洪武二十六年(1393年)二月，錦衣衛指揮蔣揭發藍玉謀反。經審訊，說是藍玉串通景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東伯何榮、吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀劃在朱元璋出宮耕種田時起事。朱元璋當然不能容忍謀反之事，於是，藍玉被族誅，凡連坐的都稱為「藍黨」，一律處死。朱元璋親手寫詔佈告天下，並將藍玉謀反的事實編為《逆臣錄》。朱元璋在詔書中說：「藍賊為亂，謀洩，族誅者萬五千人。自今胡黨、藍黨概赦不問。」殺了一萬五千多人以後，朱元璋似乎還覺得自己已經很寬容了。然而，僅列入《逆臣錄》的高官就有一公、十三侯、二伯。經這一次殺戮之後，明初的功勳宿將差不多都被殺完了，各軍府衛所被株連誅殺的軍官達幾萬人。這時候，朱元璋還說什麼「自今胡黨、藍黨概赦不問」，很明顯這完全是一句騙人的話，因為此時已經無人可追問了。
如此眾多手握重兵的高級將領，為什麼會毫無反抗地束手就擒呢？顯然，他們沒有任何要同朝廷作對的準備，也就是說，他們並沒有反謀。與之相反，朱元璋卻早為這次殺戮做了精心準備。雖然朱元璋對權臣的防範由來已久，但藍玉案爆發還是有一個重要的導火線。藍玉案爆發前一年，洪武二十五年(1392年)，朝中發生了一件大事：四月二十五日，年僅三十九歲的太子朱標死了。皇位繼承人的死，對朱元璋的打擊太大。他在皇宮東角門召見群臣時說：「朕老矣，太子不幸，遂至於死，命也！」不禁大哭，這時他已經六十五歲了。按嫡長子繼承製，皇位只能由皇太子的長子接任，而朱標的長子早已夭折，這時排行老大的允才十五歲。朱元璋誅殺權臣，本來想要為子孫剷除後患，當年，朱元璋曾對朱標明確表示，剷除權臣如同除掉荊杖上的棘刺，是為了便於掌握，但是他沒想到太子朱標會死在自己的前面。
有一則記載說，當初馬皇后去世以後，朱元璋一直處於鬱鬱不樂的狀態，戮殺大臣的行為也更加恣意。有一次，太子朱標進諫說：「陛下您殺大臣殺得太多，恐怕會傷了君臣間的和氣。」朱元璋聽了以後不說話，沉默很久。第二天，朱元璋把太子叫來，將一根荊棘扔在地上，命令太子去撿起來，面對長滿刺的棘杖，太子覺得很為難。朱元璋說：「這根荊棘你拿不起來，我替你將刺磨乾淨了，難道不好嗎？現在我所殺的人，都是將來可能威脅到你做皇帝的人，我把他們除了，是在為你造莫大的福啊！」太子跪下來給朱元璋磕頭，但心裡不同意朱元璋的觀點，低頭說：「上有堯舜之君，下有堯舜之民。」他這是什麼意思呢？他這是表明，父親您似乎不是堯舜那樣的明君，否則哪來那麼多亂臣賊子？你想，朱元璋聽了這話能不生氣嗎，老皇帝氣得搬起坐的椅子就扔了過去，要砸太子，太子嚇得趕忙逃走。
朱元璋把一切都設計得很美妙，但是惟一沒設計到或者說他控制不了的因素就是，朱標早逝，死在了他的前面——朱元璋把荊棘上的刺磨得再乾淨，一旦後繼乏人，操杖之人不在了，那該怎麼辦？朱標生性敦厚仁柔，他死後，他的兒子，也就是朱元璋的皇孫朱允則更為孱弱，更令人不放心。朱元璋在位，尚且感到如狼似虎的悍將難於駕馭，一個十五歲的孩子，沒有任何政治經驗，將來怎麼能保證坐穩皇位？雖然老將都已經被殺光了，但新起的藍玉等人能征善戰，強悍桀驁，不能不令人擔心。因此，為了孫子朱允，為了防備不測，對藍玉這樣的強臣，反也得殺，不反也得殺。藍玉等人的引頸就戮，恰恰說明是朱元璋採取了先發制人的行動。
