後人論史，每提及「小明王」韓林兒之死，大多認定是朱元璋下的毒手，似乎已成定論。元至正二十六年（1366年），韓林兒應朱元璋之請南下，途中舟覆而死。在《明史》中多處有相關記載，如《明史·韓林兒傳》說：「太祖命廖永忠迎林兒歸應天，至瓜步，覆舟沉於江。」聯繫朱元璋後來大肆屠戮功臣的毒辣和殘忍，如此推論看來也順理成章，夏《明通鑒》就是如是判斷的。
朱元璋出自郭子興麾下，自屬紅巾一系，名義上確算韓林兒部下。但事實上，朱元璋並沒有對韓林兒稱臣，也更不曾依仗過他，除了共用一個「龍鳳」年號，二者不過遙遙有政治上的呼應而已，連軍事上的同盟都談不到。當然，客觀而言，也正因為劉福通「橫據中原，縱兵蹂躪，蔽遮江、淮十有餘年」。讓元朝疲於應對，才給了朱元璋壯大實力、從容平定東南的機會。
正當朱元璋穩紮穩打，事業蒸蒸日上的時候，曾經風光一時的小明王卻是江河日下。帳下主將劉福通胃口太大，又是北伐，又是西進，有一路人馬甚至橫掃遼東，一直打到了高麗。然兵力分散之後「兵雖盛，威令不行。數攻下城邑，元兵亦數從其後復之，不能守」。被元軍反擊之後，連根據地都難保了。元至正二十三年（1363年），張士誠遣部將呂珍來襲，圍攻安豐，劉福通已是勢單力孤，岌岌可危，只得向朱元璋求援。其實朱元璋要擺脫這個空頭上司，坐而不救是最佳策略，但朱元璋卻不顧劉伯溫勸阻，執意援救，「太祖曰：『安豐破則士誠益強。』遂親帥師往救，而珍已入城殺福通。太祖擊走珍，以林兒歸，居之滁州。」（《明史·韓林兒傳》）
朱元璋此舉究竟是出於什麼樣的心理？因為從至正二十年（1360年），劉福通部就或敗或亂或降，已經顯示出唯能自保、無力逐鹿的頹勢了，任其自生自滅不會對朱元璋產生太大的影響，而當時朱元璋最大的勁敵並非張士誠，而是陳友諒。「不過，這種為義所使、不避利害的舉動說明朱元璋的江湖豪氣尚在，還未被赤裸裸的利己思維和功利權術意識完全湮滅。
劉福通既亡，韓林兒則只是一個普通人，只會慢慢被人淡忘。既無政治上的影響力，更談不上軍事上的號召力，戰亂之後，教眾各奔東西，或各自有所歸屬，也已喪失了宗教上的凝聚力。何況這個「張無忌」既沒有絕頂武功，身邊更無高手環繞。「林兒本起盜賊，無大志，又聽命福通，徒擁虛名」。那時的朱元璋，隨時可以讓他「禪讓」，所以在這個時候除去他，既無必要，也毫無意義。關於韓林兒之死，若為朱元璋授意，要麼早早滅口，要麼授以公位穩其心，善待韓林兒之後，又將其殺死，很不合情理。韓林兒之於朱元璋，構不成登基的阻力。只要威逼利誘一下，就可讓韓林兒屈服，或不予理睬，直接將其撇到一邊，隨便封個王養起來也無不可！