早在明朝初年，就有「倭患」存在。其中的背景很複雜。14世紀初，日本進人南北朝對峙時期。大小諸侯們各自割據一方，為爭奪土地與人口，彼此攻伐，狼煙四起。許多領主和武士們，在混戰中失利。這些人在日本本土喪失了活動空間，就自發組織起來，到中國沿海進行武裝走私，兼營燒殺搶掠的勾當。元末明初中國改朝換代的混亂，更是給了他們肆無忌憚的可乘之機。以致於那些年，從遼東到海南，數千里的海岸線上，「島寇倭夷，在在出沒」。當時的「海患」，除了倭寇以外，還有一直主要勢力，就是從中國本土流落出去的群雄殘餘部隊，有時是張士誠、方國珍的那些舊部們，在被朱元璋擊潰後，撤退到沿海的一些島嶼上面，構成了對明朝海防的嚴重威脅，一般俗稱之為「島寇」。在解決由這兩股勢力組成的「海患」的過程中，朱元璋採取了許多措施。一方面，他以重兵武力進行鎮壓。同時，又派遣使者前往日本，照會日本國王，敦促他制止自己的臣民對中國的侵略。
不過，此時的日本國王，已經不再具備號令全國的能力，諸侯們根本不服從他的命令。所以他回復給朱元璋的答辭，也就顯得相當簡漫和毫無誠意，讓朱元璋感到十分不滿。元朝屢次進攻日本，卻損失慘重，無功而返的教訓，無疑時刻在提醒著朱元璋。朱元璋本人也早已厭倦了長年的戰爭。所以，他對日本政府的拒絕合作採取了忍讓的態度。朱元璋決定釜底抽薪，他採取了兩條措施。其一，為斷絕中外海盜的耳目與內應，他下令禁止濱海居民私自出海。其二，他決定大量招納原張士誠、方國珍部下的軍士，以及瀕海的船戶、島人、漁戶為兵，自淮、浙至閩、廣，朱元璋在這片廣闊的海岸線上，共招收到了十多萬部隊。
明朝的海禁政策由此開始。這些政策在當時沒有引起什麼負面效應。海禁雖然切斷了許多漁民的生活來源，但由於大量漁民被收編入伍，事實上是由國家供養起來，所以大大地緩和了由海禁造成的矛盾衝突。此外，在朱元璋時期，從遼東至廣東沿海共設有五十多個衛所，擁有士兵達二十多萬，修築時間不久的防禦設施也還相當完備。每衛設有5個千戶所，備有戰船50艘，每船配置旗軍50名。由於擁有這樣強大的海防力量，洪武時期的「海患」才並未釀成大患。