒子。李恪雖然是庶子，但血統高貴，在大臣與百姓中間名望很高。當初唐太宗早早讓李恪到自己的王國去上任，對大臣們說：「我也不捨得讓李恪離開，希望能經常見到他。可我更希望他們這些庶子都能變得成熟一些，可以獨擋一面，將來我死了，他們既能保全自己，又能做國家的籓屏。」
唐太宗的一番話，顯出他對庶子們的慈愛。李恪臨行之前，唐太宗又賜書給他，說：「你現在就要離開我，我不送你珍寶，只送你良言，你要體會我的苦心。」唐太宗要求李恪「以義制事，以禮制心。外之為君臣，內之為父子。」
李恪擅長騎射之術，文武雙全，各方面很像自己的父親。唐太宗打算改立李恪，長孫無忌堅決不同意。唐太宗問：「你是不是嫌李恪不是你的親外甥？這個孩子果敢英武，處處都像我，將來一樣會保護你的。」
長孫無忌說：「李治性格仁厚，是守成的君主。凡事最怕舉棋不定，皇儲大事，尤其忌諱反覆。」
唐太宗明白，長孫無忌代表的外戚集團勢力強大，只好放棄李恪。長孫無忌從此對李恪充滿敵意。唐高宗李治即位之後，在處理房遺愛謀反案的時候，長孫無忌趁機把李恪歸入案中，判他死罪，以絕後患。
李恪冤屈，也明白自己是被誰陷害的，臨刑之前高喊：「天地有靈，將來一定族滅長孫無忌家族！」
皇權鬥爭中的失敗者，性命往往比平民更脆弱。貞觀十九年，庶人李承乾死在黔州。
另一個失敗者李泰，先是被奪去相州都督、左武侯大將軍等職務，改封為順陽王，關押在將作監，以後又被責令離開長安，遷居均州的鄖鄉縣，政治生命到此結束。
唐太宗一直念念不忘這個胖兒子，曾經拿著李泰的奏章對身邊的大臣說：「我喜歡李泰的文才，我時時惦記著這個兒子。可是，為了李氏江山的穩固，只能這樣處置他，讓他們兄弟們相安無事。」
一番話，盡顯一個老父親的無奈。唐太宗要讓後代避免李承乾、李泰這樣的問題，寫下一份詔書，給後代子孫立下一個規矩：「從今以後，如果皇太子行為不端，其它的皇子企圖取而代之，兩人都要被廢為庶人。傳之子孫，以為永制。」
唐高宗永徽三年，李泰死在鄖鄉，時年三十五歲，死因不詳。