殘暴的刑罰、嚴密的監督也不能嚇阻貪官前「捕」後繼的鋌而走險，朱元璋煞費苦心本想締造一個至純至清的全新王朝，不料想明代經過短暫的政治澄清後卻一步步滑向了史上最為貪腐的朝代之一。
作為草根出身的明代開國皇帝，朱元璋對元朝官逼民反、腐敗而亡的歷史教訓看得最為真切，因此建朝伊始他就發動並全程領導了史上最大最嚴的反腐肅貪運動。然而，苦心孤詣，經營半生，卻發現官場越治越亂，貪官越反越多，最終也沒有逃脫人亡政息的歷史輪迴。種下的明明是玫瑰，為什麼收穫的卻是荊棘呢？
《大明律》將《受贓》專設一篇，條目詳盡，懲罰嚴明，為日後鐵腕反腐奠定了基礎
在朱元璋的主持下，《大明律》將《受贓》專設一篇，條目詳盡，懲罰嚴明，為日後鐵腕反腐奠定了基礎。他下令將《大誥》等多種司法教材發至每家每戶，並且規定官府執法時凡是家裡藏有《大誥》的，就可以罪減一等，沒有《大誥》的，則要罪加一等。同時《大誥》還被列入全國各級學校的必修課程，連科舉考試都從《大誥》中出題。一時間從學校到民間講讀《大誥》蔚然成風。
明朝對一般犯罪之人的刑罰限於鞭笞、杖、徒、流、死五種，但對於貪官污吏卻設置了多種殘酷刑罰：凌遲，抽腸，刷洗，秤桿，閹割，挖膝蓋等不一而足，比如官吏受賄枉法者，贓一貫以下杖刑七十，每五貫加一等，至八十絞；官吏貪污至六十兩銀子以上者處死並梟首示眾。最令人恐怖的是，他下令各州縣設立「皮場廟」，在眾人圍觀之下將判處死刑的貪官活剝其皮，然後填充草料，製成人體標本懸掛在官府門前，用以警告後來的官員。不僅如此，朱元璋還「親詣太平門，將各官吏捶楚無數，刖其足，發於本部昭示無罪者。」如此殘暴冷酷的刑罰，連朱元璋自己也承認：「朕自觀之，毫髮為之悚然。」可見批評朱元璋反貪執法不嚴顯然是沒有史實依據的。
是不是他厚此薄彼，犯了執法不公之錯呢？史料證明朱元璋懲治腐敗鐵面無私、毫不容情。至少在他的任內做到了王子犯貪與庶民同罪。朱元璋惟一的親侄，開國功臣朱文正違法之後，被他毫不猶豫地廢了官職；駙馬都尉歐陽倫憑著自己是馬皇后親生女兒安慶公主的丈夫，不顧朝廷的禁令，向陝西販運私茶，事發後同樣被朱元璋下令賜死。
翻開朱元璋親自編審的《大誥三編》，其中載有很多朱元璋親自偵辦的貪污案件，連收受一件衣服、一雙鞋襪、一條頭巾這樣微不足道的「贓物」也赫然羅列其中，可見他對腐敗的「零容忍」達到了何等程度。朱元璋對窩案、串案的查辦也決不手軟，層層追查，除惡務盡，哪怕株連無辜也在所不惜。洪武年間最著名的空印案和郭桓貪污案，兩案連坐被冤殺的達七萬人之多。由於株連過甚，兩浙、江西、兩廣和福建的行政官吏，從洪武元年到十九年竟沒有一個做滿任期的，往往未及終考便遭到貶黜或殺頭。如此株連的直接後果是，不少地方的衙門竟遭遇無人辦公的尷尬。不得已，朱元璋讓那些犯了罪的官員，戴著鐐銬繼續留任。洪武年間，在各級府衙中，這種戴罪辦事的人，一度達到328人之多。這種寧可錯殺三千也不肯放過一個，哪怕癱瘓整個官僚體系也在所不惜的反貪勇氣，歷代帝王中誰能望其項背？