明史專家顧誠先生曾作《沈萬三及其家族事跡考》，詳細考證了沈萬三的身世，否定了他是明初人的說法，認為他生在元代也死在元代，史籍中有關沈萬三在明初的一切「事跡」均是訛傳。茲將顧誠先生及有關學者的論述綜述如下。
一、沈萬三的確切生卒年雖然難以查清，但他在明朝建立以前即已去世是可以確定的。《吳江縣志》卷五六載：「張士誠據吳時萬三已死，二子茂、旺密從海道運米至燕京。」
張士誠的軍隊攻佔平江路(蘇州)是在元至正十六年(1356)二月，這就是說1368年朱元璋建立明朝的時候，沈萬三已死去十二年以上。既然他已經在元朝末年去世，當然不可能遭到明朝開國皇帝朱元璋的打擊了。
二、據元末明初人王行所撰的《沈榮甫墓誌銘》、《沈茂卿墓誌銘》，洪武九年(1376)，沈萬三之子沈榮甫死，年七十一歲。據此，則元明易代之際，其子沈榮甫六十二歲，其孫沈森也有三十九歲，以中國人偏高壽命推算，沈萬三尚在人世的可能性極小。即使活著，至少也是八十左右的垂垂老者，什麼築城呀、輸糧呀、犒軍呀，還用得著他來露臉麼？他露得了臉麼？
三、《沈榮甫墓誌銘》云：「初，(沈)榮甫之先君子(富)，游於故侍講袁文清公(桷)之門，公每嘉其敦信義。時楚之長沙攸縣人馮子振，方張聲譽，號海粟，以文翰自矜許。來吳，必主之，深加愛厚，為大書『積善』二字，殆以表其志也。」
王行為當時著名學者，兩次受聘為沈氏家庭教師，為沈家親屬所作的應酬文字達十一篇之多，但涉及這個名聞天下的大富翁沈萬三的卻僅此一見，時間標示為「初」，稱謂為榮甫之「先君子」，除此「追述」之外，無任何直接描寫之文字。又，王行為沈萬三之子、之孫都寫了《墓誌銘》，卻沒有為沈萬三寫《墓誌銘》。考王行首次設館於沈家為元末，可見，在王行蒞館之前，沈萬三早已作古。
四、據上文，沈萬三與元代侍讀學士袁桷有過交往，馮子振曾多次下榻於沈萬三家中，並為他題了「積善」二大字。據《元史袁桷傳》，袁桷死於元泰定四年(1327)，下距明朝開國(1368)四十一年。馮子振附於陳孚傳後，未書卒年，陳孚卒於元大德七年(1303)，下距明朝開國六十五年，從他的交遊層面來推測，他？要的活動年代是元朝中期，即大德、延祐年間，即使後延，也很難延到明朝開國之後。
五、《沈榮甫墓誌銘》繼續說：「及榮甫持家政，乃築堂構宇，以馮書揭諸題間，既以承夫先志，又以勖其後人，是足以見其好善之心矣。」
按：積善堂建於元末，有吳縣著名高僧釋妙聲作《沈氏積善堂》詩可證。原詩云：
翰林賓客散如雲，積善於今喜有君。
背郭堂成因舊扁，傳家書在足前聞。
屋頭雨過烏尤好，池上風清鶴不群。
我亦袁公門下客，題詩三歎感斯文。
釋妙聲詩文多作於元至正年間，所以其集入元詩選，積善堂落成之時，沈萬三已死，其子榮父主持家政，所以釋妙聲才有「我亦袁公門下客，題詩三歎感斯文」之歎。
六、我們雖不能斷定沈萬三絕對活不到八十多歲，親眼看到大明帝國的建立，但是，明軍在大將傅友德、藍玉、沐英率領下，進兵雲南是洪武十四年(1381)的事，築城、犒軍之時，雲南並不在明朝管轄之下，因此，在明朝初年就把沈萬三充軍雲南，絕無可能。如果是在平定雲南之後再把他充軍該地，那麼，沈萬三當在百歲上下，他能夠如此長壽嗎？朱元璋再暴虐，能把一個百歲老人發配充軍嗎？
可見，《明史》及明代野史大多是民間傳說，以訛傳訛;或者是誤把沈萬三子孫的所作所為，附會成了沈萬三本人了。
沈萬三雖是元朝人，卻未見元人記載。入明以後，有關沈萬三的傳說越來越多，卻沒有一條是出自與沈萬三本人有直接接觸的人之手，現存的洪武年間官方或半官方文獻，也從未提及沈富其人。洪武十二年(1379)盧熊纂刊的《蘇州府志》多達五十卷，其中竟然也沒有涉及沈萬三及其家族。
究其原因，也不難理解。元明之際，元人著述散佚毀棄的相當多，生活於元代的沈富不過是個「多田翁」，既無出仕的政績，又不足以躋身「儒林」，默默無聞自在情理之中。到明朝建立前後，沈家子孫積累的財富越來越多，其中有不少人因家境富裕，自幼受到良好教育，不僅在朱元璋推行的糧長制度和舉薦制度中嶄露頭角，而且同當時的文人有廣泛的交往，因此，沈家的名氣也就越來越大。儘管沈萬三早已去世，沈氏在洪武年間也已分成四家，但是人們提到江南首富沈家時，還是習慣於用沈萬三來概括。