第一個媽媽：皇后馬秀英
稱朱棣的母親為馬皇后，最為廣泛。
在清人朱好陽編纂的《歷代陵寢備考》中有記載，“後生懿文太子、泰王樉、晉王桐、成祖、周王”。這裡說得十分清楚了，朱棣為朱元璋與馬皇后所生的第四個兒子。
這一說法，來源於明朝當時的史書，如《太祖實錄》、《太宗實錄》、《靖難事跡》、《玉牒》等。《靖難事跡》中有相同的文字：“高皇后生五子，長懿文皇太子，次秦愍王挾，次晉恭王桐，次上，次周定王。”朱棣更是親口說過，他的母親是皇后馬秀英，“每自稱曰：‘朕高皇后第四子也’”。
但也有秘史稱，馬皇后根本就沒有生育能力，一世無子，正史上記載的包括太子朱標、燕王四子朱棣在內，幾個兒子都是別人所生。馬皇后採用了過去皇家最慣常的手法，把別的妃子所生育的孩子據為己出，是一出明版“狸貓換太子”。
這種說法，為朱棣的生母之謎平添了一份神秘。
第二個媽媽：朝鮮女子李氏
稱李氏為朱棣生母不少人很相信，認為證據很充分。
《南京太常寺志》有這樣的文字：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇后馬氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晉恭王;左二位皇妃，生楚王、魯王、代王、郢王、齊王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王;左三位皇貴妃，生湘獻王、肅王、韓王、沈王;左四位皇貴人，生遼王;左五位皇人，生寧王、安王;右一位槓妃，生成祖文皇帝。”
太常寺為皇家機構，《南京太常寺志》自然算是皇家文字，其記載應該有很高的真實性和可信度。
明人沈玄華在《敬禮南都奉先殿紀事十四韻》中有：“高後配在天，御幄神所棲。眾妃位東序，一妃獨在西。成祖重所生，嬪德莫敢齊。”因此，包括當代著名歷史學家吳晗先生在內，都深信朱棣的生母為“槓妃”李氏。
槓妃，為高麗(現在的朝鮮)選送給朱元璋的女子。此說法見民國學者陳作霖《養和軒隨筆》：“予幼時游城南大報恩寺，見正門內，大殿封閉不開。問諸父老，云：‘此成祖生母槓妃殿也。妃本高麗人，生燕王，高後(馬皇后)養為己子。遂賜(槓妃)死，有鐵裙之刑，故永樂間建寺塔以報母恩。’與史志所載皆不合，疑為讕言。後閱朱竹坨跋《南京太常寺志》，云：‘長陵系槓妃所生’。復見談遷《棗林雜俎》，述：‘孝慈高皇后無子，即懿文太子(朱標)及秦、晉二王，亦李淑妃產也。乃僅齊東之語，不盡無稽也。’”
朱元璋處死李氏，是因為朱棣。當時李氏尚未到預產期，朱棣便急急出生了，是個早產兒。朱元璋遂懷疑李氏與人私通，給自己戴了綠帽子，龍顏大怒，賜槓妃“鐵裙”之刑。這樣，槓妃活活給折磨死了。
朱棣知道自己的生身之事，在皇袍加身後，於永樂十年，即公元1412年在南京重建大報恩寺塔，以報答生母槓妃。但這些記載都是後人所寫，真實性無人能保證。
與馬皇后“狸貓換太子”手法如出一轍，朱棣也來了一個障眼法，建塔的名義“以報答朱元璋和馬皇后的養育之恩”。在當時，大報恩寺塔常年大門緊閉的，屬“禁地”，以保守這個驚天秘密。有人悄悄進去過，發現裡面供奉的真是槓妃像。
但事實上朝鮮向中國稱臣送貢女是在1365年，而史學上明確記載，朱棣生於1360年，其時朱棣已5歲了，難道朱棣是她從朝鮮帶來了的？顯然是不可能的，根據這種推測，朱棣生母是李氏的說法也不靠譜。
第三個媽媽：元順帝妃洪吉喇氏
這個說法，可上溯到朱元璋沒有稱帝前。
在至正年間，朱元璋跟隨郭子興起兵反元，郭子興病死後，朱元璋取而代之，南征北伐，先佔領集慶(現在的南京)，後又攻下大都(現在北京)。元順帝看看大勢已去，遂棄大都，退守蒙古。朱元璋入城後親臨元順帝后宮，看到落難人群裡有一位美女，姿容嬌美、眉目含情，頓時引起朱元璋的注意，遂收她為妃子。
這個女子即元順帝的第三位妃子格勒德哈屯，她是元順帝洪吉喇托太師的女兒。
故事到此複雜了：早在朱元璋攻佔北京之前，洪吉喇氏已懷孕七個月，元順帝出逃時，不方便帶上，讓朱元璋白白地撿了一個女人和一個兒子。兩個月後，洪吉喇氏生下一個男小子，此即朱棣。
