由於面對著公侯將相的權勢和有些新權貴的不法行為，特別是戰友和舊將的背叛，使朱元璋放心不下，猜疑他們會搶奪皇位。所以朱元璋上台後就大殺功臣，當初和他一起打天下的老朋友，幾乎被他斬盡殺絕，胡惟庸、宋濂、徐達、藍玉、李善長、傅友德、馮勝……，都沒有逃出他惡毒的手掌心。
胡惟庸（？——1380），早年隨朱元璋起兵，頗受寵信。後封為丞相，位居百官之首。隨著權勢的不斷增大，胡惟庸日益驕橫跋扈，擅自決定官員人等的生殺升降。胡惟庸還千方百計地拉攏因犯法受朱元璋譴責的吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚，令其在外收集軍馬，以圖謀反。1380年正月，塗節和中書省吏上書告胡惟庸謀反。朱元璋遂以「枉法誣賢」、「蠹害政治」等罪名，將胡惟庸和塗節、陳寧等處死。為肅清「逆黨」，株連殺戮者達三萬餘人。胡惟庸一案，使朱元璋對身邊的功臣宿將，猜忌之心大起，於是著手開始了一場血腥的屠殺。
宋濂（1310—1381），他家境貧寒，但自幼好學，1360年，與劉基、章溢、葉琛同受朱元璋禮聘，尊為「五經」師。洪武初主修《元史》，官至學士承旨知制誥。後因牽涉胡惟庸案，謫茂州，中途病死。
徐達（1332——1385），明朝開國元勳，一生剛毅武勇，持重有謀，紀律嚴明，屢統大軍，轉戰南北，功高不矜，被朱元璋譽為「萬里長城」，但是還是非常怕他將來威脅朝廷。1385年，徐達背上生瘤，連日不能上朝，朱元璋派太監前來賜蒸鵝，徐達知道自己的病不能吃蒸鵝，看到皇上賜他的東西，知道是要他的命，便含著淚吃下了，沒過幾天就不明不白的死了。朱元璋偏賜他燒鵝，徐達把燒鵝全數吃完而死。
李善長（1314——1390），明初大臣。投朱元璋幕下，被任為參謀，參預機畫，主持饋餉，倍受信用。他善於調護諸將，因材用人，使之各得其所。1367年，被封為宣國公，後為左相國，居百官之首。1390年，李善長以胡黨獲罪，謂其元勳國戚，知逆謀不舉，狐疑觀望，心懷兩端，大逆不道，連其妻、、女弟、侄家口七十餘人一律處死。
藍玉(？——1393)，開平王常遇春內弟。初隸常遇春帳下，有謀略，作戰英勇，屢立戰功。由管軍鎮撫積升至大都督府僉事。1881年封永昌侯。1387年拜為大將軍，後封為涼國公。但藍玉居功自傲，日益驕橫跋扈。1393年，錦衣衛告發藍玉謀反，朱元璋遂族誅藍玉等，並株連蔓引，自公侯伯以至文武官員，被殺者約兩萬人。
傅友德(？——1394)，明朝開國功臣，著名將領，戰功卓著。初被封為川侯，後晉封國公，加太子太師。1393年，因請田觸怒太祖，召還，次年賜死.。
馮勝(？——1395)，明初大將。初名國勝，元末與其兄國用組織武裝結寨自保。後歸附朱元璋，為親軍都指揮。此後，從援安豐，決戰鄱陽湖，下武昌降陳理，克平江俘張士誠，論功僅次常遇春，遷右都督。中原平定，封宋國公。後數率大軍出塞征擴廓、納哈出。洪武二十六年(1393年)，藍玉案發，二年後，以藍黨被賜死。
朱元璋的親侄子朱文正、外甥李文忠，都立有大功，都被他殺死或賜死。大批官僚被誅殺，一時間朝廷上下人人自危。當時的京官，每天早晨入朝前，總要與妻兒訣別，交代後事；到了晚上平安回來，便全家慶幸。連續數年的誅殺，功臣宿將相繼而亡，餘下的寥寥無幾。
朱元璋大殺功臣的理由其實很簡單，無論是先立的皇太子朱標，還是後來立的皇太孫朱允文，都為人仁厚，性格偏軟，不像他一般陰險強硬。朱元璋當然不放心自己死後，還留下一幫戰功赫赫的老臣，因此在自己交班之前，想方設法把那些舊臣殺掉，為子孫後代的江山永固鋪平道路。有一次，太子朱標（1355年—1392年）進諫說：「陛下殺人太濫，恐傷和氣。」朱元璋聽了以後不說話，沉默很久。第二天，朱元璋把太子叫來，將一根荊棘扔在地上，命令太子去撿起來，面對長滿刺的棘杖，太子覺得很為難。朱元璋說：「你怕刺，不敢拿，我替你把這些刺拔掉，然後再交給你，豈不更好！」一語道破了朱元璋大批誅殺功臣的目的。