李世民雖然對李治進行了全面的太子教育，但由於李治忠厚溫良的品質已形成，李治是否能面對嚴酷的政治鬥爭，是否能讓跟隨自己的大臣心甘情願地輔助李治把「貞觀之治」進行下去，這一切，使他對李氏王朝的未來憂心忡忡。
所以，李世民不得不盡己所能為太子李治盡可能掃平前進途中的障礙，而這些障礙主要有兩個方面：一是內部問題，二是外部安定。
在外部安定上，李世民四面出擊力圖掃平威脅李氏政權的邊疆隱患。跟少數民族打仗，向來是唐朝的拿手絕活。貞觀十八年(644年)，李世民下令出擊焉耆，活捉了焉耆王龍突騎支。同年，又把高麗納進自己的勢力範圍。第二年，他就開始了行動，分陸海兩路攻擊高麗，李世民親自到遼東前線督戰。但高麗人的堅決死守讓唐軍每進一步，都要付出沉重的代價。後因久攻不下，天氣轉冷，糧草供應困難，李世民只好下令退兵。貞觀二十年(646年)，李世民又發兵和突厥兵分九路北征，獲得了巨大勝利，鐵勒諸部均表示永遠臣服大唐。貞觀二十二年(648年)，李世民進行了第二次征討高麗的戰爭，這是在東北;在西北，他攻擊龜茲，龜茲臣服;在西南，巴蜀十三州精兵全被派出，擊敗了「松外諸蠻」，收降了七十餘部……
他所進行的這一系列對外戰爭帶來的負面影響立竿見影，貞觀前期所積儲的口糧全被用盡，大量的徵兵和徵收賦稅與當初的「與民休息」的政策大相違背，百姓不堪重負，引起了局部的騷動不安。但這應該在李世民預料之中，他所做的一切不過是為自己的接班人掃清障礙。另外，他對自己近二十年的勵精圖治所奠定的厚重根基很瞭解，一旦接班人上台，立即「與民休息」、「輕徭薄賦」，不安的國勢很快就會平復。畢竟，唐帝國有這個基礎。
而相比於外部安定這一障礙，內部問題可真就是李世民面臨的大問題了。直接一點說，李世民所謂的內部問題就是擔心李治接班後在駕馭群臣、處理國政上力量不夠，信心不足。
就在立李治為太子不久，他就因擔心李治性格仁弱而召見長孫無忌，歎息道：「你總勸我立他，如今立了，但恐怕不能守社稷，該如何是好啊？！」
儘管長孫無忌用各種各樣的話讓李世民相信李治必將是個優秀的統治者，但李世民始終放心不下，他最擔心的就是李治無法駕馭這群追隨自己多年的老臣。一個優秀的人領導的團隊，必然也是優秀的。李世民能創下千古之功業，和他身邊的那群優秀臣子的輔助是分不開的。所以，他擔心，這些臣子一旦遇到了一個並不如自己的領導，還肯不肯賣力，再退而求其次地說，他們還肯不肯服從。
為此，他真是頗費腦筋。他做的第一件事就是對太子之位爭奪後留下的隱患進行消除，穩定以長孫無忌為首的關隴集團的核心地位。因為長孫無忌是自己的大舅子，他的老婆長孫皇后是個不折不扣的好人。況且，這個大舅子曾強烈要求他立李治為太子，並且忠心可嘉。想要讓日後的李治好過一點，就必須為他培養一批自己的勢力，而長孫無忌就是這一勢力的代表。那麼，倒霉的就是另外一群人了。
這群人就是普通地主出身的朝廷重臣。此時，魏徵已死，由他推薦的侯君集、杜正倫被李世民拿下，並且推倒了魏徵墓碑。對曾勸立魏王李泰的岑文本等人進行徹底打壓，一批曾經在太子之爭中站錯了隊伍的大臣紛紛落馬，出身普通地主家庭的大臣在朝廷中所剩無幾。
貞觀二十三年(649年)，李世民臨死前將朝廷重臣李世績貶為疊州都督，李治反對，他語重心長地說道：「李世績才智有餘，但你對他沒有恩情，他日你成為皇帝，怎麼可能收服他？我現在把他貶到外地，等你上台後再把他召到朝廷，但不可一步到位，慢慢陞遷。如果他稍有怨言，或是對你不恭，你要立即將其誅殺，絕不可留。」
許多人讀到此處，都認為李世民毒如蛇蠍，但他的初衷卻是為了後代子孫啊。
表面看來，李世民為李治開闢了一條坦途。但李治並沒有走遠，事實是，「貞觀之治」不但創造了一個盛世大唐，還製造出了無數能臣名相。李世民即使再狠毒，也不可能將朝中舊臣趕盡殺絕。況且，他當時認定的內部危機只是太子之爭留下的隱患而已。
所以，當李治一登基，馬上陷入了一個十分窘迫的境地。李世民無處不在的餘威在許多大臣身上得到體現，這些人在這個年輕皇帝面前，往往以長輩自居，侃侃論奏，李治稍有錯處，他們就馬上教育開來。特別是長孫無忌，擔任宰相一職三十年，朝中大臣都畏懼他十分。而他更以顧命大臣的身份對李治進行教育，年輕的皇帝李治無論如何都不能跳出這個父親不經意設置的「群臣漩渦」。
他最終選擇了武則天當皇后，與此大有關係