太平天國以宗教起家，以宗教立國，拜上帝教與太平天國息息相關，休戚與共。正如夏春濤先生所說，能不能正確地回答這個問題，關係到能不能客觀而公正地看待太平天國的歷史和思想。
根據《辭海》的解釋，邪的意思是不正當、不正派，或者指妖異怪誕。那麼，邪教也就是不正當、不正派的宗教，或者指妖異怪誕的宗教。
邪與正相對，不是正教，就是邪教。
邪教一詞，古已有之。至少，在宋代就已經比較流行。
漢代的太平道、五斗米道，北朝出現的彌勒教(後來發展為白蓮教)，唐代傳入的摩尼教(又稱明教)，先後被官府稱為「妖道」或者「妖術」。明教被稱為邪教(又稱魔教)之後，民間秘密宗教終於有了一個統一的稱呼——邪教。
說到底，歷代王朝為了維護自己的統治和利益，只認可有利於控制平民的宗教，比如麻痺苦難群眾反抗意志的精神麻醉劑——佛教。
官府最認同的是數千年正統——儒教(儒家思想)，其他與之背道而馳的民間秘密宗教，均稱之為邪教。
更絕的是明太祖朱元璋，踩著明教的肩膀登上大明帝位，隨即就過河拆橋，宣佈包括明教在內的所有民間秘密宗教組織都是邪術，嚴加查處。
清政府視儒家理學為正教，將拜上帝教視為與白蓮教類同的邪教，一點也不奇怪。作為反政府的理論武器，拜上帝教被視為異類，受到打壓、誣蔑和封殺，自在情理之中。
邪教一詞，其實並不是中華特產。國外也有類似稱呼，為之興起的血雨腥風，也是史不絕書。天主教統治天下之時，對於異己學說，特別設立宗教裁判所，進行嚴打嚴懲。伽利略被關起來吃牢飯，布魯諾被燒死在鮮花廣場，都是生動而血腥的案例。
綜上所述，邪教主要是朝廷對民間秘密宗教的稱呼，是政治「打假」，沒有令人信服的評判標準。
有人可能會說，按照現在的標準，拜上帝教不就是邪教嘛！
既然如此，那就不妨按照現代標準，來考查一下拜上帝教的理論和實踐。
一般情況下，人們往往把以下幾條標準，作為辨別邪教的依據：一是神化首要分子，吹噓頭領手眼通天；二是裝神弄鬼，以世界末日嚇唬人，入教平安，不入危險；三是控制教眾人身自由，防範嚴密；四是斂財，以各種名義將教眾財富據為己有；五是姦淫，教主一般都是大淫棍、大色狼，年輕漂亮的女教徒往往成為他們的獵物。
但實際上，第一條只能算是宗教的特徵，並不是邪教的專利。哪一種宗教沒有神化的超能力？哪一種宗教是客觀唯物主義？第二條說法並不完全對。老百姓之所以害怕帶恐怖色彩的宗教預言，除了他們的無知外，更重要的是他們心中的苦難。歷朝歷代，農民起義，往往用宗教開路。就拿元末農民起義來說，不正是摩尼教(明教)、白蓮教等若干民間秘密宗教彙集而成的洪流？當時的宗教預言，就是「彌勒降生，明王出世」，而且宣揚「天遣魔兵殺不盡，世上能有幾人平；待看日有雙平照，殺盡不平方太平」。
為什麼老百姓會害怕宗教恐嚇？正如馬克思所說：宗教裡的苦難，既是現實的苦難的表現，又是對這種現實的苦難的抗議(《〈黑格爾法哲學批判〉導言》)。這個意思其實並不難明白。為什麼相信這些宗教恐嚇的，大多都是生活在社會底層的弱勢群體？因為社會不公導致廣大下層民眾常常在溫飽線或者生死線上苦苦掙扎，他們脆弱的心靈已經承受不了任何災難。宗教，是苦難者的歎息。缺乏安全感的人們，正是宗教預言的獵殺目標。
所以，歸根到底，宗教恐嚇的威力，往往與社會的黑暗成正比。君不見，民間秘密宗教流行之時，往往是一個朝代最腐敗、最不可救藥的垂死的前夜？第三條，拜上帝教的確有其嚴格的教規教條，但並不是要控制教徒的人身自由。相反，正是教徒對教條的信奉，才形成嚴明的紀律，並為日後起義打下了基礎。第四條，拜上帝教後來設立的聖庫，其實是公有制的倉庫，供全體教眾平等享用，並非洪秀全一人之小金庫。當然，洪秀全後來不斷演變成君主，與其他高層領導享受著超越一般會員的物質生活，這其實是等級制度的反映。就整體而言，聖庫的設立，最重要的目標，不是為領導聚財。第五條，洪秀全先後有過八十多個王娘，這個沒錯。但這並不是說洪秀全創立拜上帝教的目的，就是為了多要幾個女人。事實上，這些王娘，大多並非教徒；而且洪秀全宮中生活的淫亂程度，並不與擁有的女人人數成正比。
顯然，簡單地用公式套拜上帝教，容易蒙住智慧的雙眼，撿了芝麻丟了西瓜，只見樹木不見森林。模仿清朝，將拜上帝教稱之為邪教，是可笑的人云亦云；依照今日，將拜上帝教稱之為邪教，是可悲的以今誣古。拜上帝教不是邪教，也不是梁發想要傳播的基督教。拜上帝教的核心理論，不是基督教所提倡的精神超脫、靈魂不朽、實現博愛、來世進入天國，也不是要顛覆人類社會；相反，而是要在崇拜上帝唯一真神的前提下，斬邪留正，建立人間天堂。
基督教是教人們忍受現實中的苦難，把希望寄托在來世的天堂；拜上帝教是鼓勵人們通過自己的努力，把天堂從來世的虛幻變成今生的現實。