1398年明太祖朱元璋駕崩，由於太子朱標早死，由皇太孫朱允炆即位，年號建文，即明惠宗。明惠宗為鞏固皇權，與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。 周王、代王、齊王、湘王等先後或被廢為庶人，或被逼自殺。同時以邊防為名調離燕王朱棣的精兵，準備削除朱棣。結果朱棣在姚廣孝的建議下以「清君側，靖內難」的名義起兵，最後率軍南下，佔領京師，是為靖難之役。後來朱棣即位，即明成祖，年號永樂。明惠宗在宮城大火中下落不明。
據《明史·地理志第十六》記載：「計明初封略，東起朝鮮，西據吐蕃，南包安南，北距大磧，東西一萬一千七百五十里，南北一萬零九百四里。「
明朝的領土囊括今日內地十八省之範圍，初年東北抵日本海、鄂霍次克海、烏地河流域，後改為遼河流域;初年北達戈壁沙漠一帶，後改為今長城;西北至新疆哈密，後改為嘉峪關;並曾在今滿洲、新疆東部、西藏等地設有羈縻機構。明成祖時期甚至短暫征服並統治安南(今越南北部)，永樂年間明朝極盛國土面積約達1000萬平方公里。
塞北地區
15世紀30年代後，由於天氣轉寒，農耕不濟，靖難之役時邊塞軍隊被燕王抽調。因此期間邊境略有南移。在明成祖永樂年間，明軍多次北伐，邊境形勢一度改觀。但在明中葉以後，隨著蒙古的再次崛起，邊境再次南移。並修建長城(當時名為邊牆，參見「明長城」)以防禦蒙古，在長城沿線設置九邊(遼東、薊州、宣府、大同、延綏、寧夏、甘肅、太原、固原)重鎮加強防禦。長城也成為明中後期的北邊，同時也是農耕區與遊牧區的界線 。
東北地區
明成祖永樂七年(1409年)在東北設置奴兒干都司，下轄130多個衛所，明宣宗宣德九年(1434年)廢棄之，共持續25年。但原設於此處的各衛所及遼東都司仍然存在，以對當地實行羈縻統治。明英宗正統年間後，韃靼兀良哈與建州女真部南遷，並不斷侵犯遼東都司。
西北地區
15世紀30年代之後，西北吐魯番與青海蒙古部日益強大。
西南地區
明成祖永樂四年(1406年)明軍進攻安南，南線達到日南州一帶。次年設置安南布政使司，下設十五府、卅六州、兩百餘縣。後因當地人民反抗激烈，明廷於明宣宗宣德二年(1427年)放棄，安南恢復黎氏王朝 。