朱元璋不僅先發制人，說話還不算數。洪武二十五年(1392年)八月二十二日，他推翻了不再追究胡黨的承諾，再次借胡惟庸案誅殺了靖寧侯葉升。葉升是藍玉的姻親，殺葉升就是揭開了藍玉案的序幕。這時，藍玉尚遠在征討西番的前線，死心塌地為朱元璋征戰的他對即將臨頭的大禍毫無覺察。如果他稍有異心，在姻親葉升被殺後也不會老老實實地回來。所以，明末清初的史家談遷說：「藍涼公非反也。虎將粗暴，不善為容，彼猶沾沾一太師，何有他望！……富貴驕溢，動結疑網，積疑不解，釁成鐘室。」他這話的意思是，藍玉不過是一個脾氣粗暴的將領，驕傲跋扈，不善於討好人，引起了朱元璋的懷疑，終於招致殺身之禍。
藍玉死後，洪武二十七年(1394年)十一月，朱元璋又找借口殺了宋國公馮勝，二十八年(1395年)二月，又殺了穎國公傅友德。這樣，終洪武一朝，在明初開國功臣中，身為公侯而得以倖存的人僅有長興侯耿炳文、武定侯郭英二人。胡藍之獄讓我們看到，一個社會最底層的赤貧農民、一個遊方僧，一旦登上皇帝的寶座，要實現絕對集權，並欲使之傳之久遠，表現出了怎樣的殘忍，而他的殘忍又讓多少人斷送性命、付出鮮血！古人評論當年漢高祖劉邦誅殺功臣時說，「飛鳥盡，良弓藏，狡兔死，走狗烹。」我們看，朱元璋屠戮功臣的行為較漢高祖劉邦實在是遠遠過之矣。
清代史學家趙翼在《廿二史札記》中這樣評價「胡藍之獄」：漢高謀殺功臣固屬殘忍，然其所必去者，亦止韓、彭，至欒布，則因其反而誅之。盧綰、韓王信，亦以謀反有端而後征討。其餘蕭、曹、繹、灌等，方且倚為心膂，欲以托孤、寄命，未嘗概加猜忌也。(朱元璋)藉諸功臣以取天下，及天下既定，即盡舉取天下之人而盡殺之。其殘忍實千古未有！他又拿歷史上的其他例子做了比較——漢光武帝、唐太宗定天下時，他們自己還很年輕，正處壯年，等到他們老的時候，諸功臣也都老的老，死的死了。宋太祖做皇帝的時候年紀雖然不小了，但是他有個能幹的弟弟，他這個弟弟就是後來的宋太宗，有這個弟弟駕馭諸臣，這些功臣因此都得以保全。至於明太祖，他起事雖早，但是到天下大定時則年已六十有餘了。懿文太子朱標仁柔，等他死後，其子朱允就更孱弱，朱元璋於是不得不為身後之事而做準備了。因此，他兩興大獄，將諸功臣一網打盡，由此可推見其心跡。
胡惟庸之死在洪武十三年(1380年)，案發之時，同誅者不過陳寧、塗節數人。而到朱元璋興胡黨之獄時，則在洪武二十三年(1390年)，這時候距惟庸死已十餘年。後世史家每每論及此處，就會反諷：豈有首逆已死，同謀之人十餘年始敗露者？這只不過是朱元璋以胡惟庸案借題發揮，陰使獄詞牽連到所有的人，以實現他的草禽之計，趙翼的評價是很有見地的。
朱元璋加強中央集權是為了強化專制皇權，維持朱家皇朝的長治久安。但在當時，明朝剛剛建立，中央集權的加強可以說保證了統一戰爭的完成，有利於抵禦外敵，有利於保證經濟的恢復和發展。但是，朱元璋的極端專制和野蠻殺戮，將民主精神扼殺淨盡，給後世留下了惡劣的先例，導致中國再次陷入長期專制統治的深淵，影響了中國歷史的發展。