據說，當時朱元璋心中知道此子非己子，並不想認這個兒子，但看到朱棣相貌不凡，朱元璋就喜歡上了。況且，說自己的後宮女人生了其他男人的孩子，傳出去可是一樁天大的皇家醜聞，朱元璋也不得不認下這個兒子。
民間對這種說法傳得神乎其神的，而朱棣與其他幾個兄弟相貌長得確實不一樣，一點也不像麻臉朱元璋(朱元璋相貌疑雲，見上篇)，這也加大了這種猜疑，民間據此稱朱棣是蒙古人。但史上記載，大都失守是至正二十八年，即公元1368年，而朱棣生於至正二十年，即1360年，時間相差七八年呢。因此，這種說法也最不靠譜，朱棣生前也從未承認過。
之所以出現這種情況，是民間在罵朱元璋和朱棣。前者殺人如麻，不仁;後者則是非法當上皇帝的，用今天的話來說，是通過軍事政變上台的，不孝。
第四個媽媽：蒙古女子翁氏
與洪吉喇氏一樣，翁氏也是蒙古女子，也是元順帝的妃子。但民間之所以還有翁氏一說，可能是“洪”、“翁”譯音上的相似而以訛傳訛。這裡就先姑且算翁氏是第四個媽媽吧。
劉獻廷所著《廣陽雜記》稱：“明成祖，非馬後子也。其母翁氏，蒙古人。以其為元順帝之妃，故隱其事。宮中別有廟，藏神主，世世祀之，不關宗伯，有司禮太監為彭恭庵言之。余少，每聞燕之故老為此說，今始信焉。”
用大白話來說，就是朱棣不是馬皇后生的兒子，他的母親是蒙古人翁氏，因為曾是元順帝的妃子，所以史書上不方便提這事。但朱棣沒有忘記這位蒙古生母，而是在宮中另外建廟，供奉她的牌位，讓世世代代紀念她。
劉獻廷為清朝人，他的文字，就如筆者現在這文字一樣，僅是自己的觀點。況且，他的依據是來源於北京一帶的坊間傳言(“每聞燕之故老為此說”)，而且是小時候聽說的，你說這靠譜麼？
另有一說，出自民國學者王謇的《孤廬雜綴》。書中記載：“往余幼從吳夢輒師恩同游，師告余曰：‘克金陵時，官軍得明成祖御碣於報恩寺塔座下，其文略謂：成祖生母為翁吉剌氏，翁故為元順帝宮人。生成祖，距入明宮僅六月耳。明制：宮人入宮，七月內生子者，需受極刑。馬後仁慈，遂詔翁以成祖為馬後所生。實則成祖生日，距懿文太子之生，僅十月稍強也。翁自是遂抑鬱而歿，易簣前，以己之畫像一幀，授成祖乳母，且告以詳，命於成祖成年就國後告之。成祖封燕王，乳母如命相告。於是，成祖始知己之來歷，乃投袂奮起，而靖難之變作矣！’”
王謇所記也是“聽來的”，老師是聽曾國藩的幕僚馮桂芬說的。這麼“據說”顯然不足為憑。
朱棣的生母到底是誰？現在的情況來看，馬皇后和槓妃李氏最有可能。
那比較一下馬、李二人，朱棣還應該是馬皇后所生，因為槓妃的情況與洪吉喇氏、翁氏一樣，在時間上有破綻，生育時間與朱棣的年齡對不上號的。
但有人提出反對，說是在朱棣沒有奪位之前，他是妃生的沒有人提出異議。但在他通過政變取得皇位後，情況變了。篡位本來就是一件大逆不道之事，如果自己是妃生子，那就等於承認是庶出，而不是馬皇后生嫡出。
在有嫡子的情況下，庶子是沒有資格承繼大位的，即皇位實行嫡長子繼承製。所以，朱棣為掩人耳目，把自己標為嫡出，以證明自己的資格是可以當皇帝的，就授意史官，有意將事情搞混，以掩人耳目。
在民國時期即有多名學者考證過，明史中有不少文字都改動過，與史實不符。特別是，稱朱棣為馬皇后所生的官方記載，都被做過手腳了。本來應該是最權威的《明史》等典籍，是清人萬斯同編纂，他也給明史“抹黑”，好多東西都被改得面目全非，以討好清廷，但這給後代史學研究帶來了極大的困難，留下許多歷史懸念。
目前史學家認定朱棣為庶出的唯一“官方文件”，也是最權威記錄，來源於明代《南京太常寺志》。但據考證，這書也被人做過手腳了，據說“槍手”是康熙三十九年(1700年)的進士、清朝保和殿大學士張廷玉。
孝陵內槓妃的牌位為什麼“獨向西”，有兩種說法，一是朱棣和朱允炆這對叔侄在爭奪皇位的“靖難之役”中弄亂的，二是朱彝尊《靜志居詩話》所說：明南都太廟，嘉靖中為雷火所焚，嘉靖年間，孝陵前的供殿讓雷擊中，發生火災，在神位重新擺放，有可能弄錯了。