《永樂大典》由於卷帙浩繁，參加纂修人員眾多，因此前後體例不一，前後錯互舛誤之處，亦在所難免，但這並不影響它的巨大價值。《永樂大典》的最大貢獻在於保存了我國明初以前各種學科的大量文獻資料。在這方面，清代一些學者對《永樂大典》所作輯佚工作是有一定成績的。乾隆年間開《四庫全書》館時，安徽學政朱筠奏請「校《永樂大典》，擇其中人不常見之書輯之」，得到清高宗的批准，於乾隆三十八年(1773)設立了《四庫全書》館「校勘《永樂大典》散篇辦事處」，先後參加者共三十九人，其中有著名學者戴震、邵晉涵、周永年等。到乾隆四十六年(1781)，共輯出書籍：經部六十六種，史部四十一種，子部一百零三種，集部一百七十五種，總計三百八十五種，四千九百四十六卷。其中重要的文獻如西晉杜預的《春秋釋例》、唐林寶的《元和姓纂》、北宋薛居正的《舊五代史》、南宋李心傳的《建炎以來系年要錄》;宋代醫學名著《蘇沈良方》、《博濟方》、《傷寒微旨》等都是亡佚已久的秘籍，全賴《永樂大典》才得保存下來。
中國古代浩瀚的文化典籍流傳到今天的只有百分之一、二，其他因為自然或人為的破壞，最終在歷史長河中湮滅了。古代典籍是承載古代文明和文化的「鄭和寶船」，它的形態、語言和內容是一個時代歷史的真實寫照，能激起人們探秘尋寶的強烈衝動。
《永樂大典》就是這樣的一個「寶船」，它曾經如此龐大和華麗，把中國14世紀以前的文化統統裝入它的倉中。道教在元朝經歷一次毀滅性的打擊，元朝的統治者幾乎燒燬了所有關於道教的書。到了明代，流傳於世的道家經典不足宋元時候的三分之一。而《永樂大典》則最大限度的記載了明朝以前所有的道家經典。可如今，人們只能通過露在水面上的一小段桅桿來猜測這艘沉沒寶船的一切了。歷史上的《永樂大典》帶給人們太多的驚奇和讚歎，它的毀滅也帶來了同樣強烈的悲傷和遺憾，留給後世許多有待探尋的謎。當代許多人不知道《永樂大典》是一部什麼書，還有許多對《永樂大典》耳熟能詳的人恐怕一生也無緣見到《永樂大典》的原貌。
《永樂大典》所載之書以宋元時期的著作為多，到明代編輯《文淵閣書目》時，這些著述已經是十不存三、四了。到了清代，只有十之一、二還在流傳。加上《永樂大典》收錄的典籍除比較正規的儒家典籍、史傳百家、歷代文集等，還收錄了大量的方輿志乘、小說戲曲、醫學方技、道佛典籍等，所以歷代學者都把《永樂大典》看作輯佚之淵藪，他們在其中爬梳整理，把分散在各卷中的典籍匯總起來，使許多佚書得以重現人世。
清代學者輯錄宋、元文人的詩歌文集和宋、元兩朝的史料最為豐富。近現代以來，戲曲、地方志、科技書籍和醫學著作開始被人們重視和輯錄。大典中的佛教、道教資料也逐漸為人們所認識。下面就讓我們瞭解一下歷代輯佚的過程和成果。